MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 747

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022108	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	532351366
2	NC_022108	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	532351367
3	NC_022108	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	532351367
4	NC_022108	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	532351367
5	NC_022108	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	532351367
6	NC_022108	GTCTT	2	10	5217	5226	0 %	60 %	20 %	20 %	532351368
7	NC_022108	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022108	TGGTA	2	10	7690	7699	20 %	40 %	40 %	0 %	532351370
9	NC_022108	CGAAA	2	10	9098	9107	60 %	0 %	20 %	20 %	532351371
10	NC_022108	GGCTG	2	10	9734	9743	0 %	20 %	60 %	20 %	532351372
11	NC_022108	CCTCT	2	10	10524	10533	0 %	40 %	0 %	60 %	532351373
12	NC_022108	AAAGG	2	10	10683	10692	60 %	0 %	40 %	0 %	532351373
13	NC_022108	AAGAA	2	10	11803	11812	80 %	0 %	20 %	0 %	532351374
14	NC_022108	AAAGA	2	10	13201	13210	80 %	0 %	20 %	0 %	532351375
15	NC_022108	GGTGT	2	10	13305	13314	0 %	40 %	60 %	0 %	532351375
16	NC_022108	GATTT	2	10	15047	15056	20 %	60 %	20 %	0 %	532351377
17	NC_022108	CGTTC	2	10	16158	16167	0 %	40 %	20 %	40 %	532351378
18	NC_022108	GCTTC	2	10	16531	16540	0 %	40 %	20 %	40 %	532351378
19	NC_022108	GAAGG	2	10	16902	16911	40 %	0 %	60 %	0 %	532351378
20	NC_022108	GTTGT	2	10	20328	20337	0 %	60 %	40 %	0 %	532351381
21	NC_022108	AAGAT	2	10	21439	21448	60 %	20 %	20 %	0 %	532351382
22	NC_022108	TTTGC	2	10	22050	22059	0 %	60 %	20 %	20 %	532351382
23	NC_022108	GGAAA	2	10	23804	23813	60 %	0 %	40 %	0 %	532351382
24	NC_022108	AGAGG	2	10	25529	25538	40 %	0 %	60 %	0 %	532351383
25	NC_022108	GGAGA	2	10	27307	27316	40 %	0 %	60 %	0 %	532351384
26	NC_022108	ATCCG	2	10	28058	28067	20 %	20 %	20 %	40 %	532351386
27	NC_022108	AGGGT	2	10	28576	28585	20 %	20 %	60 %	0 %	532351386
28	NC_022108	CCTAT	2	10	29616	29625	20 %	40 %	0 %	40 %	532351387
29	NC_022108	AAGGA	2	10	30416	30425	60 %	0 %	40 %	0 %	532351388
30	NC_022108	GAGCT	2	10	31455	31464	20 %	20 %	40 %	20 %	532351389
31	NC_022108	AAAGA	2	10	33088	33097	80 %	0 %	20 %	0 %	532351391
32	NC_022108	TCAGT	2	10	35695	35704	20 %	40 %	20 %	20 %	532351395
33	NC_022108	CTATT	2	10	36129	36138	20 %	60 %	0 %	20 %	532351395
34	NC_022108	TCCTA	2	10	36176	36185	20 %	40 %	0 %	40 %	532351395
35	NC_022108	ACGAT	2	10	38092	38101	40 %	20 %	20 %	20 %	532351396
36	NC_022108	TTTGA	2	10	38457	38466	20 %	60 %	20 %	0 %	532351396
37	NC_022108	AGCAA	2	10	42107	42116	60 %	0 %	20 %	20 %	532351399
38	NC_022108	CGATG	2	10	42164	42173	20 %	20 %	40 %	20 %	532351399
39	NC_022108	TGCAA	2	10	42322	42331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022108	CAAAA	2	10	42640	42649	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022108	TTTAT	2	10	44236	44245	20 %	80 %	0 %	0 %	532351403
42	NC_022108	CTTTC	2	10	46333	46342	0 %	60 %	0 %	40 %	532351405
43	NC_022108	AGTTT	2	10	46872	46881	20 %	60 %	20 %	0 %	532351405
44	NC_022108	GAAGA	2	10	48005	48014	60 %	0 %	40 %	0 %	532351405
45	NC_022108	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_022108	CTTTT	2	10	50041	50050	0 %	80 %	0 %	20 %	532351408
47	NC_022108	CCGTA	2	10	53921	53930	20 %	20 %	20 %	40 %	532351411
48	NC_022108	AATTT	2	10	54161	54170	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022108	TTATC	2	10	55324	55333	20 %	60 %	0 %	20 %	532351412
50	NC_022108	GTTGT	2	10	56392	56401	0 %	60 %	40 %	0 %	532352198
51	NC_022108	GAGCA	2	10	59837	59846	40 %	0 %	40 %	20 %	532351413
52	NC_022108	TGTGA	2	10	62286	62295	20 %	40 %	40 %	0 %	532351415
53	NC_022108	AGTGA	2	10	63807	63816	40 %	20 %	40 %	0 %	532351416
54	NC_022108	CCTTC	2	10	64081	64090	0 %	40 %	0 %	60 %	532351416
