MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Listeria monocytogenes strain J1776 plasmid

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022046	AT	3	6	732	737	50 %	50 %	0 %	0 %	530314052
2	NC_022046	CT	3	6	2165	2170	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_022046	TA	3	6	2516	2521	50 %	50 %	0 %	0 %	530314054
4	NC_022046	AT	3	6	2665	2670	50 %	50 %	0 %	0 %	530314054
5	NC_022046	AT	3	6	3599	3604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022046	AG	3	6	3820	3825	50 %	0 %	50 %	0 %	530314055
7	NC_022046	AT	3	6	4209	4214	50 %	50 %	0 %	0 %	530314055
8	NC_022046	TG	3	6	4313	4318	0 %	50 %	50 %	0 %	530314055
9	NC_022046	GA	3	6	4976	4981	50 %	0 %	50 %	0 %	530314056
10	NC_022046	AT	3	6	5212	5217	50 %	50 %	0 %	0 %	530314057
11	NC_022046	AT	3	6	5233	5238	50 %	50 %	0 %	0 %	530314057
12	NC_022046	CT	3	6	5400	5405	0 %	50 %	0 %	50 %	530314057
13	NC_022046	GT	3	6	6127	6132	0 %	50 %	50 %	0 %	530314058
14	NC_022046	AT	3	6	7412	7417	50 %	50 %	0 %	0 %	530314058
15	NC_022046	AG	3	6	7489	7494	50 %	0 %	50 %	0 %	530314058
16	NC_022046	CT	3	6	8500	8505	0 %	50 %	0 %	50 %	530314060
17	NC_022046	CT	3	6	8619	8624	0 %	50 %	0 %	50 %	530314060
18	NC_022046	CA	3	6	9032	9037	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_022046	AT	3	6	9122	9127	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022046	AT	4	8	9583	9590	50 %	50 %	0 %	0 %	530314061
21	NC_022046	AG	3	6	10468	10473	50 %	0 %	50 %	0 %	530314061
22	NC_022046	GA	3	6	10918	10923	50 %	0 %	50 %	0 %	530314062
23	NC_022046	TG	3	6	11406	11411	0 %	50 %	50 %	0 %	530314039
24	NC_022046	AT	3	6	12099	12104	50 %	50 %	0 %	0 %	530314063
25	NC_022046	AT	3	6	13035	13040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022046	TC	3	6	13061	13066	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_022046	AC	3	6	13233	13238	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_022046	TA	3	6	14207	14212	50 %	50 %	0 %	0 %	530314064
29	NC_022046	AT	3	6	14671	14676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022046	TA	3	6	14686	14691	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022046	TA	3	6	14706	14711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022046	TA	3	6	14818	14823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022046	GA	3	6	14962	14967	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022046	CT	3	6	16148	16153	0 %	50 %	0 %	50 %	530314042
35	NC_022046	GA	3	6	16299	16304	50 %	0 %	50 %	0 %	530314042
36	NC_022046	TA	3	6	16318	16323	50 %	50 %	0 %	0 %	530314065
37	NC_022046	TA	3	6	16685	16690	50 %	50 %	0 %	0 %	530314065
38	NC_022046	TA	3	6	16876	16881	50 %	50 %	0 %	0 %	530314066
39	NC_022046	TC	3	6	17502	17507	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_022046	GA	3	6	17872	17877	50 %	0 %	50 %	0 %	530314067
41	NC_022046	AT	3	6	19798	19803	50 %	50 %	0 %	0 %	530314069
42	NC_022046	AG	3	6	20108	20113	50 %	0 %	50 %	0 %	530314069
43	NC_022046	TA	3	6	20489	20494	50 %	50 %	0 %	0 %	530314069
44	NC_022046	TC	3	6	20513	20518	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_022046	AT	3	6	20529	20534	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022046	TA	3	6	20638	20643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022046	AT	3	6	20729	20734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022046	AT	3	6	20761	20766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022046	TA	4	8	20800	20807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022046	TA	3	6	20850	20855	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022046	AG	3	6	21233	21238	50 %	0 %	50 %	0 %	530314071
