MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetNIM1c

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021910	GCCCA	2	10	135	144	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_021910	GAACT	2	10	2013	2022	40 %	20 %	20 %	20 %	528835313
3	NC_021910	AGGGG	2	10	5607	5616	20 %	0 %	80 %	0 %	528835316
4	NC_021910	ACGGC	2	10	7992	8001	20 %	0 %	40 %	40 %	528835320
5	NC_021910	CGCCA	2	10	8302	8311	20 %	0 %	20 %	60 %	528835320
6	NC_021910	ACGGC	2	10	8983	8992	20 %	0 %	40 %	40 %	528835321
7	NC_021910	AGGGG	2	10	17320	17329	20 %	0 %	80 %	0 %	528835330
8	NC_021910	CTCTC	2	10	18115	18124	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_021910	CGCGC	2	10	21173	21182	0 %	0 %	40 %	60 %	528835335
10	NC_021910	CGGCG	2	10	21240	21249	0 %	0 %	60 %	40 %	528835335
11	NC_021910	GCCTC	2	10	21836	21845	0 %	20 %	20 %	60 %	528835336
12	NC_021910	GGAGC	2	10	22332	22341	20 %	0 %	60 %	20 %	528835336
13	NC_021910	CTGAA	2	10	22540	22549	40 %	20 %	20 %	20 %	528835336
14	NC_021910	GGCTT	2	10	23515	23524	0 %	40 %	40 %	20 %	528835336
15	NC_021910	TCGAA	2	10	25466	25475	40 %	20 %	20 %	20 %	528835339
16	NC_021910	CGCGG	2	10	25544	25553	0 %	0 %	60 %	40 %	528835339
17	NC_021910	GCGCA	2	10	28462	28471	20 %	0 %	40 %	40 %	528835340
18	NC_021910	AGCTA	2	10	30475	30484	40 %	20 %	20 %	20 %	528835342
19	NC_021910	CGCTG	2	10	31901	31910	0 %	20 %	40 %	40 %	528835343
20	NC_021910	CGCGG	2	10	34521	34530	0 %	0 %	60 %	40 %	528835346
21	NC_021910	GATTG	2	10	36551	36560	20 %	40 %	40 %	0 %	528835348
22	NC_021910	GTGCG	2	10	36595	36604	0 %	20 %	60 %	20 %	528835348
23	NC_021910	TGACC	2	10	38707	38716	20 %	20 %	20 %	40 %	528835351
24	NC_021910	GCGCC	2	10	38899	38908	0 %	0 %	40 %	60 %	528835351
25	NC_021910	CAAGC	2	10	39718	39727	40 %	0 %	20 %	40 %	528835352
26	NC_021910	ATGTC	2	10	40439	40448	20 %	40 %	20 %	20 %	528835353
27	NC_021910	CGGAG	2	10	41233	41242	20 %	0 %	60 %	20 %	528835354
28	NC_021910	AATCT	2	10	41667	41676	40 %	40 %	0 %	20 %	528835354
29	NC_021910	CGCGC	2	10	44232	44241	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_021910	TAGCG	2	10	44262	44271	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021910	GAAGC	2	10	45045	45054	40 %	0 %	40 %	20 %	528835357
32	NC_021910	CGGCG	2	10	49974	49983	0 %	0 %	60 %	40 %	528835364
33	NC_021910	CGGCG	2	10	51216	51225	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_021910	GCCGA	2	10	51530	51539	20 %	0 %	40 %	40 %	528835365
35	NC_021910	AGCCG	2	10	52036	52045	20 %	0 %	40 %	40 %	528835365
36	NC_021910	TCGGG	2	10	57773	57782	0 %	20 %	60 %	20 %	528835370
37	NC_021910	CGGAG	2	10	60210	60219	20 %	0 %	60 %	20 %	528835373
38	NC_021910	GACCC	2	10	60917	60926	20 %	0 %	20 %	60 %	528835373
39	NC_021910	CGGGC	2	10	62456	62465	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021910	AAAGC	2	10	63014	63023	60 %	0 %	20 %	20 %	528835377
41	NC_021910	ACAGA	2	10	65189	65198	60 %	0 %	20 %	20 %	528835380
42	NC_021910	CAGCG	2	10	66630	66639	20 %	0 %	40 %	40 %	528835381
43	NC_021910	CGGAC	2	10	67479	67488	20 %	0 %	40 %	40 %	528835382
44	NC_021910	CGGGG	2	10	67570	67579	0 %	0 %	80 %	20 %	528835382
45	NC_021910	GGAAA	2	10	69167	69176	60 %	0 %	40 %	0 %	528835385
46	NC_021910	CCGGC	2	10	69719	69728	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_021910	GGCTT	2	10	70998	71007	0 %	40 %	40 %	20 %	528835387
48	NC_021910	CCGGC	2	10	71730	71739	0 %	0 %	40 %	60 %	528835388
