MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 756

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022110	TGTGA	2	10	3276	3285	20 %	40 %	40 %	0 %	532353208
2	NC_022110	TTGAA	2	10	3632	3641	40 %	40 %	20 %	0 %	532353209
3	NC_022110	GAGAA	2	10	3926	3935	60 %	0 %	40 %	0 %	532353209
4	NC_022110	GAAAA	2	10	4363	4372	80 %	0 %	20 %	0 %	532353209
5	NC_022110	TTACA	2	10	4518	4527	40 %	40 %	0 %	20 %	532353209
6	NC_022110	GTCTT	2	10	5209	5218	0 %	60 %	20 %	20 %	532353210
7	NC_022110	TATTT	2	10	7024	7033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022110	TGGTA	2	10	7682	7691	20 %	40 %	40 %	0 %	532353212
9	NC_022110	CGAAA	2	10	9090	9099	60 %	0 %	20 %	20 %	532353213
10	NC_022110	GGCTG	2	10	9726	9735	0 %	20 %	60 %	20 %	532353214
11	NC_022110	CCTCT	2	10	10518	10527	0 %	40 %	0 %	60 %	532353215
12	NC_022110	AAAGG	2	10	10677	10686	60 %	0 %	40 %	0 %	532353215
13	NC_022110	AAGAA	2	10	11797	11806	80 %	0 %	20 %	0 %	532353216
14	NC_022110	AAAGA	2	10	13195	13204	80 %	0 %	20 %	0 %	532353217
15	NC_022110	GGTGT	2	10	13299	13308	0 %	40 %	60 %	0 %	532353217
16	NC_022110	GATTT	2	10	15042	15051	20 %	60 %	20 %	0 %	532353219
17	NC_022110	CGTTC	2	10	16153	16162	0 %	40 %	20 %	40 %	532353220
18	NC_022110	GCTTC	2	10	16526	16535	0 %	40 %	20 %	40 %	532353220
19	NC_022110	GAAGG	2	10	16897	16906	40 %	0 %	60 %	0 %	532353220
20	NC_022110	GTTGT	2	10	20323	20332	0 %	60 %	40 %	0 %	532353223
21	NC_022110	AAGAT	2	10	21435	21444	60 %	20 %	20 %	0 %	532353224
22	NC_022110	TTTGC	2	10	22046	22055	0 %	60 %	20 %	20 %	532353224
23	NC_022110	TGCTT	2	10	23365	23374	0 %	60 %	20 %	20 %	532353224
24	NC_022110	GGAAA	2	10	23799	23808	60 %	0 %	40 %	0 %	532353224
25	NC_022110	AGAGG	2	10	25523	25532	40 %	0 %	60 %	0 %	532353225
26	NC_022110	GGAGA	2	10	27302	27311	40 %	0 %	60 %	0 %	532353226
27	NC_022110	ATCCG	2	10	28052	28061	20 %	20 %	20 %	40 %	532353228
28	NC_022110	AGGGT	2	10	28570	28579	20 %	20 %	60 %	0 %	532353228
29	NC_022110	CCTAT	2	10	29610	29619	20 %	40 %	0 %	40 %	532353229
30	NC_022110	GAAGG	2	10	30409	30418	40 %	0 %	60 %	0 %	532353230
31	NC_022110	GAGCT	2	10	31449	31458	20 %	20 %	40 %	20 %	532353231
32	NC_022110	AAAGA	2	10	33082	33091	80 %	0 %	20 %	0 %	532353233
33	NC_022110	TCAGT	2	10	35688	35697	20 %	40 %	20 %	20 %	532353237
34	NC_022110	CTATT	2	10	36122	36131	20 %	60 %	0 %	20 %	532353237
35	NC_022110	TCCTA	2	10	36169	36178	20 %	40 %	0 %	40 %	532353237
36	NC_022110	ACGAT	2	10	38085	38094	40 %	20 %	20 %	20 %	532353238
37	NC_022110	TTTGA	2	10	38450	38459	20 %	60 %	20 %	0 %	532353238
38	NC_022110	AGCAA	2	10	42101	42110	60 %	0 %	20 %	20 %	532353241
39	NC_022110	CGATG	2	10	42158	42167	20 %	20 %	40 %	20 %	532353241
40	NC_022110	TGCAA	2	10	42316	42325	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022110	CAAAA	2	10	42631	42640	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_022110	TTTAT	2	10	44228	44237	20 %	80 %	0 %	0 %	532353245
43	NC_022110	CTTTC	2	10	46325	46334	0 %	60 %	0 %	40 %	532353247
44	NC_022110	AGTTT	2	10	46864	46873	20 %	60 %	20 %	0 %	532353247
45	NC_022110	GAAGA	2	10	47996	48005	60 %	0 %	40 %	0 %	532353247
46	NC_022110	CTATT	2	10	49575	49584	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_022110	CTTTT	2	10	50026	50035	0 %	80 %	0 %	20 %	532353250
48	NC_022110	CCGTA	2	10	53799	53808	20 %	20 %	20 %	40 %	532353253
