MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1e

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021909	GCCGA	2	10	222	231	20 %	0 %	40 %	40 %	528834106
2	NC_021909	CGCGA	2	10	1296	1305	20 %	0 %	40 %	40 %	528834107
3	NC_021909	TTGAG	2	10	1483	1492	20 %	40 %	40 %	0 %	528834107
4	NC_021909	CGCGG	2	10	1731	1740	0 %	0 %	60 %	40 %	528834108
5	NC_021909	ACCGG	2	10	6206	6215	20 %	0 %	40 %	40 %	528834111
6	NC_021909	GGTCG	2	10	6496	6505	0 %	20 %	60 %	20 %	528834111
7	NC_021909	GCCAT	2	10	9305	9314	20 %	20 %	20 %	40 %	528834113
8	NC_021909	CAGGG	2	10	9367	9376	20 %	0 %	60 %	20 %	528834113
9	NC_021909	TTCCC	2	10	9500	9509	0 %	40 %	0 %	60 %	528834113
10	NC_021909	TGCCG	2	10	11343	11352	0 %	20 %	40 %	40 %	528834113
11	NC_021909	GCGCA	2	10	13513	13522	20 %	0 %	40 %	40 %	528834115
12	NC_021909	CTCCG	2	10	16750	16759	0 %	20 %	20 %	60 %	528834122
13	NC_021909	CAGCG	2	10	18352	18361	20 %	0 %	40 %	40 %	528834124
14	NC_021909	TCCGC	2	10	20087	20096	0 %	20 %	20 %	60 %	528834126
15	NC_021909	CCCGA	2	10	21669	21678	20 %	0 %	20 %	60 %	528834128
16	NC_021909	GAACA	2	10	21890	21899	60 %	0 %	20 %	20 %	528834128
17	NC_021909	AGCCG	2	10	26187	26196	20 %	0 %	40 %	40 %	528834132
18	NC_021909	TCCAA	2	10	29247	29256	40 %	20 %	0 %	40 %	528834136
19	NC_021909	CGGCG	2	10	29367	29376	0 %	0 %	60 %	40 %	528834136
20	NC_021909	GCGAG	2	10	32378	32387	20 %	0 %	60 %	20 %	528834139
21	NC_021909	CAGGG	2	10	33534	33543	20 %	0 %	60 %	20 %	528834140
22	NC_021909	CGGTC	2	10	34409	34418	0 %	20 %	40 %	40 %	528834140
23	NC_021909	TTCGG	2	10	35294	35303	0 %	40 %	40 %	20 %	528834140
24	NC_021909	TCGTT	2	10	36906	36915	0 %	60 %	20 %	20 %	528834142
25	NC_021909	GCGCT	2	10	39154	39163	0 %	20 %	40 %	40 %	528834146
26	NC_021909	CTTTC	2	10	39858	39867	0 %	60 %	0 %	40 %	528834148
27	NC_021909	CGAGG	2	10	42971	42980	20 %	0 %	60 %	20 %	528834153
28	NC_021909	CGGCG	2	10	43769	43778	0 %	0 %	60 %	40 %	528834155
29	NC_021909	AGGCG	2	10	45030	45039	20 %	0 %	60 %	20 %	528834155
30	NC_021909	CCCAT	2	10	47214	47223	20 %	20 %	0 %	60 %	528834157
31	NC_021909	TGAGC	2	10	47262	47271	20 %	20 %	40 %	20 %	528834157
32	NC_021909	GGGCG	2	10	49294	49303	0 %	0 %	80 %	20 %	528834158
33	NC_021909	CTCAA	2	10	52240	52249	40 %	20 %	0 %	40 %	528834160
34	NC_021909	ACGTT	2	10	52283	52292	20 %	40 %	20 %	20 %	528834160
35	NC_021909	AGCGA	2	10	54411	54420	40 %	0 %	40 %	20 %	528834162
36	NC_021909	TTGAC	2	10	60986	60995	20 %	40 %	20 %	20 %	528834165
37	NC_021909	GCCGT	2	10	70995	71004	0 %	20 %	40 %	40 %	528834176
38	NC_021909	AAGGC	2	10	74504	74513	40 %	0 %	40 %	20 %	528834180
39	NC_021909	ATCGA	2	10	76108	76117	40 %	20 %	20 %	20 %	528834182
40	NC_021909	GTCCG	2	10	76175	76184	0 %	20 %	40 %	40 %	528834182
41	NC_021909	TGCGC	2	10	76912	76921	0 %	20 %	40 %	40 %	528834183
