MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain J/27-97 genome

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022110	AATG	2	8	463	470	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022110	CTAT	2	8	797	804	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022110	AAGG	2	8	1305	1312	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022110	GGAG	2	8	6296	6303	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022110	TATG	2	8	6945	6952	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022110	TATT	2	8	9301	9308	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022110	AGAA	2	8	11195	11202	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022110	AAGG	2	8	13431	13438	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022110	CAAA	2	8	16065	16072	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022110	GCCA	2	8	21013	21020	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022110	CGCT	2	8	21261	21268	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022110	TTAA	2	8	21282	21289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022110	GTTA	2	8	21319	21326	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022110	GATC	2	8	21374	21381	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022110	ATTG	2	8	27928	27935	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022110	AAAC	2	8	43218	43225	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_022110	TATT	2	8	52163	52170	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022110	GTTT	2	8	54023	54030	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022110	TGTT	2	8	54031	54038	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022110	TAAT	2	8	54075	54082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022110	GGAT	2	8	54217	54224	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022110	TCGA	2	8	54379	54386	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022110	CTTC	2	8	54473	54480	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_022110	GAAT	2	8	54508	54515	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022110	TGAT	2	8	54579	54586	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022110	AGAA	2	8	58035	58042	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022110	AGGT	2	8	58075	58082	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022110	TAGA	2	8	58753	58760	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022110	AAGG	2	8	67424	67431	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022110	GATA	2	8	71897	71904	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022110	TCTA	2	8	76555	76562	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_022110	GTTT	2	8	79329	79336	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022110	ATTC	2	8	79531	79538	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_022110	GGTT	2	8	79681	79688	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022110	TTTA	2	8	88011	88018	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022110	GTTT	2	8	88023	88030	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022110	GTTT	2	8	88074	88081	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022110	AACA	2	8	88087	88094	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022110	AAGT	2	8	90373	90380	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022110	AAAT	2	8	93618	93625	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022110	AGCT	2	8	93665	93672	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_022110	CATT	2	8	94266	94273	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_022110	TATT	2	8	97646	97653	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022110	AGGT	2	8	102088	102095	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022110	AAGA	2	8	106619	106626	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022110	GGTT	2	8	115955	115962	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022110	CTGG	2	8	120315	120322	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022110	TGAA	2	8	124684	124691	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022110	AGCT	2	8	128503	128510	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_022110	GTTT	2	8	134812	134819	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022110	CAAT	2	8	136288	136295	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_022110	TTCT	2	8	137397	137404	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_022110	AATT	2	8	137423	137430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022110	TCTT	2	8	143388	143395	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022110	ATCT	2	8	151517	151524	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_022110	GCTG	2	8	151556	151563	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_022110	TAAT	2	8	158100	158107	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022110	TAAT	2	8	158935	158942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022110	CTTT	2	8	165711	165718	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_022110	AAAC	2	8	171798	171805	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022110	GTAT	2	8	172980	172987	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022110	TTCA	2	8	173149	173156	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_022110	GCTG	2	8	178335	178342	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_022110	TGTT	2	8	179568	179575	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022110	TTCC	2	8	180578	180585	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_022110	TTTG	2	8	180789	180796	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022110	TGCA	2	8	180907	180914	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_022110	AAAG	2	8	181276	181283	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022110	GTTT	2	8	181579	181586	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022110	GATG	2	8	182184	182191	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022110	AAAC	2	8	187364	187371	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_022110	GGAC	2	8	187723	187730	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_022110	AGAA	2	8	189453	189460	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022110	AAGC	2	8	189608	189615	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_022110	GTAT	2	8	189687	189694	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022110	ATGT	2	8	190456	190463	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022110	TTCC	2	8	192870	192877	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_022110	TTTA	2	8	194998	195005	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022110	ATAA	2	8	195126	195133	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022110	TTGC	2	8	195230	195237	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_022110	TTTA	2	8	195435	195442	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022110	ATTC	2	8	195501	195508	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_022110	TTTG	2	8	196232	196239	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022110	AACA	2	8	196360	196367	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_022110	GAAA	2	8	202545	202552	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022110	TGAA	2	8	202625	202632	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022110	GCAA	2	8	219613	219620	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_022110	AATT	2	8	220949	220956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022110	CTTT	2	8	224104	224111	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_022110	TTAA	2	8	241462	241469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022110	AAAT	2	8	243260	243267	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022110	AAGA	2	8	243279	243286	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022110	CTTC	2	8	243465	243472	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_022110	TTTG	2	8	247837	247844	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022110	AATA	2	8	250367	250374	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022110	GCAA	2	8	253180	253187	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_022110	AGCA	2	8	253442	253449	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022110	TTCA	2	8	254025	254032	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_022110	TGTT	2	8	254099	254106	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022110	AAAC	2	8	254557	254564	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022110	ATCT	2	8	256386	256393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_022110	TAAA	2	8	263961	263968	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022110	TTCT	2	8	268057	268064	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_022110	