MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022110	TATTT	2	10	7024	7033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022110	TGCAA	2	10	42316	42325	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022110	CAAAA	2	10	42631	42640	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022110	CTATT	2	10	49575	49584	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022110	AATTT	2	10	54039	54048	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022110	TTATC	2	10	55207	55216	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_022110	CTTGC	2	10	71873	71882	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_022110	AAAAG	2	10	76622	76631	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022110	ATCAA	2	10	78320	78329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_022110	TTTGT	2	10	85056	85065	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022110	AATAA	2	10	88055	88064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022110	TTTAA	2	10	93591	93600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022110	CTTTT	2	10	94126	94135	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_022110	ACAAA	2	10	97669	97678	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022110	GCTCT	2	10	113925	113934	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022110	TTGCA	2	10	136901	136910	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022110	AGAGT	2	10	180244	180253	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022110	TTGAA	2	10	180775	180784	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022110	AGAAA	2	10	181951	181960	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022110	GGATC	2	10	189560	189569	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022110	CAGAT	2	10	189675	189684	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022110	AAAAG	2	10	192263	192272	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022110	AGAAA	2	10	196434	196443	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022110	CTAAG	2	10	202426	202435	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022110	ATTTC	2	10	220916	220925	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022110	CAATA	2	10	224039	224048	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022110	TCATT	2	10	267043	267052	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022110	GCTGT	2	10	285041	285050	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022110	TGTTT	2	10	301557	301566	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022110	ATTCC	2	10	301705	301714	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022110	AGAAC	2	10	307842	307851	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022110	CAATT	2	10	321633	321642	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_022110	AGAAA	2	10	330130	330139	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022110	TAAAT	2	10	330654	330663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022110	GCAAC	2	10	333600	333609	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_022110	CTTGT	2	10	333660	333669	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022110	TCTCT	2	10	367607	367616	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_022110	AACAA	2	10	367990	367999	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022110	AAAAC	2	10	368312	368321	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022110	TGTTT	2	10	403953	403962	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022110	TATCT	2	10	409353	409362	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_022110	TCTCT	2	10	412141	412150	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_022110	TCTCT	2	10	418209	418218	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_022110	ATCTC	2	10	424521	424530	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_022110	TAAAA	2	10	430545	430554	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022110	TAAAA	2	10	464768	464777	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022110	TCTCC	2	10	493465	493474	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_022110	CTTCT	2	10	502765	502774	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_022110	CGAAT	2	10	512146	512155	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_022110	CAAAT	2	10	514240	514249	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_022110	TTGGA	2	10	523640	523649	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022110	CAAAA	2	10	524413	524422	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022110	CACAA	2	10	540436	540445	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_022110	CGCTC	2	10	540485	540494	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_022110	AAGAG	2	10	547574	547583	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022110	AAATA	2	10	574358	574367	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022110	TCCCC	2	10	575171	575180	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
58	NC_022110	ACCAA	2	10	589886	589895	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_022110	TGCCA	2	10	611319	611328	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_022110	GAAAA	2	10	665493	665502	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022110	GCAAA	2	10	671332	671341	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_022110	TATCG	2	10	672553	672562	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_022110	TTTTC	2	10	676937	676946	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_022110	TCATG	2	10	697530	697539	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022110	AGAGA	2	10	697681	697690	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022110	TCAAA	2	10	697731	697740	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022110	GCAAC	2	10	698229	698238	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_022110	AGCTC	2	10	698253	698262	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_022110	TTGCA	2	10	707909	707918	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_022110	TGGCT	2	10	714606	714615	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022110	ATCTA	2	10	716577	716586	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022110	TATGG	2	10	721697	721706	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022110	TTTCG	2	10	721981	721990	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022110	GAGAA	2	10	723476	723485	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022110	ATTCT	2	10	725643	725652	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022110	GAAGA	2	10	736948	736957	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022110	GAAGG	2	10	737506	737515	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022110	TTTCT	2	10	755218	755227	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_022110	AGGGG	2	10	759983	759992	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022110	GCGAT	2	10	766611	766620	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022110	CAATT	2	10	778133	778142	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022110	AAAAG	2	10	780565	780574	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022110	GAAAA	2	10	780683	780692	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022110	GAGGT	2	10	781650	781659	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022110	ATTTT	2	10	781992	782001	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022110	AGGTA	2	10	783935	783944	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022110	TTTGG	2	10	784151	784160	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022110	TGGCA	2	10	834859	834868	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_022110	CTTTT	2	10	859192	859201	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_022110	GCTTT	2	10	863091	863100	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022110	AGAAA	2	10	863549	863558	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022110	CTTTT	2	10	881243	881252	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022110	AAGAG	2	10	928454	928463	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022110	GCTAG	2	10	928480	928489	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_022110	AGTGG	2	10	968914	968923	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022110	TCTTT	2	10	984890	984899	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_022110	GGAAA	2	10	999225	999234	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022110	TATTT	2	10	1008146	1008155	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022110	TTAGA	2	10	1024205	1024214	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022110	ACCAA	2	10	1025790	1025799	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.