MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Listeria monocytogenes strain J1817 plasmid

Total Repeats: 190

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022047	TAAA	2	8	92	99	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022047	TTGA	2	8	121	128	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022047	GATA	2	8	641	648	50 %	25 %	25 %	0 %	530314123
4	NC_022047	ATTA	2	8	776	783	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022047	GAAT	2	8	948	955	50 %	25 %	25 %	0 %	530314124
6	NC_022047	ATGG	2	8	1232	1239	25 %	25 %	50 %	0 %	530314124
7	NC_022047	GAAC	2	8	1500	1507	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_022047	TATT	2	8	1778	1785	25 %	75 %	0 %	0 %	530314125
9	NC_022047	TTTG	2	8	2133	2140	0 %	75 %	25 %	0 %	530314126
10	NC_022047	CGTA	2	8	2632	2639	25 %	25 %	25 %	25 %	530314127
11	NC_022047	ACTA	2	8	3166	3173	50 %	25 %	0 %	25 %	530314111
12	NC_022047	ATCA	2	8	3902	3909	50 %	25 %	0 %	25 %	530314111
13	NC_022047	ATTA	2	8	3986	3993	50 %	50 %	0 %	0 %	530314111
14	NC_022047	TTGC	2	8	4726	4733	0 %	50 %	25 %	25 %	530314111
15	NC_022047	ATCA	2	8	5554	5561	50 %	25 %	0 %	25 %	530314129
16	NC_022047	ATTT	3	12	6575	6586	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022047	TTCT	2	8	6637	6644	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_022047	GATA	2	8	6669	6676	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022047	GACT	2	8	6742	6749	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_022047	GAGG	2	8	7003	7010	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022047	CTAC	2	8	7058	7065	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_022047	TGAT	2	8	7421	7428	25 %	50 %	25 %	0 %	530314131
23	NC_022047	GAAA	2	8	7807	7814	75 %	0 %	25 %	0 %	530314131
24	NC_022047	GTTT	2	8	8096	8103	0 %	75 %	25 %	0 %	530314131
25	NC_022047	AATA	2	8	8278	8285	75 %	25 %	0 %	0 %	530314131
26	NC_022047	AAAG	2	8	8892	8899	75 %	0 %	25 %	0 %	530314132
27	NC_022047	AATA	2	8	9065	9072	75 %	25 %	0 %	0 %	530314132
28	NC_022047	TAAA	2	8	9291	9298	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022047	GTGA	2	8	9350	9357	25 %	25 %	50 %	0 %	530314133
30	NC_022047	CAAA	2	8	9406	9413	75 %	0 %	0 %	25 %	530314133
31	NC_022047	CATG	2	8	9494	9501	25 %	25 %	25 %	25 %	530314133
32	NC_022047	GTTT	2	8	9856	9863	0 %	75 %	25 %	0 %	530314134
33	NC_022047	TAAA	2	8	9874	9881	75 %	25 %	0 %	0 %	530314134
34	NC_022047	AATG	2	8	10636	10643	50 %	25 %	25 %	0 %	530314135
35	NC_022047	GATA	2	8	11291	11298	50 %	25 %	25 %	0 %	530314135
36	NC_022047	CCAT	2	8	11864	11871	25 %	25 %	0 %	50 %	530314135
37	NC_022047	TAAA	2	8	12174	12181	75 %	25 %	0 %	0 %	530314135
38	NC_022047	TGTT	2	8	12947	12954	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022047	CATC	2	8	12974	12981	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_022047	GATA	2	8	13301	13308	50 %	25 %	25 %	0 %	530314137
41	NC_022047	TGCC	2	8	13398	13405	0 %	25 %	25 %	50 %	530314137
42	NC_022047	GTTT	2	8	13855	13862	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022047	ATTA	2	8	14143	14150	50 %	50 %	0 %	0 %	530314138
44	NC_022047	AAAG	2	8	14153	14160	75 %	0 %	25 %	0 %	530314138
45	NC_022047	AAGA	2	8	15029	15036	75 %	0 %	25 %	0 %	530314138
46	NC_022047	AAAG	2	8	15242	15249	75 %	0 %	25 %	0 %	530314138
