MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia pecorum PV3056/3

Total Repeats: 51

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022439	TAAAAA	2	12	26259	26270	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022439	TTTTTA	2	12	38424	38435	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022439	TCATAT	2	12	58362	58373	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_022439	TTTCTG	2	12	68682	68693	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_022439	TTTTGT	2	12	75904	75915	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022439	TTAAAA	2	12	75954	75965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022439	TGTTTA	2	12	84615	84626	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022439	TTAATA	2	12	135731	135742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022439	TTCTTT	2	12	135751	135762	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_022439	AACGGT	2	12	142148	142159	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_022439	ATTTCT	2	12	220250	220261	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_022439	TGAGTT	2	12	226210	226221	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022439	CTCCTA	2	12	227449	227460	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_022439	AGAGAA	2	12	258439	258450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022439	GGAATG	2	12	290902	290913	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022439	ATAAGA	2	12	309045	309056	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022439	TTTATG	2	12	372997	373008	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022439	TAGAGA	2	12	403374	403385	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022439	AAAAAT	2	12	442161	442172	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022439	GGTTTG	2	12	459308	459319	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022439	TTTGTT	2	12	478338	478349	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022439	AAATTA	2	12	507495	507506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022439	AAATTA	2	12	519577	519588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022439	ATTAAT	2	12	555969	555980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022439	ATTTTT	2	12	578793	578804	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022439	TCTATG	2	12	589183	589194	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_022439	AGGAAG	2	12	598675	598686	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022439	GATTAG	2	12	598689	598700	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022439	AAAACA	2	12	602042	602053	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_022439	TAAAGG	2	12	626360	626371	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022439	CTTGCG	2	12	651719	651730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_022439	AGAATA	2	12	657293	657304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022439	AACAAA	2	12	661536	661547	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_022439	AATAAA	2	12	665680	665691	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022439	AAAAGA	2	12	679240	679251	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022439	AACTCT	2	12	759419	759430	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_022439	TAACTT	2	12	800231	800242	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_022439	TCATTA	2	12	822948	822959	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_022439	TAAAAA	2	12	842733	842744	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022439	AAAAAT	2	12	867234	867245	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022439	TGAAAA	2	12	867714	867725	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022439	TAATAC	2	12	867798	867809	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_022439	GATTTA	2	12	887032	887043	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022439	AAAAAT	2	12	907508	907519	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022439	ATAAAA	2	12	923847	923858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022439	TCGCTT	2	12	959913	959924	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_022439	TCCTTA	2	12	960819	960830	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_022439	TTTTAT	2	12	994353	994364	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022439	ACTATA	2	12	1002476	1002487	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_022439	ATTTTT	2	12	1040620	1040631	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022439	AAATAA	2	12	1102745	1102756	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.