MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1e

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021909	GTCGAT	2	12	1317	1328	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528834107
2	NC_021909	GATCAG	2	12	3542	3553	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834109
3	NC_021909	TCTACG	2	12	4233	4244	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834109
4	NC_021909	TGTTCC	2	12	6393	6404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	528834111
5	NC_021909	TCATCG	2	12	8324	8335	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834113
6	NC_021909	GCGTCT	2	12	10446	10457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528834113
7	NC_021909	TCGACG	2	12	11359	11370	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834113
8	NC_021909	TCGAAC	2	12	13562	13573	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528834115
9	NC_021909	CCTTCG	2	12	20015	20026	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528834126
10	NC_021909	GTCGAT	2	12	30707	30718	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528834138
11	NC_021909	CAGCGA	2	12	37438	37449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528834143
12	NC_021909	CATCAG	2	12	40917	40928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528834149
13	NC_021909	GCTTTC	2	12	41016	41027	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	528834150
14	NC_021909	CTCGAT	2	12	43020	43031	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834153
15	NC_021909	TCAGCG	2	12	44184	44195	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834155
16	NC_021909	GATCGC	2	12	45416	45427	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834155
17	NC_021909	GGATCG	2	12	45676	45687	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834155
18	NC_021909	TGGTGC	2	12	53372	53383	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	528834161
19	NC_021909	TCGATC	2	12	53438	53449	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834161
20	NC_021909	CGGCAC	2	12	63379	63390	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528834168
21	NC_021909	CCATCG	2	12	68295	68306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528834173
22	NC_021909	GATCGG	2	12	69039	69050	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834174
23	NC_021909	CTTGCA	2	12	74389	74400	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834180
24	NC_021909	GTCGAG	2	12	81273	81284	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834186
25	NC_021909	GCTTCG	2	12	81433	81444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528834186
26	NC_021909	CGGCGC	2	12	81545	81556	0 %	0 %	50 %	50 %	528834186
27	NC_021909	GCTGGG	2	12	84082	84093	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	528834188
28	NC_021909	ATCGTC	2	12	86818	86829	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834194
29	NC_021909	ATGGCA	2	12	87734	87745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834196
30	NC_021909	TCGACT	2	12	94181	94192	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834205
31	NC_021909	TGGTGC	2	12	101415	101426	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	528834210
32	NC_021909	TCGATC	2	12	101481	101492	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834210
33	NC_021909	GATCGG	2	12	103345	103356	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834212
34	NC_021909	TCGAGA	2	12	104511	104522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834212
35	NC_021909	GGAAAG	2	12	107495	107506	50 %	0 %	50 %	0 %	528834214
36	NC_021909	CCGTCT	2	12	108580	108591	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528834217
37	NC_021909	CGGGAT	2	12	114104	114115	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834223
38	NC_021909	GTCGAT	2	12	118976	118987	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528834230
39	NC_021909	GACGGC	2	12	120188	120199	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834231
40	NC_021909	AGCAGG	2	12	131108	131119	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528834240
41	NC_021909	TCCCTC	2	12	131466	131477	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	528834241
42	NC_021909	CGACAG	2	12	138050	138061	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528834249
43	NC_021909	CGTGTT	2	12	140804	140815	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	528834252
44	NC_021909	CGCGCT	2	12	143655	143666	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834255
45	NC_021909	GTGGTT	2	12	144565	144576	0 %	50 %	50 %	0 %	528834255
46	NC_021909	GACCGC	2	12	145711	145722	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528834257
47	NC_021909	ATGCCA	2	12	145743	145754	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528834257
48	NC_021909	AGATGG	2	12	145833	145844	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	528834257
49	NC_021909	ATGGCA	2	12	148188	148199	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834258
50	NC_021909	ACCTCG	2	12	151097	151108	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528834263
51	NC_021909	CAATGG	2	12	151318	151329	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834263
52	NC_021909	AACCCG	2	12	152456	152467	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	528834264
53	NC_021909	GATCAA	2	12	154594	154605	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	528834265
