MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022110	GAAGGA	2	12	757	768	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022110	CAAAAA	2	12	6242	6253	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_022110	GTGTAA	2	12	55017	55028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022110	GGTTCA	2	12	55106	55117	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_022110	AGTTGT	2	12	57638	57649	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022110	TTGTTC	2	12	58556	58567	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_022110	AAAAAT	2	12	60858	60869	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022110	ATCTAG	2	12	76573	76584	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_022110	TTTTAG	2	12	115824	115835	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022110	TAAAAA	2	12	120419	120430	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022110	TTGGTA	2	12	120467	120478	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022110	TCCTTG	2	12	158165	158176	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_022110	AAAAAG	2	12	173391	173402	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022110	AGAAAA	2	12	182014	182025	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022110	ACTTCT	2	12	189069	189080	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_022110	AAACAT	2	12	192843	192854	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_022110	CCTGCA	2	12	255439	255450	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_022110	AAAAAT	2	12	321621	321632	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022110	CTGTAT	2	12	454758	454769	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_022110	CTAAAG	2	12	455826	455837	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_022110	AACTAA	2	12	514332	514343	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_022110	TCTCTA	2	12	516419	516430	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_022110	CAAATC	2	12	535008	535019	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_022110	AAAGAA	2	12	541300	541311	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022110	CCTTAG	2	12	623249	623260	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_022110	TTATTT	2	12	648666	648677	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022110	CCGCAA	2	12	698205	698216	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_022110	TATCCA	2	12	721567	721578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_022110	TATTGA	2	12	737463	737474	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022110	GGGAAG	2	12	758710	758721	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022110	CAATTA	2	12	778000	778011	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_022110	ATGAAG	2	12	783763	783774	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022110	TAAGGA	2	12	855704	855715	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022110	CCGGAG	2	12	856622	856633	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_022110	CTTTTT	2	12	861237	861248	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_022110	TAAGGA	2	12	877755	877766	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022110	CCGGAG	2	12	878673	878684	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_022110	GTTTTT	2	12	890022	890033	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022110	CGGAGG	2	12	945685	945696	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_022110	CGTTGA	2	12	1023574	1023585	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_022110	GAAAAA	2	12	1028502	1028513	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.