MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J1776 plasmid

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022046	ATCA	2	8	759	766	50 %	25 %	0 %	25 %	530314052
2	NC_022046	TGAT	2	8	2626	2633	25 %	50 %	25 %	0 %	530314054
3	NC_022046	GAAA	2	8	3012	3019	75 %	0 %	25 %	0 %	530314054
4	NC_022046	GTTT	2	8	3301	3308	0 %	75 %	25 %	0 %	530314054
5	NC_022046	AATA	2	8	3483	3490	75 %	25 %	0 %	0 %	530314054
6	NC_022046	AAAG	2	8	4097	4104	75 %	0 %	25 %	0 %	530314055
7	NC_022046	AATA	2	8	4270	4277	75 %	25 %	0 %	0 %	530314055
8	NC_022046	GTGA	2	8	4555	4562	25 %	25 %	50 %	0 %	530314056
9	NC_022046	CAAA	2	8	4611	4618	75 %	0 %	0 %	25 %	530314056
10	NC_022046	CATG	2	8	4699	4706	25 %	25 %	25 %	25 %	530314056
11	NC_022046	GTTT	2	8	5061	5068	0 %	75 %	25 %	0 %	530314057
12	NC_022046	TAAA	2	8	5079	5086	75 %	25 %	0 %	0 %	530314057
13	NC_022046	AATG	2	8	5841	5848	50 %	25 %	25 %	0 %	530314058
14	NC_022046	GATA	2	8	6496	6503	50 %	25 %	25 %	0 %	530314058
15	NC_022046	CCAT	2	8	7069	7076	25 %	25 %	0 %	50 %	530314058
16	NC_022046	TAAA	2	8	7379	7386	75 %	25 %	0 %	0 %	530314058
17	NC_022046	GATA	2	8	8506	8513	50 %	25 %	25 %	0 %	530314060
18	NC_022046	TGCC	2	8	8603	8610	0 %	25 %	25 %	50 %	530314060
19	NC_022046	ATTA	2	8	9348	9355	50 %	50 %	0 %	0 %	530314061
20	NC_022046	AAAG	2	8	9358	9365	75 %	0 %	25 %	0 %	530314061
21	NC_022046	AAGA	2	8	10234	10241	75 %	0 %	25 %	0 %	530314061
22	NC_022046	AAAG	2	8	10447	10454	75 %	0 %	25 %	0 %	530314061
23	NC_022046	TTGG	2	8	10519	10526	0 %	50 %	50 %	0 %	530314061
24	NC_022046	ATGA	2	8	10589	10596	50 %	25 %	25 %	0 %	530314061
25	NC_022046	GCAT	2	8	10649	10656	25 %	25 %	25 %	25 %	530314062
26	NC_022046	TTAA	2	8	11247	11254	50 %	50 %	0 %	0 %	530314039
27	NC_022046	GAAT	2	8	11287	11294	50 %	25 %	25 %	0 %	530314039
28	NC_022046	TTTG	2	8	11527	11534	0 %	75 %	25 %	0 %	530314039
29	NC_022046	TCTT	2	8	12240	12247	0 %	75 %	0 %	25 %	530314063
30	NC_022046	CAAT	2	8	12356	12363	50 %	25 %	0 %	25 %	530314063
31	NC_022046	ATTT	2	8	12465	12472	25 %	75 %	0 %	0 %	530314063
32	NC_022046	TGGG	2	8	12645	12652	0 %	25 %	75 %	0 %	530314063
33	NC_022046	TATT	2	8	12923	12930	25 %	75 %	0 %	0 %	530314063
34	NC_022046	TTAT	2	8	12987	12994	25 %	75 %	0 %	0 %	530314063
35	NC_022046	ATTT	2	8	13661	13668	25 %	75 %	0 %	0 %	530314064
36	NC_022046	ATGG	2	8	14296	14303	25 %	25 %	50 %	0 %	530314064
37	NC_022046	TAAG	2	8	15016	15023	50 %	25 %	25 %	0 %	530314040
38	NC_022046	TTGA	2	8	15463	15470	25 %	50 %	25 %	0 %	530314040
39	NC_022046	CTTT	2	8	15733	15740	0 %	75 %	0 %	25 %	530314040
40	NC_022046	TTTC	2	8	15917	15924	0 %	75 %	0 %	25 %	530314041
41	NC_022046	TTGT	2	8	16079	16086	0 %	75 %	25 %	0 %	530314041
42	NC_022046	CCTT	2	8	16124	16131	0 %	50 %	0 %	50 %	530314042
43	NC_022046	AGAC	2	8	16188	16195	50 %	0 %	25 %	25 %	530314042
44	NC_022046	AAGC	2	8	16498	16505	50 %	0 %	25 %	25 %	530314065
45	NC_022046	TTGA	2	8	16882	16889	25 %	50 %	25 %	0 %	530314066
46	NC_022046	TTAC	2	8	16974	16981	25 %	50 %	0 %	25 %	530314066
47	NC_022046	GAAG	2	8	17190	17197	50 %	0 %	50 %	0 %	530314066
