MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 2881

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022120	AATG	2	8	465	472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022120	CTAT	2	8	799	806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022120	AAGG	2	8	1305	1312	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022120	AGTA	2	8	1485	1492	50 %	25 %	25 %	0 %	532427122
5	NC_022120	ATGA	2	8	1889	1896	50 %	25 %	25 %	0 %	532427123
6	NC_022120	GATA	2	8	1927	1934	50 %	25 %	25 %	0 %	532427123
7	NC_022120	TTTC	2	8	2224	2231	0 %	75 %	0 %	25 %	532427124
8	NC_022120	CATG	2	8	3105	3112	25 %	25 %	25 %	25 %	532427124
9	NC_022120	TTCC	2	8	3410	3417	0 %	50 %	0 %	50 %	532427124
10	NC_022120	TTTA	2	8	3808	3815	25 %	75 %	0 %	0 %	532427125
11	NC_022120	ATCC	2	8	4108	4115	25 %	25 %	0 %	50 %	532427125
12	NC_022120	GACG	2	8	4855	4862	25 %	0 %	50 %	25 %	532427125
13	NC_022120	TTGG	2	8	4958	4965	0 %	50 %	50 %	0 %	532427125
14	NC_022120	TGGA	2	8	5319	5326	25 %	25 %	50 %	0 %	532427126
15	NC_022120	CTTT	2	8	5696	5703	0 %	75 %	0 %	25 %	532427126
16	NC_022120	GGGA	2	8	6211	6218	25 %	0 %	75 %	0 %	532427126
17	NC_022120	GGAG	2	8	6302	6309	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022120	GGTG	2	8	6514	6521	0 %	25 %	75 %	0 %	532427127
19	NC_022120	AAAT	2	8	6580	6587	75 %	25 %	0 %	0 %	532427127
20	NC_022120	TATG	2	8	6951	6958	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022120	ATTT	2	8	7092	7099	25 %	75 %	0 %	0 %	532427960
22	NC_022120	TTTG	2	8	7184	7191	0 %	75 %	25 %	0 %	532427960
23	NC_022120	AAGC	2	8	7817	7824	50 %	0 %	25 %	25 %	532427128
24	NC_022120	ATTG	2	8	8215	8222	25 %	50 %	25 %	0 %	532427129
25	NC_022120	AGCG	2	8	8682	8689	25 %	0 %	50 %	25 %	532427129
26	NC_022120	AAAG	2	8	8703	8710	75 %	0 %	25 %	0 %	532427129
27	NC_022120	CTTT	2	8	9043	9050	0 %	75 %	0 %	25 %	532427129
28	NC_022120	TATT	2	8	9306	9313	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022120	TTCG	2	8	9415	9422	0 %	50 %	25 %	25 %	532427130
30	NC_022120	AATT	2	8	9520	9527	50 %	50 %	0 %	0 %	532427130
31	NC_022120	ATGG	2	8	9579	9586	25 %	25 %	50 %	0 %	532427130
32	NC_022120	CTTT	2	8	10204	10211	0 %	75 %	0 %	25 %	532427131
33	NC_022120	GCAA	2	8	10421	10428	50 %	0 %	25 %	25 %	532427131
34	NC_022120	AGCC	2	8	10651	10658	25 %	0 %	25 %	50 %	532427131
35	NC_022120	GAAA	2	8	10794	10801	75 %	0 %	25 %	0 %	532427131
36	NC_022120	AGAA	2	8	11198	11205	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022120	AATG	2	8	11537	11544	50 %	25 %	25 %	0 %	532427132
38	NC_022120	GTTT	2	8	12569	12576	0 %	75 %	25 %	0 %	532427133
39	NC_022120	ATGC	2	8	12999	13006	25 %	25 %	25 %	25 %	532427133
40	NC_022120	AAGG	2	8	13433	13440	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022120	TTGT	2	8	14034	14041	0 %	75 %	25 %	0 %	532427134
42	NC_022120	TTCT	2	8	14205	14212	0 %	75 %	0 %	25 %	532427134
43	NC_022120	ATTT	2	8	14411	14418	25 %	75 %	0 %	0 %	532427134
44	NC_022120	TTTC	2	8	15073	15080	0 %	75 %	0 %	25 %	532427135
45	NC_022120	AAAT	2	8	15555	15562	75 %	25 %	0 %	0 %	532427135
46	NC_022120	CAAA	2	8	16067	16074	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_022120	GTAA	2	8	16397	16404	50 %	25 %	25 %	0 %	532427136
48	NC_022120	CTAA	2	8	16590	16597	50 %	25 %	0 %	25 %	532427136
