MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bovismorbificans str. 3114 plasmid pVIRBov complete sequence

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022248	CGGT	2	8	123	130	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_022248	TTCG	2	8	1520	1527	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022248	ACAA	2	8	2390	2397	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_022248	TTAT	2	8	2477	2484	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022248	TTCT	2	8	2495	2502	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_022248	ATAA	2	8	3267	3274	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022248	TTAT	2	8	3375	3382	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022248	CCGA	2	8	3963	3970	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_022248	GCGG	2	8	8104	8111	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022248	TCTG	2	8	8164	8171	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_022248	CCAT	2	8	8385	8392	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022248	CTTA	2	8	8516	8523	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_022248	GTCA	2	8	9103	9110	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_022248	GCTG	2	8	9165	9172	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022248	CAGG	2	8	10287	10294	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_022248	TCGC	2	8	10428	10435	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_022248	CAGC	2	8	10485	10492	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_022248	CTGC	2	8	10693	10700	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_022248	AGAA	2	8	14740	14747	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022248	GAGC	2	8	15018	15025	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_022248	ATTA	2	8	16527	16534	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022248	TCCA	2	8	20125	20132	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_022248	AGAA	2	8	20405	20412	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022248	CTGC	2	8	20827	20834	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_022248	GATG	2	8	22506	22513	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022248	GTCT	2	8	23475	23482	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022248	CAGT	2	8	23656	23663	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_022248	GCCA	2	8	24178	24185	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_022248	TTTA	2	8	24531	24538	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022248	GTGA	2	8	24595	24602	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022248	TATT	2	8	25621	25628	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022248	TTGT	2	8	25779	25786	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022248	TTTG	2	8	25787	25794	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022248	AAAC	2	8	25830	25837	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_022248	GTTT	2	8	25863	25870	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022248	AGCC	2	8	26419	26426	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_022248	CCGG	2	8	27395	27402	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_022248	GACG	2	8	29444	29451	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022248	ACCA	2	8	29778	29785	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_022248	AGAA	2	8	30360	30367	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022248	ACTG	2	8	31002	31009	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_022248	TCCA	2	8	31283	31290	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_022248	CTGG	2	8	31300	31307	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_022248	AGGG	2	8	31325	31332	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022248	ATTT	2	8	32521	32528	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022248	TTTA	2	8	33424	33431	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022248	TTCA	2	8	33954	33961	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022248	GACC	2	8	34403	34410	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_022248	TGTA	2	8	34837	34844	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022248	CCGG	2	8	35885	35892	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_022248	GGGA	2	8	35934	35941	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022248	CAGA	2	8	36069	36076	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_022248	TCCG	2	8	36229	36236	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_022248	ATTT	2	8	36685	36692	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022248	GGGC	2	8	37510	37517	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
56	NC_022248	TTAT	3	12	37557	37568	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022248	TCGG	2	8	38309	38316	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022248	GGTA	2	8	38352	38359	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022248	CGAA	3	12	38581	38592	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_022248	GTCA	2	8	38746	38753	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022248	CTGC	2	8	38757	38764	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_022248	GCCA	2	8	38986	38993	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_022248	ACTT	2	8	39384	39391	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_022248	GCCA	2	8	39793	39800	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_022248	ACGG	2	8	39910	39917	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_022248	GACC	2	8	50440	50447	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_022248	TATT	2	8	52500	52507	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022248	CCCT	2	8	53269	53276	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
69	NC_022248	ACTG	2	8	53542	53549	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_022248	CTGC	2	8	53602	53609	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_022248	ATAC	2	8	54139	54146	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_022248	CTGG	2	8	54413	54420	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_022248	CTGG	2	8	54425	54432	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_022248	TCAT	2	8	55379	55386	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_022248	CGGT	2	8	55796	55803	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_022248	GGCA	2	8	55810	55817	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022248	GCCC	2	8	56001	56008	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