47	NC_022047	TTGG	2	8	15314	15321	0 %	50 %	50 %	0 %	530314138
48	NC_022047	ATGA	2	8	15384	15391	50 %	25 %	25 %	0 %	530314138
49	NC_022047	GCAT	2	8	15444	15451	25 %	25 %	25 %	25 %	530314139
50	NC_022047	TTAA	2	8	16042	16049	50 %	50 %	0 %	0 %	530314112
51	NC_022047	GAAT	2	8	16082	16089	50 %	25 %	25 %	0 %	530314112
52	NC_022047	TTTG	2	8	16322	16329	0 %	75 %	25 %	0 %	530314112
53	NC_022047	TCTT	2	8	17035	17042	0 %	75 %	0 %	25 %	530314140
54	NC_022047	CAAT	2	8	17151	17158	50 %	25 %	0 %	25 %	530314140
55	NC_022047	ATTT	2	8	17260	17267	25 %	75 %	0 %	0 %	530314140
56	NC_022047	TGGG	2	8	17440	17447	0 %	25 %	75 %	0 %	530314140
57	NC_022047	TATT	2	8	17718	17725	25 %	75 %	0 %	0 %	530314140
58	NC_022047	TTAT	2	8	17782	17789	25 %	75 %	0 %	0 %	530314140
59	NC_022047	TAAT	2	8	18165	18172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022047	TAAA	2	8	18179	18186	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022047	ATTT	2	8	18456	18463	25 %	75 %	0 %	0 %	530314141
62	NC_022047	ATGG	2	8	19091	19098	25 %	25 %	50 %	0 %	530314141
63	NC_022047	CTAA	2	8	19568	19575	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_022047	TAAG	2	8	19811	19818	50 %	25 %	25 %	0 %	530314113
65	NC_022047	TTGA	2	8	20258	20265	25 %	50 %	25 %	0 %	530314113
66	NC_022047	CTTT	2	8	20528	20535	0 %	75 %	0 %	25 %	530314113
67	NC_022047	TTTC	2	8	20712	20719	0 %	75 %	0 %	25 %	530314114
68	NC_022047	TTGT	2	8	20874	20881	0 %	75 %	25 %	0 %	530314114
69	NC_022047	CCTT	2	8	20919	20926	0 %	50 %	0 %	50 %	530314115
70	NC_022047	AGAC	2	8	20983	20990	50 %	0 %	25 %	25 %	530314115
71	NC_022047	AAGC	2	8	21293	21300	50 %	0 %	25 %	25 %	530314142
72	NC_022047	TTGA	2	8	21677	21684	25 %	50 %	25 %	0 %	530314143
73	NC_022047	TTAC	2	8	21769	21776	25 %	50 %	0 %	25 %	530314143
74	NC_022047	GAAG	2	8	21985	21992	50 %	0 %	50 %	0 %	530314143
75	NC_022047	TAGT	2	8	22141	22148	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022047	AATC	2	8	22162	22169	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022047	GAAC	2	8	22262	22269	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_022047	TTTG	2	8	22335	22342	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022047	AAAG	2	8	22475	22482	75 %	0 %	25 %	0 %	530314144
80	NC_022047	GGTA	2	8	22611	22618	25 %	25 %	50 %	0 %	530314144
81	NC_022047	CTTC	2	8	23036	23043	0 %	50 %	0 %	50 %	530314116
82	NC_022047	CCGA	2	8	23312	23319	25 %	0 %	25 %	50 %	530314116
83	NC_022047	TCAT	2	8	23641	23648	25 %	50 %	0 %	25 %	530314116
84	NC_022047	ATGC	2	8	23934	23941	25 %	25 %	25 %	25 %	530314116
85	NC_022047	AATT	2	8	25476	25483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022047	TAAA	2	8	25723	25730	75 %	25 %	0 %	0 %	530314147
87	NC_022047	AGGG	2	8	25980	25987	25 %	0 %	75 %	0 %	530314148
88	NC_022047	CGAA	2	8	26627	26634	50 %	0 %	25 %	25 %	530314148
89	NC_022047	AAGC	2	8	26803	26810	50 %	0 %	25 %	25 %	530314148
90	NC_022047	CTTG	2	8	26923	26930	0 %	50 %	25 %	25 %	530314148
91	NC_022047	AATT	2	8	27748	27755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022047	TGGA	2	8	28338	28345	25 %	25 %	50 %	0 %	530314150
93	NC_022047	AAAG	2	8	28572	28579	75 %	0 %	25 %	0 %	530314117
94	NC_022047	GCTC	2	8	28735	28742	0 %	25 %	25 %	50 %	530314117
