MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia pecorum PV3056/3

Total Repeats: 805

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022439	GAAGG	2	10	1878	1887	40 %	0 %	60 %	0 %	545630756
2	NC_022439	CAGGG	2	10	5223	5232	20 %	0 %	60 %	20 %	545630758
3	NC_022439	TTTAA	2	10	6532	6541	40 %	60 %	0 %	0 %	545630759
4	NC_022439	GTTTT	2	10	7348	7357	0 %	80 %	20 %	0 %	545630760
5	NC_022439	TTTTA	2	10	7537	7546	20 %	80 %	0 %	0 %	545630760
6	NC_022439	CTTTT	2	10	7755	7764	0 %	80 %	0 %	20 %	545630761
7	NC_022439	AAAGA	2	10	7910	7919	80 %	0 %	20 %	0 %	545630761
8	NC_022439	GAAAA	2	10	7988	7997	80 %	0 %	20 %	0 %	545630761
9	NC_022439	AAGAT	2	10	8764	8773	60 %	20 %	20 %	0 %	545630761
10	NC_022439	TTGAG	2	10	8805	8814	20 %	40 %	40 %	0 %	545630761
11	NC_022439	AAGGA	2	10	8866	8875	60 %	0 %	40 %	0 %	545630761
12	NC_022439	GAGAG	2	10	9264	9273	40 %	0 %	60 %	0 %	545630761
13	NC_022439	AAGAT	2	10	9727	9736	60 %	20 %	20 %	0 %	545630761
14	NC_022439	GGGAT	2	10	10542	10551	20 %	20 %	60 %	0 %	545630761
15	NC_022439	GAGAA	2	10	12523	12532	60 %	0 %	40 %	0 %	545630762
16	NC_022439	GAAGA	2	10	13137	13146	60 %	0 %	40 %	0 %	545630762
17	NC_022439	GGAAT	2	10	15329	15338	40 %	20 %	40 %	0 %	545630763
18	NC_022439	AGGGG	2	10	17784	17793	20 %	0 %	80 %	0 %	545630766
19	NC_022439	TCGGG	2	10	17965	17974	0 %	20 %	60 %	20 %	545630766
20	NC_022439	GTTGG	2	10	18769	18778	0 %	40 %	60 %	0 %	545630767
21	NC_022439	GATTG	2	10	18852	18861	20 %	40 %	40 %	0 %	545630767
22	NC_022439	AGTGC	2	10	21768	21777	20 %	20 %	40 %	20 %	545630769
23	NC_022439	CTTTT	2	10	24991	25000	0 %	80 %	0 %	20 %	545630770
24	NC_022439	GCAGA	2	10	26545	26554	40 %	0 %	40 %	20 %	545630771
25	NC_022439	GAGCA	2	10	30153	30162	40 %	0 %	40 %	20 %	545630774
26	NC_022439	AGACG	2	10	32184	32193	40 %	0 %	40 %	20 %	545630777
27	NC_022439	AAAGA	2	10	35603	35612	80 %	0 %	20 %	0 %	545630781
28	NC_022439	AATTC	2	10	38208	38217	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022439	GGAGC	2	10	39463	39472	20 %	0 %	60 %	20 %	545630784
30	NC_022439	CAAGC	2	10	39673	39682	40 %	0 %	20 %	40 %	545630784
31	NC_022439	GGTGA	2	10	41061	41070	20 %	20 %	60 %	0 %	545630784
32	NC_022439	AGAGC	2	10	42313	42322	40 %	0 %	40 %	20 %	545630787
33	NC_022439	CCTAT	2	10	43532	43541	20 %	40 %	0 %	40 %	545630789
34	NC_022439	GCGAT	2	10	44697	44706	20 %	20 %	40 %	20 %	545630790
35	NC_022439	AGATG	2	10	44932	44941	40 %	20 %	40 %	0 %	545630790
36	NC_022439	CTCCC	2	10	46786	46795	0 %	20 %	0 %	80 %	545630792
37	NC_022439	CCTTG	2	10	46952	46961	0 %	40 %	20 %	40 %	545630792
38	NC_022439	TTTGG	2	10	47481	47490	0 %	60 %	40 %	0 %	545630793
39	NC_022439	AGACA	2	10	50851	50860	60 %	0 %	20 %	20 %	545630794
40	NC_022439	GCAAG	2	10	51602	51611	40 %	0 %	40 %	20 %	545630795
41	NC_022439	AAGAT	2	10	51869	51878	60 %	20 %	20 %	0 %	545630795
42	NC_022439	TTTTG	2	10	53475	53484	0 %	80 %	20 %	0 %	545630797
43	NC_022439	AAACA	2	10	54690	54699	80 %	0 %	0 %	20 %	545630798
44	NC_022439	CTTGA	2	10	56468	56477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_022439	AGACA	2	10	57297	57306	60 %	0 %	20 %	20 %	545630801
46	NC_022439	CTTTT	2	10	58160	58169	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_022439	TGAAG	2	10	66357	66366	40 %	20 %	40 %	0 %	545630806
