MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus B4 chromosome 1

Total Repeats: 427

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022247	AAGAG	2	10	1551	1560	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022247	GCGCT	2	10	11547	11556	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_022247	GACGG	2	10	13755	13764	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022247	CTTCG	2	10	43531	43540	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_022247	GCGCA	2	10	45050	45059	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_022247	GCCGG	2	10	47733	47742	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_022247	CGCGG	2	10	79676	79685	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
8	NC_022247	GGCGC	2	10	82289	82298	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_022247	CGTGC	2	10	82333	82342	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_022247	GGGAG	2	10	90073	90082	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022247	CTTTT	2	10	104699	104708	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_022247	GCCGC	2	10	115911	115920	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_022247	CTTTG	2	10	157188	157197	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_022247	CGCGG	2	10	157259	157268	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_022247	CCGCA	2	10	228693	228702	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_022247	AACCC	2	10	234263	234272	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_022247	TGCGG	2	10	298089	298098	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022247	AAGCG	2	10	300119	300128	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022247	AAGAG	2	10	300196	300205	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022247	GTTTG	2	10	348113	348122	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022247	GCAGG	2	10	348635	348644	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022247	CGGTG	2	10	349689	349698	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022247	CCTTC	2	10	400298	400307	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_022247	CATGC	2	10	406161	406170	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_022247	ATCCG	2	10	411643	411652	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_022247	GTGAT	2	10	435829	435838	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022247	AAAGC	2	10	439846	439855	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022247	GCGCC	2	10	442383	442392	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_022247	GCATT	2	10	443441	443450	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022247	CGGCA	2	10	443578	443587	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022247	GCACC	2	10	446769	446778	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_022247	CGCAG	2	10	450991	451000	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_022247	CATTT	2	10	453373	453382	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022247	TTTCC	2	10	498087	498096	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022247	ACTGA	2	10	498273	498282	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022247	GCCGG	2	10	498778	498787	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_022247	GAGGG	2	10	517917	517926	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022247	CGGTC	2	10	525844	525853	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_022247	CGGCG	2	10	527344	527353	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_022247	CATCG	2	10	548122	548131	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_022247	GAAAA	2	10	570912	570921	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022247	GCCCC	2	10	587802	587811	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
43	NC_022247	CGGCG	2	10	600494	600503	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_022247	GGCAC	2	10	621333	621342	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_022247	ATCTG	2	10	625578	625587	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_022247	GCGAA	2	10	630347	630356	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_022247	GTGGC	2	10	638733	638742	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_022247	GCGCG	2	10	658935	658944	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_022247	GGATG	2	10	706301	706310	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022247	CCGCG	2	10	706393	706402	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_022247	GCGCC	2	10	708483	708492	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
52	NC_022247	GCTGC	2	10	709156	709165	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_022247	GTCTC	2	10	719206	719215	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_022247	GCGAC	2	10	722563	722572	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_022247	CTGGT	2	10	722812	722821	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_022247	CGGCA	2	10	723849	723858	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_022247	GAAAT	2	10	740339	740348	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022247	CGGTT	2	10	747693	747702	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022247	CGAAG	2	10	757062	757071	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022247	ACCCG	2	10	765753	765762	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_022247	TTGAT	2	10	773840	773849	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022247	ACCAA	2	10	773899	773908	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_022247	CTTTT	2	10	780282	780291	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_022247	CGTGC	2	10	782978	782987	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_022247	GGCAC	2	10	787086	787095	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_022247	ATTGA	2	10	800891	800900	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022247	GCATG	2	10	826221	826230	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022247	AAGGC	2	10	840851	840860	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_022247	AGGCC	2	10	860972	860981	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_022247	TGCGG	2	10	860982	860991	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022247	GGCCG	2	10	861277	861286	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_022247	GCGCT	2	10	861336	861345	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_022247	CAGTT	2	10	861870	861879	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022247	GTGAG	2	10	885433	885442	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022247	AACCC	2	10	888583	888592	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_022247	GACAC	2	10	894365	894374	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_022247	CTGAT	2	10	910435	910444	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_022247	GGGGA	2	10	919663	919672	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022247	GTGTT	2	10	936077	936086	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022247	CGGCG	2	10	942341	942350	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_022247	GCGAA	2	10	971350	971359	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022247	GGCGC	2	10	979034	979043	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
