MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	TATTT	2	10	7033	7042	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022109	GGAGA	2	10	27305	27314	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022109	GGATA	2	10	27331	27340	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022109	CTATT	2	10	49582	49591	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022109	CCGTA	2	10	53808	53817	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_022109	GTTGT	2	10	56295	56304	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022109	ATTTT	2	10	58468	58477	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022109	AAAAG	2	10	69042	69051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022109	CTTGC	2	10	71985	71994	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_022109	AAAAG	2	10	76735	76744	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022109	ATCAA	2	10	78433	78442	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_022109	TTTGT	2	10	85169	85178	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022109	AATAA	2	10	88168	88177	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022109	CTTTT	2	10	94240	94249	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022109	ACAAA	2	10	97785	97794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022109	GCTCT	2	10	114056	114065	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_022109	TTGCA	2	10	137031	137040	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022109	TTCTA	2	10	157289	157298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022109	CAAAA	2	10	161747	161756	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022109	AGAAA	2	10	182108	182117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022109	CGATA	2	10	187482	187491	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022109	CTAAG	2	10	202612	202621	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022109	ATTTC	2	10	221134	221143	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022109	CAATA	2	10	224256	224265	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022109	TACAA	2	10	247968	247977	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022109	TGTTT	2	10	301790	301799	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022109	ATTCC	2	10	301938	301947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_022109	GCAAC	2	10	333792	333801	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022109	CTTGT	2	10	333852	333861	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022109	CCTTT	2	10	334308	334317	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022109	AAGGC	2	10	362063	362072	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022109	GCTTC	2	10	364173	364182	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_022109	AGTAG	2	10	364250	364259	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022109	TCTCT	2	10	367717	367726	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022109	AACAA	2	10	368100	368109	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022109	AAAAC	2	10	368422	368431	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022109	AAGCG	2	10	403930	403939	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_022109	TATCT	2	10	409457	409466	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022109	GTATA	2	10	416177	416186	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022109	AGCAA	2	10	416213	416222	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022109	AAAAT	2	10	418062	418071	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022109	CTCTT	2	10	428126	428135	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_022109	TAAAA	2	10	430669	430678	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022109	AGAAA	2	10	436343	436352	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022109	CTCTT	2	10	436382	436391	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_022109	GAAGA	2	10	436392	436401	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022109	AAATT	2	10	436671	436680	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022109	AATTT	2	10	436692	436701	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022109	ATAGA	2	10	449967	449976	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022109	TAAAA	2	10	464904	464913	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022109	CAAAA	2	10	485304	485313	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022109	AATCT	2	10	502644	502653	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022109	TAAAA	2	10	514269	514278	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022109	ATGAA	2	10	516277	516286	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022109	TTGGA	2	10	523718	523727	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022109	AAAAG	2	10	557757	557766	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022109	GAAAA	2	10	564941	564950	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022109	ATTTT	2	10	566379	566388	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022109	ATACT	2	10	572451	572460	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022109	TCCCC	2	10	575244	575253	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
61	NC_022109	AAAGG	2	10	581406	581415	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022109	CTTCT	2	10	622839	622848	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_022109	TTTCC	2	10	629020	629029	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_022109	ACATC	2	10	671152	671161	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_022109	TAAAA	2	10	685488	685497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022109	TTTAT	2	10	697441	697450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022109	TCATG	2	10	697636	697645	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022109	GAAAA	2	10	707103	707112	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022109	ATTCT	2	10	724670	724679	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_022109	GAAGA	2	10	735966	735975	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022109	AGGGG	2	10	758999	759008	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022109	CAGAG	2	10	765469	765478	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_022109	GGATA	2	10	773883	773892	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022109	ATTTT	2	10	777734	777743	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022109	AAAAG	2	10	779555	779564	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022109	GAAAA	2	10	779681	779690	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022109	AAAAC	2	10	795332	795341	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_022109	TTTCT	2	10	803553	803562	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_022109	TGTCT	2	10	829218	829227	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_022109	TGGCA	2	10	833839	833848	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022109	CTTTT	2	10	858172	858181	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022109	AGAAA	2	10	862523	862532	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022109	CTTTT	2	10	880216	880225	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_022109	ATGGA	2	10	897944	897953	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022109	AGAGC	2	10	907757	907766	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_022109	TAAAA	2	10	983536	983545	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022109	TATTT	2	10	1007138	1007147	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022109	TTAGA	2	10	1023206	1023215	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022109	AAAAG	2	10	1037569	1037578	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022109	TTATT	2	10	1040836	1040845	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022109	TTTTA	2	10	1040886	1040895	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.