49	NC_022120	AGAA	2	8	16852	16859	75 %	0 %	25 %	0 %	532427136
50	NC_022120	ATTT	2	8	16998	17005	25 %	75 %	0 %	0 %	532427136
51	NC_022120	TGCG	2	8	18520	18527	0 %	25 %	50 %	25 %	532427138
52	NC_022120	GAAG	2	8	19504	19511	50 %	0 %	50 %	0 %	532427138
53	NC_022120	TTTG	2	8	19530	19537	0 %	75 %	25 %	0 %	532427138
54	NC_022120	TGTA	2	8	20222	20229	25 %	50 %	25 %	0 %	532427139
55	NC_022120	CGCT	2	8	21262	21269	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_022120	TTAA	2	8	21283	21290	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022120	GTTA	2	8	21320	21327	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022120	GATC	2	8	21375	21382	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022120	GATG	2	8	21638	21645	25 %	25 %	50 %	0 %	532427140
60	NC_022120	CATT	2	8	22697	22704	25 %	50 %	0 %	25 %	532427140
61	NC_022120	GCTT	2	8	23040	23047	0 %	50 %	25 %	25 %	532427140
62	NC_022120	GGTT	2	8	23088	23095	0 %	50 %	50 %	0 %	532427140
63	NC_022120	TTCT	2	8	23458	23465	0 %	75 %	0 %	25 %	532427140
64	NC_022120	TAAC	2	8	23560	23567	50 %	25 %	0 %	25 %	532427140
65	NC_022120	CATT	2	8	23683	23690	25 %	50 %	0 %	25 %	532427140
66	NC_022120	GGTA	2	8	24053	24060	25 %	25 %	50 %	0 %	532427140
67	NC_022120	TTCG	2	8	25193	25200	0 %	50 %	25 %	25 %	532427141
68	NC_022120	TAGG	2	8	25272	25279	25 %	25 %	50 %	0 %	532427141
69	NC_022120	TTCC	2	8	25396	25403	0 %	50 %	0 %	50 %	532427141
70	NC_022120	TAGG	2	8	25510	25517	25 %	25 %	50 %	0 %	532427141
71	NC_022120	GCTT	2	8	26282	26289	0 %	50 %	25 %	25 %	532427141
72	NC_022120	GGAA	2	8	26865	26872	50 %	0 %	50 %	0 %	532427142
73	NC_022120	TTAA	2	8	26938	26945	50 %	50 %	0 %	0 %	532427142
74	NC_022120	AAAG	2	8	26988	26995	75 %	0 %	25 %	0 %	532427142
75	NC_022120	GGGC	2	8	27268	27275	0 %	0 %	75 %	25 %	532427142
76	NC_022120	GTTT	2	8	27551	27558	0 %	75 %	25 %	0 %	532427143
77	NC_022120	CAGA	2	8	27573	27580	50 %	0 %	25 %	25 %	532427143
78	NC_022120	ATTG	2	8	27932	27939	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022120	CTTT	2	8	29545	29552	0 %	75 %	0 %	25 %	532427145
80	NC_022120	TTTG	2	8	29560	29567	0 %	75 %	25 %	0 %	532427145
81	NC_022120	TTGT	2	8	29595	29602	0 %	75 %	25 %	0 %	532427145
82	NC_022120	TGGC	2	8	29758	29765	0 %	25 %	50 %	25 %	532427145
83	NC_022120	AAAG	2	8	30318	30325	75 %	0 %	25 %	0 %	532427146
84	NC_022120	AAAC	2	8	30388	30395	75 %	0 %	0 %	25 %	532427146
85	NC_022120	GATG	2	8	30531	30538	25 %	25 %	50 %	0 %	532427146
86	NC_022120	GATA	2	8	31640	31647	50 %	25 %	25 %	0 %	532427148
87	NC_022120	TGAT	2	8	34135	34142	25 %	50 %	25 %	0 %	532427151
88	NC_022120	AAGA	3	12	34263	34274	75 %	0 %	25 %	0 %	532427151
89	NC_022120	AAGC	2	8	34483	34490	50 %	0 %	25 %	25 %	532427152
90	NC_022120	GTTC	2	8	34516	34523	0 %	50 %	25 %	25 %	532427152
91	NC_022120	GGCA	2	8	34895	34902	25 %	0 %	50 %	25 %	532427153
92	NC_022120	TCGA	2	8	35152	35159	25 %	25 %	25 %	25 %	532427153
93	NC_022120	TGCT	2	8	35305	35312	0 %	50 %	25 %	25 %	532427153
94	NC_022120	TATG	2	8	35448	35455	25 %	50 %	25 %	0 %	532427153
95	NC_022120	TTGG	2	8	35537	35544	0 %	50 %	50 %	0 %	532427153
96	NC_022120	AGAT	2	8	36257	36264	50 %	25 %	25 %	0 %	532427153
97	NC_022120	CTTT	2	8	36629	36636	0 %	75 %	0 %	25 %	532427154