48	NC_022046	AAAG	2	8	17680	17687	75 %	0 %	25 %	0 %	530314067
49	NC_022046	GGTA	2	8	17816	17823	25 %	25 %	50 %	0 %	530314067
50	NC_022046	CTTC	2	8	18241	18248	0 %	50 %	0 %	50 %	530314043
51	NC_022046	CCGA	2	8	18517	18524	25 %	0 %	25 %	50 %	530314043
52	NC_022046	TCAT	2	8	18846	18853	25 %	50 %	0 %	25 %	530314043
53	NC_022046	ATGC	2	8	19139	19146	25 %	25 %	25 %	25 %	530314043
54	NC_022046	TAAA	2	8	20928	20935	75 %	25 %	0 %	0 %	530314070
55	NC_022046	AGGG	2	8	21185	21192	25 %	0 %	75 %	0 %	530314071
56	NC_022046	CGAA	2	8	21832	21839	50 %	0 %	25 %	25 %	530314071
57	NC_022046	AAGC	2	8	22008	22015	50 %	0 %	25 %	25 %	530314071
58	NC_022046	CTTG	2	8	22128	22135	0 %	50 %	25 %	25 %	530314071
59	NC_022046	TGGA	2	8	23543	23550	25 %	25 %	50 %	0 %	530314073
60	NC_022046	AAAG	2	8	23777	23784	75 %	0 %	25 %	0 %	530314044
61	NC_022046	GCTC	2	8	23940	23947	0 %	25 %	25 %	50 %	530314044
62	NC_022046	TTTC	2	8	24457	24464	0 %	75 %	0 %	25 %	530314074
63	NC_022046	AAGT	2	8	24489	24496	50 %	25 %	25 %	0 %	530314074
64	NC_022046	AACA	2	8	24640	24647	75 %	0 %	0 %	25 %	530314074
65	NC_022046	CGAT	2	8	24658	24665	25 %	25 %	25 %	25 %	530314074
66	NC_022046	CTTT	2	8	24871	24878	0 %	75 %	0 %	25 %	530314074
67	NC_022046	TTTC	2	8	24974	24981	0 %	75 %	0 %	25 %	530314074
68	NC_022046	CAAA	2	8	25214	25221	75 %	0 %	0 %	25 %	530314075
69	NC_022046	GATG	2	8	25374	25381	25 %	25 %	50 %	0 %	530314075
70	NC_022046	TTTG	2	8	25568	25575	0 %	75 %	25 %	0 %	530314075
71	NC_022046	TTTC	2	8	25884	25891	0 %	75 %	0 %	25 %	530314075
72	NC_022046	TCAT	2	8	26228	26235	25 %	50 %	0 %	25 %	530314075
73	NC_022046	AGAA	2	8	26794	26801	75 %	0 %	25 %	0 %	530314076
74	NC_022046	AAGA	2	8	27253	27260	75 %	0 %	25 %	0 %	530314077
75	NC_022046	CAAA	3	12	27274	27285	75 %	0 %	0 %	25 %	530314077
76	NC_022046	AAGT	2	8	27524	27531	50 %	25 %	25 %	0 %	530314077
77	NC_022046	TAAA	2	8	28122	28129	75 %	25 %	0 %	0 %	530314077
78	NC_022046	AAGA	2	8	28801	28808	75 %	0 %	25 %	0 %	530314079
79	NC_022046	CAAT	2	8	28835	28842	50 %	25 %	0 %	25 %	530314079
80	NC_022046	AACC	2	8	29727	29734	50 %	0 %	0 %	50 %	530314080
81	NC_022046	AAGA	2	8	30548	30555	75 %	0 %	25 %	0 %	530314081
82	NC_022046	AACC	2	8	30763	30770	50 %	0 %	0 %	50 %	530314081
83	NC_022046	TCGC	2	8	31003	31010	0 %	25 %	25 %	50 %	530314082
84	NC_022046	GAAA	2	8	31050	31057	75 %	0 %	25 %	0 %	530314082
85	NC_022046	ATCC	2	8	31408	31415	25 %	25 %	0 %	50 %	530314082
86	NC_022046	AAGT	2	8	32518	32525	50 %	25 %	25 %	0 %	530314084
87	NC_022046	TTAG	2	8	32924	32931	25 %	50 %	25 %	0 %	530314085
88	NC_022046	CAAG	2	8	32996	33003	50 %	0 %	25 %	25 %	530314085
89	NC_022046	GAAA	2	8	34100	34107	75 %	0 %	25 %	0 %	530314086
90	NC_022046	GAAA	2	8	34220	34227	75 %	0 %	25 %	0 %	530314086
91	NC_022046	ACCG	2	8	34232	34239	25 %	0 %	25 %	50 %	530314086
92	NC_022046	ATTT	2	8	34392	34399	25 %	75 %	0 %	0 %	530314086
93	NC_022046	CCTT	2	8	34432	34439	0 %	50 %	0 %	50 %	530314086
94	NC_022046	ATGA	2	8	34892	34899	50 %	25 %	25 %	0 %	530314087
95	NC_022046	GAAA	2	8	35234	35241	75 %	0 %	25 %	0 %	530314087
