MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/1-93

Total Repeats: 334

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022117	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022117	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022117	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022117	GGAG	2	8	6305	6312	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022117	TATG	2	8	6954	6961	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022117	TATT	2	8	9310	9317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022117	AGAA	2	8	11204	11211	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022117	AAGG	2	8	13440	13447	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022117	CAAA	2	8	16074	16081	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022117	GCCA	2	8	21022	21029	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022117	CGCT	2	8	21270	21277	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022117	TTAA	2	8	21291	21298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022117	GTTA	2	8	21328	21335	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022117	GATC	2	8	21383	21390	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022117	ATTG	2	8	27941	27948	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022117	TGTT	2	8	43817	43824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022117	AATA	2	8	44056	44063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022117	TATT	2	8	52289	52296	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022117	GTTT	2	8	54149	54156	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022117	TGTT	2	8	54157	54164	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022117	TAAT	2	8	54201	54208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022117	ACAA	2	8	67466	67473	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022117	AAGG	2	8	67564	67571	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022117	TCTA	2	8	76704	76711	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022117	GTTT	2	8	79479	79486	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022117	ATTC	2	8	79682	79689	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022117	GGTT	2	8	79832	79839	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022117	GTTT	2	8	88139	88146	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022117	TTTA	2	8	88162	88169	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022117	GTTT	2	8	88174	88181	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022117	GTTT	2	8	88225	88232	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022117	GAAT	2	8	90492	90499	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022117	AAGT	2	8	90524	90531	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022117	AAAT	2	8	93769	93776	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022117	TATT	2	8	97800	97807	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022117	GATT	2	8	100269	100276	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022117	TATC	2	8	101672	101679	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_022117	CTGG	2	8	120493	120500	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022117	CTTC	2	8	120992	120999	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_022117	TTTC	2	8	121801	121808	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_022117	AAAG	2	8	122532	122539	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022117	TCTA	2	8	122601	122608	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_022117	GGTC	2	8	122653	122660	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_022117	TGGA	2	8	123819	123826	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022117	GCAA	2	8	123854	123861	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_022117	ATCG	2	8	124119	124126	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_022117	CTTC	2	8	124536	124543	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_022117	ATAA	2	8	124738	124745	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022117	GTTT	2	8	134951	134958	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022117	ATCT	2	8	151670	151677	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_022117	GCTG	2	8	151709	151716	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_022117	TGTT	2	8	157285	157292	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022117	AAAG	2	8	158127	158134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022117	TTTA	2	8	158136	158143	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022117	TAAT	2	8	158253	158260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022117	TAAT	2	8	159088	159095	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022117	GCTT	2	8	161724	161731	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022117	CTTC	2	8	165795	165802	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_022117	TTAG	2	8	170204	170211	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022117	AAAC	2	8	171951	171958	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022117	GTAT	2	8	173133	173140	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022117	TTCA	2	8	173302	173309	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_022117	GGAA	2	8	178320	178327	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022117	TTGA	2	8	179513	179520	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022117	TGTT	2	8	179721	179728	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022117	TTCC	2	8	180730	180737	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_022117	AAAC	2	8	180833	180840	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_022117	TTTG	2	8	180943	180950	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022117	TGCA	2	8	181061	181068	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_022117	AAAG	2	8	181430	181437	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022117	GTTT	2	8	181733	181740	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022117	AAAG	2	8	182105	182112	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022117	AAGA	2	8	182123	182130	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022117	TTTC	2	8	184107	184114	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_022117	ATCG	2	8	184364	184371	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_022117	AAAC	2	8	187507	187514	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022117	GGAC	2	8	187866	187873	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_022117	ATGC	2	8	192697	192704	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022117	ATTT	2	8	196282	196289	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022117	AACT	2	8	196293	196300	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_022117	GAAA	2	8	202684	202691	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022117	CTAT	2	8	219505	219512	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_022117	GCAA	2	8	219749	219756	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_022117	AATT	2	8	221085	221092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022117	AAAT	2	8	243400	243407	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022117	AAGA	2	8	243419	243426	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022117	AATA	2	8	250510	250517	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022117	GCAG	2	8	252176	252183	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_022117	AGAA	2	8	252209	252216	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022117	CCCA	2	8	253033	253040	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_022117	GCAA	2	8	253322	253329	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_022117	CCAA	2	8	254092	254099	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022117	TTCA	2	8	254167	254174	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_022117	AAAC	2	8	254699	254706	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_022117	TAAA	2	8	264104	264111	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022117	ATTT	2	8	273552	273559	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022117	AAAG	2	8	279429	279436	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022117	CAAA	2	8	283810	283817	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_022117	AATC	2	8	291693	291700	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_022117	ACAA	2	8	297460	297467	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022117	TCAA	2	8	298873	298880	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_022117	CCCT	2	8	299357	299364	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_022117	TAAA	2	8	301829	301836	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022117	TCCC	2	8	305190	305197	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_022117	ATTG	2	8	306375	306382	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022117	AATA	2	8	317861	317868	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022117	CAAT	2	8	327490	327497	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_022117	GCTA	2	8	328180	328187	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022117	TTAG	2	8	330190	330197	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022117	CAGT	2	8	333869	333876	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_022117	TTGT	2	8	334009	334016	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022117	CAAG	2	8	340046	340053	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_022117	GCAA	2	8	358851	358858	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_022117	TTTA	2	8	363552	363559	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022117	CAAA	2	8	363846	363853	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_022117	GCTT	2	8	368188	368195	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_022117	TAAA	2	8	368466	368473	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022117	AAAT	2	8	369384	369391	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022117	CCTT	2	8	369406	369413	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_022117	ATCT	2	8	369439	369446	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022117	CCAG	2	8	385329	385336	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_022117	TTTA	2	8	391186	391193	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022117	AATT	2	8	391994	392001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022117	TCTT	2	8	394825	394832	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_022117	TTAT	2	8	395387	395394	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022117	GCAA	2	8	395440	395447	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_022117	AGAA	2	8	399147	399154	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022117	TCAT	2	8	404734	404741	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_022117	CTTT	2	8	406826	406833	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_022117	CAAA	2	8	406870	406877	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_022117	ATAA	2	8	410604	410611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022117	ATTT	2	8	416287	416294	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022117	AGAA	2	8	416297	416304	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022117	ACTG	2	8	424576	424583	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022117	TTCT	2	8	428140	428147	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_022117	AACT	2	8	430372	430379	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_022117	CAAA	2	8	430720	430727	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_022117	ATAG	2	8	434266	434273	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022117	TTCC	2	8	434548	434555	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_022117	AAAT	2	8	440590	440597	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022117	TTAT	2	8	444681	444688	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022117	CTTC	2	8	448171	448178	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_022117	TAAA	2	8	448222	448229	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022117	TCTT	2	8	453836	453843	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_022117	TAAT	2	8	453849	453856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022117	CATG	2	8	456383	456390	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_022117	GCAA	2	8	457503	457510	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_022117	GCAT	2	8	457596	457603	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_022117	AGGA	2	8	460013	460020	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022117	CTTT	2	8	465052	465059	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_022117	AGAA	2	8	485587	485594	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022117	TAAA	2	8	489247	489254	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_022117	TCTT	2	8	973898	973905	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
303	NC_022117	TGTT	2	8	974408	974415	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_022117	ATAG	2	8	1027864	1027871	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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330	NC_022117	TATT	2	8	1041821	1041828	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_022117	GGTT	2	8	1041885	1041892	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
332	NC_022117	GGAT	2	8	1041953	1041960	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.