MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus B4 chromosome 2

Total Repeats: 423

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022234	GATC	2	8	2762	2769	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_022234	AGGC	2	8	2811	2818	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022234	TGCA	2	8	7730	7737	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_022234	CCGC	2	8	7747	7754	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
5	NC_022234	TCGC	2	8	7763	7770	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_022234	GCCG	2	8	7959	7966	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_022234	AAGA	2	8	21782	21789	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022234	CTGC	2	8	24847	24854	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_022234	TGAA	2	8	44545	44552	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022234	CTGG	2	8	45581	45588	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_022234	GCGG	2	8	46166	46173	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
12	NC_022234	GGGT	2	8	47860	47867	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022234	GGTT	3	12	48875	48886	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022234	AAAG	2	8	62356	62363	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022234	AATG	2	8	62508	62515	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022234	GTCG	2	8	62627	62634	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_022234	GATC	2	8	71975	71982	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_022234	CATG	2	8	72332	72339	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_022234	TCGC	2	8	72364	72371	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_022234	CTGT	2	8	76206	76213	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_022234	CGGT	2	8	77311	77318	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_022234	TTGA	2	8	79531	79538	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022234	AGCC	2	8	85260	85267	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_022234	CAGG	2	8	87385	87392	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022234	TCGC	2	8	87821	87828	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_022234	GTCC	2	8	87879	87886	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_022234	GGCG	2	8	88009	88016	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_022234	CGTG	2	8	96881	96888	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_022234	TCGC	2	8	97001	97008	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_022234	CGTT	2	8	98762	98769	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_022234	CTGC	2	8	98965	98972	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_022234	CTGC	2	8	115909	115916	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_022234	GGCC	2	8	119235	119242	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_022234	GCAA	2	8	123010	123017	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_022234	CTGC	2	8	123463	123470	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_022234	ACCC	2	8	128692	128699	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
37	NC_022234	GCCG	2	8	129753	129760	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_022234	TCCT	2	8	130185	130192	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_022234	GCCG	2	8	130833	130840	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
40	NC_022234	GCGG	2	8	132893	132900	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
41	NC_022234	GCAG	2	8	137434	137441	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_022234	CTGC	2	8	151827	151834	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_022234	GCAC	2	8	151844	151851	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_022234	GATG	2	8	157005	157012	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022234	GCCT	2	8	157039	157046	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_022234	CCTG	2	8	157061	157068	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_022234	GGAC	2	8	158026	158033	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022234	CCAA	2	8	158479	158486	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_022234	GCCA	2	8	158629	158636	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_022234	GCCA	2	8	158677	158684	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_022234	GGGT	2	8	158712	158719	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022234	CGGC	2	8	158727	158734	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022234	AAGC	2	8	160852	160859	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_022234	CCGT	2	8	170853	170860	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_022234	CGCT	2	8	171786	171793	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_022234	CTCG	2	8	172055	172062	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_022234	GGCA	2	8	172153	172160	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022234	GACA	2	8	174150	174157	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022234	CCCT	2	8	183377	183384	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
60	NC_022234	GCCG	2	8	185466	185473	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_022234	ACAG	2	8	196096	196103	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_022234	GCAT	2	8	196617	196624	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_022234	TCTT	2	8	199906	199913	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_022234	ACCC	2	8	200469	200476	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
65	NC_022234	TCGC	2	8	223418	223425	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_022234	CCCA	2	8	239153	239160	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
67	NC_022234	TGAA	2	8	242784	242791	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022234	CTGG	2	8	243820	243827	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_022234	GCGG	2	8	244405	244412	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
70	NC_022234	CGAT	2	8	248762	248769	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_022234	CTGG	2	8	249697	249704	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_022234	TCGC	2	8	249753	249760	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_022234	TGTA	2	8	250718	250725	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022234	TGGC	2	8	250726	250733	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_022234	CATT	2	8	252214	252221	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_022234	GTGC	2	8	255018	255025	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022234	GCGG	2	8	266918	266925	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
