MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetNIM1c

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021910	GTATCG	2	12	2219	2230	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528835313
2	NC_021910	TTCGAG	2	12	2290	2301	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528835313
3	NC_021910	GATCGG	2	12	3327	3338	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528835315
4	NC_021910	GGCGCC	2	12	6644	6655	0 %	0 %	50 %	50 %	528835317
5	NC_021910	CCGATC	2	12	10936	10947	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528835323
6	NC_021910	TGGCGA	2	12	11677	11688	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528835324
7	NC_021910	GGGGAG	2	12	19305	19316	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	528835331
8	NC_021910	CCCCGG	2	12	22910	22921	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	528835336
9	NC_021910	GCATCA	2	12	24097	24108	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528835338
10	NC_021910	CTGCCG	2	12	31951	31962	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835343
11	NC_021910	CGGCCT	2	12	32090	32101	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835343
12	NC_021910	AGGCGA	2	12	37201	37212	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528835349
13	NC_021910	GCAGCG	2	12	37779	37790	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528835350
14	NC_021910	GCCAAC	2	12	41143	41154	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021910	GCTTCT	2	12	57572	57583	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	528835370
16	NC_021910	TTTCAT	2	12	60423	60434	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	528835373
17	NC_021910	GGCTTT	2	12	63550	63561	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	528835377
18	NC_021910	GCGCCG	2	12	68126	68137	0 %	0 %	50 %	50 %	528835382
19	NC_021910	CCTCGT	2	12	71524	71535	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528835387
20	NC_021910	GCAGCC	2	12	74342	74353	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528835391
21	NC_021910	GGCAAG	2	12	79423	79434	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528835396
22	NC_021910	TGGTCG	2	12	80428	80439	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	528835396
23	NC_021910	CTCAAT	2	12	80473	80484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	528835396
24	NC_021910	CGAGCG	2	12	81762	81773	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528835396
25	NC_021910	CCGTCG	2	12	84210	84221	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_021910	TTCGAA	2	12	88372	88383	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528835402
27	NC_021910	GCCTCG	2	12	90096	90107	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835403
28	NC_021910	TCCAGA	2	12	90994	91005	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528835404
29	NC_021910	CAAGGA	2	12	91952	91963	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	528835406
30	NC_021910	AGCCAA	2	12	92788	92799	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	528835407
31	NC_021910	TGTAAT	2	12	93515	93526	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	528835408
32	NC_021910	ACGTCG	2	12	101794	101805	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528835415
33	NC_021910	TTCCCG	2	12	102502	102513	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528835415
34	NC_021910	CGAGGC	2	12	106582	106593	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528835418
35	NC_021910	GATTAC	2	12	108614	108625	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528835419
36	NC_021910	TATCGT	2	12	108910	108921	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021910	CTGCCG	2	12	111393	111404	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021910	CCGTGG	2	12	121558	121569	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528835431
39	NC_021910	CTGCCG	2	12	124797	124808	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835433
40	NC_021910	AGGAAG	2	12	125795	125806	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021910	GAGCTC	2	12	127604	127615	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528835435
42	NC_021910	CGGCGC	2	12	131655	131666	0 %	0 %	50 %	50 %	528835439
43	NC_021910	GTTCGG	2	12	138374	138385	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021910	GGTGAC	2	12	143863	143874	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528835453
45	NC_021910	TGATCC	2	12	149577	149588	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835458
46	NC_021910	CGTCGC	2	12	151836	151847	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835459
47	NC_021910	GTTGGT	2	12	152018	152029	0 %	50 %	50 %	0 %	528835459
48	NC_021910	AGTTGG	2	12	153750	153761	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	528835461
49	NC_021910	ATCTTC	2	12	155039	155050	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	528835462
50	NC_021910	GGGCCG	2	12	160851	160862	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021910	CCTTAA	2	12	168280	168291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021910	CGGGCG	2	12	171611	171622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	528835472
53	NC_021910	GCGGCA	2	12	172749	172760	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528835473
54	NC_021910	GGCCTT	2	12	178386	178397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_021910	AAGACG	2	12	178795	178806	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021910	TGTTCT	2	12	182136	182147	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	528835479
57	NC_021910	GACAGT	2	12	184635	184646	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021910	TGAGGA	2	12	186944	186955	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021910	GCCGCA	2	12	187416	187427	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528835483
60	NC_021910	GCCAGC	2	12	187588	187599	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528835483
61	NC_021910	AGACTA	2	12	189046	189057	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	528835484
62	NC_021910	ATTGCA	2	12	197048	197059	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528835493
63	NC_021910	CCAATC	2	12	201670	201681	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	528835497
64	NC_021910	TCGTCA	2	12	207387	207398	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835502
65	NC_021910	CGTCGC	2	12	207478	207489	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835502
66	NC_021910	GCCATT	2	12	209181	209192	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835505
67	NC_021910	CGGAGC	2	12	210054	210065	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528835505
68	NC_021910	CGATCT	2	12	211503	211514	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835507
69	NC_021910	TCCGAG	2	12	211667	211678	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528835507
70	NC_021910	AGACGG	2	12	213526	213537	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528835510
71	NC_021910	CCGCTT	2	12	213842	213853	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_021910	CCTTTC	2	12	214617	214628	0 %	50 %	0 %	50 %	528835512
73	NC_021910	GCGATC	2	12	216491	216502	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528835515
74	NC_021910	TCGATC	2	12	217592	217603	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835515
75	NC_021910	TCGACC	2	12	218174	218185	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528835515
76	NC_021910	CCGATC	2	12	218762	218773	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528835515
77	NC_021910	GCCGGA	2	12	220088	220099	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528835517
78	NC_021910	TGGTGC	2	12	221521	221532	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	528835518
79	NC_021910	TCGATC	2	12	221587	221598	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835518
80	NC_021910	GAGCCA	2	12	228911	228922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528835523
81	NC_021910	GCGATC	2	12	229866	229877	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528835524
82	NC_021910	CGGCGC	2	12	236287	236298	0 %	0 %	50 %	50 %	528835531
83	NC_021910	TGCCAT	2	12	236920	236931	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835533
84	NC_021910	GACGAT	2	12	240437	240448	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528835541
85	NC_021910	TCCCGC	2	12	243141	243152	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_021910	TCCGAA	2	12	244051	244062	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528835546
87	NC_021910	CGGCTC	2	12	244098	244109	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835546
88	NC_021910	CGCCGG	2	12	247172	247183	0 %	0 %	50 %	50 %	528835549
89	NC_021910	CGCCAG	2	12	247557	247568	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528835549
90	NC_021910	CCGTCA	2	12	251103	251114	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528835552
91	NC_021910	GGCGAT	2	12	251164	251175	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528835552
92	NC_021910	CTTCGC	2	12	252415	252426	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528835553
93	NC_021910	AGCCAT	2	12	255043	255054	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_021910	CCTTGC	2	12	257989	258000	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528835561
95	NC_021910	ATCGCC	2	12	259230	259241	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528835562
96	NC_021910	CGATCT	2	12	260916	260927	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835565
97	NC_021910	TCGATC	2	12	266283	266294	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528835570
98	NC_021910	AGAGCA	2	12	267929	267940	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	528835571
99	NC_021910	CGCTCG	2	12	268261	268272	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528835572

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.