95	NC_022047	TTTC	2	8	29252	29259	0 %	75 %	0 %	25 %	530314151
96	NC_022047	AAGT	2	8	29284	29291	50 %	25 %	25 %	0 %	530314151
97	NC_022047	AACA	2	8	29435	29442	75 %	0 %	0 %	25 %	530314151
98	NC_022047	CGAT	2	8	29453	29460	25 %	25 %	25 %	25 %	530314151
99	NC_022047	CTTT	2	8	29666	29673	0 %	75 %	0 %	25 %	530314151
100	NC_022047	TTTC	2	8	29769	29776	0 %	75 %	0 %	25 %	530314151
101	NC_022047	CAAA	2	8	30009	30016	75 %	0 %	0 %	25 %	530314152
102	NC_022047	GATG	2	8	30169	30176	25 %	25 %	50 %	0 %	530314152
103	NC_022047	TTTG	2	8	30363	30370	0 %	75 %	25 %	0 %	530314152
104	NC_022047	TTTC	2	8	30679	30686	0 %	75 %	0 %	25 %	530314152
105	NC_022047	TCAT	2	8	31023	31030	25 %	50 %	0 %	25 %	530314152
106	NC_022047	CAAG	2	8	31302	31309	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_022047	ATTA	2	8	31320	31327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022047	ATAA	2	8	31335	31342	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022047	AGAA	2	8	31589	31596	75 %	0 %	25 %	0 %	530314153
110	NC_022047	AAGA	2	8	32048	32055	75 %	0 %	25 %	0 %	530314154
111	NC_022047	CAAA	3	12	32069	32080	75 %	0 %	0 %	25 %	530314154
112	NC_022047	AAGT	2	8	32319	32326	50 %	25 %	25 %	0 %	530314154
113	NC_022047	TAAA	2	8	32917	32924	75 %	25 %	0 %	0 %	530314154
114	NC_022047	GTAA	2	8	32976	32983	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022047	AAGA	2	8	33596	33603	75 %	0 %	25 %	0 %	530314156
116	NC_022047	CAAT	2	8	33630	33637	50 %	25 %	0 %	25 %	530314156
117	NC_022047	AACC	2	8	34522	34529	50 %	0 %	0 %	50 %	530314157
118	NC_022047	AAGA	2	8	35343	35350	75 %	0 %	25 %	0 %	530314158
119	NC_022047	AACC	2	8	35558	35565	50 %	0 %	0 %	50 %	530314158
120	NC_022047	TCGC	2	8	35798	35805	0 %	25 %	25 %	50 %	530314159
121	NC_022047	GAAA	2	8	35845	35852	75 %	0 %	25 %	0 %	530314159
122	NC_022047	ATCC	2	8	36203	36210	25 %	25 %	0 %	50 %	530314159
123	NC_022047	AAGT	2	8	37313	37320	50 %	25 %	25 %	0 %	530314161
124	NC_022047	TTTA	2	8	37498	37505	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022047	TTAG	2	8	37719	37726	25 %	50 %	25 %	0 %	530314162
126	NC_022047	CAAG	2	8	37791	37798	50 %	0 %	25 %	25 %	530314162
127	NC_022047	GAAA	2	8	38895	38902	75 %	0 %	25 %	0 %	530314163
128	NC_022047	GAAA	2	8	39015	39022	75 %	0 %	25 %	0 %	530314163
129	NC_022047	ACCG	2	8	39027	39034	25 %	0 %	25 %	50 %	530314163
130	NC_022047	ATTT	2	8	39187	39194	25 %	75 %	0 %	0 %	530314163
131	NC_022047	CCTT	2	8	39227	39234	0 %	50 %	0 %	50 %	530314163
132	NC_022047	ATGA	2	8	39687	39694	50 %	25 %	25 %	0 %	530314164
133	NC_022047	GAAA	2	8	40029	40036	75 %	0 %	25 %	0 %	530314164
134	NC_022047	CAAA	2	8	40345	40352	75 %	0 %	0 %	25 %	530314164
135	NC_022047	CATC	2	8	40539	40546	25 %	25 %	0 %	50 %	530314164
136	NC_022047	TTTG	2	8	40699	40706	0 %	75 %	25 %	0 %	530314164
137	NC_022047	GAAA	2	8	40939	40946	75 %	0 %	25 %	0 %	530314165
138	NC_022047	ATCG	2	8	41255	41262	25 %	25 %	25 %	25 %	530314165
139	NC_022047	ACTT	2	8	41424	41431	25 %	50 %	0 %	25 %	530314165
140	NC_022047	GAAA	2	8	41456	41463	75 %	0 %	25 %	0 %	530314165
141	NC_022047	ACTT	2	8	42223	42230	25 %	50 %	0 %	25 %	530314167
142	NC_022047	TTTC	2	8	42391	42398	0 %	75 %	0 %	25 %	530314167
143	NC_022047	AATA	2	8	42591	42598	75 %	25 %	0 %	0 %	530314167
144	NC_022047	AGAA	2	8	42623	42630	75 %	0 %	25 %	0 %	530314167
