MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorhabdus tiamatea SARL4B complete genome

Total Repeats: 399

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021921	CGGCC	2	10	15145	15154	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2	NC_021921	CAGGA	2	10	22489	22498	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021921	CGGGT	2	10	31680	31689	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021921	TGACG	2	10	41587	41596	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021921	TTCGA	2	10	46949	46958	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021921	TCCCG	2	10	49019	49028	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_021921	CCGGT	2	10	51423	51432	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021921	CGGCA	2	10	51800	51809	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021921	CGGCG	2	10	57117	57126	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_021921	CGTTC	2	10	62882	62891	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_021921	ACTGA	2	10	63016	63025	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021921	ACACC	2	10	69513	69522	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_021921	GTCGT	2	10	69909	69918	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021921	TTCTC	2	10	72210	72219	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021921	GACAC	2	10	72373	72382	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021921	TACCT	2	10	73518	73527	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_021921	CAGGC	2	10	74631	74640	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_021921	CTGTG	2	10	76017	76026	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021921	ACCAC	2	10	76617	76626	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
20	NC_021921	CTATA	2	10	80316	80325	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021921	AGTTT	2	10	82689	82698	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021921	TCGCG	2	10	84145	84154	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_021921	ACCGT	2	10	84191	84200	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_021921	ACCCT	2	10	84206	84215	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_021921	GCCGA	2	10	102378	102387	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021921	CAAAT	2	10	109574	109583	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021921	TACTC	2	10	109655	109664	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021921	TCAGA	2	10	116694	116703	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021921	ACAGA	2	10	130805	130814	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021921	GAGGT	2	10	131661	131670	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021921	CGTCG	2	10	140684	140693	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021921	GTTGA	2	10	163982	163991	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021921	TTCCG	2	10	174775	174784	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_021921	CCGTC	2	10	175389	175398	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_021921	GGAGA	2	10	179380	179389	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021921	GTGAT	2	10	189150	189159	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021921	CGTCC	2	10	193012	193021	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_021921	TATTT	2	10	202686	202695	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021921	GCTCC	2	10	203027	203036	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_021921	CGGAG	2	10	215205	215214	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021921	ACGGT	2	10	221055	221064	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021921	CGTGT	2	10	224364	224373	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021921	CCGGT	2	10	240097	240106	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021921	ACGAC	2	10	251731	251740	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_021921	TCAGA	2	10	268474	268483	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021921	CCTGT	2	10	285875	285884	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021921	CCCAG	2	10	285939	285948	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_021921	GGACG	2	10	286434	286443	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021921	TCGGG	2	10	286831	286840	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021921	AGCGG	2	10	287123	287132	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021921	CGATC	2	10	287273	287282	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_021921	CGGAT	2	10	296573	296582	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021921	CCGAT	2	10	317748	317757	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021921	AGCCA	2	10	332965	332974	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021921	AGCGA	2	10	333100	333109	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021921	AGCGA	2	10	333211	333220	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021921	TCCCC	2	10	340301	340310	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
58	NC_021921	GGCGA	2	10	347169	347178	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021921	TCGCC	2	10	352961	352970	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
60	NC_021921	GAACG	2	10	355080	355089	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021921	AACGT	2	10	370991	371000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021921	GTCCG	2	10	371732	371741	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021921	CGCAC	2	10	375977	375986	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_021921	GCGAC	2	10	384528	384537	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_021921	CAGAC	2	10	398140	398149	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_021921	AGCGA	2	10	398372	398381	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021921	GACAC	2	10	400019	400028	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021921	GCGAC	2	10	409204	409213	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021921	CGCTT	2	10	413997	414006	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021921	CACGC	2	10	414012	414021	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_021921	GGCGA	2	10	419900	419909	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021921	CTATA	2	10	426052	426061	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021921	AGTCG	2	10	432034	432043	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021921	TCGCT	2	10	433804	433813	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021921	TCGCC	2	10	439157	439166	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_021921	CGAAG	2	10	440469	440478	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_021921	TTGAT	2	10	440826	440835	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021921	GCGTT	2	10	443911	443920	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021921	CGAAC	2	10	448892	448901	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021921	AGCAC	2	10	455060	455069	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021921	CCGAC	2	10	462876	462885	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_021921	GGACG	2	10	463010	463019	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021921	CGGAC	2	10	465708	465717	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_021921	AGTCG	2	10	468963	468972	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021921	TGCCC	2	10	480168	480177	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_021921	TCGCT	2	10	493070	493079	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021921	CCTCG	2	10	493128	493137	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_021921	AACGA	2	10	534565	534574	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021921	GAGTG	2	10	534583	534592	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021921	CGCTC	2	10	534764	534773	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_021921	AAGCG	2	10	534858	534867	