78	NC_022248	ATCC	2	8	56630	56637	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_022248	ACGC	2	8	57203	57210	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_022248	TTAT	2	8	57533	57540	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022248	CAGA	2	8	58899	58906	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_022248	GCAG	2	8	59297	59304	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_022248	TTCC	2	8	59453	59460	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_022248	CCAC	2	8	59543	59550	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_022248	CCTT	2	8	60102	60109	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_022248	TCCT	2	8	60869	60876	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_022248	CCTG	2	8	60943	60950	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_022248	ATAA	2	8	61553	61560	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022248	TCCA	2	8	61643	61650	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_022248	ACAG	2	8	62041	62048	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_022248	GTCC	2	8	62323	62330	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_022248	CGTC	2	8	62559	62566	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022248	AGGG	2	8	64540	64547	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022248	GCCC	2	8	65004	65011	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
95	NC_022248	CTTC	2	8	65195	65202	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_022248	GGCA	2	8	65236	65243	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_022248	ACGG	2	8	65455	65462	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022248	CCTG	2	8	65732	65739	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_022248	TTCC	2	8	66032	66039	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_022248	GCTG	2	8	66164	66171	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022248	TCAT	2	8	66301	66308	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_022248	ACAG	2	8	66527	66534	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_022248	GGAA	2	8	66606	66613	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022248	ATTC	2	8	66800	66807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022248	CTGA	2	8	67672	67679	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022248	TTAA	2	8	67688	67695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022248	ACGG	2	8	67713	67720	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_022248	GTTC	2	8	68135	68142	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022248	CAGA	2	8	68250	68257	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_022248	CCCT	2	8	68967	68974	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_022248	GTAC	2	8	69529	69536	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_022248	AGGG	2	8	69745	69752	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022248	AGGC	2	8	69953	69960	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_022248	CCAG	2	8	70322	70329	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_022248	GCTG	2	8	70438	70445	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_022248	CAGA	2	8	70576	70583	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_022248	GGCA	2	8	70634	70641	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_022248	CGGA	2	8	70788	70795	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022248	TGTT	3	12	72569	72580	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022248	AACA	2	8	72762	72769	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022248	TTTA	2	8	73616	73623	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022248	TAAA	2	8	74262	74269	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022248	ACTG	2	8	75021	75028	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_022248	AGCT	2	8	76295	76302	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_022248	AGCG	2	8	77642	77649	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_022248	CCAC	2	8	78478	78485	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
127	NC_022248	CAGC	2	8	78781	78788	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_022248	AGCC	2	8	78806	78813	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_022248	GCCG	2	8	79465	79472	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_022248	GAAA	2	8	79564	79571	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022248	CGTT	2	8	80178	80185	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_022248	GACC	2	8	80219	80226	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_022248	AACG	2	8	80312	80319	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022248	GGCA	2	8	80594	80601	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022248	AGGC	2	8	80828	80835	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_022248	ATTT	2	8	80879	80886	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022248	GAGC	2	8	80910	80917	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_022248	TTGA	2	8	81643	81650	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022248	GTCA	2	8	82060	82067	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022248	AAAT	2	8	83391	83398	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022248	GCAA	2	8	83623	83630	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_022248	GCTG	2	8	84157	84164	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_022248	GGCA	2	8	84188	84195	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_022248	GCAG	2	8	84404	84411	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_022248	CTGA	2	8	84657	84664	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022248	GCCA	3	12	84762	84773	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_022248	CCGG	2	8	84926	84933	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
148	NC_022248	GCCA	2	8	85170	85177	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_022248	CCTG	2	8	85225	85232	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_022248	CCAG	2	8	85722	85729	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
151	NC_022248	CTGA	2	8	85880	85887	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_022248	TCTG	2	8	86168	86175	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
153	NC_022248	CAGC	2	8	86205	86212	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
154	NC_022248	GGCT	2	8	86275	86282	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NC_022248	CAAA	2	8	87527	87534	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
156	NC_022248	ACTA	2	8	87546	87553	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
157	NC_022248	ACAA	2	8	87554	87561	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
158	NC_022248	CGGG	2	8	87645	87652	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
159	NC_022248	AGAC	2	8	87737	87744	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
160	NC_022248	CAGG	2	8	88020	88027	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
161	NC_022248	ACAG	2	8	88208	88215	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
162	NC_022248	AAAT	2	8	88290	88297	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_022248	GGAA	2	8	90252	90259	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
164	NC_022248	CGCC	2	8	90326	90333	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
165	NC_022248	AAAT	2	8	90654	90661	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_022248	GGCA	2	8	91197	91204	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
168	NC_022248	CTGG	2	8	91401	91408	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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170	NC_022248	ATGT	2	8	91597	91604	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
171	NC_022248	CTGA	2	8	91954	91961	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.