78	NC_022234	GAAA	2	8	269952	269959	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022234	TGCG	3	12	270783	270794	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_022234	GATG	2	8	271090	271097	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022234	TCCA	2	8	279217	279224	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_022234	AATA	2	8	286294	286301	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022234	AGCG	2	8	294200	294207	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_022234	AAAG	2	8	295831	295838	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022234	CTTT	2	8	302401	302408	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_022234	CAGG	2	8	302465	302472	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_022234	ACAA	2	8	302497	302504	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_022234	ATGG	2	8	303454	303461	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022234	CAAA	2	8	308826	308833	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_022234	GAAG	2	8	311622	311629	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022234	GCCG	2	8	317146	317153	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_022234	ATCG	2	8	320563	320570	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_022234	ACGA	2	8	320911	320918	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_022234	GCAC	2	8	335646	335653	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_022234	TCGC	2	8	335677	335684	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_022234	CAAT	2	8	343830	343837	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_022234	GCCG	2	8	349431	349438	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_022234	ACCC	2	8	349467	349474	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_022234	GCCC	2	8	362207	362214	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_022234	CTGA	2	8	362378	362385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022234	TGCT	2	8	362719	362726	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_022234	TGTC	2	8	369422	369429	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_022234	CGGC	2	8	374129	374136	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_022234	GAGG	2	8	374143	374150	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022234	CGGG	2	8	375367	375374	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022234	CCCG	2	8	375399	375406	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
107	NC_022234	TGGG	2	8	376338	376345	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022234	AGGA	2	8	386207	386214	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022234	GCCG	2	8	386299	386306	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_022234	AGCG	2	8	389980	389987	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_022234	CTCG	2	8	390010	390017	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_022234	GTGA	2	8	402030	402037	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022234	GCCA	2	8	402260	402267	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_022234	CCGG	2	8	402333	402340	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_022234	TGCG	2	8	411976	411983	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_022234	CGGA	2	8	412931	412938	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_022234	CGGC	2	8	421755	421762	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_022234	GTCC	2	8	421783	421790	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_022234	ATGG	2	8	421806	421813	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022234	TTTC	2	8	424497	424504	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022234	GACC	2	8	427829	427836	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_022234	GCCG	2	8	427871	427878	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_022234	GGCC	2	8	429936	429943	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_022234	GGGC	2	8	437976	437983	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
125	NC_022234	TGGG	2	8	463413	463420	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022234	GAAT	2	8	465388	465395	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022234	CTGG	2	8	465467	465474	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022234	GTTG	2	8	470319	470326	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022234	CCCG	2	8	471976	471983	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
130	NC_022234	ACCG	2	8	479235	479242	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_022234	CGGC	2	8	483695	483702	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_022234	CGGG	2	8	485236	485243	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
133	NC_022234	GGCA	2	8	485354	485361	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022234	CCCA	2	8	491824	491831	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
135	NC_022234	GGCC	2	8	494935	494942	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_022234	GGCG	2	8	494992	494999	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
137	NC_022234	TCGA	2	8	498304	498311	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_022234	ATGC	2	8	507634	507641	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_022234	GCGG	2	8	509759	509766	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022234	CATT	2	8	509842	509849	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_022234	ACCC	2	8	509999	510006	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
142	NC_022234	CGGC	2	8	510011	510018	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_022234	CAGG	2	8	510363	510370	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_022234	CCGT	2	8	519017	519024	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_022234	GACA	2	8	524088	524095	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022234	CGCA	2	8	528835	528842	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_022234	ATGA	2	8	536983	536990	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022234	CGCA	2	8	539469	539476	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_022234	ACCG	2	8	547181	547188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_022234	AGGA	2	8	547301	547308	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022234	CTGG	2	8	548448	548455	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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237	NC_022234	CAGC	2	8	850434	850441	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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282	NC_022234	GTCA	2	8	968734	968741	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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296	NC_022234	GACG	2	8	1055019	1055026	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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422	NC_022234	TTGC	2	8	1353034	1353041	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.