49	NC_022110	AATTT	2	10	54039	54048	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022110	TTATC	2	10	55207	55216	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_022110	GTTGT	2	10	56266	56275	0 %	60 %	40 %	0 %	532354032
52	NC_022110	GAGCA	2	10	59711	59720	40 %	0 %	40 %	20 %	532353254
53	NC_022110	TGTGA	2	10	62155	62164	20 %	40 %	40 %	0 %	532353256
54	NC_022110	AGTGA	2	10	63680	63689	40 %	20 %	40 %	0 %	532353257
55	NC_022110	CCTTC	2	10	63954	63963	0 %	40 %	0 %	60 %	532353257
56	NC_022110	AGGAG	2	10	66182	66191	40 %	0 %	60 %	0 %	532353259
57	NC_022110	GTTAA	2	10	66312	66321	40 %	40 %	20 %	0 %	532353259
58	NC_022110	AAAAG	2	10	68930	68939	80 %	0 %	20 %	0 %	532353261
59	NC_022110	GGAGC	2	10	69552	69561	20 %	0 %	60 %	20 %	532353262
60	NC_022110	GCGAT	2	10	69742	69751	20 %	20 %	40 %	20 %	532353262
61	NC_022110	CTCTT	2	10	70096	70105	0 %	60 %	0 %	40 %	532353262
62	NC_022110	AGGGG	2	10	70742	70751	20 %	0 %	80 %	0 %	532353262
63	NC_022110	AAGAA	2	10	70784	70793	80 %	0 %	20 %	0 %	532353262
64	NC_022110	CTTGC	2	10	71873	71882	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_022110	ATTGG	2	10	72073	72082	20 %	40 %	40 %	0 %	532353264
66	NC_022110	GAAAA	2	10	73145	73154	80 %	0 %	20 %	0 %	532353264
67	NC_022110	TGGGA	2	10	73562	73571	20 %	20 %	60 %	0 %	532353265
68	NC_022110	TATTT	2	10	76089	76098	20 %	80 %	0 %	0 %	532353266
69	NC_022110	AAAAG	2	10	76622	76631	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022110	ATCAA	2	10	78320	78329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022110	TGTCT	2	10	79881	79890	0 %	60 %	20 %	20 %	532353269
72	NC_022110	TTACT	2	10	80388	80397	20 %	60 %	0 %	20 %	532353269
73	NC_022110	AGAAA	2	10	81778	81787	80 %	0 %	20 %	0 %	532353271
74	NC_022110	GGAAG	2	10	82291	82300	40 %	0 %	60 %	0 %	532353271
75	NC_022110	AGCGA	2	10	84757	84766	40 %	0 %	40 %	20 %	532353273
76	NC_022110	TTTGT	2	10	85056	85065	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022110	GATCC	2	10	85842	85851	20 %	20 %	20 %	40 %	532353274
78	NC_022110	AGAGC	2	10	87177	87186	40 %	0 %	40 %	20 %	532354034
79	NC_022110	AATAA	2	10	88055	88064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022110	TTTTC	2	10	90909	90918	0 %	80 %	0 %	20 %	532353277
81	NC_022110	GGATG	2	10	91169	91178	20 %	20 %	60 %	0 %	532353278
82	NC_022110	CAACA	2	10	92708	92717	60 %	0 %	0 %	40 %	532353279
83	NC_022110	TTTAA	2	10	93591	93600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022110	ACAGC	2	10	93752	93761	40 %	0 %	20 %	40 %	532353281
85	NC_022110	CTTTT	2	10	94126	94135	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_022110	GGAAC	2	10	94465	94474	40 %	0 %	40 %	20 %	532353282
87	NC_022110	GGATT	2	10	95365	95374	20 %	40 %	40 %	0 %	532353282
88	NC_022110	CAATC	2	10	96464	96473	40 %	20 %	0 %	40 %	532353283
89	NC_022110	TTTGC	2	10	96598	96607	0 %	60 %	20 %	20 %	532353284
90	NC_022110	ATTCA	2	10	96862	96871	40 %	40 %	0 %	20 %	532353284
91	NC_022110	GATCC	2	10	97121	97130	20 %	20 %	20 %	40 %	532353284
92	NC_022110	GTTTT	2	10	97542	97551	0 %	80 %	20 %	0 %	532353284
93	NC_022110	ACAAA	2	10	97669	97678	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022110	AAGCT	2	10	98742	98751	40 %	20 %	20 %	20 %	532353285
95	NC_022110	AGGGG	2	10	99101	99110	20 %	0 %	80 %	0 %	532353285
96	NC_022110	ATAGC	2	10	99796	99805	40 %	20 %	20 %	20 %	532353286
97	NC_022110	TTCCC	2	10	100399	100408	0 %	40 %	0 %	60 %	532353287