CTAC	2	8	270479	270486	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_022110	ATTT	2	8	273409	273416	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022110	TGTT	2	8	281292	281299	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022110	GTTT	2	8	287231	287238	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022110	GCGA	2	8	299332	299339	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022110	TAAA	2	8	301684	301691	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022110	TCCC	2	8	305044	305051	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_022110	ATTG	2	8	306229	306236	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022110	AAGA	2	8	324794	324801	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022110	TTAG	2	8	330043	330050	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022110	CAGT	2	8	333722	333729	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_022110	TTGT	2	8	333862	333869	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022110	TCCA	2	8	339958	339965	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_022110	AGCT	2	8	349411	349418	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_022110	CGAT	2	8	354740	354747	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022110	GCAA	2	8	358712	358719	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_022110	TTTA	2	8	363411	363418	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022110	AACA	2	8	367720	367727	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_022110	GCTT	2	8	368049	368056	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_022110	TAAA	2	8	368327	368334	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022110	ATCT	2	8	369300	369307	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_022110	ACAA	2	8	370299	370306	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_022110	TCGA	2	8	391247	391254	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_022110	TTAT	2	8	395249	395256	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022110	GCAA	2	8	395302	395309	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_022110	TCAT	2	8	404595	404602	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_022110	AATC	2	8	407037	407044	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_022110	CAAA	2	8	430561	430568	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_022110	ATAG	2	8	434102	434109	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022110	TTCC	2	8	434384	434391	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_022110	AAAT	2	8	440420	440427	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022110	AGTT	2	8	440589	440596	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022110	CTTC	2	8	447999	448006	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_022110	TAAA	2	8	448050	448057	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022110	TGGA	2	8	454041	454048	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022110	TCAT	2	8	454107	454114	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022110	TTCT	2	8	454119	454126	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_022110	ACAA	2	8	455037	455044	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_022110	CAAA	2	8	455702	455709	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_022110	GTTG	2	8	455809	455816	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022110	CATG	2	8	456211	456218	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_022110	GCAA	2	8	457331	457338	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022110	GCAT	2	8	457424	457431	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_022110	AGGA	2	8	459841	459848	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022110	CGAT	2	8	459962	459969	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_022110	CTTT	2	8	464880	464887	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_022110	AGAA	2	8	485414	485421	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022110	AAGT	2	8	491462	491469	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022110	AGAA	2	8	493408	493415	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_022110	TGTT	2	8	493934	493941	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
154	NC_022110	TTCC	2	8	494010	494017	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
155	NC_022110	GACG	2	8	494052	494059	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
156	NC_022110	CCTA	2	8	496008	496015	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_022110	ATCC	2	8	502853	502860	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
158	NC_022110	TAAT	2	8	508723	508730	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_022110	TCTT	2	8	513940	513947	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
161	NC_022110	CAAA	2	8	514250	514257	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
162	NC_022110	ACAA	2	8	514301	514308	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
163	NC_022110	AATA	2	8	514324	514331	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_022110	ACTA	2	8	514373	514380	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
167	NC_022110	CTTC	2	8	516523	516530	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
168	NC_022110	AGCG	2	8	517151	517158	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
169	NC_022110	AAAT	2	8	517241	517248	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_022110	TCCC	2	8	524742	524749	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
171	NC_022110	TTTA	2	8	530934	530941	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_022110	GAAG	2	8	536799	536806	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
173	NC_022110	ACAA	2	8	536998	537005	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
174	NC_022110	TCCC	2	8	544123	544130	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
175	NC_022110	CTAT	2	8	546194	546201	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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182	NC_022110	ATAG	2	8	576951	576958	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_022110	AACA	2	8	589703	589710	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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191	NC_022110	GAAA	2	8	620182	620189	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
192	NC_022110	TTCC	2	8	621618	621625	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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196	NC_022110	AAAG	2	8	637058	637065	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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262	NC_022110	CATC	2	8	813320	813327	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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282	NC_022110	ATTT	2	8	881364	881371	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_022110	GCAA	2	8	949267	949274	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
302	NC_022110	AGTA	2	8	956473	956480	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_022110	AAGA	2	8	960689	960696	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_022110	TTGG	2	8	962014	962021	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
305	NC_022110	ATCG	2	8	964157	964164	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
306	NC_022110	TGTT	2	8	974435	974442	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_022110	ATGG	2	8	989056	989063	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
310	NC_022110	ATTT	2	8	989126	989133	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_022110	GTTG	2	8	995662	995669	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
312	NC_022110	GACA	2	8	995736	995743	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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320	NC_022110	TATT	2	8	1018230	1018237	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_022110	AATA	2	8	1026014	1026021	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
326	NC_022110	CTGA	2	8	1026315	1026322	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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331	NC_022110	ATAG	2	8	1027872	1027879	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
332	NC_022110	AAGA	2	8	1028445	1028452	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
333	NC_022110	GGGT	2	8	1028743	1028750	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
334	NC_022110	GGAT	2	8	1041958	1041965	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
335	NC_022110	AGTG	2	8	1042447	1042454	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
336	NC_022110	TGGC	2	8	1042481	1042488	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.