49	NC_021910	TGCCG	2	10	73519	73528	0 %	20 %	40 %	40 %	528835390
50	NC_021910	GCCGA	2	10	78362	78371	20 %	0 %	40 %	40 %	528835395
51	NC_021910	CGGCA	2	10	78514	78523	20 %	0 %	40 %	40 %	528835395
52	NC_021910	ACGCC	2	10	79764	79773	20 %	0 %	20 %	60 %	528835396
53	NC_021910	CAGGG	2	10	80116	80125	20 %	0 %	60 %	20 %	528835396
54	NC_021910	GACCG	2	10	82047	82056	20 %	0 %	40 %	40 %	528835396
55	NC_021910	CGGAA	2	10	83812	83821	40 %	0 %	40 %	20 %	528835398
56	NC_021910	CGATG	2	10	84671	84680	20 %	20 %	40 %	20 %	528835399
57	NC_021910	TGAGC	2	10	85706	85715	20 %	20 %	40 %	20 %	528835399
58	NC_021910	CGAAC	2	10	85986	85995	40 %	0 %	20 %	40 %	528835399
59	NC_021910	TCATT	2	10	87684	87693	20 %	60 %	0 %	20 %	528835400
60	NC_021910	CAAAT	2	10	87839	87848	60 %	20 %	0 %	20 %	528835401
61	NC_021910	CAACG	2	10	88622	88631	40 %	0 %	20 %	40 %	528835402
62	NC_021910	GAATG	2	10	89428	89437	40 %	20 %	40 %	0 %	528835402
63	NC_021910	CGCTG	2	10	92081	92090	0 %	20 %	40 %	40 %	528835407
64	NC_021910	AATTC	2	10	92337	92346	40 %	40 %	0 %	20 %	528835407
65	NC_021910	AGAGG	2	10	93150	93159	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021910	CGGTT	2	10	94072	94081	0 %	40 %	40 %	20 %	528835408
67	NC_021910	TCGAT	2	10	96131	96140	20 %	40 %	20 %	20 %	528835409
68	NC_021910	CAAAG	2	10	97285	97294	60 %	0 %	20 %	20 %	528835410
69	NC_021910	CATAA	2	10	98888	98897	60 %	20 %	0 %	20 %	528835411
70	NC_021910	CGTGT	2	10	107334	107343	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_021910	CATGG	2	10	108453	108462	20 %	20 %	40 %	20 %	528835419
72	NC_021910	CGGCG	2	10	110001	110010	0 %	0 %	60 %	40 %	528835421
73	NC_021910	GTGAG	2	10	110744	110753	20 %	20 %	60 %	0 %	528835422
74	NC_021910	GAGCA	2	10	115952	115961	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021910	CAGGG	2	10	118586	118595	20 %	0 %	60 %	20 %	528835428
76	NC_021910	GGCAC	2	10	120579	120588	20 %	0 %	40 %	40 %	528835430
77	NC_021910	CAGGC	2	10	121753	121762	20 %	0 %	40 %	40 %	528835431
78	NC_021910	GGTGA	2	10	122262	122271	20 %	20 %	60 %	0 %	528835432
79	NC_021910	GCAGC	2	10	123917	123926	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021910	CGAAC	2	10	123960	123969	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021910	CGGAC	2	10	124922	124931	20 %	0 %	40 %	40 %	528835433
82	NC_021910	CAGGG	2	10	125731	125740	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021910	CTCGC	2	10	129283	129292	0 %	20 %	20 %	60 %	528835437
84	NC_021910	CGGCG	2	10	130288	130297	0 %	0 %	60 %	40 %	528835438
85	NC_021910	CAACG	2	10	130497	130506	40 %	0 %	20 %	40 %	528835439
86	NC_021910	GTCCG	2	10	131775	131784	0 %	20 %	40 %	40 %	528835439
87	NC_021910	CCGAC	2	10	132469	132478	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_021910	GCCGG	2	10	135243	135252	0 %	0 %	60 %	40 %	528835441
89	NC_021910	CTCCC	2	10	137161	137170	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
90	NC_021910	GCTCT	2	10	138344	138353	0 %	40 %	20 %	40 %	528835444
91	NC_021910	AGCGC	2	10	139706	139715	20 %	0 %	40 %	40 %	528835447
92	NC_021910	GTGAA	2	10	140022	140031	40 %	20 %	40 %	0 %	528835448
93	NC_021910	TTGCC	2	10	141066	141075	0 %	40 %	20 %	40 %	528835449
94	NC_021910	TTTGG	2	10	143426	143435	0 %	60 %	40 %	0 %	528835453
95	NC_021910	CCGAC	2	10	146073	146082	20 %	0 %	20 %	60 %	528835455
96	NC_021910	CTTAC	2	10	146776	146785	20 %	40 %	0 %	40 %	528835456
