MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/6-94

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022118	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022118	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022118	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022118	GGAG	2	8	6304	6311	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022118	TATG	2	8	6953	6960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022118	TATT	2	8	9309	9316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022118	AGAA	2	8	11203	11210	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022118	AAGG	2	8	13439	13446	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022118	CAAA	2	8	16073	16080	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022118	GCCA	2	8	21021	21028	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022118	CGCT	2	8	21269	21276	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022118	TTAA	2	8	21290	21297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022118	GTTA	2	8	21327	21334	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022118	GATC	2	8	21382	21389	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022118	ATTG	2	8	27939	27946	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022118	TGTT	2	8	43816	43823	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022118	AATA	2	8	44055	44062	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022118	TATT	2	8	52180	52187	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022118	GTTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022118	TGTT	2	8	54048	54055	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022118	TAAT	2	8	54092	54099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022118	ACAA	2	8	67355	67362	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022118	AAGG	2	8	67453	67460	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022118	TCTA	2	8	76593	76600	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022118	GTTT	2	8	79367	79374	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022118	ATTC	2	8	79570	79577	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022118	GGTT	2	8	79720	79727	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022118	GTTT	2	8	88027	88034	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022118	TTTA	2	8	88050	88057	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022118	GTTT	2	8	88062	88069	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022118	GTTT	2	8	88113	88120	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022118	GAAT	2	8	90380	90387	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022118	AAGT	2	8	90412	90419	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022118	AAAT	2	8	93656	93663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022118	TATT	2	8	97687	97694	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022118	CTGG	2	8	120372	120379	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_022118	GTTT	2	8	134873	134880	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022118	ATCT	2	8	151582	151589	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022118	GCTG	2	8	151621	151628	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_022118	TGTT	2	8	157195	157202	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022118	AAAG	2	8	158037	158044	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022118	TTTA	2	8	158046	158053	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022118	TAAT	2	8	158163	158170	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022118	TAAT	2	8	158999	159006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022118	GCTT	2	8	161635	161642	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_022118	CTTC	2	8	165706	165713	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_022118	TTAG	2	8	170114	170121	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022118	AAAC	2	8	171860	171867	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_022118	GTAT	2	8	173042	173049	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022118	TTCA	2	8	173211	173218	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_022118	GGAA	2	8	178230	178237	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022118	TTGA	2	8	179423	179430	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022118	TTCC	2	8	180641	180648	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_022118	AAAC	2	8	180744	180751	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022118	AAAG	2	8	182019	182026	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022118	AAGA	2	8	182037	182044	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022118	AAAG	2	8	182217	182224	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022118	AAAC	2	8	187434	187441	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022118	GGAC	2	8	187793	187800	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_022118	ATGC	2	8	192608	192615	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022118	ATTT	2	8	196196	196203	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022118	AACT	2	8	196207	196214	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_022118	GAAA	2	8	202629	202636	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022118	CCTT	2	8	215761	215768	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_022118	CTAT	2	8	219451	219458	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_022118	GCAA	2	8	219695	219702	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_022118	AATT	2	8	221031	221038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022118	AAAC	2	8	225110	225117	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_022118	AAAT	2	8	243346	243353	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022118	AAGA	2	8	243365	243372	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022118	AATA	2	8	250458	250465	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022118	GAAA	2	8	252077	252084	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022118	GCAG	2	8	252126	252133	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_022118	AGAA	2	8	252159	252166	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022118	CCCA	2	8	252982	252989	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
76	NC_022118	CCAA	2	8	254042	254049	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_022118	AAAC	2	8	254649	254656	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_022118	TAAA	2	8	264054	264061	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022118	CAAA	2	8	266989	266996	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_022118	TCTA	2	8	273357	273364	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_022118	ATTT	2	8	273503	273510	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022118	GTTT	2	8	279345	279352	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022118	AAAG	2	8	279380	279387	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022118	TGCC	2	8	279868	279875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_022118	GGGA	2	8	283716	283723	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022118	CAAA	2	8	283761	283768	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_022118	TAAA	2	8	284858	284865	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022118	GATA	2	8	286518	286525	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022118	AATC	2	8	291643	291650	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_022118	ACAA	2	8	297412	297419	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_022118	CCCT	2	8	299309	299316	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_022118	TAAA	2	8	301781	301788	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022118	TCCA	2	8	304940	304947	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_022118	TCCC	2	8	305142	305149	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
