MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bovismorbificans str. 3114 plasmid pVIRBov complete sequence

Total Repeats: 65

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022248	CCCGT	2	10	693	702	0 %	20 %	20 %	60 %	538397726
2	NC_022248	GTAAA	2	10	1170	1179	60 %	20 %	20 %	0 %	538397726
3	NC_022248	TCAAC	2	10	1686	1695	40 %	20 %	0 %	40 %	538397727
4	NC_022248	GTTCA	2	10	2653	2662	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022248	CTGAC	2	10	3991	4000	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_022248	TAATA	2	10	5802	5811	60 %	40 %	0 %	0 %	538397729
7	NC_022248	ACTCA	2	10	6093	6102	40 %	20 %	0 %	40 %	538397729
8	NC_022248	ACCAG	2	10	6865	6874	40 %	0 %	20 %	40 %	538397730
9	NC_022248	ACGTC	2	10	12267	12276	20 %	20 %	20 %	40 %	538397736
10	NC_022248	AAGCG	2	10	14566	14575	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022248	AATCA	2	10	16218	16227	60 %	20 %	0 %	20 %	538397740
12	NC_022248	TGGAG	2	10	17213	17222	20 %	20 %	60 %	0 %	538397741
13	NC_022248	AAAAT	2	10	18252	18261	80 %	20 %	0 %	0 %	538397742
14	NC_022248	GCCAT	2	10	18411	18420	20 %	20 %	20 %	40 %	538397742
15	NC_022248	GTTAC	2	10	18740	18749	20 %	40 %	20 %	20 %	538397742
16	NC_022248	TGTCA	2	10	24606	24615	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022248	TTGCA	2	10	25669	25678	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022248	CGCAG	2	10	26192	26201	20 %	0 %	40 %	40 %	538397747
19	NC_022248	CGTCA	2	10	26371	26380	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_022248	TGACC	2	10	26604	26613	20 %	20 %	20 %	40 %	538397748
21	NC_022248	TATTT	2	10	27039	27048	20 %	80 %	0 %	0 %	538397749
22	NC_022248	GCCCG	2	10	28111	28120	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
23	NC_022248	GAAAG	2	10	28738	28747	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022248	GAACG	2	10	30269	30278	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022248	TGACC	2	10	30505	30514	20 %	20 %	20 %	40 %	538397750
26	NC_022248	AATAA	2	10	31484	31493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022248	GTTCA	2	10	32082	32091	20 %	40 %	20 %	20 %	538397751
28	NC_022248	TACCG	2	10	35182	35191	20 %	20 %	20 %	40 %	538397755
29	NC_022248	TGAAG	2	10	35491	35500	40 %	20 %	40 %	0 %	538397755
30	NC_022248	GGAGC	2	10	35708	35717	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_022248	AACAT	2	10	35752	35761	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022248	TGTGG	2	10	35820	35829	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022248	GACGA	2	10	39032	39041	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022248	TCCAG	2	10	39738	39747	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022248	CGCTG	2	10	44160	44169	0 %	20 %	40 %	40 %	538397760
36	NC_022248	TTTCG	2	10	44377	44386	0 %	60 %	20 %	20 %	538397760
37	NC_022248	TCCGG	2	10	45600	45609	0 %	20 %	40 %	40 %	538397760
38	NC_022248	CGCGC	2	10	45749	45758	0 %	0 %	40 %	60 %	538397760
39	NC_022248	CCCGG	2	10	46249	46258	0 %	0 %	40 %	60 %	538397760
40	NC_022248	CAGGT	2	10	48615	48624	20 %	20 %	40 %	20 %	538397762
41	NC_022248	TCTTT	2	10	52570	52579	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_022248	CTGCG	2	10	53443	53452	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_022248	CCCAG	2	10	55042	55051	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_022248	TTCGC	2	10	65518	65527	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_022248	CCGGA	2	10	68726	68735	20 %	0 %	40 %	40 %	538397771
46	NC_022248	GGTCA	2	10	69591	69600	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_022248	ATTTT	2	10	70509	70518	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022248	AATGT	2	10	71169	71178	40 %	40 %	20 %	0 %	538397772
49	NC_022248	ATTTA	2	10	73121	73130	40 %	60 %	0 %	0 %	538397775
50	NC_022248	TTATT	2	10	73982	73991	20 %	80 %	0 %	0 %	538397776
51	NC_022248	ATTTT	2	10	75460	75469	20 %	80 %	0 %	0 %	538397778
52	NC_022248	CGGGG	2	10	76365	76374	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022248	AGTTC	2	10	76404	76413	20 %	40 %	20 %	20 %	538397781
54	NC_022248	CGCGC	2	10	77532	77541	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_022248	CCCGT	2	10	79080	79089	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_022248	GCTTA	2	10	83178	83187	20 %	40 %	20 %	20 %	538397783
57	NC_022248	CGTCC	2	10	85582	85591	0 %	20 %	20 %	60 %	538397784
58	NC_022248	TGTGC	2	10	86884	86893	0 %	40 %	40 %	20 %	538397785
59	NC_022248	TTATA	2	10	87515	87524	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022248	CCAGA	2	10	88421	88430	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_022248	CATTA	2	10	89664	89673	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_022248	CCGGA	2	10	89954	89963	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_022248	AACAG	2	10	90107	90116	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_022248	CTGCG	2	10	91031	91040	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_022248	AAAAT	2	10	92232	92241	80 %	20 %	0 %	0 %	538397787

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.