MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1e

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021909	GGGGA	2	10	2704	2713	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021909	CGCTT	3	15	13117	13131	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_021909	GGTGA	2	10	14504	14513	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021909	TGCGG	2	10	18510	18519	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021909	CAGAC	2	10	19713	19722	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_021909	TCGGC	2	10	45707	45716	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_021909	TAACC	2	10	50079	50088	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021909	GTCGT	2	10	57933	57942	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021909	TGCCG	2	10	58274	58283	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_021909	CATTC	2	10	58501	58510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_021909	GTGCG	2	10	61800	61809	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021909	TTTGT	2	10	64785	64794	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021909	ACGCA	2	10	71790	71799	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_021909	GGCCC	2	10	85533	85542	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_021909	GAAAC	2	10	92413	92422	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021909	TGACG	2	10	94592	94601	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021909	AGATC	2	10	96948	96957	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021909	TGATC	2	10	98557	98566	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021909	TCGTC	2	10	98857	98866	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_021909	ATCCA	2	10	119490	119499	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_021909	TTCAT	2	10	134869	134878	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021909	GTTGA	2	10	140176	140185	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021909	GACGA	2	10	141443	141452	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021909	GCCCC	2	10	142719	142728	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
25	NC_021909	CGACG	2	10	142765	142774	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021909	CCAGG	2	10	147154	147163	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_021909	TCGCG	2	10	151765	151774	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021909	AGGGC	2	10	169505	169514	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021909	GCTGT	2	10	171006	171015	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021909	CGAGG	2	10	175650	175659	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021909	TCGTG	2	10	176951	176960	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021909	CAATT	2	10	182534	182543	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021909	TCCCA	2	10	194579	194588	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_021909	AGGGA	2	10	195001	195010	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021909	ACGCC	2	10	196924	196933	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_021909	GCAGA	2	10	197325	197334	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021909	AGCGA	2	10	209440	209449	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021909	GGCGA	2	10	209715	209724	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021909	GTTCC	2	10	209809	209818	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021909	GGGGC	2	10	211862	211871	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021909	GGCAC	2	10	212423	212432	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_021909	CAATG	2	10	212509	212518	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021909	GTTTC	2	10	216551	216560	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021909	ATGGT	2	10	219408	219417	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021909	CTCAT	2	10	219545	219554	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021909	GGGGC	2	10	222652	222661	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021909	GTCGT	2	10	222932	222941	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021909	AGATG	2	10	234070	234079	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021909	CTTCA	2	10	236501	236510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_021909	TGGCG	2	10	241579	241588	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021909	GTCTT	2	10	244704	244713	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021909	AGACC	2	10	245773	245782	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_021909	CGAGC	2	10	246281	246290	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021909	GCACC	2	10	247616	247625	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_021909	GAACC	2	10	247670	247679	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021909	TTCCA	2	10	255496	255505	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021909	AGAAA	2	10	255638	255647	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021909	AAGCC	2	10	266869	266878	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_021909	CAGGG	2	10	279600	279609	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021909	GGTTC	2	10	286171	286180	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021909	CCTTC	2	10	294013	294022	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_021909	TCCCA	2	10	300985	300994	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_021909	ATCCG	2	10	301957	301966	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_021909	TCCCA	2	10	314270	314279	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
65	NC_021909	CTTTT	2	10	320790	320799	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021909	GTGCG	2	10	321367	321376	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021909	GCCCC	2	10	323717	323726	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
68	NC_021909	GCCTG	2	10	334126	334135	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021909	TCCCC	2	10	338378	338387	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_021909	AAATT	2	10	346329	346338	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021909	GCGAC	2	10	359185	359194	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_021909	CGACA	2	10	359697	359706	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_021909	CGCTG	2	10	384033	384042	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_021909	CCCCG	2	10	388699	388708	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
75	NC_021909	CGGCA	2	10	392976	392985	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_021909	GTCCA	2	10	397533	397542	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_021909	GGTTC	2	10	401426	401435	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021909	CCCTA	2	10	405846	405855	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_021909	CGGCT	2	10	422046	422055	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021909	GCGCG	2	10	436435	436444	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021909	CAAAA	2	10	455235	455244	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021909	CCGCG	2	10	469972	469981	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
83	NC_021909	TACAA	2	10	470008	470017	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021909	GTGCG	2	10	476168	476177	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021909	GGTCC	2	10	481383	481392	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_021909	TGCCT	2	10	495245	495254	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021909	GCCGA	2	10	496241	496250	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_021909	CGCTA	2	10	497598	497607	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_021909	GCAGC	2	10	505007	505016	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_021909	TCCCA	2	10	516298	516307	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_021909	CTGAT	2	10	518024	518033	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021909	TGGGA	2	10	518368	518377	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021909	GCGCC	2	10	518886	518895	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
94	NC_021909	CCGCT	2	10	521814	521823	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_021909	ATTGC	2	10	523410	523419	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021909	TCGCG	2	10	523626	523635	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021909	CTCGG	2	10	539798	539807	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021909	CGGGC	2	10	542067	542076	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021909	GGCAA	2	10	557301	557310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021909	GGTTC	2	10	562287	562296	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021909	GTTTG	2	10	563128	563137	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021909	AGCGT	2	10	566999	567008	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021909	GATCG	2	10	571321	571330	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021909	ACGCG	2	10	589996	590005	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021909	GCAAA	2	10	604160	604169	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021909	TCTCT	2	10	609492	609501	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_021909	GCATG	2	10	610380	610389	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021909	GACCT	2	10	611244	611253	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_021909	TGGAT	2	10	611265	611274	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.