MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/13-96

Total Repeats: 752

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022119	TGTGA	2	10	3280	3289	20 %	40 %	40 %	0 %	532423945
2	NC_022119	TTGAA	2	10	3636	3645	40 %	40 %	20 %	0 %	532423946
3	NC_022119	GAGAA	2	10	3930	3939	60 %	0 %	40 %	0 %	532423946
4	NC_022119	GAAAA	2	10	4367	4376	80 %	0 %	20 %	0 %	532423946
5	NC_022119	TTACA	2	10	4522	4531	40 %	40 %	0 %	20 %	532423946
6	NC_022119	GTCTT	2	10	5216	5225	0 %	60 %	20 %	20 %	532423947
7	NC_022119	TATTT	2	10	7031	7040	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022119	TGGTA	2	10	7689	7698	20 %	40 %	40 %	0 %	532423949
9	NC_022119	CGAAA	2	10	9097	9106	60 %	0 %	20 %	20 %	532423950
10	NC_022119	GGCTG	2	10	9733	9742	0 %	20 %	60 %	20 %	532423951
11	NC_022119	CCTCT	2	10	10525	10534	0 %	40 %	0 %	60 %	532423952
12	NC_022119	AAAGG	2	10	10684	10693	60 %	0 %	40 %	0 %	532423952
13	NC_022119	AAGAA	2	10	11804	11813	80 %	0 %	20 %	0 %	532423953
14	NC_022119	AAAGA	2	10	13202	13211	80 %	0 %	20 %	0 %	532423954
15	NC_022119	GGTGT	2	10	13306	13315	0 %	40 %	60 %	0 %	532423954
16	NC_022119	GATTT	2	10	15049	15058	20 %	60 %	20 %	0 %	532423956
17	NC_022119	CGTTC	2	10	16160	16169	0 %	40 %	20 %	40 %	532423957
18	NC_022119	GCTTC	2	10	16533	16542	0 %	40 %	20 %	40 %	532423957
19	NC_022119	GAAGG	2	10	16904	16913	40 %	0 %	60 %	0 %	532423957
20	NC_022119	GTTGT	2	10	20315	20324	0 %	60 %	40 %	0 %	532423960
21	NC_022119	AAGAT	2	10	21427	21436	60 %	20 %	20 %	0 %	532423961
22	NC_022119	TTTGC	2	10	22038	22047	0 %	60 %	20 %	20 %	532423961
23	NC_022119	GGAAA	2	10	23792	23801	60 %	0 %	40 %	0 %	532423961
24	NC_022119	AGAGG	2	10	25517	25526	40 %	0 %	60 %	0 %	532423962
25	NC_022119	GGAGA	2	10	27296	27305	40 %	0 %	60 %	0 %	532423963
26	NC_022119	ATCCG	2	10	28047	28056	20 %	20 %	20 %	40 %	532423965
27	NC_022119	AGGGT	2	10	28565	28574	20 %	20 %	60 %	0 %	532423965
28	NC_022119	CCTAT	2	10	29605	29614	20 %	40 %	0 %	40 %	532423966
29	NC_022119	AAGGA	2	10	30405	30414	60 %	0 %	40 %	0 %	532423967
30	NC_022119	GAGCT	2	10	31444	31453	20 %	20 %	40 %	20 %	532423968
31	NC_022119	AAAGA	2	10	33077	33086	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022119	TCAGT	2	10	35684	35693	20 %	40 %	20 %	20 %	532423974
33	NC_022119	CTATT	2	10	36118	36127	20 %	60 %	0 %	20 %	532423974
34	NC_022119	TCCTA	2	10	36165	36174	20 %	40 %	0 %	40 %	532423974
35	NC_022119	ACGAT	2	10	38081	38090	40 %	20 %	20 %	20 %	532423975
36	NC_022119	TTTGA	2	10	38446	38455	20 %	60 %	20 %	0 %	532423975
37	NC_022119	AGCAA	2	10	42097	42106	60 %	0 %	20 %	20 %	532423978
38	NC_022119	CGATG	2	10	42154	42163	20 %	20 %	40 %	20 %	532423978
39	NC_022119	TGCAA	2	10	42312	42321	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022119	CAAAA	2	10	42630	42639	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022119	TTTAT	2	10	44227	44236	20 %	80 %	0 %	0 %	532423982
42	NC_022119	CTTTC	2	10	46324	46333	0 %	60 %	0 %	40 %	532423984
43	NC_022119	AGTTT	2	10	46863	46872	20 %	60 %	20 %	0 %	532423984
44	NC_022119	GAAGA	2	10	47996	48005	60 %	0 %	40 %	0 %	532423984
45	NC_022119	CTATT	2	10	49574	49583	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_022119	CTTTT	2	10	50025	50034	0 %	80 %	0 %	20 %	532423987