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021921	ACGAC	2	10	546092	546101	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_021921	CGGTC	2	10	551377	551386	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_021921	TACGA	2	10	574802	574811	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021921	TCGCT	2	10	582429	582438	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021921	TCGCT	2	10	582638	582647	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021921	GGAGT	2	10	592422	592431	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021921	TGCTG	2	10	593424	593433	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021921	GCGAC	2	10	602461	602470	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_021921	ATCGG	2	10	603087	603096	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021921	GTCCG	2	10	603180	603189	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_021921	CCGAA	2	10	606809	606818	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_021921	AGGAC	2	10	628624	628633	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021921	TCGCT	2	10	645466	645475	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021921	CAGAA	2	10	660445	660454	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021921	AGTCG	2	10	660999	661008	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021921	GGAGG	2	10	661599	661608	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021921	CGTCT	2	10	668488	668497	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_021921	CCCCT	2	10	679523	679532	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
110	NC_021921	GAGTA	2	10	689774	689783	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021921	AGCGA	2	10	698580	698589	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021921	TCGAA	2	10	705984	705993	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021921	CGAAA	2	10	709583	709592	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021921	TTCGA	2	10	713716	713725	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_021921	GTTCG	2	10	720613	720622	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_021921	AAGAG	2	10	737276	737285	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021921	ACTGA	2	10	744778	744787	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_021921	GAAAG	2	10	747942	747951	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021921	GACGG	2	10	762056	762065	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_021921	GTTCG	2	10	780202	780211	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021921	GATAC	2	10	783172	783181	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_021921	TCGCT	2	10	798062	798071	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_021921	TCATA	3	15	799059	799073	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_021921	CCACG	2	10	801268	801277	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_021921	AGGCG	2	10	803760	803769	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_021921	GGCAG	2	10	803788	803797	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_021921	CGCAG	2	10	815586	815595	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_021921	CCGAC	2	10	824613	824622	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_021921	GACCG	2	10	834416	834425	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_021921	CCGGG	2	10	856617	856626	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131	NC_021921	CCGCG	2	10	856682	856691	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
132	NC_021921	ACTTC	2	10	892165	892174	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_021921	CTACC	2	10	905921	905930	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_021921	AATGG	2	10	919055	919064	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021921	CGCAA	2	10	934412	934421	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_021921	AGCGA	2	10	934505	934514	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_021921	AGACG	2	10	934764	934773	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021921	AGCGC	2	10	943203	943212	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021921	TCGGA	2	10	965925	965934	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_021921	GAGAG	2	10	966476	966485	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021921	ATCCG	2	10	966943	966952	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_021921	TCTGT	2	10	971555	971564	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_021921	ATGTG	2	10	973689	973698	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021921	TCGAT	2	10	992744	992753	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021921	CGAAA	2	10	994179	994188	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021921	CGCTC	2	10	995417	995426	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_021921	CAGCA	2	10	1019285	1019294	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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261	NC_021921	GCCAT	2	10	1866264	1866273	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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273	NC_021921	AGCGA	2	10	1886487	1886496	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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282	NC_021921	GAAAC	2	10	1956018	1956027	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
283	NC_021921	TCGCT	2	10	1957284	1957293	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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285	NC_021921	AGCGA	2	10	1965221	1965230	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
286	NC_021921	GAGCG	2	10	1965381	1965390	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
287	NC_021921	TCGCT	2	10	1981926	1981935	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_021921	TCGAA	2	10	1983218	1983227	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
289	NC_021921	CGTCG	2	10	1987983	1987992	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
290	NC_021921	TGTCG	2	10	1988888	1988897	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_021921	CGGTC	2	10	1991167	1991176	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
292	NC_021921	CGACT	2	10	1995495	1995504	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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294	NC_021921	AGCGA	2	10	2010494	2010503	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
295	NC_021921	AGCGA	2	10	2012905	2012914	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
296	NC_021921	AGCGA	2	10	2012933	2012942	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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298	NC_021921	GGGTA	2	10	2028549	2028558	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
299	NC_021921	AGCGA	2	10	2028819	2028828	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
300	NC_021921	TTCGC	2	10	2028885	2028894	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
301	NC_021921	GAGCG	2	10	2028938	2028947	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
302	NC_021921	TCTCG	2	10	2048215	2048224	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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320	NC_021921	CTCGT	2	10	2191860	2191869	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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322	NC_021921	GTCGT	2	10	2198940	2198949	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
323	NC_021921	CGTCG	2	10	2199018	2199027	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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332	NC_021921	AGTTG	2	10	2285151	2285160	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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362	NC_021921	GACGC	2	10	2534068	2534077	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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399	NC_021921	GTTCC	2	10	2803444	2803453	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.