MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptomyces collinus Tu 365 plasmid pSCO1

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022001	TTCGC	2	10	45	54	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_022001	GGGCG	2	10	178	187	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022001	CACCT	2	10	1006	1015	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_022001	CGTCG	2	10	2694	2703	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_022001	GGGGC	2	10	2934	2943	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022001	CCCCG	2	10	2969	2978	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
7	NC_022001	CATCA	2	10	5723	5732	40 %	20 %	0 %	40 %	529239180
8	NC_022001	CCTGC	2	10	5802	5811	0 %	20 %	20 %	60 %	529239180
9	NC_022001	CAGGC	2	10	8230	8239	20 %	0 %	40 %	40 %	529239182
10	NC_022001	GCTGA	2	10	9554	9563	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022001	GTTCC	2	10	9669	9678	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_022001	TCCCA	2	10	10595	10604	20 %	20 %	0 %	60 %	529239183
13	NC_022001	CCTGT	2	10	11541	11550	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_022001	CCGAG	2	10	13655	13664	20 %	0 %	40 %	40 %	529239186
15	NC_022001	CGTGC	2	10	15226	15235	0 %	20 %	40 %	40 %	529239187
16	NC_022001	GCCGT	2	10	16714	16723	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_022001	ACGGT	2	10	16929	16938	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022001	TGGGC	2	10	17742	17751	0 %	20 %	60 %	20 %	529239190
19	NC_022001	GCGGT	2	10	18230	18239	0 %	20 %	60 %	20 %	529239190
20	NC_022001	CCCGT	2	10	18714	18723	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_022001	CGGGG	2	10	19192	19201	0 %	0 %	80 %	20 %	529239191
22	NC_022001	ACCGG	2	10	19462	19471	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_022001	GGCGC	2	10	20161	20170	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
24	NC_022001	GCCGC	2	10	23135	23144	0 %	0 %	40 %	60 %	529239197
25	NC_022001	GCGAT	2	10	24315	24324	20 %	20 %	40 %	20 %	529239198
26	NC_022001	CGTCT	2	10	25224	25233	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_022001	CTGCC	2	10	26544	26553	0 %	20 %	20 %	60 %	529239201
28	NC_022001	GCCCG	2	10	27084	27093	0 %	0 %	40 %	60 %	529239202
29	NC_022001	CCGCC	2	10	27316	27325	0 %	0 %	20 %	80 %	529239202
30	NC_022001	CCTCA	2	10	27946	27955	20 %	20 %	0 %	60 %	529239204
31	NC_022001	GACGG	2	10	29811	29820	20 %	0 %	60 %	20 %	529239205
32	NC_022001	CCAAA	2	10	31788	31797	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_022001	CCGCC	2	10	32070	32079	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
34	NC_022001	CTGGC	2	10	32848	32857	0 %	20 %	40 %	40 %	529239209
35	NC_022001	GCACG	2	10	34138	34147	20 %	0 %	40 %	40 %	529239210
36	NC_022001	CTGCG	2	10	34733	34742	0 %	20 %	40 %	40 %	529239210
37	NC_022001	TCGCT	2	10	36691	36700	0 %	40 %	20 %	40 %	529239213
38	NC_022001	TCGCT	2	10	36817	36826	0 %	40 %	20 %	40 %	529239213
39	NC_022001	TCGCT	2	10	36943	36952	0 %	40 %	20 %	40 %	529239213
40	NC_022001	TCGCT	2	10	37069	37078	0 %	40 %	20 %	40 %	529239213
41	NC_022001	TCGCT	2	10	37195	37204	0 %	40 %	20 %	40 %	529239213
42	NC_022001	TCGCT	2	10	37321	37330	0 %	40 %	20 %	40 %	529239213
43	NC_022001	CACCG	2	10	39219	39228	20 %	0 %	20 %	60 %	529239213
44	NC_022001	TGACA	2	10	40109	40118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_022001	GCCGG	2	10	40766	40775	0 %	0 %	60 %	40 %	529239215
46	NC_022001	TGGCC	2	10	40795	40804	0 %	20 %	40 %	40 %	529239215
47	NC_022001	GGGCC	2	10	40885	40894	0 %	0 %	60 %	40 %	529239215
48	NC_022001	GTGCG	2	10	40962	40971	0 %	20 %	60 %	20 %	529239215
49	NC_022001	GAACA	2	10	43956	43965	60 %	0 %	20 %	20 %	529239218
50	NC_022001	GCCGA	2	10	45815	45824	20 %	0 %	40 %	40 %	529239219
