MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/6-94

Total Repeats: 96

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022118	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022118	AAAGA	2	10	33093	33102	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022118	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022118	CAAAA	2	10	42645	42654	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022118	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022118	ATTAA	2	10	51381	51390	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022118	AATTT	2	10	54056	54065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022118	AAAAG	2	10	68967	68976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022118	AAAAG	2	10	76660	76669	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022118	ATCAA	2	10	78358	78367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022118	TTTGT	2	10	85095	85104	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022118	AATAA	2	10	88094	88103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022118	TTTAA	2	10	93629	93638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022118	CTTTT	2	10	94164	94173	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022118	CAATC	2	10	96505	96514	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022118	ACAAA	2	10	97710	97719	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022118	GCTCT	2	10	113981	113990	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_022118	TTGCA	2	10	136962	136971	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022118	TTCTA	2	10	157208	157217	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022118	CAAAA	2	10	161665	161674	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022118	CGATA	2	10	187352	187361	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022118	CTAAG	2	10	202509	202518	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022118	ATTTC	2	10	220998	221007	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022118	CAATA	2	10	224121	224130	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022118	AATCT	2	10	240258	240267	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022118	TACAA	2	10	247828	247837	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022118	TGTTT	2	10	301654	301663	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022118	GCAAC	2	10	333698	333707	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022118	CTTGT	2	10	333758	333767	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022118	CCTTT	2	10	334216	334225	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022118	AAGGC	2	10	361973	361982	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022118	GCTTC	2	10	364083	364092	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_022118	AGTAG	2	10	364161	364170	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022118	TCTCT	2	10	367714	367723	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022118	AACAA	2	10	368097	368106	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022118	AAAAC	2	10	368419	368428	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022118	AAGCG	2	10	403940	403949	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_022118	TATCT	2	10	409468	409477	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022118	GTATA	2	10	416186	416195	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022118	AGCAA	2	10	416222	416231	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022118	AAAAT	2	10	418070	418079	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022118	CTCTT	2	10	428134	428143	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_022118	TAAAA	2	10	430677	430686	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022118	AGAAA	2	10	436351	436360	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022118	CTCTT	2	10	436390	436399	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_022118	GAAGA	2	10	436400	436409	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022118	AAATT	2	10	436679	436688	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022118	AATTT	2	10	436700	436709	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022118	ATAGA	2	10	449971	449980	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022118	TAAAA	2	10	464907	464916	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022118	CAAAA	2	10	485354	485363	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022118	AATCT	2	10	502694	502703	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022118	TAAAA	2	10	514323	514332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022118	ATGAA	2	10	516331	516340	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022118	CAAAA	2	10	524559	524568	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_022118	AAAAG	2	10	557847	557856	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022118	GAAAA	2	10	565031	565040	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022118	ATTTT	2	10	566468	566477	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022118	ATACT	2	10	572541	572550	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022118	AAAGG	2	10	581497	581506	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022118	ACCAA	2	10	590052	590061	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_022118	ATTAA	2	10	637042	637051	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022118	GCAAA	2	10	671508	671517	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_022118	TATCG	2	10	672729	672738	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022118	TAAAA	2	10	685563	685572	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022118	TTTAT	2	10	697518	697527	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022118	TCATG	2	10	697713	697722	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022118	GAAAA	2	10	707174	707183	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022118	GAAGA	2	10	737132	737141	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022118	TTTCT	2	10	746646	746655	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022118	AGAAT	2	10	759942	759951	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022118	AGGGG	2	10	760173	760182	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022118	GGATA	2	10	775065	775074	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022118	GAAAA	2	10	780853	780862	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022118	AGGTA	2	10	784126	784135	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022118	TTTCT	2	10	804725	804734	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_022118	AGAAA	2	10	813255	813264	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022118	AAGAG	2	10	825094	825103	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022118	TGGCA	2	10	835054	835063	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_022118	CTCAC	2	10	849295	849304	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_022118	CTTTT	2	10	859387	859396	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022118	AGAAA	2	10	863744	863753	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022118	GAAGA	2	10	875917	875926	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022118	CTTTT	2	10	881437	881446	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022118	ATGGA	2	10	899160	899169	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022118	CTTTT	2	10	905942	905951	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_022118	AGAGC	2	10	908974	908983	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022118	AAGAG	2	10	928648	928657	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022118	GCTAG	2	10	928674	928683	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_022118	TAAAA	2	10	984761	984770	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022118	GGAAA	2	10	999436	999445	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022118	CGGGG	2	10	1006202	1006211	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022118	TATTT	2	10	1008361	1008370	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022118	TAGAA	2	10	1019789	1019798	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022118	TTAGA	2	10	1024426	1024435	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022118	TTTTA	2	10	1042104	1042113	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.