MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Halorhabdus tiamatea SARL4B plasmid pHTIA complete sequence

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021913	GTGACC	2	12	3089	3100	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021913	CGTTGG	2	12	4182	4193	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021913	CTGTTG	2	12	7200	7211	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021913	GAATCA	2	12	12614	12625	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021913	CCGACA	2	12	13992	14003	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	529043446
6	NC_021913	GGCTGG	2	12	14250	14261	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	529043446
7	NC_021913	TCGCTG	2	12	15202	15213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	529043446
8	NC_021913	AATCTT	2	12	18847	18858	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021913	CATATC	2	12	20930	20941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	529043448
10	NC_021913	TAAGTG	2	12	22382	22393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	529043448
11	NC_021913	AACACG	2	12	25766	25777	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	529043451
12	NC_021913	TCAGGC	2	12	30182	30193	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021913	CTCGCG	2	12	37244	37255	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	529043465
14	NC_021913	ACGGTC	2	12	39824	39835	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043468
15	NC_021913	GGAGAC	2	12	48141	48152	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	529043476
16	NC_021913	CTGTCG	2	12	49235	49246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	529043476
17	NC_021913	ACGATC	2	12	53265	53276	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021913	GCCGTC	2	12	56992	57003	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	529043485
19	NC_021913	CGTCGA	2	12	57096	57107	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043485
20	NC_021913	CGTGAT	2	12	62117	62128	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043491
21	NC_021913	TATGAT	2	12	62983	62994	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021913	ACGAGG	2	12	68841	68852	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	529043498
23	NC_021913	ACGACC	2	12	69167	69178	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	529043498
24	NC_021913	TGTCGT	2	12	70670	70681	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	529043500
25	NC_021913	CGTTCG	2	12	71353	71364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	529043501
26	NC_021913	GGTCGA	2	12	71825	71836	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	529043501
27	NC_021913	AAATCC	2	12	73383	73394	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	529043505
28	NC_021913	CCCTTG	2	12	77279	77290	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	529043507
29	NC_021913	GACGAA	2	12	80721	80732	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	529043510
30	NC_021913	CGTCGC	2	12	87203	87214	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	529043519
31	NC_021913	CGACAG	2	12	92904	92915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	529043527
32	NC_021913	CGAAGG	2	12	96808	96819	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	529043530
33	NC_021913	CACGAT	2	12	102561	102572	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	529043534
34	NC_021913	AGCGCG	2	12	108124	108135	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	529043537
35	NC_021913	GTCGCC	2	12	108627	108638	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	529043538
36	NC_021913	CGGCCA	2	12	111839	111850	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	529043541
37	NC_021913	TCCGGA	2	12	115790	115801	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021913	CGTTCG	2	12	116665	116676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	529043542
39	NC_021913	CCAGTC	2	12	118159	118170	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	529043544
40	NC_021913	CGACCG	2	12	120470	120481	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	529043546
41	NC_021913	GCGACA	2	12	123506	123517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	529043549
42	NC_021913	TCGGCG	2	12	123637	123648	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	529043549
43	NC_021913	CGTGCG	2	12	125154	125165	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	529043549
44	NC_021913	GGTCGG	2	12	126114	126125	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	529043550
45	NC_021913	GACCGC	2	12	127424	127435	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	529043551
46	NC_021913	GCCGAG	2	12	130939	130950	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	529043552
47	NC_021913	TCGAAC	2	12	131798	131809	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	529043552
48	NC_021913	CTTCGA	2	12	132066	132077	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	529043552
49	NC_021913	ACGGCT	2	12	133867	133878	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043554
50	NC_021913	CGTCTC	2	12	135173	135184	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	529043556
51	NC_021913	CGAACG	2	12	139791	139802	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	529043558
52	NC_021913	TCATCG	2	12	141463	141474	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021913	CGGTCA	2	12	141597	141608	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043560
54	NC_021913	CGCCGG	2	12	145240	145251	0 %	0 %	50 %	50 %	529043562
55	NC_021913	GCTACG	2	12	146922	146933	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043562
56	NC_021913	GATCGT	2	12	147127	147138	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043562
57	NC_021913	TCGTTC	2	12	148111	148122	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	529043563