98	NC_022120	ATGA	2	8	37119	37126	50 %	25 %	25 %	0 %	532427154
99	NC_022120	TAGG	2	8	37278	37285	25 %	25 %	50 %	0 %	532427154
100	NC_022120	CAAT	2	8	37462	37469	50 %	25 %	0 %	25 %	532427154
101	NC_022120	AATG	2	8	38248	38255	50 %	25 %	25 %	0 %	532427154
102	NC_022120	AGAA	2	8	39085	39092	75 %	0 %	25 %	0 %	532427155
103	NC_022120	AAGA	2	8	39137	39144	75 %	0 %	25 %	0 %	532427155
104	NC_022120	ATCC	2	8	39145	39152	25 %	25 %	0 %	50 %	532427155
105	NC_022120	TAAT	2	8	39356	39363	50 %	50 %	0 %	0 %	532427155
106	NC_022120	GTGC	2	8	41445	41452	0 %	25 %	50 %	25 %	532427157
107	NC_022120	AGAA	2	8	41864	41871	75 %	0 %	25 %	0 %	532427157
108	NC_022120	GGAT	2	8	42016	42023	25 %	25 %	50 %	0 %	532427157
109	NC_022120	AAAC	2	8	43222	43229	75 %	0 %	0 %	25 %	532427159
110	NC_022120	CAAT	2	8	43426	43433	50 %	25 %	0 %	25 %	532427159
111	NC_022120	TGTT	2	8	43806	43813	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022120	AATA	2	8	44044	44051	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022120	ATTT	2	8	44182	44189	25 %	75 %	0 %	0 %	532427161
114	NC_022120	GGAA	2	8	44209	44216	50 %	0 %	50 %	0 %	532427161
115	NC_022120	GCTC	2	8	44490	44497	0 %	25 %	25 %	50 %	532427161
116	NC_022120	TTCT	2	8	44632	44639	0 %	75 %	0 %	25 %	532427161
117	NC_022120	TTGA	2	8	45232	45239	25 %	50 %	25 %	0 %	532427162
118	NC_022120	TGTT	2	8	45404	45411	0 %	75 %	25 %	0 %	532427162
119	NC_022120	CTAT	2	8	45434	45441	25 %	50 %	0 %	25 %	532427162
120	NC_022120	TGTT	2	8	45463	45470	0 %	75 %	25 %	0 %	532427162
121	NC_022120	CTAT	2	8	45759	45766	25 %	50 %	0 %	25 %	532427162
122	NC_022120	AAGA	2	8	46254	46261	75 %	0 %	25 %	0 %	532427163
123	NC_022120	AAGA	2	8	46311	46318	75 %	0 %	25 %	0 %	532427163
124	NC_022120	AAAG	2	8	46351	46358	75 %	0 %	25 %	0 %	532427163
125	NC_022120	AAGA	2	8	46466	46473	75 %	0 %	25 %	0 %	532427163
126	NC_022120	ACTT	2	8	46727	46734	25 %	50 %	0 %	25 %	532427163
127	NC_022120	ATGG	2	8	47353	47360	25 %	25 %	50 %	0 %	532427163
128	NC_022120	AGGA	2	8	47384	47391	50 %	0 %	50 %	0 %	532427163
129	NC_022120	GAAC	2	8	47931	47938	50 %	0 %	25 %	25 %	532427163
130	NC_022120	AAGT	2	8	47966	47973	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022120	AACA	2	8	48176	48183	75 %	0 %	0 %	25 %	532427164
132	NC_022120	CTTT	2	8	48372	48379	0 %	75 %	0 %	25 %	532427164
133	NC_022120	CTTT	2	8	49257	49264	0 %	75 %	0 %	25 %	532427165
134	NC_022120	GTAG	2	8	49275	49282	25 %	25 %	50 %	0 %	532427165
135	NC_022120	GAAG	2	8	50703	50710	50 %	0 %	50 %	0 %	532427166
136	NC_022120	TTCA	2	8	51125	51132	25 %	50 %	0 %	25 %	532427166
137	NC_022120	TATT	2	8	52169	52176	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022120	GGAA	2	8	52400	52407	50 %	0 %	50 %	0 %	532427168
139	NC_022120	TTAA	2	8	53141	53148	50 %	50 %	0 %	0 %	532427168
140	NC_022120	CCTT	2	8	53348	53355	0 %	50 %	0 %	50 %	532427169
141	NC_022120	TTTA	2	8	53515	53522	25 %	75 %	0 %	0 %	532427169
142	NC_022120	AAAG	2	8	53739	53746	75 %	0 %	25 %	0 %	532427169
143	NC_022120	GATT	2	8	53876	53883	25 %	50 %	25 %	0 %	532427169
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279	NC_022120	TATT	2	8	97762	97769	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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