MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 12716

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	ATG	2	6	1335	1340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352288
2	NC_022109	GTG	2	6	1341	1346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352288
3	NC_022109	TCC	2	6	1350	1355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352288
4	NC_022109	AGC	2	6	1364	1369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352288
5	NC_022109	AGC	2	6	1391	1396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352288
6	NC_022109	AAG	2	6	1402	1407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352288
7	NC_022109	TAC	2	6	1440	1445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352288
8	NC_022109	GCT	2	6	1450	1455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352288
9	NC_022109	AAC	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352288
10	NC_022109	AGA	2	6	1560	1565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352288
11	NC_022109	AGA	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
12	NC_022109	ATC	2	6	1823	1828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352289
13	NC_022109	TGC	2	6	1843	1848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352289
14	NC_022109	CAT	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352289
15	NC_022109	AGA	2	6	1996	2001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
16	NC_022109	AAG	2	6	2025	2030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352289
17	NC_022109	GGA	2	6	2060	2065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352289
18	NC_022109	ATC	2	6	2189	2194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352290
19	NC_022109	ATA	2	6	2339	2344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
20	NC_022109	AAC	2	6	2364	2369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352290
21	NC_022109	GGT	2	6	2418	2423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352290
22	NC_022109	AAT	2	6	2524	2529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
23	NC_022109	TTC	2	6	2559	2564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352290
24	NC_022109	GCA	2	6	2578	2583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
25	NC_022109	GGA	2	6	2626	2631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352290
26	NC_022109	CAG	2	6	2645	2650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
27	NC_022109	GTT	2	6	2662	2667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352290
28	NC_022109	GGT	2	6	2754	2759	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352290
29	NC_022109	AAG	2	6	2912	2917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
30	NC_022109	ATT	2	6	2974	2979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352290
31	NC_022109	TTG	2	6	3026	3031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352290
32	NC_022109	AAG	2	6	3137	3142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
33	NC_022109	AAG	2	6	3152	3157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
34	NC_022109	CAG	2	6	3194	3199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
35	NC_022109	GCT	2	6	3265	3270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352290
36	NC_022109	AAG	2	6	3431	3436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352290
37	NC_022109	CAG	2	6	3481	3486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352290
38	NC_022109	GGA	2	6	3568	3573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352290
39	NC_022109	AAT	2	6	3578	3583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352290
40	NC_022109	ATT	2	6	3658	3663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352291
41	NC_022109	TGA	2	6	3688	3693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
42	NC_022109	GTA	2	6	3920	3925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
43	NC_022109	AGA	2	6	3967	3972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
44	NC_022109	GAA	2	6	4151	4156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
45	NC_022109	CGT	2	6	4283	4288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352291
46	NC_022109	GTT	2	6	4334	4339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
47	NC_022109	TGA	2	6	4471	4476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352291
48	NC_022109	TTG	2	6	4566	4571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
49	NC_022109	TTC	2	6	4707	4712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352291
50	NC_022109	TCT	2	6	4799	4804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352291
51	NC_022109	AGA	2	6	4819	4824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352291
52	NC_022109	GTT	2	6	4846	4851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352291
53	NC_022109	GGT	2	6	4894	4899	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352291
54	NC_022109	CTC	2	6	4998	5003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352291
55	NC_022109	AGC	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352291
56	NC_022109	ATT	2	6	5148	5153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352292
57	NC_022109	TCT	2	6	5166	5171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352292
58	NC_022109	GCT	2	6	5212	5217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352292
59	NC_022109	GAT	2	6	5247	5252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352292
60	NC_022109	ACG	2	6	5285	5290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352292
61	NC_022109	GAA	2	6	5309	5314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
62	NC_022109	AGA	3	9	5386	5394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
63	NC_022109	AGA	2	6	5404	5409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
64	NC_022109	TGG	2	6	5440	5445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352292
65	NC_022109	AGA	3	9	5458	5466	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352292
66	NC_022109	GGA	2	6	5467	5472	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352292
67	NC_022109	TCA	2	6	5652	5657	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352292
68	NC_022109	GGA	2	6	5689	5694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352292
69	NC_022109	CTT	2	6	5749	5754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352292
70	NC_022109	CTG	2	6	5755	5760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352292
71	NC_022109	CAG	2	6	5910	5915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352292
72	NC_022109	AGG	2	6	6439	6444	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352293
73	NC_022109	GAA	2	6	6483	6488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352293
74	NC_022109	GCA	2	6	6747	6752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352293
75	NC_022109	AAG	2	6	6788	6793	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352293
76	NC_022109	TGC	2	6	6821	6826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352293
77	NC_022109	TTA	2	6	7153	7158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532353119
78	NC_022109	GAA	2	6	7202	7207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532353119
79	NC_022109	TCG	2	6	7313	7318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352294
80	NC_022109	TCC	2	6	7356	7361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532352294