98	NC_022110	AGCGA	2	10	102719	102728	40 %	0 %	40 %	20 %	532353289
99	NC_022110	TTTCT	2	10	103077	103086	0 %	80 %	0 %	20 %	532353289
100	NC_022110	CTTCT	2	10	103131	103140	0 %	60 %	0 %	40 %	532353289
101	NC_022110	ATCAT	2	10	104283	104292	40 %	40 %	0 %	20 %	532353290
102	NC_022110	GGCAT	2	10	104989	104998	20 %	20 %	40 %	20 %	532353290
103	NC_022110	AAAGC	2	10	108715	108724	60 %	0 %	20 %	20 %	532353293
104	NC_022110	GCATT	2	10	109875	109884	20 %	40 %	20 %	20 %	532353294
105	NC_022110	GCTCT	2	10	113925	113934	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_022110	TGTTT	2	10	114549	114558	0 %	80 %	20 %	0 %	532353296
107	NC_022110	CATGT	2	10	114927	114936	20 %	40 %	20 %	20 %	532353296
108	NC_022110	TATCG	2	10	115631	115640	20 %	40 %	20 %	20 %	532353296
109	NC_022110	TTTCT	2	10	116147	116156	0 %	80 %	0 %	20 %	532353297
110	NC_022110	AAAGA	2	10	118391	118400	80 %	0 %	20 %	0 %	532353299
111	NC_022110	GCAAA	2	10	121347	121356	60 %	0 %	20 %	20 %	532353302
112	NC_022110	GCTTC	2	10	122381	122390	0 %	40 %	20 %	40 %	532353302
113	NC_022110	TACAA	2	10	126165	126174	60 %	20 %	0 %	20 %	532353306
114	NC_022110	ATCCA	2	10	128573	128582	40 %	20 %	0 %	40 %	532353309
115	NC_022110	GAAGA	2	10	130123	130132	60 %	0 %	40 %	0 %	532353309
116	NC_022110	AAAAG	2	10	132036	132045	80 %	0 %	20 %	0 %	532353310
117	NC_022110	GATTC	2	10	132367	132376	20 %	40 %	20 %	20 %	532353310
118	NC_022110	ATTGG	2	10	135652	135661	20 %	40 %	40 %	0 %	532353313
119	NC_022110	TGTTT	2	10	136111	136120	0 %	80 %	20 %	0 %	532353314
120	NC_022110	TTGCA	2	10	136901	136910	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_022110	TCCAG	2	10	139855	139864	20 %	20 %	20 %	40 %	532353318
122	NC_022110	GTACA	2	10	140586	140595	40 %	20 %	20 %	20 %	532353319
123	NC_022110	TAGAT	2	10	140959	140968	40 %	40 %	20 %	0 %	532353319
124	NC_022110	AAAAG	2	10	141361	141370	80 %	0 %	20 %	0 %	532354042
125	NC_022110	AAAAC	2	10	141841	141850	80 %	0 %	0 %	20 %	532353320
126	NC_022110	TGCTA	2	10	142927	142936	20 %	40 %	20 %	20 %	532353322
127	NC_022110	GGAGC	2	10	142974	142983	20 %	0 %	60 %	20 %	532353322
128	NC_022110	CTGGG	2	10	144388	144397	0 %	20 %	60 %	20 %	532353324
129	NC_022110	GTTTT	2	10	145135	145144	0 %	80 %	20 %	0 %	532353325
130	NC_022110	GAACC	2	10	148867	148876	40 %	0 %	20 %	40 %	532353326
131	NC_022110	ATTCT	2	10	152363	152372	20 %	60 %	0 %	20 %	532353330
132	NC_022110	CTGTG	2	10	152567	152576	0 %	40 %	40 %	20 %	532353330
133	NC_022110	TTCTT	2	10	155040	155049	0 %	80 %	0 %	20 %	532353333
134	NC_022110	TTCTA	2	10	157145	157154	20 %	60 %	0 %	20 %	532353334
135	NC_022110	AGGAA	2	10	159598	159607	60 %	0 %	40 %	0 %	532353337
136	NC_022110	CAAAA	2	10	161601	161610	80 %	0 %	0 %	20 %	532353339
137	NC_022110	AGAGA	2	10	162829	162838	60 %	0 %	40 %	0 %	532353340
138	NC_022110	AGCAA	2	10	163264	163273	60 %	0 %	20 %	20 %	532353340
139	NC_022110	CAAAA	2	10	166767	166776	80 %	0 %	0 %	20 %	532353342
140	NC_022110	AAGAG	2	10	167600	167609	60 %	0 %	40 %	0 %	532353342
141	NC_022110	GATTG	2	10	167945	167954	20 %	40 %	40 %	0 %	532353342
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151	NC_022110	TTGAA	2	10	180775	180784	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022110	AGAAA	2	10	181951	181960	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_022110	TATCA	2	10	192336	192345	40 %	40 %	0 %	20 %	532353353
