MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 756

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022120	TGTGA	2	10	3277	3286	20 %	40 %	40 %	0 %	532427124
2	NC_022120	TTGAA	2	10	3633	3642	40 %	40 %	20 %	0 %	532427125
3	NC_022120	GAGAA	2	10	3927	3936	60 %	0 %	40 %	0 %	532427125
4	NC_022120	GAAAA	2	10	4364	4373	80 %	0 %	20 %	0 %	532427125
5	NC_022120	TTACA	2	10	4519	4528	40 %	40 %	0 %	20 %	532427125
6	NC_022120	GTCTT	2	10	5215	5224	0 %	60 %	20 %	20 %	532427126
7	NC_022120	TATTT	2	10	7030	7039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022120	TGGTA	2	10	7687	7696	20 %	40 %	40 %	0 %	532427128
9	NC_022120	CGAAA	2	10	9095	9104	60 %	0 %	20 %	20 %	532427129
10	NC_022120	GGCTG	2	10	9729	9738	0 %	20 %	60 %	20 %	532427130
11	NC_022120	CCTCT	2	10	10521	10530	0 %	40 %	0 %	60 %	532427131
12	NC_022120	AAAGG	2	10	10680	10689	60 %	0 %	40 %	0 %	532427131
13	NC_022120	AAGAA	2	10	11800	11809	80 %	0 %	20 %	0 %	532427132
14	NC_022120	AAAGA	2	10	13198	13207	80 %	0 %	20 %	0 %	532427133
15	NC_022120	GGTGT	2	10	13302	13311	0 %	40 %	60 %	0 %	532427133
16	NC_022120	GATTT	2	10	15044	15053	20 %	60 %	20 %	0 %	532427135
17	NC_022120	CGTTC	2	10	16155	16164	0 %	40 %	20 %	40 %	532427136
18	NC_022120	GCTTC	2	10	16528	16537	0 %	40 %	20 %	40 %	532427136
19	NC_022120	GAAGG	2	10	16898	16907	40 %	0 %	60 %	0 %	532427136
20	NC_022120	GTTGT	2	10	20324	20333	0 %	60 %	40 %	0 %	532427139
21	NC_022120	AAGAT	2	10	21436	21445	60 %	20 %	20 %	0 %	532427140
22	NC_022120	TTTGC	2	10	22047	22056	0 %	60 %	20 %	20 %	532427140
23	NC_022120	GGAAA	2	10	23801	23810	60 %	0 %	40 %	0 %	532427140
24	NC_022120	AGAGG	2	10	25526	25535	40 %	0 %	60 %	0 %	532427141
25	NC_022120	GGAGA	2	10	27305	27314	40 %	0 %	60 %	0 %	532427142
26	NC_022120	GGATA	2	10	27331	27340	40 %	20 %	40 %	0 %	532427142
27	NC_022120	ATCCG	2	10	28056	28065	20 %	20 %	20 %	40 %	532427144
28	NC_022120	AGGGT	2	10	28574	28583	20 %	20 %	60 %	0 %	532427144
29	NC_022120	CCTAT	2	10	29614	29623	20 %	40 %	0 %	40 %	532427145
30	NC_022120	GAAGG	2	10	30413	30422	40 %	0 %	60 %	0 %	532427146
31	NC_022120	GAGCT	2	10	31453	31462	20 %	20 %	40 %	20 %	532427147
32	NC_022120	AAAGA	2	10	33086	33095	80 %	0 %	20 %	0 %	532427149
33	NC_022120	CTATT	2	10	36127	36136	20 %	60 %	0 %	20 %	532427153
34	NC_022120	TCCTA	2	10	36174	36183	20 %	40 %	0 %	40 %	532427153
35	NC_022120	ACGAT	2	10	38088	38097	40 %	20 %	20 %	20 %	532427154
36	NC_022120	TTTGA	2	10	38453	38462	20 %	60 %	20 %	0 %	532427154
37	NC_022120	AGCAA	2	10	42104	42113	60 %	0 %	20 %	20 %	532427157
38	NC_022120	CGATG	2	10	42161	42170	20 %	20 %	40 %	20 %	532427157
39	NC_022120	TGCAA	2	10	42319	42328	40 %	20 %	20 %	20 %	532427961
40	NC_022120	CAAAA	2	10	42638	42647	80 %	0 %	0 %	20 %	532427961
41	NC_022120	TTTAT	2	10	44231	44240	20 %	80 %	0 %	0 %	532427161
42	NC_022120	CTTTC	2	10	46327	46336	0 %	60 %	0 %	40 %	532427163
43	NC_022120	AGTTT	2	10	46866	46875	20 %	60 %	20 %	0 %	532427163
44	NC_022120	GAAGA	2	10	48000	48009	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022120	CTATT	2	10	49579	49588	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_022120	CTTTT	2	10	50030	50039	0 %	80 %	0 %	20 %	532427166
47	NC_022120	CCGTA	2	10	53805	53814	20 %	20 %	20 %	40 %	532427169
48	NC_022120	AATTT	2	10	54045	54054	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022120	TCAGA	2	10	54697	54706	40 %	20 %	20 %	20 %	532427170