42	NC_021909	CAGCC	2	10	77372	77381	20 %	0 %	20 %	60 %	528834183
43	NC_021909	TGCAA	2	10	77904	77913	40 %	20 %	20 %	20 %	528834183
44	NC_021909	CGTCG	2	10	78525	78534	0 %	20 %	40 %	40 %	528834184
45	NC_021909	GCCGC	2	10	80146	80155	0 %	0 %	40 %	60 %	528834185
46	NC_021909	CGCAG	2	10	82290	82299	20 %	0 %	40 %	40 %	528834187
47	NC_021909	CGAAC	2	10	83381	83390	40 %	0 %	20 %	40 %	528834188
48	NC_021909	GCGCC	2	10	83416	83425	0 %	0 %	40 %	60 %	528834188
49	NC_021909	ATGAC	2	10	85231	85240	40 %	20 %	20 %	20 %	528834191
50	NC_021909	GAAAT	2	10	87551	87560	60 %	20 %	20 %	0 %	528834196
51	NC_021909	CTGTC	2	10	87790	87799	0 %	40 %	20 %	40 %	528834196
52	NC_021909	TCGGG	2	10	88233	88242	0 %	20 %	60 %	20 %	528834198
53	NC_021909	GCCTC	2	10	91078	91087	0 %	20 %	20 %	60 %	528834203
54	NC_021909	TCGCC	2	10	92900	92909	0 %	20 %	20 %	60 %	528834205
55	NC_021909	TGGCC	2	10	95283	95292	0 %	20 %	40 %	40 %	528834207
56	NC_021909	CTCAA	2	10	100283	100292	40 %	20 %	0 %	40 %	528834209
57	NC_021909	ACGTT	2	10	100326	100335	20 %	40 %	20 %	20 %	528834209
58	NC_021909	AGCGA	2	10	102454	102463	40 %	0 %	40 %	20 %	528834211
59	NC_021909	TCGGA	2	10	104312	104321	20 %	20 %	40 %	20 %	528834212
60	NC_021909	AGCCG	2	10	105286	105295	20 %	0 %	40 %	40 %	528834212
61	NC_021909	CGGCA	2	10	110739	110748	20 %	0 %	40 %	40 %	528834219
62	NC_021909	GATAA	2	10	111962	111971	60 %	20 %	20 %	0 %	528834220
63	NC_021909	GAAGA	2	10	114713	114722	60 %	0 %	40 %	0 %	528834223
64	NC_021909	AGCGC	2	10	116592	116601	20 %	0 %	40 %	40 %	528834225
65	NC_021909	CGACC	2	10	119149	119158	20 %	0 %	20 %	60 %	528834230
66	NC_021909	AAGGT	2	10	120457	120466	40 %	20 %	40 %	0 %	528834231
67	NC_021909	GCCGT	2	10	126450	126459	0 %	20 %	40 %	40 %	528834236
68	NC_021909	CTGGT	2	10	127107	127116	0 %	40 %	40 %	20 %	528834237
69	NC_021909	GATCA	2	10	130173	130182	40 %	20 %	20 %	20 %	528834240
70	NC_021909	AATCA	2	10	131373	131382	60 %	20 %	0 %	20 %	528834241
71	NC_021909	ACCGC	2	10	136832	136841	20 %	0 %	20 %	60 %	528834248
72	NC_021909	TGGCT	2	10	143025	143034	0 %	40 %	40 %	20 %	528834255
73	NC_021909	GCGAT	2	10	145173	145182	20 %	20 %	40 %	20 %	528834256
74	NC_021909	GAACG	2	10	148857	148866	40 %	0 %	40 %	20 %	528834258
75	NC_021909	ACCGC	2	10	151226	151235	20 %	0 %	20 %	60 %	528834263
76	NC_021909	CCATC	2	10	151253	151262	20 %	20 %	0 %	60 %	528834263
77	NC_021909	TGCCC	2	10	153759	153768	0 %	20 %	20 %	60 %	528834265
78	NC_021909	GCTGG	2	10	154428	154437	0 %	20 %	60 %	20 %	528834265
79	NC_021909	GCCTG	2	10	154776	154785	0 %	20 %	40 %	40 %	528834265
80	NC_021909	GCGCC	2	10	157239	157248	0 %	0 %	40 %	60 %	528834270
81	NC_021909	GGGGC	2	10	157799	157808	0 %	0 %	80 %	20 %	528834270