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168	NC_022110	GATTA	2	10	193735	193744	40 %	40 %	20 %	0 %	532353354
169	NC_022110	AGAAA	2	10	196434	196443	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_022110	CTCTT	2	10	198344	198353	0 %	60 %	0 %	40 %	532353356
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186	NC_022110	TATCT	2	10	224257	224266	20 %	60 %	0 %	20 %	532353380
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234	NC_022110	AGAGA	2	10	301171	301180	60 %	0 %	40 %	0 %	532353450
235	NC_022110	TGTTT	2	10	301557	301566	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
236	NC_022110	ATTCC	2	10	301705	301714	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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241	NC_022110	CTTTT	2	10	308430	308439	0 %	80 %	0 %	20 %	532353457
242	NC_022110	CTTGG	2	10	312289	312298	0 %	40 %	40 %	20 %	532353462
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244	NC_022110	AACAT	2	10	314575	314584	60 %	20 %	0 %	20 %	532353464
245	NC_022110	TCCGG	2	10	316058	316067	0 %	20 %	40 %	40 %	532353465
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250	NC_022110	ATGGA	2	10	321300	321309	40 %	20 %	40 %	0 %	532353468
251	NC_022110	CAATT	2	10	321633	321642	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
252	NC_022110	AAGAA	2	10	324385	324394	80 %	0 %	20 %	0 %	532353470
253	NC_022110	CCCCT	2	10	325156	325165	0 %	20 %	0 %	80 %	532353471
254	NC_022110	AGAAA	2	10	330130	330139	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
255	NC_022110	TAAAT	2	10	330654	330663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_022110	CTAAA	2	10	331419	331428	60 %	20 %	0 %	20 %	532353478
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258	NC_022110	GCAAC	2	10	333600	333609	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
259	NC_022110	CTTGT	2	10	333660	333669	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
260	NC_022110	CCTTT	2	10	334118	334127	0 %	60 %	0 %	40 %	532354056
261	NC_022110	CTAAA	2	10	337217	337226	60 %	20 %	0 %	20 %	532353482
262	NC_022110	TCCAA	2	10	337852	337861	40 %	20 %	0 %	40 %	532353482
263	NC_022110	TCCAT	2	10	337935	337944	20 %	40 %	0 %	40 %	532353482
264	NC_022110	CAGAG	2	10	340329	340338	40 %	0 %	40 %	20 %	532353483
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266	NC_022110	CATTG	2	10	342131	342140	20 %	40 %	20 %	20 %	532353484
267	NC_022110	ATCCC	2	10	344187	344196	20 %	20 %	0 %	60 %	532353486
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381	NC_022110	TATCC	2	10	498194	498203	20 %	40 %	0 %	40 %	532354071
382	NC_022110	AGAGA	2	10	500400	500409	60 %	0 %	40 %	0 %	532353605
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388	NC_022110	CGAAT	2	10	512146	512155	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
389	NC_022110	ATAGG	2	10	513281	513290	40 %	20 %	40 %	0 %	532353618
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391	NC_022110	TAAAA	2	10	514181	514190	80 %	20 %	0 %	0 %	532353619
392	NC_022110	CAAAT	2	10	514240	514249	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
393	NC_022110	ACGAC	2	10	515622	515631	40 %	0 %	20 %	40 %	532353621
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397	NC_022110	TGCAA	2	10	518586	518595	40 %	20 %	20 %	20 %	532353623
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