MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/11-96

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022107	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022107	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022107	TGCAA	2	10	42329	42338	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022107	CAAAA	2	10	42647	42656	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022107	CTATT	2	10	49592	49601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022107	ATTAA	2	10	51383	51392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022107	AATTT	2	10	54166	54175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022107	AAAAG	2	10	69079	69088	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022107	AAAAG	2	10	76772	76781	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022107	ATCAA	2	10	78470	78479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022107	TTTGT	2	10	85208	85217	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022107	AATAA	2	10	88207	88216	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022107	TTTAA	2	10	93743	93752	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022107	CTTTT	2	10	94278	94287	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022107	ACAAA	2	10	97824	97833	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022107	GCTCT	2	10	114097	114106	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_022107	TTGCA	2	10	137078	137087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022107	TTCTA	2	10	157336	157345	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022107	CAAAA	2	10	161792	161801	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022107	TTGAA	2	10	180969	180978	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022107	CGATA	2	10	187480	187489	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022107	CTAAG	2	10	202609	202618	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022107	ATTTC	2	10	221100	221109	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022107	CAATA	2	10	224223	224232	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022107	TACAA	2	10	247934	247943	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022107	TTTCA	2	10	264050	264059	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022107	TGTTT	2	10	301759	301768	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022107	GCAAC	2	10	333803	333812	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022107	CTTGT	2	10	333863	333872	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022107	CCTTT	2	10	334321	334330	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022107	AAGGC	2	10	362079	362088	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022107	GCTTC	2	10	364189	364198	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_022107	AGTAG	2	10	364267	364276	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022107	TCTCT	2	10	367821	367830	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022107	AACAA	2	10	368204	368213	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022107	AAAAC	2	10	368526	368535	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022107	AAGCG	2	10	404048	404057	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_022107	GTATA	2	10	416295	416304	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022107	AGCAA	2	10	416331	416340	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022107	AAAAT	2	10	418180	418189	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022107	CTCTT	2	10	428244	428253	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_022107	TAAAA	2	10	430787	430796	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022107	AGAAA	2	10	436461	436470	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022107	CTCTT	2	10	436500	436509	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_022107	GAAGA	2	10	436510	436519	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022107	AAATT	2	10	436789	436798	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022107	AATTT	2	10	436810	436819	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022107	ATAGA	2	10	450081	450090	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022107	TAAAA	2	10	465018	465027	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022107	CAAAA	2	10	485465	485474	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_022107	AATCT	2	10	502806	502815	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022107	TTTCT	2	10	508406	508415	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022107	CCTTT	2	10	509415	509424	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_022107	TAAAA	2	10	514435	514444	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022107	AGGAA	2	10	516419	516428	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022107	ATGAA	2	10	516443	516452	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022107	CAAAA	2	10	524670	524679	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_022107	TTTTC	2	10	536706	536715	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022107	AAAAG	2	10	557960	557969	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022107	GAAAA	2	10	565144	565153	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022107	ATTTT	2	10	566581	566590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022107	ATACT	2	10	572654	572663	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_022107	AAAGG	2	10	581610	581619	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022107	ATTAA	2	10	637158	637167	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022107	TCGTC	2	10	650056	650065	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_022107	GCAAA	2	10	671625	671634	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022107	TATCG	2	10	672846	672855	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022107	TAAAA	2	10	685680	685689	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022107	TTTAT	2	10	697635	697644	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022107	TCATG	2	10	697830	697839	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022107	AAAAC	2	10	701941	701950	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022107	GAAAA	2	10	707291	707300	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022107	TTATT	2	10	714355	714364	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022107	GAAGA	2	10	737252	737261	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022107	TTTCT	2	10	746766	746775	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022107	AGAAT	2	10	760062	760071	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022107	AGGGG	2	10	760293	760302	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022107	GGATA	2	10	775183	775192	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022107	AGGTA	2	10	784244	784253	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022107	TCCTT	2	10	785427	785436	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_022107	TTTCT	2	10	804843	804852	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022107	AGAAA	2	10	813375	813384	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022107	AAGAG	2	10	825214	825223	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022107	CTTTT	2	10	859507	859516	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022107	AGAAA	2	10	863864	863873	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022107	GAAGA	2	10	876038	876047	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022107	CTTTT	2	10	881558	881567	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022107	TAGAA	2	10	890028	890037	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022107	CTTTT	2	10	906063	906072	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_022107	AGAGC	2	10	909095	909104	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022107	AAGAG	2	10	928769	928778	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022107	GCTAG	2	10	928795	928804	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022107	TCGTT	2	10	937190	937199	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022107	CTTCA	2	10	962031	962040	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_022107	CTAGT	2	10	968888	968897	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_022107	TAAAA	2	10	984883	984892	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022107	ATAAA	2	10	984914	984923	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022107	CGGGG	2	10	1006324	1006333	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
99	NC_022107	TATTT	2	10	1008482	1008491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022107	TAGAA	2	10	1019910	1019919	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022107	TTTTA	2	10	1042226	1042235	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.