50	NC_022120	TTATC	2	10	55224	55233	20 %	60 %	0 %	20 %	532427170
51	NC_022120	TGAGT	2	10	55245	55254	20 %	40 %	40 %	0 %	532427170
52	NC_022120	GTTGT	2	10	56292	56301	0 %	60 %	40 %	0 %	532427962
53	NC_022120	ATTTT	2	10	58465	58474	20 %	80 %	0 %	0 %	532427963
54	NC_022120	GAGCA	2	10	59808	59817	40 %	0 %	40 %	20 %	532427171
55	NC_022120	TGTGA	2	10	62257	62266	20 %	40 %	40 %	0 %	532427173
56	NC_022120	CCTTC	2	10	64058	64067	0 %	40 %	0 %	60 %	532427174
57	NC_022120	AGGAG	2	10	66286	66295	40 %	0 %	60 %	0 %	532427176
58	NC_022120	GTTAA	2	10	66416	66425	40 %	40 %	20 %	0 %	532427176
59	NC_022120	CAAGC	2	10	68794	68803	40 %	0 %	20 %	40 %	532427178
60	NC_022120	AAAAG	2	10	69042	69051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022120	GCGAT	2	10	69854	69863	20 %	20 %	40 %	20 %	532427179
62	NC_022120	CTCTT	2	10	70208	70217	0 %	60 %	0 %	40 %	532427179
63	NC_022120	AGGGG	2	10	70854	70863	20 %	0 %	80 %	0 %	532427179
64	NC_022120	AAGAA	2	10	70896	70905	80 %	0 %	20 %	0 %	532427179
65	NC_022120	CTTGC	2	10	71985	71994	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_022120	ATTGG	2	10	72186	72195	20 %	40 %	40 %	0 %	532427181
67	NC_022120	GAAAA	2	10	73258	73267	80 %	0 %	20 %	0 %	532427181
68	NC_022120	TGGGA	2	10	73675	73684	20 %	20 %	60 %	0 %	532427182
69	NC_022120	TATTT	2	10	76201	76210	20 %	80 %	0 %	0 %	532427183
70	NC_022120	AAAAG	2	10	76734	76743	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022120	ATCAA	2	10	78432	78441	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022120	TGTCT	2	10	79994	80003	0 %	60 %	20 %	20 %	532427186
73	NC_022120	TTACT	2	10	80501	80510	20 %	60 %	0 %	20 %	532427186
74	NC_022120	AGAAA	2	10	81891	81900	80 %	0 %	20 %	0 %	532427188
75	NC_022120	GGAAG	2	10	82404	82413	40 %	0 %	60 %	0 %	532427188
76	NC_022120	TTTGT	2	10	85169	85178	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022120	GATCC	2	10	85955	85964	20 %	20 %	20 %	40 %	532427191
78	NC_022120	AGAGC	2	10	87290	87299	40 %	0 %	40 %	20 %	532427966
79	NC_022120	AATAA	2	10	88168	88177	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022120	TTTTC	2	10	91022	91031	0 %	80 %	0 %	20 %	532427194
81	NC_022120	GGATG	2	10	91282	91291	20 %	20 %	60 %	0 %	532427195
82	NC_022120	CAACA	2	10	92821	92830	60 %	0 %	0 %	40 %	532427196
83	NC_022120	ACAGC	2	10	93866	93875	40 %	0 %	20 %	40 %	532427198
84	NC_022120	CTTTT	2	10	94240	94249	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022120	GGAAC	2	10	94578	94587	40 %	0 %	40 %	20 %	532427199
86	NC_022120	GGATT	2	10	95478	95487	20 %	40 %	40 %	0 %	532427199
87	NC_022120	CAATC	2	10	96580	96589	40 %	20 %	0 %	40 %	532427200
88	NC_022120	TTTGC	2	10	96714	96723	0 %	60 %	20 %	20 %	532427201
89	NC_022120	ATTCA	2	10	96978	96987	40 %	40 %	0 %	20 %	532427201
90	NC_022120	GATCC	2	10	97237	97246	20 %	20 %	20 %	40 %	532427201
91	NC_022120	GTTTT	2	10	97658	97667	0 %	80 %	20 %	0 %	532427201
92	NC_022120	ACAAA	2	10	97785	97794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022120	AAGCT	2	10	98860	98869	40 %	20 %	20 %	20 %	532427202
94	NC_022120	AGGGG	2	10	99219	99228	20 %	0 %	80 %	0 %	532427202
95	NC_022120	ATAGC	2	10	99918	99927	40 %	20 %	20 %	20 %	532427203
96	NC_022120	AGCGA	2	10	102846	102855	40 %	0 %	40 %	20 %	532427206