48	NC_022439	AAGGC	2	10	71663	71672	40 %	0 %	40 %	20 %	545630812
49	NC_022439	CATTA	2	10	74454	74463	40 %	40 %	0 %	20 %	545630814
50	NC_022439	GCTCT	2	10	74894	74903	0 %	40 %	20 %	40 %	545630815
51	NC_022439	AACGT	2	10	75342	75351	40 %	20 %	20 %	20 %	545630815
52	NC_022439	TCTTT	2	10	77524	77533	0 %	80 %	0 %	20 %	545630817
53	NC_022439	GATAC	2	10	78468	78477	40 %	20 %	20 %	20 %	545630818
54	NC_022439	GTTGT	2	10	80999	81008	0 %	60 %	40 %	0 %	545630820
55	NC_022439	TGTAG	2	10	81495	81504	20 %	40 %	40 %	0 %	545630820
56	NC_022439	CCTAA	2	10	83556	83565	40 %	20 %	0 %	40 %	545630823
57	NC_022439	CAGAG	2	10	85232	85241	40 %	0 %	40 %	20 %	545630825
58	NC_022439	CTTTT	2	10	86337	86346	0 %	80 %	0 %	20 %	545630826
59	NC_022439	AAAGA	2	10	86428	86437	80 %	0 %	20 %	0 %	545630826
60	NC_022439	TCTTT	2	10	86465	86474	0 %	80 %	0 %	20 %	545630826
61	NC_022439	TAAAA	2	10	88493	88502	80 %	20 %	0 %	0 %	545630826
62	NC_022439	TTTGC	2	10	88550	88559	0 %	60 %	20 %	20 %	545630826
63	NC_022439	GAAAA	2	10	89586	89595	80 %	0 %	20 %	0 %	545630827
64	NC_022439	AAGAG	2	10	89912	89921	60 %	0 %	40 %	0 %	545630827
65	NC_022439	CTGCT	2	10	89943	89952	0 %	40 %	20 %	40 %	545630827
66	NC_022439	CTGCA	2	10	92293	92302	20 %	20 %	20 %	40 %	545630828
67	NC_022439	CTTTT	2	10	93363	93372	0 %	80 %	0 %	20 %	545630829
68	NC_022439	CAATG	2	10	93573	93582	40 %	20 %	20 %	20 %	545630829
69	NC_022439	GCAAA	2	10	93924	93933	60 %	0 %	20 %	20 %	545630829
70	NC_022439	TACAA	2	10	94643	94652	60 %	20 %	0 %	20 %	545630830
71	NC_022439	GATTT	2	10	97553	97562	20 %	60 %	20 %	0 %	545630835
72	NC_022439	CTTTG	2	10	98952	98961	0 %	60 %	20 %	20 %	545630837
73	NC_022439	GGGCA	2	10	99096	99105	20 %	0 %	60 %	20 %	545630837
74	NC_022439	TCCTT	2	10	103996	104005	0 %	60 %	0 %	40 %	545630842
75	NC_022439	ATTTT	2	10	104401	104410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022439	CTTTT	2	10	104597	104606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_022439	CAAAG	2	10	104907	104916	60 %	0 %	20 %	20 %	545630843
78	NC_022439	AAGGG	2	10	105071	105080	40 %	0 %	60 %	0 %	545630843
79	NC_022439	TGTTA	2	10	108635	108644	20 %	60 %	20 %	0 %	545630850
80	NC_022439	TGCTT	2	10	113241	113250	0 %	60 %	20 %	20 %	545630861
81	NC_022439	GTAGG	2	10	113258	113267	20 %	20 %	60 %	0 %	545630861
82	NC_022439	TGAAA	2	10	114243	114252	60 %	20 %	20 %	0 %	545630861
83	NC_022439	TTTAC	2	10	115442	115451	20 %	60 %	0 %	20 %	545630864
84	NC_022439	AAAAG	2	10	116489	116498	80 %	0 %	20 %	0 %	545630864
85	NC_022439	AAGAG	2	10	119783	119792	60 %	0 %	40 %	0 %	545630868
86	NC_022439	AAGAG	2	10	119867	119876	60 %	0 %	40 %	0 %	545630868
87	NC_022439	GCTTC	2	10	124359	124368	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_022439	CTTGT	2	10	125849	125858	0 %	60 %	20 %	20 %	545630874
89	NC_022439	TAGGT	2	10	126090	126099	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022439	TATGT	2	10	127774	127783	20 %	60 %	20 %	0 %	545630876
91	NC_022439	CTTTT	2	10	129023	129032	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_022439	TTTGA	2	10	133734	133743	20 %	60 %	20 %	0 %	545630880
93	NC_022439	TACAG	2	10	134285	134294	40 %	20 %	20 %	20 %	545630880
94	NC_022439	GATGC	2	10	134640	134649	20 %	20 %	40 %	20 %	545630880
