MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorhabdus tiamatea SARL4B plasmid pHTIA complete sequence

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021913	AACCG	2	10	145	154	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_021913	AATTG	2	10	193	202	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021913	GAACT	2	10	3115	3124	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021913	TCGTC	2	10	3380	3389	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_021913	TGAAG	2	10	3809	3818	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021913	CAAGG	2	10	3960	3969	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021913	GATGG	2	10	4818	4827	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021913	AGGGC	2	10	28295	28304	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021913	TGGCG	2	10	28717	28726	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021913	CTAAA	2	10	35309	35318	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021913	GAAGA	2	10	47749	47758	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021913	GAGGG	2	10	57836	57845	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021913	GCCCG	2	10	59104	59113	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_021913	CGCCT	2	10	63158	63167	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_021913	TGACG	2	10	63311	63320	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021913	CCAGG	2	10	65914	65923	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_021913	ACCCT	2	10	70374	70383	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_021913	GATTC	2	10	73468	73477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021913	CGCGG	2	10	73558	73567	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_021913	TCATA	2	10	74635	74644	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021913	AAGGA	2	10	78402	78411	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021913	ATCTG	2	10	81407	81416	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021913	TTCTA	2	10	91447	91456	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021913	TACTC	2	10	91463	91472	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_021913	ACCAG	2	10	92369	92378	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021913	TGAAT	2	10	92386	92395	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021913	TTCTT	2	10	94390	94399	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021913	GCCTG	2	10	94624	94633	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021913	CGGCC	2	10	98517	98526	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_021913	ATACG	2	10	103731	103740	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021913	GATCC	2	10	103808	103817	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021913	ACGTT	2	10	149596	149605	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021913	TCGAG	2	10	150575	150584	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021913	GCCTT	2	10	171177	171186	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021913	ACTCG	2	10	171904	171913	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021913	TCAGA	2	10	172873	172882	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021913	ACCCC	2	10	175061	175070	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
38	NC_021913	ACGGC	2	10	189289	189298	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_021913	GGTCC	2	10	194335	194344	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021913	GTCAG	2	10	206559	206568	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021913	CTCCG	2	10	221240	221249	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_021913	CGGTC	2	10	228195	228204	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_021913	GTGAG	2	10	232455	232464	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021913	TCGGG	2	10	232653	232662	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021913	AGCCG	2	10	243415	243424	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021913	CGGAG	2	10	255904	255913	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021913	GCGGG	2	10	257217	257226	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021913	TTCGG	2	10	269500	269509	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021913	ACGTG	2	10	269606	269615	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021913	GTGAC	2	10	270442	270451	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021913	GCTCG	2	10	274586	274595	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_021913	CCATA	2	10	280056	280065	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_021913	GGACA	2	10	281969	281978	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021913	AATAG	2	10	287055	287064	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021913	AGCAC	2	10	312480	312489	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021913	GAATA	2	10	320067	320076	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.