96	NC_022046	CAAA	2	8	35550	35557	75 %	0 %	0 %	25 %	530314087
97	NC_022046	CATC	2	8	35744	35751	25 %	25 %	0 %	50 %	530314087
98	NC_022046	TTTG	2	8	35904	35911	0 %	75 %	25 %	0 %	530314087
99	NC_022046	GAAA	2	8	36144	36151	75 %	0 %	25 %	0 %	530314088
100	NC_022046	ATCG	2	8	36460	36467	25 %	25 %	25 %	25 %	530314088
101	NC_022046	ACTT	2	8	36629	36636	25 %	50 %	0 %	25 %	530314088
102	NC_022046	GAAA	2	8	36661	36668	75 %	0 %	25 %	0 %	530314088
103	NC_022046	ACTT	2	8	37428	37435	25 %	50 %	0 %	25 %	530314090
104	NC_022046	TTTC	2	8	37596	37603	0 %	75 %	0 %	25 %	530314090
105	NC_022046	AATA	2	8	37796	37803	75 %	25 %	0 %	0 %	530314090
106	NC_022046	AGAA	2	8	37828	37835	75 %	0 %	25 %	0 %	530314090
107	NC_022046	TTTG	2	8	37961	37968	0 %	75 %	25 %	0 %	530314090
108	NC_022046	TAAA	2	8	38368	38375	75 %	25 %	0 %	0 %	530314090
109	NC_022046	TTCC	2	8	38394	38401	0 %	50 %	0 %	50 %	530314090
110	NC_022046	ATTG	2	8	38570	38577	25 %	50 %	25 %	0 %	530314045
111	NC_022046	TGCA	2	8	38628	38635	25 %	25 %	25 %	25 %	530314045
112	NC_022046	CCAA	2	8	38848	38855	50 %	0 %	0 %	50 %	530314045
113	NC_022046	GGAA	2	8	39651	39658	50 %	0 %	50 %	0 %	530314045
114	NC_022046	AAGC	2	8	40214	40221	50 %	0 %	25 %	25 %	530314047
115	NC_022046	AATG	2	8	40397	40404	50 %	25 %	25 %	0 %	530314047
116	NC_022046	GATT	2	8	40426	40433	25 %	50 %	25 %	0 %	530314047
117	NC_022046	AAAC	2	8	40466	40473	75 %	0 %	0 %	25 %	530314047
118	NC_022046	AAGA	2	8	40503	40510	75 %	0 %	25 %	0 %	530314047
119	NC_022046	AAAC	2	8	40525	40532	75 %	0 %	0 %	25 %	530314047
120	NC_022046	ATCC	2	8	40542	40549	25 %	25 %	0 %	50 %	530314091
121	NC_022046	TCCC	2	8	40879	40886	0 %	25 %	0 %	75 %	530314091
122	NC_022046	TTTA	2	8	42202	42209	25 %	75 %	0 %	0 %	530314093
123	NC_022046	CTTT	2	8	42601	42608	0 %	75 %	0 %	25 %	530314094
124	NC_022046	AAAT	2	8	42907	42914	75 %	25 %	0 %	0 %	530314094
125	NC_022046	AACA	2	8	43448	43455	75 %	0 %	0 %	25 %	530314095
126	NC_022046	TGAT	2	8	44156	44163	25 %	50 %	25 %	0 %	530314095
127	NC_022046	TGGA	2	8	44910	44917	25 %	25 %	50 %	0 %	530314097
128	NC_022046	AAAG	2	8	44955	44962	75 %	0 %	25 %	0 %	530314097
129	NC_022046	AAAG	2	8	45950	45957	75 %	0 %	25 %	0 %	530314048
130	NC_022046	AATA	2	8	45972	45979	75 %	25 %	0 %	0 %	530314048
131	NC_022046	AATA	2	8	46239	46246	75 %	25 %	0 %	0 %	530314048
132	NC_022046	AAAT	2	8	46263	46270	75 %	25 %	0 %	0 %	530314048
133	NC_022046	TGGA	2	8	47504	47511	25 %	25 %	50 %	0 %	530314102
134	NC_022046	GAAT	2	8	47669	47676	50 %	25 %	25 %	0 %	530314102
135	NC_022046	CAGT	2	8	47726	47733	25 %	25 %	25 %	25 %	530314102
136	NC_022046	TATC	2	8	48055	48062	25 %	50 %	0 %	25 %	530314103
137	NC_022046	ATGG	2	8	48248	48255	25 %	25 %	50 %	0 %	530314103
138	NC_022046	CAAT	2	8	48723	48730	50 %	25 %	0 %	25 %	530314103
139	NC_022046	GATG	2	8	48753	48760	25 %	25 %	50 %	0 %	530314103
140	NC_022046	TGTA	2	8	49666	49673	25 %	50 %	25 %	0 %	530314049
141	NC_022046	GTAT	2	8	50316	50323	25 %	50 %	25 %	0 %	530314104
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.