95	NC_022439	ACGAG	2	10	137248	137257	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_022439	TTGAT	2	10	138323	138332	20 %	60 %	20 %	0 %	545630885
97	NC_022439	AAGGA	2	10	139465	139474	60 %	0 %	40 %	0 %	545630887
98	NC_022439	AAAGA	2	10	141428	141437	80 %	0 %	20 %	0 %	545630888
99	NC_022439	GAATA	2	10	141475	141484	60 %	20 %	20 %	0 %	545630888
100	NC_022439	TTTTC	2	10	142236	142245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_022439	TTGTT	2	10	143278	143287	0 %	80 %	20 %	0 %	545630890
102	NC_022439	TCTCT	2	10	144361	144370	0 %	60 %	0 %	40 %	545630890
103	NC_022439	TGTTT	2	10	151770	151779	0 %	80 %	20 %	0 %	545630896
104	NC_022439	TTATT	2	10	151786	151795	20 %	80 %	0 %	0 %	545630896
105	NC_022439	GTTTT	2	10	151949	151958	0 %	80 %	20 %	0 %	545630896
106	NC_022439	TCTTT	2	10	153798	153807	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_022439	TAAAT	2	10	154173	154182	60 %	40 %	0 %	0 %	545630899
108	NC_022439	GCTTT	2	10	155095	155104	0 %	60 %	20 %	20 %	545630900
109	NC_022439	TGTGT	2	10	160555	160564	0 %	60 %	40 %	0 %	545630904
110	NC_022439	AAGAG	3	15	161382	161396	60 %	0 %	40 %	0 %	545630905
111	NC_022439	GATTT	2	10	162010	162019	20 %	60 %	20 %	0 %	545630905
112	NC_022439	GGTTG	2	10	165652	165661	0 %	40 %	60 %	0 %	545630911
113	NC_022439	GTTCG	2	10	166246	166255	0 %	40 %	40 %	20 %	545630911
114	NC_022439	TTTAC	2	10	166411	166420	20 %	60 %	0 %	20 %	545630912
115	NC_022439	CAGAA	2	10	169323	169332	60 %	0 %	20 %	20 %	545630916
116	NC_022439	AAAAT	2	10	172448	172457	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022439	ACGTT	2	10	173450	173459	20 %	40 %	20 %	20 %	545630918
118	NC_022439	GGAGA	2	10	175298	175307	40 %	0 %	60 %	0 %	545630919
119	NC_022439	GAGAG	2	10	175652	175661	40 %	0 %	60 %	0 %	545630919
120	NC_022439	AATTA	2	10	178999	179008	60 %	40 %	0 %	0 %	545630924
121	NC_022439	TTCTT	2	10	179340	179349	0 %	80 %	0 %	20 %	545630924
122	NC_022439	TCTTT	2	10	180266	180275	0 %	80 %	0 %	20 %	545630925
123	NC_022439	GCTGC	2	10	183076	183085	0 %	20 %	40 %	40 %	545630925
124	NC_022439	TACAG	2	10	183600	183609	40 %	20 %	20 %	20 %	545630925
125	NC_022439	TAGCT	2	10	185412	185421	20 %	40 %	20 %	20 %	545630926
126	NC_022439	TATTG	2	10	185601	185610	20 %	60 %	20 %	0 %	545630926
127	NC_022439	TTTAT	2	10	188890	188899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022439	AGAGG	2	10	190478	190487	40 %	0 %	60 %	0 %	545630930
129	NC_022439	TGGAT	2	10	190794	190803	20 %	40 %	40 %	0 %	545630930
130	NC_022439	AAGAA	2	10	191533	191542	80 %	0 %	20 %	0 %	545630931
131	NC_022439	TTTAG	2	10	191675	191684	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022439	GAAGA	2	10	192627	192636	60 %	0 %	40 %	0 %	545630933
133	NC_022439	AAAGT	2	10	193228	193237	60 %	20 %	20 %	0 %	545630933
134	NC_022439	TAAGA	2	10	196602	196611	60 %	20 %	20 %	0 %	545630935
135	NC_022439	CCTAA	2	10	197233	197242	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_022439	TAAAA	2	10	197294	197303	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022439	GTTGG	2	10	199254	199263	0 %	40 %	60 %	0 %	545630939
138	NC_022439	GTATT	2	10	201115	201124	20 %	60 %	20 %	0 %	545630940
139	NC_022439	AACGA	2	10	201633	201642	60 %	0 %	20 %	20 %	545630941
