MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/13-96

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022119	TATTT	2	10	7031	7040	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022119	AAAGA	2	10	33077	33086	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022119	TGCAA	2	10	42312	42321	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022119	CAAAA	2	10	42630	42639	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022119	CTATT	2	10	49574	49583	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022119	ATTAA	2	10	51365	51374	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022119	AATTT	2	10	54040	54049	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022119	AAAAG	2	10	68957	68966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022119	AAAAG	2	10	76650	76659	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022119	ATCAA	2	10	78348	78357	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022119	TTTGT	2	10	85085	85094	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022119	AATAA	2	10	88084	88093	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022119	TTTAA	2	10	93620	93629	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022119	CTTTT	2	10	94155	94164	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022119	CAATC	2	10	96496	96505	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022119	ACAAA	2	10	97701	97710	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022119	GCTCT	2	10	113973	113982	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_022119	TTGCA	2	10	136954	136963	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022119	TTCTA	2	10	157212	157221	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022119	CAAAA	2	10	161668	161677	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022119	CGATA	2	10	187357	187366	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022119	CTAAG	2	10	202517	202526	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022119	ATTTC	2	10	221008	221017	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022119	CAATA	2	10	224131	224140	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022119	TACAA	2	10	247838	247847	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022119	TTTCA	2	10	263954	263963	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022119	TGTTT	2	10	301664	301673	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022119	GCAAC	2	10	333708	333717	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022119	CTTGT	2	10	333768	333777	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022119	CCTTT	2	10	334226	334235	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022119	AAGGC	2	10	361984	361993	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022119	GCTTC	2	10	364094	364103	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_022119	AGTAG	2	10	364172	364181	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022119	TCTCT	2	10	367725	367734	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022119	AACAA	2	10	368108	368117	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022119	AAAAC	2	10	368430	368439	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022119	AAGCG	2	10	403952	403961	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_022119	TATCT	2	10	409478	409487	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022119	GTATA	2	10	416195	416204	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022119	AGCAA	2	10	416231	416240	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022119	AAAAT	2	10	418080	418089	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022119	CTCTT	2	10	428144	428153	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_022119	TAAAA	2	10	430687	430696	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022119	AGAAA	2	10	436361	436370	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022119	CTCTT	2	10	436400	436409	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_022119	GAAGA	2	10	436410	436419	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022119	AAATT	2	10	436689	436698	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022119	AATTT	2	10	436710	436719	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022119	ATAGA	2	10	449981	449990	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022119	TAAAA	2	10	464918	464927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022119	CAAAA	2	10	485365	485374	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022119	AATCT	2	10	502704	502713	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022119	TTTCT	2	10	508304	508313	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_022119	CCTTT	2	10	509313	509322	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_022119	TAAAA	2	10	514333	514342	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022119	AGGAA	2	10	516317	516326	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022119	ATGAA	2	10	516341	516350	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022119	CAAAA	2	10	524569	524578	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022119	TTTTC	2	10	536605	536614	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022119	AAAAG	2	10	557859	557868	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022119	GAAAA	2	10	565043	565052	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022119	ATTTT	2	10	566480	566489	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022119	ATACT	2	10	572553	572562	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_022119	AAAGG	2	10	581508	581517	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022119	ATTAA	2	10	637056	637065	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022119	GCAAA	2	10	671522	671531	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022119	TATCG	2	10	672743	672752	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022119	TAAAA	2	10	685577	685586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022119	TTTAT	2	10	697532	697541	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022119	TCATG	2	10	697727	697736	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022119	GAAAA	2	10	707188	707197	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022119	GAAGA	2	10	737149	737158	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022119	TTTCT	2	10	746663	746672	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022119	AGAAT	2	10	759959	759968	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022119	AGGGG	2	10	760190	760199	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022119	GGATA	2	10	775083	775092	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022119	ATTTT	2	10	778933	778942	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022119	AGGTA	2	10	784132	784141	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022119	TCCTT	2	10	785315	785324	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_022119	TTTCT	2	10	804731	804740	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022119	AGAAA	2	10	813263	813272	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022119	AAGAG	2	10	825102	825111	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022119	TGGCA	2	10	835062	835071	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_022119	CTTTT	2	10	859394	859403	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022119	AGAAA	2	10	863751	863760	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022119	GGGTT	2	10	877492	877501	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022119	CTTTT	2	10	881442	881451	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022119	TAGAA	2	10	889912	889921	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022119	ATGGA	2	10	899165	899174	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022119	CTTTT	2	10	905947	905956	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022119	AGAGC	2	10	908979	908988	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_022119	AAGAG	2	10	928653	928662	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022119	GCTAG	2	10	928679	928688	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022119	CTAGT	2	10	968772	968781	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_022119	TAAAA	2	10	984767	984776	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022119	ATAAA	2	10	984798	984807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022119	CGGGG	2	10	1006208	1006217	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
98	NC_022119	TATTT	2	10	1008366	1008375	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022119	TAGAA	2	10	1019793	1019802	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022119	TTAGA	2	10	1024432	1024441	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022119	TTTTA	2	10	1042110	1042119	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.