MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/31-98

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022121	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022121	AAAGA	2	10	33089	33098	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022121	GAAGA	2	10	48005	48014	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022121	CTATT	2	10	49607	49616	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022121	AATTT	2	10	54073	54082	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022121	AAAAG	2	10	69070	69079	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022121	CTTGC	2	10	72013	72022	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_022121	AAAAG	2	10	76763	76772	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022121	ATCAA	2	10	78461	78470	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_022121	TTTGT	2	10	85198	85207	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022121	AATAA	2	10	88197	88206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022121	CTTTT	2	10	94269	94278	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_022121	ACAAA	2	10	97814	97823	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_022121	GCTCT	2	10	114087	114096	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_022121	TTGCA	2	10	137064	137073	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022121	TTCTA	2	10	157319	157328	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022121	CAAAA	2	10	161777	161786	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022121	CGATA	2	10	187867	187876	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022121	CTAAG	2	10	203011	203020	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022121	ATTTC	2	10	221538	221547	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022121	CAATA	2	10	224661	224670	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022121	TACAA	2	10	248372	248381	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022121	TTTCA	2	10	264483	264492	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022121	TGTTT	2	10	302187	302196	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022121	GCAAC	2	10	334202	334211	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_022121	CTTGT	2	10	334262	334271	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022121	CCTTT	2	10	334718	334727	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_022121	AAGGC	2	10	362472	362481	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022121	GCTTC	2	10	364582	364591	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_022121	AGTAG	2	10	364659	364668	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022121	TCTCT	2	10	368237	368246	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_022121	AACAA	2	10	368620	368629	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_022121	AAAAC	2	10	368942	368951	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022121	AAGCG	2	10	404460	404469	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022121	GTATA	2	10	416709	416718	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022121	AGCAA	2	10	416745	416754	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022121	AAAAT	2	10	418594	418603	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022121	CTCTT	2	10	428658	428667	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_022121	TAAAA	2	10	431201	431210	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022121	AGAAA	2	10	436875	436884	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022121	CTCTT	2	10	436914	436923	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_022121	GAAGA	2	10	436924	436933	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022121	AAATT	2	10	437203	437212	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022121	AATTT	2	10	437224	437233	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022121	ATAGA	2	10	450499	450508	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022121	TAAAA	2	10	465436	465445	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022121	CAAAA	2	10	485837	485846	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_022121	AATCT	2	10	503179	503188	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_022121	TTTCT	2	10	508779	508788	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_022121	CCTTT	2	10	509788	509797	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_022121	TAAAA	2	10	514804	514813	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022121	AGGAA	2	10	516788	516797	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022121	ATGAA	2	10	516812	516821	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022121	TTGGA	2	10	524253	524262	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022121	TTTTC	2	10	537053	537062	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_022121	AAAAG	2	10	558307	558316	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022121	GAAAA	2	10	565490	565499	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022121	ATTTT	2	10	566928	566937	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022121	ATACT	2	10	573000	573009	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022121	AAAGG	2	10	581956	581965	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022121	CTTCT	2	10	623393	623402	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_022121	TTTCC	2	10	629574	629583	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_022121	ATTAA	2	10	637526	637535	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022121	TAAAA	2	10	686055	686064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022121	TTTAT	2	10	698007	698016	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022121	TCATG	2	10	698202	698211	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022121	GAAAA	2	10	707669	707678	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022121	TTATT	2	10	714728	714737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022121	GAAGA	2	10	737621	737630	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022121	AGAAT	2	10	760429	760438	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022121	AGGGG	2	10	760660	760669	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022121	ATTTT	2	10	779405	779414	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022121	AAAAG	2	10	781238	781247	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022121	AGGTA	2	10	784637	784646	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022121	TCCTT	2	10	785820	785829	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_022121	AAAAC	2	10	797015	797024	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_022121	TTTCT	2	10	805236	805245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_022121	AGAAA	2	10	813768	813777	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022121	CTTTT	2	10	859858	859867	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_022121	AGAAA	2	10	864210	864219	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022121	CTTTT	2	10	881904	881913	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022121	TAGAA	2	10	890374	890383	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022121	CTTTT	2	10	906414	906423	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_022121	AGAGC	2	10	909447	909456	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022121	TAGAC	2	10	935439	935448	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_022121	TCGTT	2	10	937533	937542	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_022121	CTTCA	2	10	962378	962387	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_022121	CTAGT	2	10	969235	969244	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_022121	TAAAA	2	10	985227	985236	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022121	CGGGG	2	10	1006667	1006676	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022121	TATTT	2	10	1008826	1008835	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022121	TAGAA	2	10	1020253	1020262	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022121	TTTTC	2	10	1038627	1038636	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022121	TTTTA	2	10	1042577	1042586	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.