MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Listeria monocytogenes strain N1-011A plasmid

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022045	TGTCT	2	10	1102	1111	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_022045	CTTGT	2	10	2361	2370	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022045	ATTAA	2	10	3627	3636	60 %	40 %	0 %	0 %	530313894
4	NC_022045	AGAAA	2	10	3755	3764	80 %	0 %	20 %	0 %	530313894
5	NC_022045	GAACA	2	10	7729	7738	60 %	0 %	20 %	20 %	530313897
6	NC_022045	TCTTG	2	10	9095	9104	0 %	60 %	20 %	20 %	530313899
7	NC_022045	CGATC	2	10	10380	10389	20 %	20 %	20 %	40 %	530313900
8	NC_022045	TCTTT	2	10	10538	10547	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022045	AATAC	2	10	14090	14099	60 %	20 %	0 %	20 %	530313905
10	NC_022045	GATAA	2	10	16011	16020	60 %	20 %	20 %	0 %	530313908
11	NC_022045	GAATT	2	10	18325	18334	40 %	40 %	20 %	0 %	530313912
12	NC_022045	TTCAG	2	10	21460	21469	20 %	40 %	20 %	20 %	530313915
13	NC_022045	AACAT	2	10	21556	21565	60 %	20 %	0 %	20 %	530313915
14	NC_022045	TAAAA	2	10	21966	21975	80 %	20 %	0 %	0 %	530313915
15	NC_022045	ATTTT	2	10	23597	23606	20 %	80 %	0 %	0 %	530313917
16	NC_022045	ATAGA	2	10	25388	25397	60 %	20 %	20 %	0 %	530313875
17	NC_022045	ATTCC	2	10	26852	26861	20 %	40 %	0 %	40 %	530313920
18	NC_022045	TAAGC	2	10	28798	28807	40 %	20 %	20 %	20 %	530313876
19	NC_022045	TTTAA	2	10	31172	31181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022045	AGAGA	2	10	31738	31747	60 %	0 %	40 %	0 %	530313922
21	NC_022045	TAATT	2	10	31893	31902	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022045	TATTT	2	10	31925	31934	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022045	ACTTG	2	10	31988	31997	20 %	40 %	20 %	20 %	530313923
24	NC_022045	AATAA	2	10	33366	33375	80 %	20 %	0 %	0 %	530313924
25	NC_022045	TTTCA	2	10	35027	35036	20 %	60 %	0 %	20 %	530313925
26	NC_022045	CTTCC	2	10	40443	40452	0 %	40 %	0 %	60 %	530313882
27	NC_022045	AAAGA	2	10	41950	41959	80 %	0 %	20 %	0 %	530313932
28	NC_022045	TCCAG	2	10	45246	45255	20 %	20 %	20 %	40 %	530313936
29	NC_022045	GAAAA	2	10	47933	47942	80 %	0 %	20 %	0 %	530313937
30	NC_022045	ATTTG	2	10	49015	49024	20 %	60 %	20 %	0 %	530313937
31	NC_022045	TTTCT	2	10	49298	49307	0 %	80 %	0 %	20 %	530313938
32	NC_022045	TAATT	2	10	49546	49555	40 %	60 %	0 %	0 %	530313938
33	NC_022045	CTTTC	2	10	49965	49974	0 %	60 %	0 %	40 %	530313938
34	NC_022045	TTTTA	2	10	50250	50259	20 %	80 %	0 %	0 %	530313939
35	NC_022045	TGTAC	2	10	51540	51549	20 %	40 %	20 %	20 %	530313939
36	NC_022045	CAATC	2	10	52081	52090	40 %	20 %	0 %	40 %	530313939
37	NC_022045	TGAAT	2	10	53971	53980	40 %	40 %	20 %	0 %	530313940
38	NC_022045	AAGAT	2	10	54150	54159	60 %	20 %	20 %	0 %	530313940
39	NC_022045	TTTTC	2	10	55453	55462	0 %	80 %	0 %	20 %	530313941
40	NC_022045	TTTTA	2	10	56839	56848	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022045	TGTCT	2	10	58662	58671	0 %	60 %	20 %	20 %	530313885
42	NC_022045	CTTGT	2	10	59917	59926	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_022045	ATTAA	2	10	61181	61190	60 %	40 %	0 %	0 %	530313945
44	NC_022045	AGAAA	2	10	61309	61318	80 %	0 %	20 %	0 %	530313945
45	NC_022045	GAACA	2	10	65282	65291	60 %	0 %	20 %	20 %	530313949
46	NC_022045	CATTA	2	10	66473	66482	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_022045	AAAAC	2	10	66796	66805	80 %	0 %	0 %	20 %	530313951
48	NC_022045	ATATC	2	10	69541	69550	40 %	40 %	0 %	20 %	530313952
49	NC_022045	TTTGG	2	10	71018	71027	0 %	60 %	40 %	0 %	530313953
50	NC_022045	AAGAT	2	10	71829	71838	60 %	20 %	20 %	0 %	530313953
51	NC_022045	TTTGC	2	10	71971	71980	0 %	60 %	20 %	20 %	530313953
52	NC_022045	GTTCT	2	10	72143	72152	0 %	60 %	20 %	20 %	530313954
