MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1f

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021911	GAAGG	2	10	323	332	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021911	GAGGG	2	10	20714	20723	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021911	TCGGC	2	10	22266	22275	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_021911	ACGCA	2	10	22957	22966	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_021911	ATCCT	2	10	46038	46047	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_021911	ACGGG	2	10	47885	47894	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021911	CAGGG	2	10	47956	47965	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021911	GATCG	2	10	55475	55484	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021911	GCGTC	2	10	69293	69302	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_021911	TGCCG	2	10	75970	75979	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_021911	GCATC	2	10	113398	113407	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_021911	GCGCC	2	10	121132	121141	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_021911	CTGAT	2	10	125603	125612	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021911	CGAAG	2	10	125647	125656	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_021911	GCGTC	2	10	128521	128530	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021911	GCTCG	2	10	140538	140547	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_021911	AGAAA	2	10	149378	149387	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021911	CCGCA	2	10	150081	150090	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_021911	GTTTC	2	10	150333	150342	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021911	TATAC	2	10	150479	150488	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021911	GGCCG	2	10	154802	154811	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_021911	CCATG	2	10	156459	156468	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_021911	TCCGA	2	10	169495	169504	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_021911	CCAAC	2	10	176684	176693	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_021911	TGCGC	2	10	182785	182794	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021911	TCTGC	2	10	182967	182976	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_021911	GCGCT	2	10	184723	184732	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021911	ACCGA	2	10	192178	192187	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021911	GCCTG	2	10	198335	198344	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_021911	GATCT	2	10	201112	201121	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021911	ATAAG	2	10	203848	203857	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021911	CCGCT	2	10	237758	237767	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_021911	AGGAC	2	10	258170	258179	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021911	TAAGG	2	10	262412	262421	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021911	CGGCG	2	10	278311	278320	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021911	GTCGT	2	10	278636	278645	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021911	GAAAG	2	10	284520	284529	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021911	TGGCT	2	10	284800	284809	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021911	TTCAC	2	10	300246	300255	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021911	TGCAA	2	10	306870	306879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021911	TTCGA	2	10	307008	307017	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021911	ACGCG	2	10	325946	325955	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_021911	TCAAA	2	10	329478	329487	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021911	AATTC	2	10	338551	338560	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021911	CGCGC	2	10	341349	341358	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
46	NC_021911	ATCTT	2	10	342020	342029	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021911	TTCCA	2	10	356551	356560	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_021911	CAAAT	2	10	370717	370726	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021911	GAGCC	2	10	374323	374332	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_021911	GCGAG	2	10	375891	375900	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021911	GCAAA	2	10	384959	384968	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021911	TTCTG	2	10	425161	425170	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021911	CCGGA	2	10	466926	466935	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021911	CGGCT	2	10	467593	467602	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021911	GAAGG	2	10	479806	479815	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021911	TTTCG	2	10	480667	480676	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021911	GACGG	2	10	482264	482273	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021911	TGCCA	2	10	569092	569101	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_021911	TCCTC	2	10	573382	573391	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_021911	GCGCC	2	10	573450	573459	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_021911	CGACG	2	10	586328	586337	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021911	AAGCG	2	10	598984	598993	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021911	TTTCC	2	10	619343	619352	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_021911	CTTCG	2	10	648988	648997	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_021911	TCGTC	2	10	665187	665196	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_021911	GCACC	2	10	673526	673535	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021911	GCGGG	2	10	673573	673582	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021911	CGGGA	2	10	686178	686187	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021911	GATGT	2	10	689471	689480	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021911	GGCGG	2	10	736669	736678	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
71	NC_021911	GCGCC	2	10	746867	746876	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_021911	CGAAC	2	10	770183	770192	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_021911	CGGCG	2	10	794320	794329	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
74	NC_021911	GCGGG	2	10	803961	803970	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021911	CCGCT	2	10	803981	803990	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_021911	CCTCC	2	10	819837	819846	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
77	NC_021911	GCGCT	2	10	819855	819864	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_021911	TCCGG	2	10	819888	819897	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_021911	TTCGT	2	10	833184	833193	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021911	CTCCG	2	10	837165	837174	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_021911	TCTCT	2	10	837600	837609	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021911	GTTAT	2	10	857879	857888	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021911	AGATC	2	10	857999	858008	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021911	GCAAA	2	10	859885	859894	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021911	AGCGA	2	10	866735	866744	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021911	CATCT	2	10	867054	867063	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021911	AGCGC	2	10	911451	911460	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_021911	TGTCC	2	10	935621	935630	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_021911	GCCAT	2	10	938716	938725	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_021911	GAAGG	2	10	939135	939144	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021911	GCGGT	2	10	946898	946907	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021911	CGCAC	2	10	957362	957371	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_021911	GTGCC	2	10	970225	970234	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_021911	GGCCT	2	10	973596	973605	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_021911	ATCTC	2	10	974328	974337	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021911	CAAAC	2	10	981227	981236	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021911	CCTTA	2	10	981278	981287	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021911	GTGCA	2	10	984617	984626	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021911	CTACG	2	10	986474	986483	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_021911	GAGCG	2	10	1001570	1001579	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021911	TTCGC	2	10	1003542	1003551	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_021911	GCCCG	2	10	1016009	1016018	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_021911	GCCGC	2	10	1024237	1024246	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_021911	CCTGT	2	10	1028097	1028106	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021911	GAAGG	2	10	1035623	1035632	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021911	TTGCT	2	10	1039407	1039416	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021911	GTGCG	2	10	1043029	1043038	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021911	CCGTC	2	10	1046849	1046858	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_021911	CGATG	2	10	1053097	1053106	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_021911	CCTGG	2	10	1063813	1063822	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_021911	ATCAA	2	10	1072001	1072010	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021911	TCCCC	2	10	1078688	1078697	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.