82	NC_021909	CGCGG	2	10	157981	157990	0 %	0 %	60 %	40 %	528834270
83	NC_021909	CGAGG	2	10	159144	159153	20 %	0 %	60 %	20 %	528834273
84	NC_021909	AGGCG	2	10	159759	159768	20 %	0 %	60 %	20 %	528834273
85	NC_021909	TGCCT	2	10	159811	159820	0 %	40 %	20 %	40 %	528834273
86	NC_021909	CGGCC	2	10	164173	164182	0 %	0 %	40 %	60 %	528834278
87	NC_021909	GCACG	2	10	164991	165000	20 %	0 %	40 %	40 %	528834279
88	NC_021909	GTGCC	2	10	165023	165032	0 %	20 %	40 %	40 %	528834279
89	NC_021909	CGGCC	2	10	165248	165257	0 %	0 %	40 %	60 %	528834279
90	NC_021909	TTTCT	2	10	167839	167848	0 %	80 %	0 %	20 %	528834281
91	NC_021909	CGAAG	2	10	171804	171813	40 %	0 %	40 %	20 %	528834284
92	NC_021909	CGACG	2	10	172018	172027	20 %	0 %	40 %	40 %	528834284
93	NC_021909	TGCGT	2	10	172314	172323	0 %	40 %	40 %	20 %	528834284
94	NC_021909	CCTCA	2	10	172953	172962	20 %	20 %	0 %	60 %	528834285
95	NC_021909	GCTGC	2	10	185213	185222	0 %	20 %	40 %	40 %	528834293
96	NC_021909	CGGCA	2	10	185712	185721	20 %	0 %	40 %	40 %	528834293
97	NC_021909	GTCGC	2	10	186016	186025	0 %	20 %	40 %	40 %	528834293
98	NC_021909	CGCTG	2	10	186305	186314	0 %	20 %	40 %	40 %	528834293
99	NC_021909	GCGCC	2	10	186509	186518	0 %	0 %	40 %	60 %	528834293
100	NC_021909	ACCAA	2	10	187621	187630	60 %	0 %	0 %	40 %	528834293
101	NC_021909	CGGCG	2	10	188279	188288	0 %	0 %	60 %	40 %	528834293
102	NC_021909	CGGCG	2	10	188555	188564	0 %	0 %	60 %	40 %	528834293
103	NC_021909	CGGCG	2	10	188693	188702	0 %	0 %	60 %	40 %	528834293
104	NC_021909	TCAGC	2	10	198135	198144	20 %	20 %	20 %	40 %	528834296
105	NC_021909	CCGAA	2	10	198165	198174	40 %	0 %	20 %	40 %	528834296
106	NC_021909	CGGAA	2	10	200046	200055	40 %	0 %	40 %	20 %	528834300
107	NC_021909	CCCGG	2	10	200387	200396	0 %	0 %	40 %	60 %	528834300
108	NC_021909	GCCGA	2	10	202124	202133	20 %	0 %	40 %	40 %	528834300
109	NC_021909	CTCAG	2	10	202787	202796	20 %	20 %	20 %	40 %	528834300
110	NC_021909	GAGAG	2	10	202835	202844	40 %	0 %	60 %	0 %	528834300
111	NC_021909	GCGGA	2	10	203224	203233	20 %	0 %	60 %	20 %	528834300
112	NC_021909	GTGCC	2	10	203705	203714	0 %	20 %	40 %	40 %	528834300
113	NC_021909	ACGCA	2	10	203992	204001	40 %	0 %	20 %	40 %	528834300
114	NC_021909	AGCCG	2	10	205277	205286	20 %	0 %	40 %	40 %	528834300
115	NC_021909	AACGC	2	10	207689	207698	40 %	0 %	20 %	40 %	528834301
116	NC_021909	GGAAA	2	10	214789	214798	60 %	0 %	40 %	0 %	528834306
117	NC_021909	GATCG	2	10	215953	215962	20 %	20 %	40 %	20 %	528834307
118	NC_021909	ATTGC	2	10	218012	218021	20 %	40 %	20 %	20 %	528834308
119	NC_021909	GCACG	2	10	219136	219145	20 %	0 %	40 %	40 %	528834309
120	NC_021909	CGCAT	2	10	225096	225105	20 %	20 %	20 %	40 %	528834311
121	NC_021909	AAGCT	2	10	225665	225674	40 %	20 %	20 %	20 %	528834311
122	NC_021909	GGTCG	2	10	230656	230665	0 %	20 %	60 %	20 %	528834314