54	NC_021909	GTCTAC	2	12	154922	154933	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834266
55	NC_021909	CTGATC	2	12	155948	155959	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834267
56	NC_021909	CAATGA	2	12	157218	157229	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	528834270
57	NC_021909	GAGGGC	2	12	160049	160060	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	528834274
58	NC_021909	ATGCCG	2	12	162110	162121	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834276
59	NC_021909	GGCGCT	2	12	164026	164037	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528834278
60	NC_021909	TCAGGC	2	12	164460	164471	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834278
61	NC_021909	GCGAGA	2	12	173651	173662	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528834285
62	NC_021909	ATCGAA	2	12	174584	174595	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	528834286
63	NC_021909	TCAAAA	2	12	175374	175385	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	528834287
64	NC_021909	CCAAGC	2	12	178194	178205	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	528834289
65	NC_021909	CCCTGC	2	12	187792	187803	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	528834293
66	NC_021909	GCGATC	2	12	188026	188037	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834293
67	NC_021909	TACCTT	5	30	190808	190837	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	528834293
68	NC_021909	CGCTGC	2	12	200006	200017	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834300
69	NC_021909	TCCGGA	2	12	210706	210717	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834303
70	NC_021909	GGCTCC	2	12	211339	211350	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834303
71	NC_021909	TCGTAG	2	12	216714	216725	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528834308
72	NC_021909	TCGATC	2	12	225554	225565	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834311
73	NC_021909	CCTTCT	2	12	226271	226282	0 %	50 %	0 %	50 %	528834312
74	NC_021909	CCGCGG	2	12	226592	226603	0 %	0 %	50 %	50 %	528834312
75	NC_021909	CGCGCT	2	12	239087	239098	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834322
76	NC_021909	TGACCG	2	12	251130	251141	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834329
77	NC_021909	GCCGCT	2	12	251338	251349	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834329
78	NC_021909	TCCGGC	2	12	252642	252653	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834329
79	NC_021909	TCGGCA	2	12	255189	255200	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834331
80	NC_021909	AATCCC	2	12	259935	259946	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	528834335
81	NC_021909	TCATCC	2	12	262025	262036	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	528834337
82	NC_021909	AACATG	2	12	269140	269151	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	528834343
83	NC_021909	ACGCGG	2	12	270176	270187	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834344
84	NC_021909	TTACAG	2	12	272135	272146	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528834346
85	NC_021909	CTCTTC	2	12	275862	275873	0 %	50 %	0 %	50 %	528834350
86	NC_021909	ATGCCG	2	12	281387	281398	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834354
87	NC_021909	TGCGAC	2	12	287171	287182	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834357
88	NC_021909	TGACGA	2	12	290040	290051	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834358
89	NC_021909	TCGTCA	2	12	292172	292183	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834361
90	NC_021909	CGCCAG	2	12	295154	295165	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528834364
91	NC_021909	GCCGAG	2	12	296228	296239	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834364
92	NC_021909	CCGGAT	2	12	304144	304155	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834370
93	NC_021909	CGCTCC	2	12	304467	304478	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	528834370
94	NC_021909	TCTTCG	2	12	311740	311751	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	528834378
95	NC_021909	AGGCGC	2	12	320624	320635	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834388
96	NC_021909	CAGGTG	2	12	324023	324034	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834389
97	NC_021909	GGAGCC	2	12	324238	324249	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834389
98	NC_021909	GCCAAG	2	12	325559	325570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528834392
99	NC_021909	GGATCG	2	12	328882	328893	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834397
100	NC_021909	GAAATG	2	12	330014	330025	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	528834399
101	NC_021909	CGTCAC	2	12	348662	348673	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528834417
102	NC_021909	ATTGGA	2	12	351891	351902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	528834419
103	NC_021909	GCTGTC	2	12	358340	358351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528834427
104	NC_021909	TTCTCG	2	12	358806	358817	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	528834427
105	NC_021909	GAACCT	2	12	361492	361503	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528834430
106	NC_021909	TCGATC	2	12	362554	362565	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834431
107	NC_021909	AGCGCC	2	12	371653	371664	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528834441
