MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus B4 chromosome 1

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022247	CGGCCT	2	12	7261	7272	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_022247	GCCCGT	2	12	44860	44871	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_022247	TTTTTG	2	12	57224	57235	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022247	CCTTCC	2	12	98142	98153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_022247	GGCGCA	2	12	100014	100025	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_022247	CGCATT	2	12	185257	185268	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_022247	GGATGG	2	12	190081	190092	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022247	CTGTTG	2	12	235557	235568	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_022247	GCGCTC	2	12	340282	340293	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_022247	CCCTCT	2	12	347332	347343	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_022247	GCCGGA	2	12	347727	347738	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_022247	GGGTTG	2	12	438605	438616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022247	TTGCCC	2	12	503971	503982	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_022247	AGGGCG	2	12	523676	523687	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_022247	CGGCCG	2	12	621295	621306	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_022247	ACGGAA	2	12	647653	647664	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_022247	GAAGGA	2	12	659042	659053	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022247	GCGGGG	2	12	707394	707405	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_022247	GTGGGT	2	12	757349	757360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022247	TCCTAC	2	12	783237	783248	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_022247	CCAGAT	2	12	784108	784119	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_022247	GCCTTC	2	12	790417	790428	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_022247	CCTGGC	2	12	792042	792053	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_022247	GTCAAG	2	12	833227	833238	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_022247	TGCGGC	2	12	840429	840440	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_022247	GAGCTC	2	12	842133	842144	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_022247	GCATCG	2	12	842317	842328	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_022247	ACCTCG	2	12	842377	842388	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_022247	CATGTG	2	12	859886	859897	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_022247	GCGGCT	2	12	861547	861558	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_022247	CGGCCG	2	12	879891	879902	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_022247	CGCAAA	2	12	919717	919728	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_022247	TGTATC	2	12	981823	981834	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_022247	TCCTAC	2	12	989132	989143	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_022247	AAGCAG	2	12	989486	989497	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_022247	GCGCCG	2	12	1045942	1045953	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_022247	TTTCCG	2	12	1054682	1054693	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_022247	GCCCCG	2	12	1139855	1139866	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_022247	CGAGGC	2	12	1175023	1175034	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_022247	TTGCGG	2	12	1187995	1188006	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_022247	GGGCGC	2	12	1231598	1231609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_022247	CCCGGG	2	12	1254271	1254282	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_022247	AACGAA	2	12	1338547	1338558	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_022247	TTCACC	2	12	1433888	1433899	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_022247	CTTGGC	2	12	1487623	1487634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_022247	CGCCAG	2	12	1487725	1487736	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_022247	AGCACC	2	12	1487882	1487893	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_022247	GCAAAT	2	12	1508599	1508610	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_022247	CGGGTG	2	12	1557104	1557115	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_022247	GCGGGG	2	12	1576110	1576121	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_022247	GAGGAT	2	12	1759830	1759841	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022247	CCGACA	2	12	1778625	1778636	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022247	GAAAAC	2	12	1842409	1842420	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_022247	GCGGCT	2	12	1855634	1855645	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_022247	CTTCGT	2	12	1858756	1858767	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_022247	CAACTG	2	12	1859461	1859472	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_022247	GCCCAA	2	12	1862365	1862376	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_022247	CGCAGC	2	12	1915451	1915462	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_022247	ATTTGA	2	12	1961121	1961132	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022247	AATGAT	2	12	2022386	2022397	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022247	CAACGA	2	12	2029401	2029412	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_022247	CGGGCA	2	12	2062689	2062700	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_022247	TGGTCT	2	12	2181247	2181258	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_022247	GCAACC	2	12	2223419	2223430	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_022247	CATGGG	2	12	2307003	2307014	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_022247	GTCAAA	2	12	2323763	2323774	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_022247	CGCGGG	2	12	2399027	2399038	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_022247	CCAGGC	2	12	2429670	2429681	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_022247	CAGCTT	2	12	2429863	2429874	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_022247	ACAGCC	2	12	2494696	2494707	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_022247	GCCTGT	2	12	2564950	2564961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_022247	GACAAG	2	12	2564975	2564986	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_022247	