55	NC_022108	AGGAG	2	10	66308	66317	40 %	0 %	60 %	0 %	532351418
56	NC_022108	GTTAA	2	10	66438	66447	40 %	40 %	20 %	0 %	532351418
57	NC_022108	AAAAG	2	10	69064	69073	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022108	GGAGC	2	10	69686	69695	20 %	0 %	60 %	20 %	532351421
59	NC_022108	GCGAT	2	10	69876	69885	20 %	20 %	40 %	20 %	532351421
60	NC_022108	CTCTT	2	10	70230	70239	0 %	60 %	0 %	40 %	532351421
61	NC_022108	AGGGG	2	10	70876	70885	20 %	0 %	80 %	0 %	532351421
62	NC_022108	AAGAA	2	10	70918	70927	80 %	0 %	20 %	0 %	532351421
63	NC_022108	CTTGC	2	10	72006	72015	0 %	40 %	20 %	40 %	532352201
64	NC_022108	ATTGG	2	10	72207	72216	20 %	40 %	40 %	0 %	532351423
65	NC_022108	GAAAA	2	10	73279	73288	80 %	0 %	20 %	0 %	532351423
66	NC_022108	TGGGA	2	10	73696	73705	20 %	20 %	60 %	0 %	532351424
67	NC_022108	TATTT	2	10	76223	76232	20 %	80 %	0 %	0 %	532351425
68	NC_022108	AAAAG	2	10	76756	76765	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022108	ATCAA	2	10	78454	78463	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_022108	TGTCT	2	10	80016	80025	0 %	60 %	20 %	20 %	532351428
71	NC_022108	TTACT	2	10	80523	80532	20 %	60 %	0 %	20 %	532351428
72	NC_022108	AGAAA	2	10	81913	81922	80 %	0 %	20 %	0 %	532351430
73	NC_022108	GGAAG	2	10	82426	82435	40 %	0 %	60 %	0 %	532351430
74	NC_022108	AGCGA	2	10	84892	84901	40 %	0 %	40 %	20 %	532351432
75	NC_022108	TTTGT	2	10	85191	85200	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022108	GATCC	2	10	85977	85986	20 %	20 %	20 %	40 %	532351433
77	NC_022108	AGAGC	2	10	87312	87321	40 %	0 %	40 %	20 %	532352203
78	NC_022108	AATAA	2	10	88190	88199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022108	TTTTC	2	10	91044	91053	0 %	80 %	0 %	20 %	532351436
80	NC_022108	GGATG	2	10	91304	91313	20 %	20 %	60 %	0 %	532351437
81	NC_022108	CAACA	2	10	92843	92852	60 %	0 %	0 %	40 %	532351438
82	NC_022108	TTTAA	2	10	93726	93735	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022108	ACAGC	2	10	93887	93896	40 %	0 %	20 %	40 %	532351440
84	NC_022108	CTTTT	2	10	94261	94270	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022108	GGAAC	2	10	94600	94609	40 %	0 %	40 %	20 %	532351441
86	NC_022108	GGATT	2	10	95500	95509	20 %	40 %	40 %	0 %	532351441
87	NC_022108	CAATC	2	10	96595	96604	40 %	20 %	0 %	40 %	532351442
88	NC_022108	TTTGC	2	10	96729	96738	0 %	60 %	20 %	20 %	532351443
89	NC_022108	ATTCA	2	10	96993	97002	40 %	40 %	0 %	20 %	532351443
90	NC_022108	GATCC	2	10	97252	97261	20 %	20 %	20 %	40 %	532351443
91	NC_022108	GTTTT	2	10	97673	97682	0 %	80 %	20 %	0 %	532351443
92	NC_022108	ACAAA	2	10	97800	97809	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022108	AAGCT	2	10	98876	98885	40 %	20 %	20 %	20 %	532351444
94	NC_022108	AGGGG	2	10	99235	99244	20 %	0 %	80 %	0 %	532351444
95	NC_022108	ATAGC	2	10	99934	99943	40 %	20 %	20 %	20 %	532351445
96	NC_022108	AGCGA	2	10	102862	102871	40 %	0 %	40 %	20 %	532351448
97	NC_022108	TTTCT	2	10	103220	103229	0 %	80 %	0 %	20 %	532351448
98	NC_022108	ATCAT	2	10	104426	104435	40 %	40 %	0 %	20 %	532351449
99	NC_022108	GGCAT	2	10	105134	105143	20 %	20 %	40 %	20 %	532351449
100	NC_022108	AAAGC	2	10	108860	108869	60 %	0 %	20 %	20 %	532351452
101	NC_022108	GCATT	2	10	110020	110029	20 %	40 %	20 %	20 %	532351453
102	NC_022108	GCTCT	2	10	114083	114092	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_022108	TGTTT	2	10	114707	114716	0 %	80 %	20 %	0 %	532351455
104	NC_022108	CATGT	2	10	115085	115094	20 %	40 %	20 %	20 %	532351455
105	NC_022108	TATCG	2	10	115789	115798	20 %	40 %	20 %	20 %	532351455
106	NC_022108	TTTCT	2	10	116305	116314	0 %	80 %	0 %	20 %	532351456
107	NC_022108	AAAGA	2	10	118548	118557	80 %	0 %	20 %	0 %	532351458
108	NC_022108	GCTTC	2	10	122537	122546	0 %	40 %	20 %	40 %	532351461
