MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia pecorum PV3056/3

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022439	AATC	2	8	5383	5390	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_022439	AAAG	2	8	15462	15469	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022439	TAAA	2	8	16573	16580	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022439	TCTT	2	8	21291	21298	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_022439	ATAC	2	8	23348	23355	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_022439	GTAT	2	8	23364	23371	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022439	TCTT	2	8	26152	26159	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_022439	TAGG	2	8	31335	31342	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022439	GTTT	2	8	33653	33660	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022439	GAGT	2	8	36900	36907	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022439	TTGT	2	8	37109	37116	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022439	TATT	2	8	38336	38343	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022439	AAAT	2	8	53147	53154	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022439	CTTT	2	8	67793	67800	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022439	TAGA	2	8	69539	69546	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022439	CTTC	2	8	75808	75815	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_022439	ATTT	2	8	75946	75953	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022439	TTTA	2	8	90809	90816	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022439	CGTG	2	8	91063	91070	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_022439	ATAC	2	8	94241	94248	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_022439	AAGA	2	8	103456	103463	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022439	TTCG	2	8	119917	119924	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022439	AGGA	2	8	120009	120016	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022439	TTCT	2	8	124486	124493	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022439	TTGT	2	8	126494	126501	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022439	GTTA	2	8	126561	126568	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022439	TGCA	2	8	127208	127215	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_022439	AGGA	2	8	138603	138610	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022439	TTTC	2	8	142290	142297	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_022439	AACA	2	8	151687	151694	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_022439	CCTT	2	8	157948	157955	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_022439	CTTT	2	8	157960	157967	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_022439	TAAA	2	8	178980	178987	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022439	GAAG	2	8	180116	180123	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022439	ACTT	2	8	189008	189015	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_022439	TCTT	2	8	189641	189648	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_022439	TCTA	3	12	189677	189688	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_022439	ACTA	2	8	192346	192353	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022439	GATA	2	8	192357	192364	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022439	TGAA	2	8	196862	196869	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022439	AAAT	2	8	207977	207984	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022439	TTTG	2	8	208220	208227	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022439	AGAA	2	8	216418	216425	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022439	GGGA	2	8	216454	216461	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022439	TAAG	2	8	220151	220158	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022439	AAAG	2	8	222658	222665	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022439	TCTG	2	8	227264	227271	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022439	ATCT	2	8	227317	227324	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_022439	TTTA	2	8	229735	229742	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022439	AGGA	2	8	233836	233843	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022439	CTTT	2	8	234975	234982	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_022439	CCTT	2	8	243933	243940	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022439	GATT	2	8	254689	254696	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022439	CAAG	2	8	263298	263305	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022439	TCCA	2	8	265288	265295	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_022439	AAAG	2	8	270924	270931	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022439	TTTA	2	8	270987	270994	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022439	TTTG	2	8	279298	279305	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022439	AAAG	2	8	297122	297129	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022439	GCAA	2	8	298647	298654	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022439	TCCC	2	8	299039	299046	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
62	NC_022439	GTAT	2	8	299248	299255	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022439	TTTA	2	8	299982	299989	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022439	ACGA	2	8	308880	308887	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_022439	ATTT	2	8	314664	314671	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022439	GAAA	2	8	314692	314699	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022439	AATA	2	8	322573	322580	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022439	GAAT	2	8	327315	327322	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022439	AACA	2	8	327328	327335	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_022439	TCTT	2	8	334207	334214	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_022439	TAAA	2	8	334304	334311	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022439	TTTA	2	8	334319	334326	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022439	TAGA	2	8	343441	343448	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022439	TTCT	2	8	344355	344362	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_022439	TTTA	2	8	357106	357113	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022439	CAAT	2	8	358268	358275	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022439	AAGA	2	8	363011	363018	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022439	AGGT	2	8	373030	373037	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022439	GAAA	2	8	374934	374941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022439	TTTA	2	8	375658	375665	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022439	TATT	2	8	382810	382817	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022439	CTTT	2	8	382828	382835	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_022439	GTTT	2	8	400066	400073	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022439	AGAA	2	8	405699	405706	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022439	AATG	3	12	405845	405856	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022439	TTAG	2	8	413819	413826	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022439	TCTT	2	8	415746	415753	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_022439	CTTT	2	8	417685	417692	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_022439	TTTA	2	8	417736	417743	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022439	TACA	2	8	417790	417797	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_022439	GCAG	2	8	417912	417919	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_022439	AAAG	2	8	419382	419389	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022439	CTTT	2	8	423906	423913	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_022439	CAAG	2	8	425517	425524	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_022439	TAAA	2	8	425848	425855	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022439	GTAA	2	8	438096	438103	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022439	GAAA	2	8	448683	448690	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022439	CATG	2	8	448739	448746	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_022439	AACA	2	8	449296	449303	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_022439	TTCT	2	8	449332	449339	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022439	ATTA	2	8	450831	450838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022439	ATAA	2	8	450996	451003	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022439	GAGG	2	8	451004	451011	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022439	ATTC	2	8	454622	454629	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022439	AAAC	2	8	459187	459194	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022439	CTTT	2	8	459282	459289	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_022439	ATTT	2	8	459360	459367	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022439	TTGT	2	8	460675	460682	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022439	CTTT	2	8	462166	462173	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_022439	ACCC	2	8	464468	464475	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_022439	AATT	2	8	464501	464508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022439	AAGA	2	8	464526	464533	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022439	AATT	2	8	479041	479048	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022439	TAAA	2	8	479067	479074	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022439	TCAT	2	8	494162	494169	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_022439	TAAG	2	8	498477	498484	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022439	TTAT	2	8	500393	500400	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022439	TTTG	2	8	523197	523204	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022439	ATAG	2	8	526707	526714	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022439	TTAA	2	8	530078	530085	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022439	TTAA	2	8	535008	535015	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022439	TTTC	2	8	535159	535166	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_022439	ATTT	2	8	539234	539241	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022439	AGTG	2	8	558684	558691	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022439	AATT	2	8	561462	561469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022439	TAAA	2	8	568003	568010	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022439	CTAT	2	8	570611	570618	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022439	ATAA	2	8	578828	578835	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022439	ATTA	2	8	578858	578865	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022439	CTAC	2	8	579636	579643	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_022439	TCTT	2	8	579687	579694	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_022439	CTTT	2	8	580709	580716	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_022439	TTTC	2	8	580757	580764	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022439	TAAA	2	8	583716	583723	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022439	ACTA	2	8	587599	587606	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_022439	AGAA	2	8	588884	588891	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022439	TCTT	2	8	588941	588948	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_022439	AGGA	2	8	588996	589003	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022439	ACTT	2	8	589096	589103	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022439	TTAT	2	8	589633	589640	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022439	GGAT	2	8	590741	590748	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022439	CAAA	2	8	591299	591306	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_022439	ATCA	2	8	591399	591406	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_022439	AAAG	2	8	598302	598309	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022439	AAAT	2	8	598432	598439	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022439	AAGA	2	8	598451	598458	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022439	TAAC	2	8	598548	598555	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_022439	TAAT	2	8	598937	598944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022439	TTAA	2	8	600369	600376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_022439	TAAA	2	8	600846	600853	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.