97	NC_022120	TTTCT	2	10	103204	103213	0 %	80 %	0 %	20 %	532427206
98	NC_022120	CTTCT	2	10	103258	103267	0 %	60 %	0 %	40 %	532427206
99	NC_022120	ATCAT	2	10	104410	104419	40 %	40 %	0 %	20 %	532427207
100	NC_022120	GGCAT	2	10	105118	105127	20 %	20 %	40 %	20 %	532427207
101	NC_022120	AAAGC	2	10	108844	108853	60 %	0 %	20 %	20 %	532427210
102	NC_022120	GCATT	2	10	110004	110013	20 %	40 %	20 %	20 %	532427211
103	NC_022120	GCTCT	2	10	114057	114066	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_022120	TGTTT	2	10	114681	114690	0 %	80 %	20 %	0 %	532427213
105	NC_022120	CATGT	2	10	115059	115068	20 %	40 %	20 %	20 %	532427213
106	NC_022120	TATCG	2	10	115763	115772	20 %	40 %	20 %	20 %	532427213
107	NC_022120	TTTCT	2	10	116279	116288	0 %	80 %	0 %	20 %	532427214
108	NC_022120	ATGCT	2	10	118202	118211	20 %	40 %	20 %	20 %	532427216
109	NC_022120	AAAGA	2	10	118523	118532	80 %	0 %	20 %	0 %	532427216
110	NC_022120	GCTTC	2	10	122513	122522	0 %	40 %	20 %	40 %	532427219
111	NC_022120	TACAA	2	10	126302	126311	60 %	20 %	0 %	20 %	532427222
112	NC_022120	ATCCA	2	10	128707	128716	40 %	20 %	0 %	40 %	532427225
113	NC_022120	GAAGA	2	10	130257	130266	60 %	0 %	40 %	0 %	532427225
114	NC_022120	AAAAG	2	10	132170	132179	80 %	0 %	20 %	0 %	532427226
115	NC_022120	GATTC	2	10	132501	132510	20 %	40 %	20 %	20 %	532427226
116	NC_022120	GGATA	2	10	135121	135130	40 %	20 %	40 %	0 %	532427228
117	NC_022120	ATTGG	2	10	135786	135795	20 %	40 %	40 %	0 %	532427229
118	NC_022120	ATTGT	2	10	135819	135828	20 %	60 %	20 %	0 %	532427229
119	NC_022120	TGTTT	2	10	136245	136254	0 %	80 %	20 %	0 %	532427230
120	NC_022120	TTGCA	2	10	137034	137043	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_022120	TCCAG	2	10	139990	139999	20 %	20 %	20 %	40 %	532427235
122	NC_022120	GTACA	2	10	140721	140730	40 %	20 %	20 %	20 %	532427236
123	NC_022120	TAGAT	2	10	141094	141103	40 %	40 %	20 %	0 %	532427236
124	NC_022120	AAAAG	2	10	141506	141515	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022120	AAAAC	2	10	141986	141995	80 %	0 %	0 %	20 %	532427237
126	NC_022120	TGCTA	2	10	143072	143081	20 %	40 %	20 %	20 %	532427239
127	NC_022120	GGAGC	2	10	143119	143128	20 %	0 %	60 %	20 %	532427239
128	NC_022120	CTGGG	2	10	144533	144542	0 %	20 %	60 %	20 %	532427241
129	NC_022120	GTTTT	2	10	145280	145289	0 %	80 %	20 %	0 %	532427242
130	NC_022120	GAACC	2	10	149014	149023	40 %	0 %	20 %	40 %	532427243
131	NC_022120	ATTCT	2	10	152510	152519	20 %	60 %	0 %	20 %	532427247
132	NC_022120	CTGTG	2	10	152714	152723	0 %	40 %	40 %	20 %	532427247
133	NC_022120	TTCTT	2	10	155187	155196	0 %	80 %	0 %	20 %	532427250
134	NC_022120	TTCTA	2	10	157289	157298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_022120	AGGAA	2	10	159744	159753	60 %	0 %	40 %	0 %	532427254
136	NC_022120	CAAAA	2	10	161747	161756	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_022120	AGAGA	2	10	162974	162983	60 %	0 %	40 %	0 %	532427257
138	NC_022120	AGCAA	2	10	163409	163418	60 %	0 %	20 %	20 %	532427257
139	NC_022120	CAAAA	2	10	166912	166921	80 %	0 %	0 %	20 %	532427259
140	NC_022120	AAGAG	2	10	167745	167754	60 %	0 %	40 %	0 %	532427259
141	NC_022120	GTTTT	2	10	174569	174578	0 %	80 %	20 %	0 %	532427263
142	NC_022120	TATTG	2	10	174592	174601	20 %	60 %	20 %	0 %	532427263