51	NC_022001	CTCGC	2	10	47283	47292	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_022001	AGGCC	2	10	47653	47662	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_022001	GCAAG	2	10	47680	47689	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_022001	CGAGG	2	10	47776	47785	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_022001	CGGGG	2	10	48586	48595	0 %	0 %	80 %	20 %	529239221
56	NC_022001	CCGCG	2	10	50515	50524	0 %	0 %	40 %	60 %	529239223
57	NC_022001	CGTCG	2	10	50603	50612	0 %	20 %	40 %	40 %	529239223
58	NC_022001	GGCGC	2	10	51375	51384	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
59	NC_022001	CACCC	2	10	52190	52199	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
60	NC_022001	CCGTC	2	10	54234	54243	0 %	20 %	20 %	60 %	529239226
61	NC_022001	CGGGC	2	10	54930	54939	0 %	0 %	60 %	40 %	529239226
62	NC_022001	TGCCG	2	10	59251	59260	0 %	20 %	40 %	40 %	529239229
63	NC_022001	TCGGC	2	10	59337	59346	0 %	20 %	40 %	40 %	529239229
64	NC_022001	CCGGC	2	10	60301	60310	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
65	NC_022001	GGCAT	2	10	60676	60685	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022001	GACGG	2	10	61124	61133	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022001	AGCCG	2	10	63723	63732	20 %	0 %	40 %	40 %	529239233
68	NC_022001	GGACA	2	10	64148	64157	40 %	0 %	40 %	20 %	529239233
69	NC_022001	GGCTC	2	10	65157	65166	0 %	20 %	40 %	40 %	529239233
70	NC_022001	TCGGG	2	10	65453	65462	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022001	GCTCC	2	10	67620	67629	0 %	20 %	20 %	60 %	529239235
72	NC_022001	GCCTG	2	10	68036	68045	0 %	20 %	40 %	40 %	529239236
73	NC_022001	AATCG	2	10	69243	69252	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022001	CGGGC	2	10	69739	69748	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_022001	GCAGG	2	10	69796	69805	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022001	CTCGT	2	10	70498	70507	0 %	40 %	20 %	40 %	529239241
77	NC_022001	GCCGC	2	10	71302	71311	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
78	NC_022001	GCCGG	2	10	73134	73143	0 %	0 %	60 %	40 %	529239245
79	NC_022001	GCCGG	2	10	73627	73636	0 %	0 %	60 %	40 %	529239245
80	NC_022001	ACCGC	2	10	73818	73827	20 %	0 %	20 %	60 %	529239245
81	NC_022001	CGGCC	2	10	74227	74236	0 %	0 %	40 %	60 %	529239246
82	NC_022001	GGTCG	2	10	74764	74773	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_022001	GGCCC	2	10	76099	76108	0 %	0 %	40 %	60 %	529239250
84	NC_022001	CCGGC	2	10	76111	76120	0 %	0 %	40 %	60 %	529239250
85	NC_022001	GACGG	2	10	76150	76159	20 %	0 %	60 %	20 %	529239250
86	NC_022001	GTGCG	2	10	77298	77307	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_022001	GCTGG	2	10	77324	77333	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022001	GCTCG	2	10	77743	77752	0 %	20 %	40 %	40 %	529239252
89	NC_022001	GCTCG	2	10	77962	77971	0 %	20 %	40 %	40 %	529239252
90	NC_022001	GCTCG	2	10	78061	78070	0 %	20 %	40 %	40 %	529239252
91	NC_022001	GCTCG	2	10	78616	78625	0 %	20 %	40 %	40 %	529239252
92	NC_022001	GCTCG	2	10	78934	78943	0 %	20 %	40 %	40 %	529239252
93	NC_022001	GCTCG	2	10	79033	79042	0 %	20 %	40 %	40 %	529239252
94	NC_022001	GCTCG	2	10	79471	79480	0 %	20 %	40 %	40 %	529239252
95	NC_022001	CGGCC	2	10	80861	80870	0 %	0 %	40 %	60 %	529239252
96	NC_022001	CGGCA	2	10	81005	81014	20 %	0 %	40 %	40 %	529239252
97	NC_022001	CCGGC	2	10	81178	81187	0 %	0 %	40 %	60 %	529239253
98	NC_022001	CAGCG	2	10	81759	81768	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_022001	GTTCA	2	10	81823	81832	20 %	40 %	20 %	20 %	529239254
100	NC_022001	TCGCC	2	10	83843	83852	0 %	20 %	20 %	60 %	529239254

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.