97	NC_021910	ACGTC	2	10	149212	149221	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021910	GGTGT	2	10	151672	151681	0 %	40 %	60 %	0 %	528835459
99	NC_021910	CGAAA	2	10	154003	154012	60 %	0 %	20 %	20 %	528835461
100	NC_021910	AAGCG	2	10	155989	155998	40 %	0 %	40 %	20 %	528835463
101	NC_021910	CGTTT	2	10	157907	157916	0 %	60 %	20 %	20 %	528835465
102	NC_021910	GCCCC	2	10	160344	160353	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
103	NC_021910	CAGCC	2	10	163758	163767	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_021910	GCATC	2	10	165492	165501	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021910	TTAGT	2	10	165815	165824	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021910	GAGAA	2	10	165877	165886	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021910	TTTAC	2	10	169233	169242	20 %	60 %	0 %	20 %	528835471
108	NC_021910	GGCAT	2	10	170435	170444	20 %	20 %	40 %	20 %	528835472
109	NC_021910	ATTGC	2	10	171242	171251	20 %	40 %	20 %	20 %	528835472
110	NC_021910	CCCTG	2	10	171818	171827	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_021910	GTCCG	2	10	172627	172636	0 %	20 %	40 %	40 %	528835473
112	NC_021910	CGATC	2	10	174460	174469	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_021910	CGGGC	2	10	177483	177492	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
114	NC_021910	ACCGG	2	10	178111	178120	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_021910	ATCGT	2	10	183118	183127	20 %	40 %	20 %	20 %	528835480
116	NC_021910	AGAGC	2	10	183444	183453	40 %	0 %	40 %	20 %	528835480
117	NC_021910	ATCAA	2	10	184584	184593	60 %	20 %	0 %	20 %	528835481
118	NC_021910	TTCTG	2	10	187251	187260	0 %	60 %	20 %	20 %	528835483
119	NC_021910	TATCT	2	10	191001	191010	20 %	60 %	0 %	20 %	528835487
120	NC_021910	CAAGG	2	10	191249	191258	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021910	CCGGC	2	10	192697	192706	0 %	0 %	40 %	60 %	528835489
122	NC_021910	CGGCA	2	10	193541	193550	20 %	0 %	40 %	40 %	528835490
123	NC_021910	TTCCC	2	10	197270	197279	0 %	40 %	0 %	60 %	528835493
124	NC_021910	CGCAG	2	10	201441	201450	20 %	0 %	40 %	40 %	528835497
125	NC_021910	GTCGC	2	10	201644	201653	0 %	20 %	40 %	40 %	528835497
126	NC_021910	CATGT	2	10	203281	203290	20 %	40 %	20 %	20 %	528835499
127	NC_021910	GCGTC	2	10	204625	204634	0 %	20 %	40 %	40 %	528835500
128	NC_021910	CCCGA	2	10	207682	207691	20 %	0 %	20 %	60 %	528835503
129	NC_021910	ATCAG	2	10	209957	209966	40 %	20 %	20 %	20 %	528835505
130	NC_021910	CGGCT	2	10	216823	216832	0 %	20 %	40 %	40 %	528835515
131	NC_021910	ACCAC	2	10	217919	217928	40 %	0 %	0 %	60 %	528835515
132	NC_021910	GGCCC	2	10	218069	218078	0 %	0 %	40 %	60 %	528835515
133	NC_021910	CTCAA	2	10	220389	220398	40 %	20 %	0 %	40 %	528835517
134	NC_021910	ACGTT	2	10	220432	220441	20 %	40 %	20 %	20 %	528835517
135	NC_021910	AGCGA	2	10	222560	222569	40 %	0 %	40 %	20 %	528835519
136	NC_021910	GATCT	2	10	225169	225178	20 %	40 %	20 %	20 %	528835520
137	NC_021910	TGCGG	2	10	225546	225555	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021910	GTCGC	2	10	225736	225745	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021910	CCGGA	2	10	227152	227161	20 %	0 %	40 %	40 %	528835522
140	NC_021910	CCAAG	2	10	227970	227979	40 %	0 %	20 %	40 %	528835522
141	NC_021910	ATTTG	2	10	229344	229353	20 %	60 %	20 %	0 %	528835524
142	NC_021910	CGACG	2	10	229843	229852	20 %	0 %	40 %	40 %	528835524
143	NC_021910	CGGCC	2	10	231106	231115	0 %	0 %	40 %	60 %	528835525