58	NC_021913	TCTTCG	2	12	149494	149505	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	529043564
59	NC_021913	GAGACG	2	12	152364	152375	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	529043568
60	NC_021913	TCCCGA	2	12	163516	163527	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	529043574
61	NC_021913	GAGCGA	2	12	163528	163539	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	529043574
62	NC_021913	TGTCGA	2	12	164314	164325	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043574
63	NC_021913	TCCAGC	2	12	164355	164366	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	529043574
64	NC_021913	CATTCG	2	12	168091	168102	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	529043577
65	NC_021913	TCGGTG	2	12	173784	173795	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	529043582
66	NC_021913	ACCGCG	2	12	174444	174455	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	529043583
67	NC_021913	GTCATC	2	12	175422	175433	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021913	GCTCGA	2	12	184208	184219	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021913	GGTTCT	2	12	189151	189162	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_021913	GTCTGG	2	12	190668	190679	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021913	TGTCGA	2	12	193766	193777	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043601
72	NC_021913	TCGAAT	2	12	195771	195782	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021913	ACTGCC	2	12	199755	199766	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	529043606
74	NC_021913	ACGTCG	2	12	202086	202097	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043608
75	NC_021913	TCGACG	2	12	202738	202749	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043610
76	NC_021913	GACGTC	2	12	204901	204912	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043613
77	NC_021913	CAGATC	2	12	206228	206239	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	529043614
78	NC_021913	GAGACT	2	12	210203	210214	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	529043619
79	NC_021913	GCGAGT	2	12	212371	212382	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021913	CTTCGA	2	12	214320	214331	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	529043626
81	NC_021913	GTTCGA	2	12	216860	216871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043630
82	NC_021913	TTCGAC	2	12	217068	217079	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	529043630
83	NC_021913	AGGAAC	2	12	218579	218590	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	529043631
84	NC_021913	TCGCAT	2	12	222490	222501	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	529043635
85	NC_021913	GCGTCC	2	12	224214	224225	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	529043637
86	NC_021913	GCTTGA	2	12	235958	235969	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043648
87	NC_021913	AGCGTA	2	12	247402	247413	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	529043656
88	NC_021913	TAGTCG	2	12	247706	247717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043656
89	NC_021913	CGGGCG	2	12	257140	257151	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_021913	GACGCC	2	12	260192	260203	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	529043668
91	NC_021913	GACGTC	2	12	260588	260599	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043668
92	NC_021913	GTCAAC	2	12	262922	262933	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	529043670
93	NC_021913	CTCGGA	2	12	262982	262993	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043670
94	NC_021913	GAAGCA	2	12	266029	266040	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	529043675
95	NC_021913	CGACAG	2	12	271354	271365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021913	GAGGAT	2	12	271998	272009	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021913	AGGGCA	2	12	273223	273234	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021913	ACGGCG	2	12	273934	273945	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	529043679
99	NC_021913	TCATCG	2	12	274189	274200	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_021913	TCGCGG	2	12	274320	274331	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	529043680
101	NC_021913	ACCGCG	2	12	275269	275280	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	529043681
102	NC_021913	GGAGCT	2	12	278150	278161	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	529043683
103	NC_021913	GGCTGA	2	12	280487	280498	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021913	GCGACG	2	12	285457	285468	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	529043691
105	NC_021913	TCGCGT	2	12	286479	286490	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021913	AAATCC	2	12	290241	290252	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	529043695
107	NC_021913	CGTCGA	2	12	290614	290625	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043696
108	NC_021913	CGCCGG	2	12	298385	298396	0 %	0 %	50 %	50 %	529043701
109	NC_021913	GATCGT	2	12	300272	300283	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	529043701
110	NC_021913	TCGGCG	2	12	306986	306997	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	529043704
111	NC_021913	GATGCC	2	12	308309	308320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	529043705
112	NC_021913	GCTGTT	2	12	309272	309283	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	529043705
113	NC_021913	GAACTC	2	12	311276	311287	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	529043706
114	NC_021913	TTCTCT	2	12	312840	312851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021913	CGTTTC	2	12	323160	323171	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	529043714

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.