MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022108	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022108	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022108	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022108	GGAG	2	8	6304	6311	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022108	TATG	2	8	6953	6960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022108	TATT	2	8	9309	9316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022108	AGAA	2	8	11201	11208	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022108	AAGG	2	8	13437	13444	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022108	CAAA	2	8	16070	16077	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022108	GCCA	2	8	21017	21024	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022108	CGCT	2	8	21265	21272	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022108	TTAA	2	8	21286	21293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022108	GTTA	2	8	21323	21330	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022108	GATC	2	8	21378	21385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022108	ATTG	2	8	27934	27941	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022108	TGTT	2	8	43810	43817	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022108	AATA	2	8	44049	44056	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022108	TATT	2	8	52286	52293	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022108	GTTT	2	8	54145	54152	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022108	TGTT	2	8	54153	54160	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022108	TAAT	2	8	54197	54204	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022108	AAGG	2	8	67550	67557	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022108	TCTA	2	8	76689	76696	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_022108	GTTT	2	8	79463	79470	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022108	ATTC	2	8	79666	79673	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_022108	GGTT	2	8	79816	79823	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022108	GTTT	2	8	88123	88130	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022108	TTTA	2	8	88146	88153	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022108	GTTT	2	8	88158	88165	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022108	GTTT	2	8	88209	88216	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022108	GAAT	2	8	90476	90483	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022108	AAGT	2	8	90508	90515	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022108	AAAT	2	8	93753	93760	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022108	TATT	2	8	97777	97784	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022108	CTGG	2	8	120471	120478	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_022108	AGCT	2	8	128661	128668	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_022108	GTTT	2	8	134969	134976	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022108	ATCT	2	8	151685	151692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022108	GCTG	2	8	151724	151731	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_022108	TGTT	2	8	157297	157304	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022108	TTTA	2	8	158148	158155	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022108	TAAT	2	8	158265	158272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022108	TAAT	2	8	159100	159107	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022108	GCTT	2	8	161736	161743	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_022108	CTTC	2	8	165807	165814	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_022108	TTAG	2	8	170215	170222	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022108	AAAC	2	8	171961	171968	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022108	GTAT	2	8	173143	173150	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022108	TTCA	2	8	173312	173319	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_022108	GGAA	2	8	178330	178337	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022108	GCTG	2	8	178497	178504	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_022108	TTCC	2	8	180741	180748	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022108	AAAC	2	8	180844	180851	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_022108	AAGA	2	8	182137	182144	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022108	AAAG	2	8	182317	182324	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022108	GATG	2	8	182349	182356	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022108	AAAC	2	8	187533	187540	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022108	GGAC	2	8	187892	187899	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022108	CTGG	2	8	192400	192407	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_022108	ATGC	2	8	192706	192713	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022108	TTTA	2	8	195920	195927	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022108	ATTT	2	8	196598	196605	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022108	AACT	2	8	196609	196616	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_022108	GAAA	2	8	202996	203003	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022108	CTAT	2	8	219821	219828	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_022108	GCAA	2	8	220065	220072	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_022108	AATT	2	8	221401	221408	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022108	TCCT	2	8	228105	228112	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_022108	TTAA	2	8	241918	241925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022108	AAAT	2	8	243716	243723	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022108	AAGA	2	8	243735	243742	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022108	AATA	2	8	250828	250835	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022108	GCAG	2	8	252497	252504	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_022108	AGAA	2	8	252530	252537	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022108	CCCA	2	8	253353	253360	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
76	NC_022108	CCAA	2	8	254412	254419	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_022108	TTCA	2	8	254487	254494	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_022108	AAAC	2	8	255010	255017	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022108	ATTT	2	8	258214	258221	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022108	TAAA	2	8	264415	264422	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022108	CTAC	2	8	270932	270939	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_022108	ATTT	2	8	273862	273869	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022108	AAAG	2	8	279739	279746	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022108	CAAA	2	8	284120	284127	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_022108	CCCT	2	8	299666	299673	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