47	NC_022119	ATTAA	2	10	51365	51374	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022119	CCGTA	2	10	53800	53809	20 %	20 %	20 %	40 %	532423990
49	NC_022119	AATTT	2	10	54040	54049	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022119	TTATC	2	10	55209	55218	20 %	60 %	0 %	20 %	532423991
51	NC_022119	TGAGT	2	10	55230	55239	20 %	40 %	40 %	0 %	532423991
52	NC_022119	GTTGT	2	10	56277	56286	0 %	60 %	40 %	0 %	532424785
53	NC_022119	GAGCA	2	10	59725	59734	40 %	0 %	40 %	20 %	532423992
54	NC_022119	TGTGA	2	10	62172	62181	20 %	40 %	40 %	0 %	532423994
55	NC_022119	AGTGA	2	10	63699	63708	40 %	20 %	40 %	0 %	532423995
56	NC_022119	CCTTC	2	10	63973	63982	0 %	40 %	0 %	60 %	532423995
57	NC_022119	AGGAG	2	10	66201	66210	40 %	0 %	60 %	0 %	532423997
58	NC_022119	GTTAA	2	10	66331	66340	40 %	40 %	20 %	0 %	532423997
59	NC_022119	AAAAG	2	10	68957	68966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022119	GGAGC	2	10	69579	69588	20 %	0 %	60 %	20 %	532424000
61	NC_022119	GCGAT	2	10	69769	69778	20 %	20 %	40 %	20 %	532424000
62	NC_022119	CTCTT	2	10	70123	70132	0 %	60 %	0 %	40 %	532424000
63	NC_022119	AGGGG	2	10	70769	70778	20 %	0 %	80 %	0 %	532424000
64	NC_022119	AAGAA	2	10	70811	70820	80 %	0 %	20 %	0 %	532424000
65	NC_022119	CTTGC	2	10	71900	71909	0 %	40 %	20 %	40 %	532424788
66	NC_022119	ATTGG	2	10	72101	72110	20 %	40 %	40 %	0 %	532424002
67	NC_022119	GAAAA	2	10	73173	73182	80 %	0 %	20 %	0 %	532424002
68	NC_022119	TGGGA	2	10	73590	73599	20 %	20 %	60 %	0 %	532424003
69	NC_022119	TATTT	2	10	76117	76126	20 %	80 %	0 %	0 %	532424004
70	NC_022119	AAAAG	2	10	76650	76659	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022119	ATCAA	2	10	78348	78357	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022119	TGTCT	2	10	79910	79919	0 %	60 %	20 %	20 %	532424007
73	NC_022119	TTACT	2	10	80417	80426	20 %	60 %	0 %	20 %	532424007
74	NC_022119	AGAAA	2	10	81807	81816	80 %	0 %	20 %	0 %	532424009
75	NC_022119	GGAAG	2	10	82320	82329	40 %	0 %	60 %	0 %	532424009
76	NC_022119	AGCGA	2	10	84786	84795	40 %	0 %	40 %	20 %	532424011
77	NC_022119	TTTGT	2	10	85085	85094	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022119	GATCC	2	10	85871	85880	20 %	20 %	20 %	40 %	532424012
79	NC_022119	AGAGC	2	10	87206	87215	40 %	0 %	40 %	20 %	532424790
80	NC_022119	AATAA	2	10	88084	88093	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022119	TTTTC	2	10	90938	90947	0 %	80 %	0 %	20 %	532424015
82	NC_022119	GGATG	2	10	91198	91207	20 %	20 %	60 %	0 %	532424016
83	NC_022119	CAACA	2	10	92737	92746	60 %	0 %	0 %	40 %	532424017
84	NC_022119	TTTAA	2	10	93620	93629	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022119	ACAGC	2	10	93781	93790	40 %	0 %	20 %	40 %	532424019
86	NC_022119	CTTTT	2	10	94155	94164	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_022119	GGAAC	2	10	94494	94503	40 %	0 %	40 %	20 %	532424020
88	NC_022119	GGATT	2	10	95394	95403	20 %	40 %	40 %	0 %	532424020
89	NC_022119	CAATC	2	10	96496	96505	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_022119	TTTGC	2	10	96630	96639	0 %	60 %	20 %	20 %	532424022
91	NC_022119	ATTCA	2	10	96894	96903	40 %	40 %	0 %	20 %	532424022