83	NC_022247	CGGGC	2	10	980134	980143	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
84	NC_022247	GCCGC	2	10	1005822	1005831	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_022247	CCGGC	2	10	1005871	1005880	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_022247	TTCGC	2	10	1010560	1010569	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_022247	AACGC	2	10	1010614	1010623	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_022247	GGCCG	2	10	1020355	1020364	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_022247	GTGAG	2	10	1024751	1024760	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022247	GGCAA	2	10	1080515	1080524	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022247	GCTCC	2	10	1098005	1098014	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_022247	GCGCT	2	10	1117657	1117666	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_022247	GTTTC	2	10	1118855	1118864	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022247	CGTGG	2	10	1166952	1166961	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_022247	GCCTG	2	10	1166982	1166991	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_022247	AATTG	2	10	1173850	1173859	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022247	CCAGC	2	10	1174440	1174449	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_022247	GTGCG	2	10	1174555	1174564	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_022247	GGCGC	2	10	1229032	1229041	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_022247	CGGCG	2	10	1232329	1232338	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_022247	GACTT	2	10	1232342	1232351	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_022247	GTGCC	2	10	1252927	1252936	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_022247	GGGTC	2	10	1254679	1254688	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_022247	GTTGC	2	10	1255256	1255265	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_022247	CGTTG	2	10	1287840	1287849	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_022247	GCGAA	2	10	1287889	1287898	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_022247	TTTTG	2	10	1292329	1292338	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022247	GCGCC	2	10	1296222	1296231	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
109	NC_022247	AGCGC	2	10	1319112	1319121	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_022247	GCGCC	2	10	1330105	1330114	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
111	NC_022247	CGTCA	2	10	1332900	1332909	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_022247	GCGGG	2	10	1344264	1344273	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
113	NC_022247	GCGCC	2	10	1345243	1345252	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
114	NC_022247	GCAAG	2	10	1349677	1349686	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_022247	GCTTT	2	10	1367891	1367900	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_022247	TTCGC	2	10	1404040	1404049	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_022247	CACCC	2	10	1404090	1404099	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
118	NC_022247	GTCAG	2	10	1417742	1417751	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_022247	GGCCG	2	10	1445406	1445415	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_022247	GGGGT	2	10	1445452	1445461	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022247	TTCGC	2	10	1452979	1452988	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_022247	AGGCA	2	10	1485823	1485832	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_022247	CCATG	2	10	1486934	1486943	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_022247	TTGGC	2	10	1487232	1487241	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_022247	CCCCA	2	10	1495785	1495794	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
126	NC_022247	GCAAA	2	10	1502217	1502226	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_022247	GCCGC	2	10	1513583	1513592	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
128	NC_022247	TATTT	2	10	1523605	1523614	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022247	CGCGC	2	10	1555247	1555256	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
130	NC_022247	GGCGC	2	10	1557043	1557052	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131	NC_022247	GCCGC	2	10	1557250	1557259	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
132	NC_022247	GGCAA	2	10	1557415	1557424	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_022247	GCAGG	2	10	1561104	1561113	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_022247	TGCGA	2	10	1619834	1619843	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_022247	GGGGC	3	15	1654215	1654229	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
136	NC_022247	GGCCG	2	10	1694811	1694820	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
137	NC_022247	GGCGG	2	10	1697878	1697887	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
138	NC_022247	GTAAT	2	10	1711496	1711505	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022247	CAACA	2	10	1729586	1729595	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_022247	GAAAG	2	10	1749875	1749884	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022247	CGGGC	2	10	1750107	1750116	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
