MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/2-93 genome

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022106	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022106	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022106	TGCAA	2	10	42329	42338	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022106	CAAAA	2	10	42647	42656	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022106	CTATT	2	10	49592	49601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022106	ATTAA	2	10	51383	51392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022106	AATTT	2	10	54166	54175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022106	AAAAG	2	10	69079	69088	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022106	AAAAG	2	10	76772	76781	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022106	ATCAA	2	10	78470	78479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022106	TTTGT	2	10	85208	85217	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022106	AATAA	2	10	88207	88216	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022106	TTTAA	2	10	93743	93752	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022106	CTTTT	2	10	94278	94287	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022106	ACAAA	2	10	97824	97833	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022106	GCTCT	2	10	114097	114106	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_022106	TTGCA	2	10	137078	137087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022106	TTCTA	2	10	157336	157345	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022106	CAAAA	2	10	161792	161801	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022106	CGATA	2	10	187481	187490	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022106	CTAAG	2	10	202609	202618	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022106	ATTTC	2	10	221100	221109	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022106	CAATA	2	10	224223	224232	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022106	TACAA	2	10	247930	247939	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022106	TTTCA	2	10	264046	264055	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022106	TGTTT	2	10	301754	301763	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022106	GCAAC	2	10	333798	333807	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_022106	CTTGT	2	10	333858	333867	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022106	CCTTT	2	10	334316	334325	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_022106	AAGGC	2	10	362074	362083	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_022106	GCTTC	2	10	364184	364193	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_022106	AGTAG	2	10	364262	364271	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022106	TCTCT	2	10	367816	367825	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_022106	AACAA	2	10	368199	368208	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022106	AAAAC	2	10	368521	368530	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022106	AAGCG	2	10	404043	404052	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022106	GTATA	2	10	416290	416299	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022106	AGCAA	2	10	416326	416335	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022106	AAAAT	2	10	418175	418184	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022106	CTCTT	2	10	428239	428248	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_022106	TAAAA	2	10	430782	430791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022106	AGAAA	2	10	436456	436465	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022106	CTCTT	2	10	436495	436504	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_022106	GAAGA	2	10	436505	436514	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022106	AAATT	2	10	436784	436793	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022106	AATTT	2	10	436805	436814	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022106	ATAGA	2	10	450076	450085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022106	TAAAA	2	10	465013	465022	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022106	CAAAA	2	10	485460	485469	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_022106	AATCT	2	10	502801	502810	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_022106	TTTCT	2	10	508401	508410	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022106	CCTTT	2	10	509410	509419	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_022106	TAAAA	2	10	514430	514439	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022106	AGGAA	2	10	516414	516423	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022106	ATGAA	2	10	516438	516447	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022106	CAAAA	2	10	524665	524674	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_022106	TTTTC	2	10	536544	536553	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_022106	AAAAG	2	10	557798	557807	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022106	GAAAA	2	10	564982	564991	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022106	ATTTT	2	10	566419	566428	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022106	ATACT	2	10	572492	572501	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_022106	AAAGG	2	10	581448	581457	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022106	ATTAA	2	10	636996	637005	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022106	GCAAA	2	10	671461	671470	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022106	TATCG	2	10	672682	672691	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022106	CACAG	2	10	683294	683303	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_022106	TTTTC	2	10	683749	683758	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022106	TAAAA	2	10	685517	685526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022106	TTTAT	2	10	697472	697481	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022106	TCATG	2	10	697667	697676	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022106	TTATT	2	10	714192	714201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022106	GAAGA	2	10	737086	737095	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022106	TTTCT	2	10	746600	746609	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022106	AGAAT	2	10	759896	759905	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022106	AGGGG	2	10	760127	760136	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022106	GGATA	2	10	775017	775026	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022106	AGGTA	2	10	784078	784087	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022106	TCCTT	2	10	785261	785270	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_022106	TTTCT	2	10	804677	804686	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_022106	AGAAA	2	10	813209	813218	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022106	AAGAG	2	10	825048	825057	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022106	TGGCA	2	10	835008	835017	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_022106	CTTTT	2	10	859341	859350	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_022106	AGAAA	2	10	863698	863707	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022106	CTTTT	2	10	881392	881401	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_022106	TAGAA	2	10	889862	889871	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022106	CTTTT	2	10	905897	905906	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022106	AGAGC	2	10	908929	908938	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_022106	AAGAG	2	10	928603	928612	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022106	GCTAG	2	10	928629	928638	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022106	TCGTT	2	10	937024	937033	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_022106	CTAGT	2	10	968722	968731	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022106	TAAAA	2	10	984717	984726	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022106	ATAAA	2	10	984748	984757	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022106	CGGGG	2	10	1006158	1006167	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
96	NC_022106	TATTT	2	10	1008316	1008325	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022106	TAGAA	2	10	1019744	1019753	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022106	TTAGA	2	10	1024383	1024392	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022106	TTTTA	2	10	1041985	1041994	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.