MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus B4 chromosome 2

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022234	GGAAG	2	10	7807	7816	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022234	TGGTT	2	10	12419	12428	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022234	CGTGC	2	10	46202	46211	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_022234	CGCGC	2	10	48905	48914	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
5	NC_022234	TCATT	2	10	62579	62588	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022234	TGCAC	2	10	62756	62765	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_022234	GGATG	2	10	71986	71995	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022234	TGTCT	2	10	72284	72293	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022234	GACAC	2	10	74474	74483	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_022234	GCTTC	2	10	76006	76015	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_022234	AAGGC	2	10	83449	83458	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_022234	GTGTC	2	10	111470	111479	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_022234	GCCCC	2	10	134753	134762	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
14	NC_022234	CACGC	2	10	141735	141744	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_022234	AGCGA	2	10	153693	153702	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022234	ACGCC	2	10	172335	172344	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_022234	TGGCA	2	10	194388	194397	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022234	ATGCA	2	10	194399	194408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022234	AGGGT	2	10	201222	201231	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022234	CGTGC	2	10	239875	239884	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_022234	CGTGC	2	10	244441	244450	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_022234	TCGGA	2	10	249784	249793	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022234	TTCTC	2	10	250704	250713	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_022234	GCCGC	2	10	270983	270992	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
25	NC_022234	CCGGC	2	10	284672	284681	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_022234	AGGGC	2	10	286109	286118	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022234	ATGGC	2	10	286198	286207	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022234	ACTCC	2	10	293028	293037	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
29	NC_022234	AGCGC	2	10	313540	313549	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_022234	TGCGG	2	10	320526	320535	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_022234	GCCGG	2	10	337472	337481	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_022234	GGCCG	2	10	338007	338016	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_022234	CCTCG	2	10	362411	362420	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_022234	TCGGC	2	10	363167	363176	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022234	GTGGC	2	10	374162	374171	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022234	GGGCG	2	10	389087	389096	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022234	GCCTT	2	10	390019	390028	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_022234	GCAAT	2	10	402984	402993	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022234	CGTCG	2	10	412057	412066	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_022234	GAAAG	2	10	412234	412243	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022234	GCCGC	2	10	498268	498277	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_022234	GGGCG	2	10	527472	527481	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
43	NC_022234	ACTGG	2	10	528735	528744	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_022234	GAAAG	2	10	557145	557154	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022234	CGCTG	2	10	561464	561473	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_022234	GCCGT	2	10	562897	562906	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_022234	GCCGG	2	10	569074	569083	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
48	NC_022234	AGTTG	2	10	571019	571028	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022234	CGATG	2	10	571585	571594	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_022234	GCGCC	2	10	581414	581423	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_022234	CGGCG	2	10	611739	611748	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
52	NC_022234	CGGCC	2	10	646358	646367	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_022234	CGTCG	2	10	648531	648540	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_022234	GCGAT	2	10	648567	648576	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_022234	CTCGC	2	10	666338	666347	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_022234	CGGGG	2	10	666767	666776	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
57	NC_022234	GGGAC	2	10	667167	667176	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_022234	GCAAG	2	10	667485	667494	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022234	GCCGA	2	10	667788	667797	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_022234	CCTTG	2	10	668211	668220	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_022234	CATGT	2	10	679420	679429	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_022234	CGTGC	2	10	684643	684652	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_022234	GCCCG	2	10	698975	698984	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
64	NC_022234	GCGCG	2	10	698995	699004	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_022234	AATTG	2	10	700011	700020	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022234	CGGGC	2	10	717694	717703	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
67	NC_022234	GCGTC	2	10	732425	732434	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_022234	TACGT	2	10	732959	732968	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_022234	TCTTG	2	10	761180	761189	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_022234	AATCA	3	15	768981	768995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022234	CATGC	2	10	775939	775948	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_022234	GAAGA	2	10	838276	838285	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022234	TGTAC	2	10	849558	849567	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022234	CAGGC	2	10	853033	853042	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_022234	CCGGC	2	10	874594	874603	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
76	NC_022234	CGCTT	2	10	904824	904833	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_022234	CCATG	2	10	929238	929247	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_022234	TCCCC	2	10	929253	929262	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
79	NC_022234	CTACG	2	10	930732	930741	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_022234	GCCCC	2	10	932165	932174	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
81	NC_022234	TCCAG	2	10	953895	953904	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_022234	TGCCC	2	10	968578	968587	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_022234	AGAAC	2	10	976537	976546	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_022234	CAGTT	2	10	1003894	1003903	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022234	TCGCC	2	10	1015539	1015548	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_022234	GCCTC	2	10	1029088	1029097	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_022234	CGGGC	2	10	1042485	1042494	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
88	NC_022234	GCTGG	2	10	1053950	1053959	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_022234	CGGCG	2	10	1061929	1061938	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
90	NC_022234	GAAAG	2	10	1067803	1067812	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022234	AGTGG	2	10	1078578	1078587	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022234	GACGC	2	10	1122112	1122121	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_022234	GGCTG	2	10	1125318	1125327	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022234	GCCCT	2	10	1127341	1127350	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_022234	TGCGG	2	10	1151120	1151129	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_022234	ATGGC	2	10	1152080	1152089	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_022234	CTGCG	2	10	1154667	1154676	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_022234	GCCCG	2	10	1155084	1155093	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_022234	CTGCC	2	10	1155141	1155150	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
100	NC_022234	TGCCG	2	10	1155241	1155250	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_022234	AAAAT	2	10	1161560	1161569	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022234	ACCTA	2	10	1214081	1214090	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_022234	TCATT	2	10	1226542	1226551	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_022234	TAGAG	2	10	1237875	1237884	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022234	TCCAA	2	10	1237898	1237907	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_022234	TCGCT	2	10	1239250	1239259	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_022234	GCCCA	2	10	1241389	1241398	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_022234	GGCGG	2	10	1273105	1273114	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
109	NC_022234	TGGCG	2	10	1293635	1293644	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_022234	AGTCG	2	10	1294181	1294190	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_022234	TCTGA	2	10	1294587	1294596	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_022234	GGCAA	2	10	1300459	1300468	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_022234	GTGCG	2	10	1303389	1303398	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_022234	GGCCG	2	10	1305019	1305028	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_022234	CGGAA	2	10	1305149	1305158	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_022234	GCCTC	2	10	1324579	1324588	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_022234	TGCGA	2	10	1325568	1325577	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_022234	CGGGA	2	10	1327139	1327148	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_022234	ACGCG	2	10	1329458	1329467	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_022234	GCAGC	2	10	1329586	1329595	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_022234	ACGCG	2	10	1338616	1338625	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.