52	NC_022046	GA	3	6	21239	21244	50 %	0 %	50 %	0 %	530314071
53	NC_022046	GT	3	6	22369	22374	0 %	50 %	50 %	0 %	530314071
54	NC_022046	AG	3	6	22763	22768	50 %	0 %	50 %	0 %	530314071
55	NC_022046	GA	3	6	24010	24015	50 %	0 %	50 %	0 %	530314044
56	NC_022046	AT	3	6	25262	25267	50 %	50 %	0 %	0 %	530314075
57	NC_022046	AT	3	6	25474	25479	50 %	50 %	0 %	0 %	530314075
58	NC_022046	TG	3	6	25655	25660	0 %	50 %	50 %	0 %	530314075
59	NC_022046	TC	4	8	26116	26123	0 %	50 %	0 %	50 %	530314075
60	NC_022046	AG	4	8	26727	26734	50 %	0 %	50 %	0 %	530314076
61	NC_022046	GA	3	6	27395	27400	50 %	0 %	50 %	0 %	530314077
62	NC_022046	CG	3	6	28572	28577	0 %	0 %	50 %	50 %	530314078
63	NC_022046	CA	3	6	29067	29072	50 %	0 %	0 %	50 %	530314079
64	NC_022046	AT	3	6	29275	29280	50 %	50 %	0 %	0 %	530314080
65	NC_022046	GA	3	6	30168	30173	50 %	0 %	50 %	0 %	530314080
66	NC_022046	AC	3	6	30190	30195	50 %	0 %	0 %	50 %	530314080
67	NC_022046	AG	3	6	30202	30207	50 %	0 %	50 %	0 %	530314080
68	NC_022046	TA	3	6	30222	30227	50 %	50 %	0 %	0 %	530314080
69	NC_022046	GA	3	6	30365	30370	50 %	0 %	50 %	0 %	530314080
70	NC_022046	TG	3	6	32129	32134	0 %	50 %	50 %	0 %	530314083
71	NC_022046	AT	3	6	32889	32894	50 %	50 %	0 %	0 %	530314085
72	NC_022046	AT	3	6	33558	33563	50 %	50 %	0 %	0 %	530314086
73	NC_022046	AT	3	6	34602	34607	50 %	50 %	0 %	0 %	530314086
74	NC_022046	AG	4	8	35001	35008	50 %	0 %	50 %	0 %	530314087
75	NC_022046	CA	3	6	35465	35470	50 %	0 %	0 %	50 %	530314087
76	NC_022046	AT	3	6	35646	35651	50 %	50 %	0 %	0 %	530314087
77	NC_022046	AT	3	6	35858	35863	50 %	50 %	0 %	0 %	530314087
78	NC_022046	AC	3	6	38343	38348	50 %	0 %	0 %	50 %	530314090
79	NC_022046	AG	3	6	39252	39257	50 %	0 %	50 %	0 %	530314045
80	NC_022046	TA	4	8	39807	39814	50 %	50 %	0 %	0 %	530314046
81	NC_022046	TA	3	6	41308	41313	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022046	TA	3	6	41884	41889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022046	AT	4	8	42055	42062	50 %	50 %	0 %	0 %	530314093
84	NC_022046	CA	3	6	42387	42392	50 %	0 %	0 %	50 %	530314094
85	NC_022046	AT	3	6	42491	42496	50 %	50 %	0 %	0 %	530314094
86	NC_022046	TC	3	6	42879	42884	0 %	50 %	0 %	50 %	530314094
87	NC_022046	AT	3	6	43992	43997	50 %	50 %	0 %	0 %	530314095
88	NC_022046	GT	3	6	44194	44199	0 %	50 %	50 %	0 %	530314095
89	NC_022046	GT	3	6	45376	45381	0 %	50 %	50 %	0 %	530314099
90	NC_022046	TC	3	6	46286	46291	0 %	50 %	0 %	50 %	530314048
91	NC_022046	AT	3	6	47846	47851	50 %	50 %	0 %	0 %	530314102
92	NC_022046	TA	3	6	47853	47858	50 %	50 %	0 %	0 %	530314102
93	NC_022046	AT	3	6	47959	47964	50 %	50 %	0 %	0 %	530314103
94	NC_022046	TA	3	6	49167	49172	50 %	50 %	0 %	0 %	530314103
95	NC_022046	AT	3	6	49404	49409	50 %	50 %	0 %	0 %	530314103
96	NC_022046	AT	3	6	51121	51126	50 %	50 %	0 %	0 %	530314104
97	NC_022046	AT	3	6	51212	51217	50 %	50 %	0 %	0 %	530314104
98	NC_022046	TA	3	6	52400	52405	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022046	AG	3	6	52562	52567	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022046	GA	3	6	53567	53572	50 %	0 %	50 %	0 %	530314109
101	NC_022046	TA	3	6	53767	53772	50 %	50 %	0 %	0 %	530314109
102	NC_022046	TA	3	6	54352	54357	50 %	50 %	0 %	0 %	530314050

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.