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151	NC_022120	TTGAG	2	10	182901	182910	20 %	40 %	40 %	0 %	532427976
152	NC_022120	GAATG	2	10	182926	182935	40 %	20 %	40 %	0 %	532427976
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156	NC_022120	GGATC	2	10	190135	190144	20 %	20 %	40 %	20 %	532427980
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159	NC_022120	TTGTA	2	10	192146	192155	20 %	60 %	20 %	0 %	532427982
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176	NC_022120	TGTTT	2	10	214799	214808	0 %	80 %	20 %	0 %	532427291
177	NC_022120	CTTGT	2	10	214980	214989	0 %	60 %	20 %	20 %	532427291
178	NC_022120	TTTCT	2	10	215829	215838	0 %	80 %	0 %	20 %	532427291
179	NC_022120	AAATA	2	10	221050	221059	80 %	20 %	0 %	0 %	532427296
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183	NC_022120	TATCT	2	10	224844	224853	20 %	60 %	0 %	20 %	532427300
184	NC_022120	TTTTC	2	10	225046	225055	0 %	80 %	0 %	20 %	532427300
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186	NC_022120	CAAAA	2	10	233527	233536	80 %	0 %	0 %	20 %	532427308
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191	NC_022120	GAAAA	2	10	242795	242804	80 %	0 %	20 %	0 %	532427315
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209	NC_022120	ATACA	2	10	267238	267247	60 %	20 %	0 %	20 %	532427341
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231	NC_022120	ATTCC	2	10	302295	302304	20 %	40 %	0 %	40 %	532427372
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249	NC_022120	AGAAA	2	10	330689	330698	80 %	0 %	20 %	0 %	532427398
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251	NC_022120	CTAAA	2	10	331978	331987	60 %	20 %	0 %	20 %	532427400
252	NC_022120	CAAAA	2	10	332458	332467	80 %	0 %	0 %	20 %	532427400
253	NC_022120	GCAAC	2	10	334159	334168	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
254	NC_022120	CTTGT	2	10	334219	334228	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
255	NC_022120	CCTTT	2	10	334675	334684	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
256	NC_022120	CTAAA	2	10	337778	337787	60 %	20 %	0 %	20 %	532427403
257	NC_022120	TCCAA	2	10	338413	338422	40 %	20 %	0 %	40 %	532427403
258	NC_022120	TCCAT	2	10	338496	338505	20 %	40 %	0 %	40 %	532427403
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261	NC_022120	CATTG	2	10	342692	342701	20 %	40 %	20 %	20 %	532427405
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263	NC_022120	AAAAG	2	10	347642	347651	80 %	0 %	20 %	0 %	532427409
264	NC_022120	GTTAC	2	10	350398	350407	20 %	40 %	20 %	20 %	532427413
265	NC_022120	ATCTC	2	10	351616	351625	20 %	40 %	0 %	40 %	532427414
266	NC_022120	CCTTC	2	10	353822	353831	0 %	40 %	0 %	60 %	532427414
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387	NC_022120	TAAAA	2	10	514754	514763	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
388	NC_022120	CTCTT	2	10	516278	516287	0 %	60 %	0 %	40 %	532427543
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393	NC_022120	CAACA	2	10	521291	521300	60 %	0 %	0 %	40 %	532427546
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395	NC_022120	GAACT	2	10	524690	524699	40 %	20 %	20 %	20 %	532427547
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399	NC_022120	ACACC	2	10	533161	533170	40 %	0 %	0 %	60 %	532428006
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