145	NC_022047	TTTG	2	8	42756	42763	0 %	75 %	25 %	0 %	530314167
146	NC_022047	TAAA	2	8	43163	43170	75 %	25 %	0 %	0 %	530314167
147	NC_022047	TTCC	2	8	43189	43196	0 %	50 %	0 %	50 %	530314167
148	NC_022047	ATTG	2	8	43365	43372	25 %	50 %	25 %	0 %	530314118
149	NC_022047	TGCA	2	8	43423	43430	25 %	25 %	25 %	25 %	530314118
150	NC_022047	CCAA	2	8	43643	43650	50 %	0 %	0 %	50 %	530314118
151	NC_022047	GGAA	2	8	44446	44453	50 %	0 %	50 %	0 %	530314118
152	NC_022047	TCAA	2	8	44579	44586	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_022047	AAGC	2	8	45009	45016	50 %	0 %	25 %	25 %	530314120
154	NC_022047	AATG	2	8	45192	45199	50 %	25 %	25 %	0 %	530314120
155	NC_022047	GATT	2	8	45221	45228	25 %	50 %	25 %	0 %	530314120
156	NC_022047	AAAC	2	8	45261	45268	75 %	0 %	0 %	25 %	530314120
157	NC_022047	AAGA	2	8	45298	45305	75 %	0 %	25 %	0 %	530314120
158	NC_022047	AAAC	2	8	45320	45327	75 %	0 %	0 %	25 %	530314120
159	NC_022047	ATCC	2	8	45337	45344	25 %	25 %	0 %	50 %	530314168
160	NC_022047	TCCC	2	8	45674	45681	0 %	25 %	0 %	75 %	530314168
161	NC_022047	ATTG	2	8	46088	46095	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
162	NC_022047	CTTT	2	8	46290	46297	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
163	NC_022047	TTGA	2	8	46654	46661	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
164	NC_022047	TTTA	2	8	46997	47004	25 %	75 %	0 %	0 %	530314170
165	NC_022047	CTTT	2	8	47396	47403	0 %	75 %	0 %	25 %	530314171
166	NC_022047	AAAT	2	8	47702	47709	75 %	25 %	0 %	0 %	530314171
167	NC_022047	AACA	2	8	48243	48250	75 %	0 %	0 %	25 %	530314172
168	NC_022047	TGAT	2	8	48951	48958	25 %	50 %	25 %	0 %	530314172
169	NC_022047	TCTT	2	8	49372	49379	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
170	NC_022047	TGGA	2	8	49705	49712	25 %	25 %	50 %	0 %	530314174
171	NC_022047	AAAG	2	8	49750	49757	75 %	0 %	25 %	0 %	530314174
172	NC_022047	AAAG	2	8	50745	50752	75 %	0 %	25 %	0 %	530314121
173	NC_022047	AATA	2	8	50767	50774	75 %	25 %	0 %	0 %	530314121
174	NC_022047	AATA	2	8	51034	51041	75 %	25 %	0 %	0 %	530314121
175	NC_022047	AAAT	2	8	51058	51065	75 %	25 %	0 %	0 %	530314121
176	NC_022047	TGGA	2	8	52299	52306	25 %	25 %	50 %	0 %	530314179
177	NC_022047	GAAT	2	8	52464	52471	50 %	25 %	25 %	0 %	530314179
178	NC_022047	CAGT	2	8	52521	52528	25 %	25 %	25 %	25 %	530314179
179	NC_022047	TATC	2	8	52850	52857	25 %	50 %	0 %	25 %	530314180
180	NC_022047	ATGG	2	8	53043	53050	25 %	25 %	50 %	0 %	530314180
181	NC_022047	CAAT	2	8	53518	53525	50 %	25 %	0 %	25 %	530314180
182	NC_022047	GATG	2	8	53548	53555	25 %	25 %	50 %	0 %	530314180
183	NC_022047	TGTA	2	8	54461	54468	25 %	50 %	25 %	0 %	530314122
184	NC_022047	GTAT	2	8	55111	55118	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
185	NC_022047	ATTT	2	8	55208	55215	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_022047	TTAA	2	8	55364	55371	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_022047	ATGT	2	8	55472	55479	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
188	NC_022047	TCAT	2	8	55502	55509	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
189	NC_022047	AAAT	2	8	55629	55636	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_022047	GGAA	2	8	55762	55769	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.