142	NC_022247	GATGG	2	10	1759816	1759825	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022247	CCCGG	2	10	1761911	1761920	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
144	NC_022247	CGGGC	2	10	1776577	1776586	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_022247	CGTTT	2	10	1802427	1802436	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_022247	CGGCC	2	10	1803557	1803566	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
147	NC_022247	CGCAG	2	10	1842498	1842507	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_022247	TGGGC	2	10	1858007	1858016	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
149	NC_022247	GCCGC	2	10	1858717	1858726	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
150	NC_022247	CTTCT	2	10	1868707	1868716	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
151	NC_022247	CCTTT	2	10	1868728	1868737	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
152	NC_022247	TTGTC	2	10	1881333	1881342	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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154	NC_022247	ATTGA	2	10	1905020	1905029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_022247	TTCTT	2	10	1933910	1933919	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
156	NC_022247	TGCGC	2	10	1966080	1966089	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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158	NC_022247	GTGGC	2	10	1974523	1974532	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
159	NC_022247	GGTAC	2	10	1992523	1992532	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
160	NC_022247	GAATT	2	10	2014117	2014126	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_022247	TTGCC	2	10	2032653	2032662	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
162	NC_022247	CGTTG	2	10	2037887	2037896	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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164	NC_022247	GCGAA	2	10	2074330	2074339	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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169	NC_022247	AGGGC	2	10	2155115	2155124	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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178	NC_022247	GCGAA	2	10	2270311	2270320	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
179	NC_022247	GCCCG	2	10	2313436	2313445	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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181	NC_022247	GCAGG	2	10	2354752	2354761	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
182	NC_022247	CCGGG	2	10	2363251	2363260	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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187	NC_022247	TGCAG	2	10	2427166	2427175	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
188	NC_022247	ATGCG	2	10	2429450	2429459	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_022247	CATGG	2	10	2576659	2576668	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
192	NC_022247	AGCGG	2	10	2590924	2590933	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_022247	GCCCG	2	10	2599311	2599320	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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222	NC_022247	TGCGC	2	10	2953822	2953831	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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234	NC_022247	CCCAG	3	15	3135759	3135773	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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237	NC_022247	GCCCG	2	10	3172531	3172540	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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249	NC_022247	CGGCG	2	10	3425629	3425638	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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251	NC_022247	TGGAT	2	10	3425745	3425754	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_022247	CCTGG	2	10	3452482	3452491	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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264	NC_022247	CGTCG	2	10	3682926	3682935	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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267	NC_022247	GGTGA	2	10	3721505	3721514	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
268	NC_022247	TGCGA	2	10	3721542	3721551	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
269	NC_022247	GCAGA	2	10	3748386	3748395	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
270	NC_022247	AATTG	2	10	3754257	3754266	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
271	NC_022247	GGCCG	2	10	3772574	3772583	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
272	NC_022247	GCCCC	2	10	3783333	3783342	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
273	NC_022247	CGGAG	2	10	3792676	3792685	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
274	NC_022247	AGAGG	2	10	3792738	3792747	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
275	NC_022247	GCCGC	2	10	3840445	3840454	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
276	NC_022247	TCCCT	2	10	3855708	3855717	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
277	NC_022247	GCCGC	2	10	3867355	3867364	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
278	NC_022247	CGGCA	2	10	3912578	3912587	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
279	NC_022247	CCAGC	2	10	3939570	3939579	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
280	NC_022247	GAAGC	2	10	3964080	3964089	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
281	NC_022247	TGCCC	2	10	3964184	3964193	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
282	NC_022247	CGCAT	2	10	3985722	3985731	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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422	NC_022247	GGGGC	2	10	5633581	5633590	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
423	NC_022247	CAATC	2	10	5703797	5703806	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
424	NC_022247	GCGAA	2	10	5711934	5711943	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
425	NC_022247	ACACA	2	10	5740125	5740134	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
426	NC_022247	TGGCG	2	10	5761276	5761285	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
427	NC_022247	AGCCG	2	10	5794842	5794851	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.