86	NC_022108	TAAA	2	8	302138	302145	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022108	TCCC	2	8	305499	305506	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_022108	ATTG	2	8	306683	306690	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022108	AATA	2	8	318168	318175	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022108	CAAT	2	8	327796	327803	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_022108	AATT	2	8	327855	327862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022108	TTAG	2	8	330496	330503	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022108	CAGT	2	8	334175	334182	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_022108	TTGT	2	8	334315	334322	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022108	CAAG	2	8	340355	340362	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_022108	TCCA	2	8	340407	340414	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_022108	GCAA	2	8	359160	359167	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022108	AGAA	2	8	359669	359676	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022108	TTTA	2	8	363861	363868	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022108	GCTT	2	8	368502	368509	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022108	TAAA	2	8	368780	368787	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022108	AAAT	2	8	369698	369705	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022108	CCTT	2	8	369720	369727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_022108	ATCT	2	8	369753	369760	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022108	ACAA	2	8	369762	369769	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022108	CCAG	2	8	385647	385654	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_022108	TTTA	2	8	391504	391511	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022108	AATT	2	8	392312	392319	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022108	TCTT	2	8	395142	395149	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_022108	TTAT	2	8	395704	395711	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022108	GCAA	2	8	395757	395764	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_022108	AGAA	2	8	399464	399471	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022108	TCAT	2	8	405051	405058	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_022108	CAAA	2	8	407186	407193	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_022108	ATAA	2	8	410916	410923	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022108	ATTT	2	8	416599	416606	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022108	AGAA	2	8	416609	416616	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022108	ACTG	2	8	424892	424899	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022108	CTTT	2	8	424911	424918	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_022108	TTCT	2	8	428456	428463	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022108	CAAA	2	8	431036	431043	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_022108	AAAT	2	8	440908	440915	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022108	TTAT	2	8	444997	445004	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022108	CTTC	2	8	448486	448493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_022108	TAAA	2	8	448537	448544	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022108	TCTT	2	8	454150	454157	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_022108	TAAT	2	8	454163	454170	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022108	CATG	2	8	456697	456704	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_022108	GCAA	2	8	457817	457824	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_022108	GCAT	2	8	457910	457917	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_022108	AGGA	2	8	460327	460334	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022108	CTTT	2	8	465366	465373	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_022108	CATA	2	8	466950	466957	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022108	AGAA	2	8	485900	485907	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022108	TAAA	2	8	489560	489567	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022108	ATCC	2	8	489629	489636	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_022108	AGAA	2	8	493892	493899	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022108	TGTT	2	8	494418	494425	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022108	CCTA	2	8	496492	496499	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_022108	ATTT	2	8	503084	503091	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022108	TAAT	2	8	509210	509217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022108	TCGC	2	8	509805	509812	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_022108	CCAT	2	8	511903	511910	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_022108	TAGT	2	8	514225	514232	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022108	ACTA	2	8	514251	514258	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022108	CAAA	2	8	514736	514743	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_022108	ACAA	2	8	514787	514794	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_022108	AATA	2	8	514810	514817	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022108	ATCT	2	8	514831	514838	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_022108	AACA	2	8	514850	514857	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_022108	ACTA	2	8	514859	514866	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_022108	ATTC	2	8	516769	516776	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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161	NC_022108	TTTA	2	8	531421	531428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_022108	GCTT	2	8	937613	937620	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
302	NC_022108	GCAA	2	8	939762	939769	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
303	NC_022108	AGTT	2	8	957482	957489	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_022108	AAAG	2	8	967446	967453	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
305	NC_022108	TCTT	2	8	974255	974262	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
306	NC_022108	TGTT	2	8	974765	974772	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
307	NC_022108	AATA	2	8	982529	982536	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_022108	TTTA	2	8	984866	984873	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_022108	ATTT	2	8	984904	984911	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_022108	ATTT	2	8	995925	995932	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_022108	GTTG	2	8	995990	995997	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
312	NC_022108	GGAA	2	8	999216	999223	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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314	NC_022108	AATG	2	8	999428	999435	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
315	NC_022108	CTGT	2	8	1008690	1008697	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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317	NC_022108	GTTT	2	8	1008935	1008942	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
318	NC_022108	TATT	2	8	1018566	1018573	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_022108	TGAA	2	8	1018630	1018637	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
320	NC_022108	GAAA	2	8	1020026	1020033	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
321	NC_022108	TTCT	2	8	1032157	1032164	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
322	NC_022108	CTTT	2	8	1038437	1038444	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
323	NC_022108	TATT	2	8	1042168	1042175	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_022108	GGTT	2	8	1042232	1042239	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
325	NC_022108	GGAT	2	8	1042300	1042307	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
326	NC_022108	AGTG	2	8	1042788	1042795	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
327	NC_022108	TGGC	2	8	1042822	1042829	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.