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142	NC_022439	TTTTG	2	10	204598	204607	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_022439	GCTTA	2	10	228433	228442	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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164	NC_022439	TTTAG	2	10	235111	235120	20 %	60 %	20 %	0 %	545630973
165	NC_022439	TTCCG	2	10	236566	236575	0 %	40 %	20 %	40 %	545630973
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168	NC_022439	TAACA	2	10	241582	241591	60 %	20 %	0 %	20 %	545630977
169	NC_022439	CGCTG	2	10	243450	243459	0 %	20 %	40 %	40 %	545630980
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171	NC_022439	GCGTA	2	10	245105	245114	20 %	20 %	40 %	20 %	545630984
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176	NC_022439	AGCAG	2	10	253742	253751	40 %	0 %	40 %	20 %	545630990
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179	NC_022439	TAATG	2	10	256798	256807	40 %	40 %	20 %	0 %	545630993
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198	NC_022439	TTTGT	2	10	281186	281195	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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237	NC_022439	GTAGG	2	10	339376	339385	20 %	20 %	60 %	0 %	545631043
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243	NC_022439	GATTT	2	10	346610	346619	20 %	60 %	20 %	0 %	545631050
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248	NC_022439	TCTTT	2	10	352697	352706	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
249	NC_022439	AGGGA	2	10	352748	352757	40 %	0 %	60 %	0 %	545631055
250	NC_022439	CTCAC	2	10	353064	353073	20 %	20 %	0 %	60 %	545631055
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252	NC_022439	TGTTT	2	10	354555	354564	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
253	NC_022439	TTTTG	2	10	357421	357430	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
254	NC_022439	TAGGA	2	10	357691	357700	40 %	20 %	40 %	0 %	545631058
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258	NC_022439	GAAGA	2	10	363583	363592	60 %	0 %	40 %	0 %	545631063
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265	NC_022439	ATTTA	2	10	372324	372333	40 %	60 %	0 %	0 %	545631072
266	NC_022439	TATTT	2	10	372536	372545	20 %	80 %	0 %	0 %	545631073
267	NC_022439	TACAA	2	10	373706	373715	60 %	20 %	0 %	20 %	545631074
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387	NC_022439	TTTGT	2	10	503109	503118	0 %	80 %	20 %	0 %	545631193
388	NC_022439	GTTAT	2	10	505640	505649	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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391	NC_022439	TGCAA	2	10	509571	509580	40 %	20 %	20 %	20 %	545631197
392	NC_022439	TTTGC	2	10	511019	511028	0 %	60 %	20 %	20 %	545631198
393	NC_022439	CTTTC	2	10	511422	511431	0 %	60 %	0 %	40 %	545631198
394	NC_022439	TGTTC	2	10	513242	513251	0 %	60 %	20 %	20 %	545631200
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396	NC_022439	AAGAA	2	10	518885	518894	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
397	NC_022439	GATAA	2	10	519645	519654	60 %	20 %	20 %	0 %	545631206
398	NC_022439	GGAAG	2	10	520301	520310	40 %	0 %	60 %	0 %	545631206
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