81	NC_022109	GTT	2	6	7464	7469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352294
82	NC_022109	TTA	2	6	7834	7839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352294
83	NC_022109	TTC	2	6	8157	8162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352294
84	NC_022109	GAA	2	6	8301	8306	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352295
85	NC_022109	ACC	2	6	8429	8434	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532352295
86	NC_022109	CTT	2	6	8482	8487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352295
87	NC_022109	GAG	2	6	8562	8567	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352295
88	NC_022109	ATA	2	6	8579	8584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352295
89	NC_022109	AGG	2	6	8603	8608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352295
90	NC_022109	GAA	2	6	8783	8788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352295
91	NC_022109	CAG	2	6	8799	8804	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352295
92	NC_022109	TGT	2	6	8870	8875	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352295
93	NC_022109	GAG	2	6	8885	8890	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352295
94	NC_022109	TAC	2	6	8953	8958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352295
95	NC_022109	GTT	2	6	9057	9062	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352295
96	NC_022109	AAG	2	6	9081	9086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352295
97	NC_022109	GAG	2	6	9107	9112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352295
98	NC_022109	TTA	2	6	9395	9400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352296
99	NC_022109	AGA	2	6	9430	9435	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352296
100	NC_022109	TGC	2	6	9660	9665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352296
101	NC_022109	GAA	2	6	9687	9692	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352296
102	NC_022109	TCG	2	6	9747	9752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352296
103	NC_022109	TGG	2	6	9770	9775	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352296
104	NC_022109	GTA	2	6	9821	9826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352297
105	NC_022109	AGC	2	6	9981	9986	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352297
106	NC_022109	CTT	2	6	9995	10000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352297
107	NC_022109	ATG	2	6	10156	10161	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352297
108	NC_022109	CGT	2	6	10183	10188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352297
109	NC_022109	GAC	2	6	10353	10358	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352297
110	NC_022109	GGT	2	6	10440	10445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532352297
111	NC_022109	GAA	2	6	10486	10491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352297
112	NC_022109	CAA	2	6	10508	10513	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352297
113	NC_022109	GGA	2	6	10570	10575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352297
114	NC_022109	CGA	2	6	10627	10632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352297
115	NC_022109	CTT	2	6	10733	10738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352297
116	NC_022109	TTG	2	6	10773	10778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352297
117	NC_022109	CTT	2	6	10787	10792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352297
118	NC_022109	ATC	2	6	10897	10902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352297
119	NC_022109	TGT	2	6	10903	10908	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352297
120	NC_022109	AGA	2	6	11009	11014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352297
121	NC_022109	AGG	2	6	11048	11053	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352297
122	NC_022109	GAT	2	6	11108	11113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352297
123	NC_022109	CGA	2	6	11114	11119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352297
124	NC_022109	AAT	2	6	11327	11332	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352298
125	NC_022109	AGG	2	6	11570	11575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352298
126	NC_022109	ATA	3	9	11580	11588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352298
127	NC_022109	TAT	2	6	11599	11604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352298
128	NC_022109	ACA	2	6	11610	11615	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352298
129	NC_022109	TAC	2	6	11903	11908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352298
130	NC_022109	TCA	2	6	11910	11915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352298
131	NC_022109	TTC	2	6	11948	11953	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352298
132	NC_022109	TTA	2	6	11964	11969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352298
133	NC_022109	AGA	2	6	12005	12010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352298
134	NC_022109	CAA	2	6	12307	12312	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352298
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137	NC_022109	ATA	2	6	12563	12568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352299
138	NC_022109	TAC	2	6	12691	12696	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532352299
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142	NC_022109	GAG	2	6	12857	12862	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352299
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146	NC_022109	CAA	2	6	13210	13215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532352299
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153	NC_022109	CTT	2	6	14118	14123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352300
154	NC_022109	TGT	2	6	14170	14175	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352300
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162	NC_022109	TTA	2	6	14867	14872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352300
163	NC_022109	CTT	2	6	14888	14893	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532352300
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248	NC_022109	TGC	2	6	23526	23531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532352306
249	NC_022109	GCA	2	6	23632	23637	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532352306
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251	NC_022109	GAG	2	6	23729	23734	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532352306
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378	NC_022109	ATT	2	6	36332	36337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352318
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488	NC_022109	ATA	2	6	46034	46039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352328
489	NC_022109	TGT	2	6	46056	46061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532352328
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491	NC_022109	AAT	2	6	46273	46278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532352328
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496	NC_022109	AGT	2	6	47040	47045	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532352328
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