144	NC_021910	AAGAC	2	10	231422	231431	60 %	0 %	20 %	20 %	528835525
145	NC_021910	ACGTC	2	10	231619	231628	20 %	20 %	20 %	40 %	528835525
146	NC_021910	GGCGA	2	10	231764	231773	20 %	0 %	60 %	20 %	528835525
147	NC_021910	ATGGC	2	10	232844	232853	20 %	20 %	40 %	20 %	528835527
148	NC_021910	AGGCA	2	10	233588	233597	40 %	0 %	40 %	20 %	528835527
149	NC_021910	CCTCG	2	10	234785	234794	0 %	20 %	20 %	60 %	528835530
150	NC_021910	ATGAA	2	10	235459	235468	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021910	CGTTC	2	10	235493	235502	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_021910	TTCCT	2	10	236014	236023	0 %	60 %	0 %	40 %	528835531
153	NC_021910	GCCCC	2	10	236423	236432	0 %	0 %	20 %	80 %	528835531
154	NC_021910	GGACA	2	10	236865	236874	40 %	0 %	40 %	20 %	528835533
155	NC_021910	CCCCG	2	10	237469	237478	0 %	0 %	20 %	80 %	528835534
156	NC_021910	GCCCC	2	10	238000	238009	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
157	NC_021910	GACAA	2	10	238453	238462	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_021910	TCCAT	2	10	239669	239678	20 %	40 %	0 %	40 %	528835539
159	NC_021910	TCTCT	2	10	240736	240745	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_021910	GGAGC	2	10	241099	241108	20 %	0 %	60 %	20 %	528835542
161	NC_021910	TCCGC	2	10	242598	242607	0 %	20 %	20 %	60 %	528835545
162	NC_021910	TGCCC	2	10	243765	243774	0 %	20 %	20 %	60 %	528835546
163	NC_021910	GCCCC	2	10	244447	244456	0 %	0 %	20 %	80 %	528835546
164	NC_021910	AAGCA	2	10	244549	244558	60 %	0 %	20 %	20 %	528835546
165	NC_021910	TGTCT	2	10	245361	245370	0 %	60 %	20 %	20 %	528835547
166	NC_021910	ATCCG	2	10	246466	246475	20 %	20 %	20 %	40 %	528835549
167	NC_021910	CTCGC	2	10	248091	248100	0 %	20 %	20 %	60 %	528835549
168	NC_021910	CCCAA	2	10	248444	248453	40 %	0 %	0 %	60 %	528835549
169	NC_021910	GATCG	2	10	248684	248693	20 %	20 %	40 %	20 %	528835549
170	NC_021910	GCCAA	2	10	250953	250962	40 %	0 %	20 %	40 %	528835551
171	NC_021910	GATCG	2	10	253346	253355	20 %	20 %	40 %	20 %	528835554
172	NC_021910	GCACC	2	10	256622	256631	20 %	0 %	20 %	60 %	528835559
173	NC_021910	TGACG	2	10	257469	257478	20 %	20 %	40 %	20 %	528835560
174	NC_021910	GCTGT	2	10	257866	257875	0 %	40 %	40 %	20 %	528835561
175	NC_021910	AAATG	2	10	260364	260373	60 %	20 %	20 %	0 %	528835564
176	NC_021910	CCCTC	2	10	261585	261594	0 %	20 %	0 %	80 %	528835565
177	NC_021910	CTGCG	2	10	261709	261718	0 %	20 %	40 %	40 %	528835565
178	NC_021910	CGGAT	2	10	262499	262508	20 %	20 %	40 %	20 %	528835565
179	NC_021910	CTCCC	2	10	262570	262579	0 %	20 %	0 %	80 %	528835565
180	NC_021910	CCGGC	2	10	263010	263019	0 %	0 %	40 %	60 %	528835565
181	NC_021910	GTTGC	2	10	263422	263431	0 %	40 %	40 %	20 %	528835566
182	NC_021910	CCCCT	2	10	263459	263468	0 %	20 %	0 %	80 %	528835567
183	NC_021910	CGGCG	2	10	265691	265700	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
184	NC_021910	AGTCA	2	10	266540	266549	40 %	20 %	20 %	20 %	528835570
185	NC_021910	GATGT	2	10	266675	266684	20 %	40 %	40 %	0 %	528835570
186	NC_021910	CCCTC	2	10	267668	267677	0 %	20 %	0 %	80 %	528835571
187	NC_021910	AAAAG	2	10	268065	268074	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
188	NC_021910	GCAAG	2	10	268304	268313	40 %	0 %	40 %	20 %	528835572
189	NC_021910	CGCGG	2	10	269335	269344	0 %	0 %	60 %	40 %	528835572

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.