92	NC_022119	GATCC	2	10	97153	97162	20 %	20 %	20 %	40 %	532424022
93	NC_022119	GTTTT	2	10	97574	97583	0 %	80 %	20 %	0 %	532424022
94	NC_022119	ACAAA	2	10	97701	97710	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_022119	AAGCT	2	10	98776	98785	40 %	20 %	20 %	20 %	532424023
96	NC_022119	AGGGG	2	10	99135	99144	20 %	0 %	80 %	0 %	532424023
97	NC_022119	ATAGC	2	10	99834	99843	40 %	20 %	20 %	20 %	532424024
98	NC_022119	AGCGA	2	10	102762	102771	40 %	0 %	40 %	20 %	532424027
99	NC_022119	TTTCT	2	10	103120	103129	0 %	80 %	0 %	20 %	532424027
100	NC_022119	ATCAT	2	10	104326	104335	40 %	40 %	0 %	20 %	532424028
101	NC_022119	GGCAT	2	10	105034	105043	20 %	20 %	40 %	20 %	532424028
102	NC_022119	AAAGC	2	10	108760	108769	60 %	0 %	20 %	20 %	532424031
103	NC_022119	GCATT	2	10	109920	109929	20 %	40 %	20 %	20 %	532424032
104	NC_022119	GCTCT	2	10	113973	113982	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_022119	TGTTT	2	10	114597	114606	0 %	80 %	20 %	0 %	532424034
106	NC_022119	CATGT	2	10	114975	114984	20 %	40 %	20 %	20 %	532424034
107	NC_022119	TATCG	2	10	115679	115688	20 %	40 %	20 %	20 %	532424034
108	NC_022119	TTTCT	2	10	116195	116204	0 %	80 %	0 %	20 %	532424035
109	NC_022119	AAAGA	2	10	118440	118449	80 %	0 %	20 %	0 %	532424037
110	NC_022119	GCTTC	2	10	122430	122439	0 %	40 %	20 %	40 %	532424040
111	NC_022119	TACAA	2	10	126218	126227	60 %	20 %	0 %	20 %	532424044
112	NC_022119	ATCCA	2	10	128626	128635	40 %	20 %	0 %	40 %	532424047
113	NC_022119	GAAGA	2	10	130176	130185	60 %	0 %	40 %	0 %	532424047
114	NC_022119	AAAAG	2	10	132089	132098	80 %	0 %	20 %	0 %	532424048
115	NC_022119	GATTC	2	10	132420	132429	20 %	40 %	20 %	20 %	532424048
116	NC_022119	ATTGG	2	10	135705	135714	20 %	40 %	40 %	0 %	532424051
117	NC_022119	TGTTT	2	10	136164	136173	0 %	80 %	20 %	0 %	532424052
118	NC_022119	TTGCA	2	10	136954	136963	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_022119	TCCAG	2	10	139910	139919	20 %	20 %	20 %	40 %	532424057
120	NC_022119	GTACA	2	10	140641	140650	40 %	20 %	20 %	20 %	532424058
121	NC_022119	TAGAT	2	10	141014	141023	40 %	40 %	20 %	0 %	532424058
122	NC_022119	AAAAG	2	10	141426	141435	80 %	0 %	20 %	0 %	532424798
123	NC_022119	AAAAC	2	10	141906	141915	80 %	0 %	0 %	20 %	532424059
124	NC_022119	TGCTA	2	10	142992	143001	20 %	40 %	20 %	20 %	532424061
125	NC_022119	GGAGC	2	10	143039	143048	20 %	0 %	60 %	20 %	532424061
126	NC_022119	CTGGG	2	10	144453	144462	0 %	20 %	60 %	20 %	532424063
127	NC_022119	GTTTT	2	10	145200	145209	0 %	80 %	20 %	0 %	532424064
128	NC_022119	GAACC	2	10	148934	148943	40 %	0 %	20 %	40 %	532424065
129	NC_022119	ATTCT	2	10	152430	152439	20 %	60 %	0 %	20 %	532424069
130	NC_022119	CTGTG	2	10	152634	152643	0 %	40 %	40 %	20 %	532424069
131	NC_022119	TTCTT	2	10	155107	155116	0 %	80 %	0 %	20 %	532424072
132	NC_022119	TTCTA	2	10	157212	157221	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_022119	AGGAA	2	10	159665	159674	60 %	0 %	40 %	0 %	532424076
134	NC_022119	CAAAA	2	10	161668	161677	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_022119	AGAGA	2	10	162896	162905	60 %	0 %	40 %	0 %	532424079
136	NC_022119	AGCAA	2	10	163331	163340	60 %	0 %	20 %	20 %	532424079
