MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain N1-011A plasmid

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022045	GAAAAA	2	12	7025	7036	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	530313896
2	NC_022045	TTTCTT	2	12	12608	12619	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	530313904
3	NC_022045	TTTTTG	2	12	16183	16194	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	530313909
4	NC_022045	TGAAAT	2	12	21733	21744	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	530313915
5	NC_022045	ATCGAC	2	12	22041	22052	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	530313915
6	NC_022045	CTCGAT	2	12	26054	26065	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	530313919
7	NC_022045	TGACGC	2	12	32487	32498	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	530313878
8	NC_022045	ATTTCT	2	12	33226	33237	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	530313924
9	NC_022045	GAAATT	2	12	34211	34222	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	530313925
10	NC_022045	TTGATT	2	12	34614	34625	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	530313925
11	NC_022045	CAAGAA	2	12	36371	36382	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	530313880
12	NC_022045	AGTCAG	2	12	39258	39269	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	530313928
13	NC_022045	TTTTCT	2	12	40864	40875	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	530313930
14	NC_022045	ACAACC	2	12	42471	42482	50 %	0 %	0 %	50 %	530313934
15	NC_022045	CTTTCA	2	12	42827	42838	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	530313935
16	NC_022045	AATTTG	2	12	45635	45646	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	530313883
17	NC_022045	ATTAGG	2	12	47959	47970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530313937
18	NC_022045	AGTGCA	2	12	48848	48859	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	530313937
19	NC_022045	CATCTT	2	12	49523	49534	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	530313938
20	NC_022045	ATTAAA	2	12	51858	51869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530313939
21	NC_022045	AACGAC	2	12	58011	58022	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	530313885
22	NC_022045	GAAAAA	2	12	64578	64589	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	530313948
23	NC_022045	CTGCCG	2	12	66114	66125	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	530313950
24	NC_022045	ATTCTC	2	12	67979	67990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	530313952
25	NC_022045	ATAATG	2	12	68893	68904	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	530313952
26	NC_022045	ATAATC	2	12	69477	69488	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	530313952
27	NC_022045	GGCTAG	2	12	69652	69663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	530313952
28	NC_022045	TTTCCA	2	12	69853	69864	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	530313952
29	NC_022045	TTTCAT	2	12	71564	71575	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	530313953
30	NC_022045	ATTTTC	2	12	75368	75379	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	530313955
31	NC_022045	ATAGTG	2	12	79747	79758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	530313961
32	NC_022045	CTAGTA	2	12	80801	80812	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	530313963
33	NC_022045	CATAGG	2	12	84288	84299	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	530313968
34	NC_022045	AAGCTA	2	12	84539	84550	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	530313968
35	NC_022045	AAAGTA	2	12	84558	84569	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	530313968
36	NC_022045	CTTGTC	2	12	91414	91425	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	530313976
37	NC_022045	GGTTCT	2	12	91426	91437	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	530313976
38	NC_022045	TTGCTT	2	12	92678	92689	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	530313978
39	NC_022045	ATATTC	2	12	96659	96670	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	530313981
40	NC_022045	TCAGCA	2	12	99915	99926	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	530313984
41	NC_022045	ATTCAT	2	12	101215	101226	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	530313985
42	NC_022045	CAAAAA	2	12	103040	103051	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	530313985
43	NC_022045	TCCTAC	2	12	104999	105010	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	530313989
44	NC_022045	GCATTT	2	12	109018	109029	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	530313998
45	NC_022045	TGCCTG	2	12	112825	112836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	530314001
46	NC_022045	GATCGA	2	12	114916	114927	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	530314002
47	NC_022045	GTTGCT	2	12	117661	117672	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	530314006
48	NC_022045	TATCGA	2	12	121480	121491	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	530314009
49	NC_022045	CTCGAT	2	12	125645	125656	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	530314012
50	NC_022045	AGATTC	2	12	126086	126097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	530314013
51	NC_022045	ATTTTC	2	12	132651	132662	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	530314020
52	NC_022045	CTCTAA	2	12	133451	133462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	530314021
53	NC_022045	TAGAGG	2	12	133620	133631	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	530314021
54	NC_022045	AAATAT	2	12	134315	134326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	530314022
55	NC_022045	GAAAGA	2	12	138065	138076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	530314026
56	NC_022045	CTATAT	2	12	146625	146636	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	530314036

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.