MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022108	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022108	TGCAA	2	10	42322	42331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022108	CAAAA	2	10	42640	42649	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022108	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022108	AATTT	2	10	54161	54170	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022108	AAAAG	2	10	69064	69073	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022108	AAAAG	2	10	76756	76765	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022108	ATCAA	2	10	78454	78463	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022108	TTTGT	2	10	85191	85200	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022108	AATAA	2	10	88190	88199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022108	TTTAA	2	10	93726	93735	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022108	CTTTT	2	10	94261	94270	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_022108	ACAAA	2	10	97800	97809	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_022108	GCTCT	2	10	114083	114092	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_022108	TTGCA	2	10	137057	137066	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022108	TTCTA	2	10	157310	157319	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022108	CAAAA	2	10	161766	161775	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022108	CTAAG	2	10	202879	202888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022108	ATTTC	2	10	221368	221377	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022108	CAATA	2	10	224491	224500	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022108	TACAA	2	10	248198	248207	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022108	TCATT	2	10	267497	267506	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022108	TGTTT	2	10	302011	302020	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022108	ATTCC	2	10	302159	302168	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_022108	TAAAT	2	10	331107	331116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022108	GCAAC	2	10	334053	334062	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_022108	CTTGT	2	10	334113	334122	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022108	CCTTT	2	10	334571	334580	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022108	AAGGC	2	10	362317	362326	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022108	TCTCT	2	10	368060	368069	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022108	AACAA	2	10	368443	368452	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022108	AAAAC	2	10	368765	368774	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_022108	AAGCG	2	10	404286	404295	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022108	TATCT	2	10	409811	409820	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022108	AGCAA	2	10	416564	416573	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022108	CTCTT	2	10	428477	428486	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_022108	TAAAA	2	10	431020	431029	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022108	CTCTT	2	10	436732	436741	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_022108	GAAGA	2	10	436742	436751	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022108	AATTT	2	10	437050	437059	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022108	ATAGA	2	10	450318	450327	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022108	TAAAA	2	10	465254	465263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022108	CAAAA	2	10	485699	485708	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_022108	CTTCT	2	10	503250	503259	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_022108	TAAAA	2	10	514667	514676	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022108	TTGGA	2	10	524126	524135	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022108	CAAAA	2	10	524901	524910	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_022108	AAAAG	2	10	558031	558040	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022108	ATTTT	2	10	566651	566660	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022108	ATACT	2	10	572722	572731	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_022108	TCCCC	2	10	575515	575524	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
52	NC_022108	GCAAA	2	10	671680	671689	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022108	TATCG	2	10	672901	672910	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_022108	TTTTC	2	10	677286	677295	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_022108	TTTAT	2	10	697681	697690	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022108	TCATG	2	10	697876	697885	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_022108	AGAGA	2	10	698027	698036	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022108	GCAAC	2	10	698574	698583	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_022108	AGCTC	2	10	698598	698607	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_022108	GAAAA	2	10	707330	707339	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022108	GCGTA	2	10	721652	721661	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_022108	TTTCG	2	10	722301	722310	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_022108	GAGAA	2	10	723796	723805	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022108	TGCTT	2	10	723977	723986	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022108	ACTGT	2	10	725678	725687	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022108	ATTCT	2	10	725962	725971	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022108	TTGAA	2	10	726844	726853	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022108	ATGGA	2	10	729672	729681	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022108	TAAGA	2	10	730673	730682	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022108	TTCAT	2	10	730855	730864	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022108	ATTCA	2	10	735257	735266	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022108	CTGAA	2	10	735885	735894	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_022108	GAAGA	2	10	737264	737273	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022108	AGGGG	2	10	760299	760308	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022108	GGATA	2	10	775189	775198	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022108	AAAAG	2	10	780867	780876	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022108	GAAAA	2	10	780992	781001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022108	TGGCA	2	10	835186	835195	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_022108	CTTTT	2	10	859518	859527	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_022108	AGAAA	2	10	863875	863884	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022108	CTTTT	2	10	881568	881577	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022108	ATGGA	2	10	899289	899298	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022108	GTTTT	2	10	924320	924329	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022108	TAATT	2	10	941448	941457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022108	TAAAA	2	10	984881	984890	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022108	ATAAA	2	10	984912	984921	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022108	TATTT	2	10	1008476	1008485	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022108	TTAGA	2	10	1024540	1024549	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022108	TTTTA	2	10	1042216	1042225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.