137	NC_022119	CAAAA	2	10	166834	166843	80 %	0 %	0 %	20 %	532424081
138	NC_022119	AAGAG	2	10	167667	167676	60 %	0 %	40 %	0 %	532424081
139	NC_022119	GATTG	2	10	168012	168021	20 %	40 %	40 %	0 %	532424081
140	NC_022119	GTTTT	2	10	174494	174503	0 %	80 %	20 %	0 %	532424085
141	NC_022119	TATTG	2	10	174517	174526	20 %	60 %	20 %	0 %	532424085
142	NC_022119	CAGCA	2	10	174876	174885	40 %	0 %	20 %	40 %	532424085
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150	NC_022119	TTGAG	2	10	182405	182414	20 %	40 %	40 %	0 %	532424800
151	NC_022119	GAATG	2	10	182430	182439	40 %	20 %	40 %	0 %	532424800
152	NC_022119	AGAGA	2	10	184473	184482	60 %	0 %	40 %	0 %	532424091
153	NC_022119	ACGAT	2	10	186545	186554	40 %	20 %	20 %	20 %	532424093
154	NC_022119	CGATA	2	10	187357	187366	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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157	NC_022119	ACGAT	2	10	190670	190679	40 %	20 %	20 %	20 %	532424804
158	NC_022119	TTGTA	2	10	191648	191657	20 %	60 %	20 %	0 %	532424804
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173	NC_022119	TGTTT	2	10	214339	214348	0 %	80 %	20 %	0 %	532424113
174	NC_022119	CTTGT	2	10	214520	214529	0 %	60 %	20 %	20 %	532424113
175	NC_022119	TTTCT	2	10	215370	215379	0 %	80 %	0 %	20 %	532424113
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177	NC_022119	AAAAC	2	10	220668	220677	80 %	0 %	0 %	20 %	532424118
178	NC_022119	ATTTC	2	10	221008	221017	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_022119	GAAAC	2	10	222169	222178	60 %	0 %	20 %	20 %	532424120
180	NC_022119	CAATA	2	10	224131	224140	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
181	NC_022119	TATCT	2	10	224349	224358	20 %	60 %	0 %	20 %	532424122
182	NC_022119	TTTTC	2	10	224551	224560	0 %	80 %	0 %	20 %	532424122
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187	NC_022119	TCTTT	2	10	239674	239683	0 %	80 %	0 %	20 %	532424133
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196	NC_022119	GTATT	2	10	248830	248839	20 %	60 %	20 %	0 %	532424143
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207	NC_022119	ATACA	2	10	266746	266755	60 %	20 %	0 %	20 %	532424163
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209	NC_022119	TAAAA	2	10	268253	268262	80 %	20 %	0 %	0 %	532424165
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215	NC_022119	AGGAG	2	10	274671	274680	40 %	0 %	60 %	0 %	532424170
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228	NC_022119	AGAGA	2	10	301278	301287	60 %	0 %	40 %	0 %	532424193
229	NC_022119	TGTTT	2	10	301664	301673	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
230	NC_022119	ATTCC	2	10	301812	301821	20 %	40 %	0 %	40 %	532424194
231	NC_022119	CAATT	2	10	302487	302496	40 %	40 %	0 %	20 %	532424194
232	NC_022119	CACTT	2	10	304506	304515	20 %	40 %	0 %	40 %	532424196
233	NC_022119	TCACA	2	10	304832	304841	40 %	20 %	0 %	40 %	532424196
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235	NC_022119	CTTTT	2	10	308538	308547	0 %	80 %	0 %	20 %	532424201
236	NC_022119	CTTGG	2	10	312397	312406	0 %	40 %	40 %	20 %	532424205
237	NC_022119	AAACT	2	10	314350	314359	60 %	20 %	0 %	20 %	532424207