108	NC_021909	TGTTGA	2	12	372389	372400	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	528834441
109	NC_021909	GCTGAT	2	12	383440	383451	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528834452
110	NC_021909	AATGTA	2	12	385327	385338	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	528834453
111	NC_021909	TTGGCT	2	12	391201	391212	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	528834460
112	NC_021909	CGGCGC	2	12	416391	416402	0 %	0 %	50 %	50 %	528834482
113	NC_021909	CAAGCT	2	12	421197	421208	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528834489
114	NC_021909	CAAGCA	2	12	421558	421569	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	528834490
115	NC_021909	ATTCTG	2	12	424038	424049	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	528834493
116	NC_021909	ACGTGA	2	12	426027	426038	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834496
117	NC_021909	ATAGCT	2	12	436525	436536	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528834509
118	NC_021909	AAATGA	2	12	437749	437760	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	528834510
119	NC_021909	GAGCGC	2	12	439122	439133	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834511
120	NC_021909	CCAGAG	2	12	440481	440492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528834513
121	NC_021909	AGCGTC	2	12	443476	443487	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834515
122	NC_021909	GCCGGA	2	12	454421	454432	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834526
123	NC_021909	AGAGCG	2	12	454908	454919	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528834527
124	NC_021909	AGTTGA	2	12	456725	456736	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	528834529
125	NC_021909	TCGGCA	2	12	472035	472046	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834544
126	NC_021909	GCCATC	2	12	473247	473258	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528834545
127	NC_021909	GATCAT	2	12	474811	474822	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528834546
128	NC_021909	GAGGAT	2	12	483203	483214	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	528834553
129	NC_021909	CCAGCG	2	12	483365	483376	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528834554
130	NC_021909	ACGAAG	2	12	483493	483504	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	528834554
131	NC_021909	CGAACT	2	12	487149	487160	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528834557
132	NC_021909	TGTCGA	2	12	496996	497007	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528834563
133	NC_021909	CCGGCG	2	12	511583	511594	0 %	0 %	50 %	50 %	528834579
134	NC_021909	GTGGAA	2	12	513914	513925	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	528834582
135	NC_021909	GTTCCA	2	12	517543	517554	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528834585
136	NC_021909	GCCTTG	2	12	519239	519250	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528834586
137	NC_021909	CCTTGC	2	12	526672	526683	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528834594
138	NC_021909	CGAGGC	2	12	544653	544664	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834613
139	NC_021909	GTAGGC	2	12	544869	544880	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834613
140	NC_021909	GCAGAT	2	12	544926	544937	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834613
141	NC_021909	GCGATC	2	12	545491	545502	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834615
142	NC_021909	CGAAGG	2	12	546104	546115	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528834615
143	NC_021909	ACCGCG	2	12	546412	546423	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528834615
144	NC_021909	GGCGAC	2	12	546678	546689	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834615
145	NC_021909	GCGCCG	2	12	547124	547135	0 %	0 %	50 %	50 %	528834615
146	NC_021909	CTGGGC	2	12	548845	548856	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528834617
147	NC_021909	GCGACC	2	12	553387	553398	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528834622
148	NC_021909	CGTCGC	2	12	556022	556033	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834624
149	NC_021909	GGCATG	2	12	556977	556988	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834625
150	NC_021909	AAACCG	2	12	559532	559543	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	528834628
151	NC_021909	TGCGCC	2	12	561485	561496	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528834632
152	NC_021909	ACCTGA	2	12	576481	576492	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528834649
153	NC_021909	ATCCAA	2	12	586777	586788	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	528834658
154	NC_021909	GGCGCA	2	12	591673	591684	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528834662
155	NC_021909	GACGTC	2	12	597170	597181	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528834667
156	NC_021909	TGGCGA	2	12	603600	603611	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528834672
157	NC_021909	CCGATC	2	12	608068	608079	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528834679
158	NC_021909	GCCAGA	2	12	610860	610871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528834682
159	NC_021909	GAGTAC	2	12	612325	612336	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528834683

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.