MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetNIM1c

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021910	TCGA	2	8	176	183	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021910	GGAA	2	8	662	669	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021910	GCAA	2	8	1832	1839	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_021910	GCCG	2	8	2985	2992	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_021910	CTGC	2	8	4385	4392	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021910	GGAC	2	8	4606	4613	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_021910	GCCC	2	8	8567	8574	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
8	NC_021910	TGAC	2	8	8575	8582	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_021910	CGGC	2	8	16529	16536	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_021910	ATCC	2	8	17565	17572	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_021910	CCCA	2	8	34192	34199	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_021910	AATT	2	8	37021	37028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021910	GTGC	2	8	37391	37398	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021910	TCGC	2	8	39994	40001	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021910	CGCT	2	8	42045	42052	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021910	CGCC	2	8	44174	44181	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
17	NC_021910	GATC	2	8	45706	45713	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021910	GCCG	2	8	45729	45736	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_021910	GGCC	2	8	45933	45940	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_021910	GACC	2	8	50831	50838	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_021910	CAAG	2	8	50931	50938	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021910	AAGC	2	8	61707	61714	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021910	CCGA	2	8	61854	61861	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_021910	ACGC	2	8	61894	61901	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_021910	CCGA	2	8	68844	68851	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_021910	AAAG	2	8	75740	75747	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021910	GACT	2	8	82474	82481	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_021910	GAAT	2	8	84101	84108	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021910	GCGT	2	8	84244	84251	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_021910	AAAC	2	8	87780	87787	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021910	TCTA	2	8	90335	90342	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_021910	TTGA	2	8	90356	90363	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021910	GATC	2	8	91326	91333	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021910	TCCC	2	8	93098	93105	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
35	NC_021910	CGTG	2	8	93190	93197	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_021910	TTTG	2	8	94264	94271	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021910	TCGC	2	8	94323	94330	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021910	AACC	2	8	98252	98259	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_021910	CATA	2	8	98295	98302	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_021910	GGAA	2	8	105131	105138	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021910	TCGG	2	8	107006	107013	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_021910	GTCG	2	8	109662	109669	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_021910	GTCA	2	8	109700	109707	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_021910	CGAC	2	8	111280	111287	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_021910	AGCC	2	8	111536	111543	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_021910	GATA	2	8	111846	111853	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021910	GGAA	2	8	114012	114019	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021910	CAGG	2	8	120115	120122	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021910	CGAC	2	8	121947	121954	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021910	GATA	2	8	122139	122146	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021910	TCGT	2	8	123676	123683	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_021910	AACC	2	8	123748	123755	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_021910	TGAA	2	8	127272	127279	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021910	CTGC	2	8	131932	131939	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_021910	CAGC	2	8	133033	133040	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_021910	GCCG	2	8	137145	137152	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_021910	TCGC	2	8	138530	138537	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021910	ACGC	2	8	138682	138689	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_021910	CGAA	2	8	140781	140788	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021910	GGTC	2	8	143001	143008	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_021910	CGAA	2	8	147839	147846	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021910	TTGC	2	8	153030	153037	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_021910	AGCT	2	8	153044	153051	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_021910	GCCT	2	8	160612	160619	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_021910	CAGC	2	8	160671	160678	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021910	GCCT	2	8	161124	161131	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_021910	AGCG	2	8	161991	161998	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_021910	AGGC	2	8	162372	162379	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_021910	CAGT	2	8	162575	162582	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_021910	CGAT	2	8	162658	162665	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021910	CACG	2	8	163058	163065	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_021910	CGGC	2	8	163165	163172	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021910	GGCG	2	8	163355	163362	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021910	CACG	2	8	163481	163488	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_021910	GGCC	2	8	163577	163584	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_021910	GGCT	2	8	163795	163802	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_021910	TCCA	2	8	165707	165714	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_021910	CCAT	2	8	165837	165844	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021910	CATC	2	8	168499	168506	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021910	GATT	2	8	171847	171854	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021910	CGAC	2	8	171865	171872	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_021910	GCAA	2	8	173375	173382	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021910	GGCC	2	8	176669	176676	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021910	CGTG	2	8	176777	176784	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_021910	GGCC	2	8	177153	177160	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_021910	CGGC	2	8	177380	177387	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_021910	CTGA	2	8	177966	177973	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_021910	GTCG	2	8	178082	178089	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_021910	CCGG	2	8	178169	178176	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021910	ATCA	2	8	178284	178291	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_021910	CAAT	2	8	178627	178634	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021910	CTTT	2	8	183985	183992	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_021910	GACC	2	8	186690	186697	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021910	TCGT	2	8	186810	186817	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021910	GGTG	2	8	190730	190737	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021910	TCAT	2	8	199031	199038	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_021910	CGCT	2	8	208279	208286	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021910	CCAC	2	8	208443	208450	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_021910	TCGG	2	8	213631	213638	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021910	CGGA	2	8	214244	214251	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021910	AACG	2	8	219613	219620	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_021910	GAGC	2	8	230072	230079	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_021910	GAGT	2	8	230140	230147	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021910	CGCA	2	8	234629	234636	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021910	CGCC	2	8	235479	235486	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_021910	AGCG	2	8	241478	241485	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021910	TCGG	2	8	242241	242248	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_021910	GATT	2	8	242253	242260	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021910	TCGG	2	8	243045	243052	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_021910	CCCG	2	8	243173	243180	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
111	NC_021910	CGAT	2	8	251651	251658	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_021910	GAAA	2	8	253917	253924	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021910	GGTC	2	8	254985	254992	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_021910	GAGT	2	8	265519	265526	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.