53	NC_022045	AGCCA	2	10	76689	76698	40 %	0 %	20 %	40 %	530313958
54	NC_022045	TATAA	2	10	77528	77537	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022045	ATTTT	2	10	79577	79586	20 %	80 %	0 %	0 %	530313961
56	NC_022045	AATGG	2	10	79831	79840	40 %	20 %	40 %	0 %	530313961
57	NC_022045	ATCGC	2	10	82794	82803	20 %	20 %	20 %	40 %	530313887
58	NC_022045	CCATG	2	10	84626	84635	20 %	20 %	20 %	40 %	530313969
59	NC_022045	TTTCT	2	10	85123	85132	0 %	80 %	0 %	20 %	530313969
60	NC_022045	TGTGT	2	10	86032	86041	0 %	60 %	40 %	0 %	530313969
61	NC_022045	ATTTG	2	10	87254	87263	20 %	60 %	20 %	0 %	530313970
62	NC_022045	TTTTC	2	10	89992	90001	0 %	80 %	0 %	20 %	530313973
63	NC_022045	TAAAA	2	10	93389	93398	80 %	20 %	0 %	0 %	530313978
64	NC_022045	AAACC	2	10	94530	94539	60 %	0 %	0 %	40 %	530313979
65	NC_022045	CTTTT	2	10	99206	99215	0 %	80 %	0 %	20 %	530313984
66	NC_022045	TGCGC	2	10	100783	100792	0 %	20 %	40 %	40 %	530313985
67	NC_022045	ATTTG	2	10	101558	101567	20 %	60 %	20 %	0 %	530313985
68	NC_022045	AAATA	2	10	103529	103538	80 %	20 %	0 %	0 %	530313986
69	NC_022045	TTTCT	2	10	103587	103596	0 %	80 %	0 %	20 %	530313986
70	NC_022045	TCACC	2	10	106658	106667	20 %	20 %	0 %	60 %	530313995
71	NC_022045	TTTTC	2	10	107453	107462	0 %	80 %	0 %	20 %	530313996
72	NC_022045	ATCTT	2	10	108189	108198	20 %	60 %	0 %	20 %	530313997
73	NC_022045	TTCCG	2	10	109653	109662	0 %	40 %	20 %	40 %	530313998
74	NC_022045	TCGTA	2	10	110555	110564	20 %	40 %	20 %	20 %	530314000
75	NC_022045	CAATA	2	10	112460	112469	60 %	20 %	0 %	20 %	530314000
76	NC_022045	AAAAG	2	10	113146	113155	80 %	0 %	20 %	0 %	530314001
77	NC_022045	GGCTG	2	10	113473	113482	0 %	20 %	60 %	20 %	530314001
78	NC_022045	GGTGC	2	10	113843	113852	0 %	20 %	60 %	20 %	530314001
79	NC_022045	TTGTT	2	10	114410	114419	0 %	80 %	20 %	0 %	530314002
80	NC_022045	TGCTT	2	10	116336	116345	0 %	60 %	20 %	20 %	530314005
81	NC_022045	TGCTT	2	10	116992	117001	0 %	60 %	20 %	20 %	530314005
82	NC_022045	GGAGG	2	10	118667	118676	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022045	ATAAA	2	10	118837	118846	80 %	20 %	0 %	0 %	530314008
84	NC_022045	TTTTC	2	10	119101	119110	0 %	80 %	0 %	20 %	530314008
85	NC_022045	AAATA	2	10	119332	119341	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022045	TTCTT	2	10	121518	121527	0 %	80 %	0 %	20 %	530314009
87	NC_022045	ACTTT	2	10	122176	122185	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022045	ATTTT	2	10	122195	122204	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022045	AAACC	2	10	123401	123410	60 %	0 %	0 %	40 %	530314011
90	NC_022045	ATAGA	2	10	124979	124988	60 %	20 %	20 %	0 %	530313888
91	NC_022045	AGATA	2	10	125934	125943	60 %	20 %	20 %	0 %	530314013
92	NC_022045	TTTCT	2	10	127908	127917	0 %	80 %	0 %	20 %	530314015
93	NC_022045	TACTT	2	10	128842	128851	20 %	60 %	0 %	20 %	530314017
94	NC_022045	TTATT	2	10	129117	129126	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022045	ATAGA	2	10	134610	134619	60 %	20 %	20 %	0 %	530314022
96	NC_022045	AACTG	2	10	138098	138107	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_022045	GATGG	2	10	141149	141158	20 %	20 %	60 %	0 %	530314031
98	NC_022045	GATTT	2	10	141660	141669	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022045	AAAAC	2	10	142412	142421	80 %	0 %	0 %	20 %	530314032
100	NC_022045	AAACG	2	10	142882	142891	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_022045	ATTGC	2	10	142972	142981	20 %	40 %	20 %	20 %	530314033
102	NC_022045	TTTAC	2	10	143239	143248	20 %	60 %	0 %	20 %	530314033
103	NC_022045	ACCGC	2	10	145925	145934	20 %	0 %	20 %	60 %	530313890
104	NC_022045	CTTTT	2	10	146365	146374	0 %	80 %	0 %	20 %	530314036

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.