95	NC_022118	ATTG	2	8	306327	306334	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022118	TAAA	2	8	317737	317744	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022118	CAGA	2	8	317745	317752	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022118	AATA	2	8	317812	317819	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022118	CAAT	2	8	327441	327448	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_022118	GCTA	2	8	328131	328138	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022118	TTAG	2	8	330141	330148	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022118	CAGT	2	8	333820	333827	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_022118	TTGT	2	8	333960	333967	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022118	CAAG	2	8	340008	340015	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022118	GCAA	2	8	358816	358823	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022118	TTTA	2	8	363517	363524	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022118	TAGT	2	8	364122	364129	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022118	GCTT	2	8	368156	368163	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022118	TAAA	2	8	368434	368441	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022118	AAAT	2	8	369352	369359	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022118	CCTT	2	8	369374	369381	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_022118	ATCT	2	8	369407	369414	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_022118	ACAA	2	8	369416	369423	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_022118	TTTA	2	8	391158	391165	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022118	AATT	2	8	391966	391973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022118	TTAT	2	8	395359	395366	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022118	GCAA	2	8	395412	395419	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_022118	TCAT	2	8	404705	404712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022118	CTTT	2	8	406797	406804	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_022118	CAAA	2	8	406841	406848	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022118	ATAA	2	8	410574	410581	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022118	ATTT	2	8	416257	416264	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022118	AGAA	2	8	416267	416274	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022118	ATTA	2	8	418055	418062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022118	TTCT	2	8	428113	428120	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_022118	AACT	2	8	430345	430352	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_022118	CAAA	2	8	430693	430700	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022118	ATAG	2	8	434239	434246	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022118	TTCC	2	8	434521	434528	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_022118	AAAC	2	8	440416	440423	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_022118	AAAT	2	8	440558	440565	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022118	TAAC	2	8	443124	443131	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_022118	AATT	2	8	447984	447991	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022118	AAAC	2	8	447997	448004	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022118	CTTC	2	8	448139	448146	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_022118	TCTT	2	8	453803	453810	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_022118	TAAT	2	8	453816	453823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022118	CATG	2	8	456350	456357	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_022118	GCAA	2	8	457470	457477	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022118	AGGA	2	8	459980	459987	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022118	CTTT	2	8	465019	465026	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_022118	CAAA	2	8	466485	466492	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_022118	AGAA	2	8	485555	485562	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022118	TAAA	2	8	489215	489222	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022118	GATC	2	8	491632	491639	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022118	AGAA	2	8	493549	493556	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022118	TGTT	2	8	494075	494082	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022118	ATTT	2	8	502741	502748	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022118	TTTG	2	8	508751	508758	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022118	TAAT	2	8	508865	508872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022118	TCGC	2	8	509461	509468	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_022118	TAGT	2	8	513881	513888	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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300	NC_022118	GGAA	2	8	982045	982052	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
301	NC_022118	TTTA	2	8	984746	984753	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_022118	GAAA	2	8	990105	990112	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_022118	CTAA	2	8	993039	993046	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
304	NC_022118	TAAG	2	8	993054	993061	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
305	NC_022118	ATTT	2	8	995805	995812	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_022118	CCTT	2	8	997277	997284	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
307	NC_022118	TTTA	2	8	998421	998428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_022118	CTTT	2	8	998994	999001	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
309	NC_022118	GGAA	2	8	999096	999103	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
310	NC_022118	GCGA	2	8	999226	999233	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
311	NC_022118	CTGT	2	8	1008576	1008583	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
312	NC_022118	TGTT	2	8	1008719	1008726	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
313	NC_022118	ATGC	2	8	1011976	1011983	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
314	NC_022118	TGAA	2	8	1018517	1018524	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
315	NC_022118	GAAA	2	8	1019913	1019920	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
316	NC_022118	AAAC	2	8	1024297	1024304	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
317	NC_022118	ATTA	2	8	1024322	1024329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
318	NC_022118	TAAT	2	8	1031992	1031999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_022118	TTCT	2	8	1032043	1032050	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
320	NC_022118	CAAA	2	8	1038309	1038316	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
321	NC_022118	CTTT	2	8	1038325	1038332	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
322	NC_022118	TATT	2	8	1042056	1042063	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_022118	GGTT	2	8	1042120	1042127	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
324	NC_022118	GGAT	2	8	1042188	1042195	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
325	NC_022118	AGTG	2	8	1042678	1042685	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
326	NC_022118	TGGC	2	8	1042712	1042719	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.