TGCCGC	2	12	2568125	2568136	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_022247	GTCTGT	2	12	2588154	2588165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_022247	ATGCAA	2	12	2598361	2598372	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_022247	GGTGGC	2	12	2715828	2715839	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_022247	TGGCGG	2	12	2724349	2724360	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_022247	CGGCAG	2	12	2777470	2777481	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_022247	CTTTTT	2	12	2783889	2783900	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_022247	CGGCAG	2	12	2814075	2814086	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_022247	CGGAAG	2	12	2827585	2827596	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_022247	GGAGAA	2	12	2868587	2868598	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022247	GCCGCG	2	12	2893878	2893889	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_022247	CCACCC	2	12	2908299	2908310	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
85	NC_022247	CCGGCC	2	12	2961419	2961430	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_022247	CGATTC	4	24	2996156	2996179	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_022247	TTTTCA	2	12	3001980	3001991	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_022247	CGAAGG	2	12	3081211	3081222	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_022247	CTGGAA	2	12	3269364	3269375	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_022247	CGAAGC	2	12	3294325	3294336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_022247	CGTCGC	2	12	3333980	3333991	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_022247	CGGTGC	2	12	3345676	3345687	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_022247	TGCCGG	2	12	3346033	3346044	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_022247	AGGCCG	2	12	3346749	3346760	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_022247	CCGGTT	2	12	3378608	3378619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_022247	GCGAAG	2	12	3394819	3394830	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_022247	ACCGCC	2	12	3401039	3401050	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_022247	CCCGCA	2	12	3415021	3415032	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_022247	CCCGCA	2	12	3422770	3422781	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_022247	TGGCGA	2	12	3446894	3446905	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_022247	GCGCGG	2	12	3451444	3451455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_022247	TAGAAG	2	12	3455368	3455379	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022247	CTGCCC	2	12	3537381	3537392	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_022247	TGAAAC	2	12	3539850	3539861	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_022247	CACGCC	2	12	3639959	3639970	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_022247	CACCGG	2	12	3639983	3639994	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_022247	TCTTGT	2	12	3686005	3686016	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_022247	GAGAAA	2	12	3736490	3736501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022247	AAAAAG	2	12	3764956	3764967	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022247	ACCGCC	2	12	3783173	3783184	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_022247	GCGCCA	2	12	3783221	3783232	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_022247	CCGGCG	2	12	3784019	3784030	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_022247	ACAATG	2	12	3799522	3799533	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_022247	TTTTTG	2	12	3835738	3835749	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022247	CCGGCG	2	12	3968376	3968387	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_022247	TGCCTG	2	12	3971732	3971743	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_022247	ACATGA	2	12	4110663	4110674	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_022247	AATGAT	2	12	4114476	4114487	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022247	GGAAGG	2	12	4141131	4141142	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022247	AGGCCC	2	12	4185948	4185959	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_022247	TGCAAC	2	12	4221380	4221391	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_022247	CGAGAG	2	12	4280957	4280968	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_022247	AGTAGG	2	12	4292884	4292895	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022247	ACAAGG	2	12	4306100	4306111	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_022247	CCGCTT	2	12	4365889	4365900	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
126	NC_022247	CATATG	2	12	4449271	4449282	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_022247	CCTTCC	2	12	4450202	4450213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_022247	GGAAGG	2	12	4466610	4466621	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022247	GGTGCT	2	12	4655509	4655520	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_022247	GCGCCA	2	12	4655580	4655591	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_022247	AGGCCA	2	12	4655766	4655777	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_022247	GGTGCT	2	12	4681188	4681199	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_022247	GCGCCA	2	12	4681259	4681270	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_022247	AGGCCA	2	12	4681445	4681456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_022247	CTCTGT	2	12	4694548	4694559	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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139	NC_022247	GTTGAG	2	12	4849115	4849126	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022247	CGCCCC	2	12	4908481	4908492	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
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158	NC_022247	CAGCGG	2	12	5401582	5401593	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_022247	AGGGAG	3	18	5446661	5446678	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_022247	CGCGAG	2	12	5496892	5496903	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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165	NC_022247	GCCTTT	2	12	5655908	5655919	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_022247	GCATCC	2	12	5655972	5655983	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.