109	NC_022108	TACAA	2	10	126324	126333	60 %	20 %	0 %	20 %	532351465
110	NC_022108	ATCCA	2	10	128731	128740	40 %	20 %	0 %	40 %	532351468
111	NC_022108	GAAGA	2	10	130280	130289	60 %	0 %	40 %	0 %	532351468
112	NC_022108	AAAAG	2	10	132193	132202	80 %	0 %	20 %	0 %	532351469
113	NC_022108	GATTC	2	10	132524	132533	20 %	40 %	20 %	20 %	532351469
114	NC_022108	ATTGG	2	10	135808	135817	20 %	40 %	40 %	0 %	532351472
115	NC_022108	TGTTT	2	10	136267	136276	0 %	80 %	20 %	0 %	532351473
116	NC_022108	TTGCA	2	10	137057	137066	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_022108	TCCAG	2	10	140013	140022	20 %	20 %	20 %	40 %	532351478
118	NC_022108	GTACA	2	10	140744	140753	40 %	20 %	20 %	20 %	532351479
119	NC_022108	TAGAT	2	10	141117	141126	40 %	40 %	20 %	0 %	532351479
120	NC_022108	AAAAG	2	10	141529	141538	80 %	0 %	20 %	0 %	532352210
121	NC_022108	AAAAC	2	10	142009	142018	80 %	0 %	0 %	20 %	532351480
122	NC_022108	TGCTA	2	10	143095	143104	20 %	40 %	20 %	20 %	532351482
123	NC_022108	GGAGC	2	10	143142	143151	20 %	0 %	60 %	20 %	532351482
124	NC_022108	CTGGG	2	10	144556	144565	0 %	20 %	60 %	20 %	532351484
125	NC_022108	GTTTT	2	10	145303	145312	0 %	80 %	20 %	0 %	532351485
126	NC_022108	GAACC	2	10	149035	149044	40 %	0 %	20 %	40 %	532351486
127	NC_022108	ATTCT	2	10	152530	152539	20 %	60 %	0 %	20 %	532351490
128	NC_022108	CTGTG	2	10	152734	152743	0 %	40 %	40 %	20 %	532351490
129	NC_022108	TTCTT	2	10	155207	155216	0 %	80 %	0 %	20 %	532351493
130	NC_022108	TTCTA	2	10	157310	157319	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_022108	AGGAA	2	10	159763	159772	60 %	0 %	40 %	0 %	532351497
132	NC_022108	CAAAA	2	10	161766	161775	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_022108	AGAGA	2	10	162994	163003	60 %	0 %	40 %	0 %	532351500
134	NC_022108	AGCAA	2	10	163429	163438	60 %	0 %	20 %	20 %	532351500
135	NC_022108	CAAAA	2	10	166932	166941	80 %	0 %	0 %	20 %	532351502
136	NC_022108	AAGAG	2	10	167765	167774	60 %	0 %	40 %	0 %	532351502
137	NC_022108	GATTG	2	10	168110	168119	20 %	40 %	40 %	0 %	532351502
138	NC_022108	GTTTT	2	10	174590	174599	0 %	80 %	20 %	0 %	532351506
139	NC_022108	TATTG	2	10	174613	174622	20 %	60 %	20 %	0 %	532351506
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247	NC_022108	CTAAA	2	10	331872	331881	60 %	20 %	0 %	20 %	532351643
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250	NC_022108	CTTGT	2	10	334113	334122	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
251	NC_022108	CCTTT	2	10	334571	334580	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
252	NC_022108	CTAAA	2	10	337666	337675	60 %	20 %	0 %	20 %	532351646
253	NC_022108	TCCAA	2	10	338301	338310	40 %	20 %	0 %	40 %	532351646
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257	NC_022108	CATTG	2	10	342580	342589	20 %	40 %	20 %	20 %	532351648
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262	NC_022108	ATGTC	2	10	353523	353532	20 %	40 %	20 %	20 %	532351657
263	NC_022108	CCTTC	2	10	353709	353718	0 %	40 %	0 %	60 %	532351657
264	NC_022108	CACGA	2	10	357220	357229	40 %	0 %	20 %	40 %	532351658
265	NC_022108	ATTTA	2	10	357805	357814	40 %	60 %	0 %	0 %	532351658
266	NC_022108	AAGGC	2	10	362317	362326	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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381	NC_022108	CCTTT	2	10	509647	509656	0 %	60 %	0 %	40 %	532351781
382	NC_022108	CGAAT	2	10	512632	512641	40 %	20 %	20 %	20 %	532351784
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395	NC_022108	GAACT	2	10	524612	524621	40 %	20 %	20 %	20 %	532351791
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397	NC_022108	AATCA	2	10	530630	530639	60 %	20 %	0 %	20 %	532351797
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