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239	NC_022119	TCCGG	2	10	316166	316175	0 %	20 %	40 %	40 %	532424208
240	NC_022119	TCCAA	2	10	317353	317362	40 %	20 %	0 %	40 %	532424209
241	NC_022119	ATTTA	2	10	318419	318428	40 %	60 %	0 %	0 %	532424210
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244	NC_022119	ATGGA	2	10	321408	321417	40 %	20 %	40 %	0 %	532424211
245	NC_022119	CAATT	2	10	321741	321750	40 %	40 %	0 %	20 %	532424812
246	NC_022119	AAGAA	2	10	324493	324502	80 %	0 %	20 %	0 %	532424213
247	NC_022119	CCCCT	2	10	325264	325273	0 %	20 %	0 %	80 %	532424214
248	NC_022119	AGAAA	2	10	330238	330247	80 %	0 %	20 %	0 %	532424220
249	NC_022119	TAAAT	2	10	330762	330771	60 %	40 %	0 %	0 %	532424221
250	NC_022119	CTAAA	2	10	331527	331536	60 %	20 %	0 %	20 %	532424222
251	NC_022119	CAAAA	2	10	332007	332016	80 %	0 %	0 %	20 %	532424222
252	NC_022119	GCAAC	2	10	333708	333717	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
253	NC_022119	CTTGT	2	10	333768	333777	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
254	NC_022119	CCTTT	2	10	334226	334235	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
255	NC_022119	CTAAA	2	10	337329	337338	60 %	20 %	0 %	20 %	532424225
256	NC_022119	TCCAA	2	10	337964	337973	40 %	20 %	0 %	40 %	532424225
257	NC_022119	TCCAT	2	10	338047	338056	20 %	40 %	0 %	40 %	532424225
258	NC_022119	CAGAG	2	10	340441	340450	40 %	0 %	40 %	20 %	532424226
259	NC_022119	CTTCA	2	10	342139	342148	20 %	40 %	0 %	40 %	532424227
260	NC_022119	CATTG	2	10	342243	342252	20 %	40 %	20 %	20 %	532424227
261	NC_022119	ATCCC	2	10	344299	344308	20 %	20 %	0 %	60 %	532424229
262	NC_022119	AAAAG	2	10	347196	347205	80 %	0 %	20 %	0 %	532424231
263	NC_022119	GTTAC	2	10	349952	349961	20 %	40 %	20 %	20 %	532424235
264	NC_022119	ATCTC	2	10	351170	351179	20 %	40 %	0 %	40 %	532424236
265	NC_022119	CCTTC	2	10	353376	353385	0 %	40 %	0 %	60 %	532424236
266	NC_022119	ACACT	2	10	353540	353549	40 %	20 %	0 %	40 %	532424236
267	NC_022119	CACGA	2	10	356887	356896	40 %	0 %	20 %	40 %	532424237
268	NC_022119	ATTTA	2	10	357472	357481	40 %	60 %	0 %	0 %	532424237
269	NC_022119	AAGGC	2	10	361984	361993	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_022119	AGTAG	2	10	364172	364181	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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383	NC_022119	CCTTT	2	10	509313	509322	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
384	NC_022119	CGAAT	2	10	512298	512307	40 %	20 %	20 %	20 %	532424362
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386	NC_022119	AGCTA	2	10	513669	513678	40 %	20 %	20 %	20 %	532424362
387	NC_022119	TAAAA	2	10	514333	514342	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
388	NC_022119	ACGAC	2	10	515774	515783	40 %	0 %	20 %	40 %	532424365
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399	NC_022119	AATCA	2	10	530300	530309	60 %	20 %	0 %	20 %	532424375
400	NC_022119	AGGGT	2	10	530402	530411	20 %	20 %	60 %	0 %	532424375
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443	NC_022119	ATTTC	2	10	584868	584877	20 %	60 %	0 %	20 %	532424425
444	NC_022119	TTCTC	2	10	585105	585114	0 %	60 %	0 %	40 %	532424425
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