123	NC_021909	GGCTT	2	10	232809	232818	0 %	40 %	40 %	20 %	528834316
124	NC_021909	GGGCA	2	10	234334	234343	20 %	0 %	60 %	20 %	528834318
125	NC_021909	TGGCC	2	10	238841	238850	0 %	20 %	40 %	40 %	528834322
126	NC_021909	CAATG	2	10	243796	243805	40 %	20 %	20 %	20 %	528834326
127	NC_021909	GGGTT	2	10	249632	249641	0 %	40 %	60 %	0 %	528834328
128	NC_021909	TGGCT	2	10	250019	250028	0 %	40 %	40 %	20 %	528834328
129	NC_021909	GCCGC	2	10	250967	250976	0 %	0 %	40 %	60 %	528834329
130	NC_021909	ATCAC	2	10	256641	256650	40 %	20 %	0 %	40 %	528834332
131	NC_021909	ATCCG	2	10	257173	257182	20 %	20 %	20 %	40 %	528834333
132	NC_021909	GAGTG	2	10	259797	259806	20 %	20 %	60 %	0 %	528834335
133	NC_021909	TGCAA	2	10	262592	262601	40 %	20 %	20 %	20 %	528834338
134	NC_021909	GGCTT	2	10	262728	262737	0 %	40 %	40 %	20 %	528834338
135	NC_021909	GCGCC	2	10	264203	264212	0 %	0 %	40 %	60 %	528834340
136	NC_021909	GGGCA	2	10	265697	265706	20 %	0 %	60 %	20 %	528834341
137	NC_021909	TAACG	2	10	269520	269529	40 %	20 %	20 %	20 %	528834344
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140	NC_021909	GGCAT	2	10	271560	271569	20 %	20 %	40 %	20 %	528834345
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146	NC_021909	GGGCA	2	10	276582	276591	20 %	0 %	60 %	20 %	528834351
147	NC_021909	ATGCC	2	10	280984	280993	20 %	20 %	20 %	40 %	528834353
148	NC_021909	CGCCA	2	10	281203	281212	20 %	0 %	20 %	60 %	528834354
149	NC_021909	CGTGA	2	10	281809	281818	20 %	20 %	40 %	20 %	528834354
150	NC_021909	GTCCG	2	10	282415	282424	0 %	20 %	40 %	40 %	528834354
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153	NC_021909	GCTGG	2	10	283895	283904	0 %	20 %	60 %	20 %	528834355
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161	NC_021909	GTCTT	2	10	303979	303988	0 %	60 %	20 %	20 %	528834369
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166	NC_021909	TTCGA	2	10	316667	316676	20 %	40 %	20 %	20 %	528834383
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249	NC_021909	CTCGT	2	10	467157	467166	0 %	40 %	20 %	40 %	528834540
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252	NC_021909	GGCTT	2	10	474129	474138	0 %	40 %	40 %	20 %	528834545
253	NC_021909	GATCA	2	10	475136	475145	40 %	20 %	20 %	20 %	528834546
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255	NC_021909	CGTCG	2	10	480997	481006	0 %	20 %	40 %	40 %	528834551
256	NC_021909	TCGAA	2	10	481677	481686	40 %	20 %	20 %	20 %	528834552
257	NC_021909	TCATC	2	10	484863	484872	20 %	40 %	0 %	40 %	528834555
258	NC_021909	CGATG	3	15	488361	488375	20 %	20 %	40 %	20 %	528834558
259	NC_021909	AGTCC	2	10	489601	489610	20 %	20 %	20 %	40 %	528834558
260	NC_021909	GCTGA	2	10	489979	489988	20 %	20 %	40 %	20 %	528834558
261	NC_021909	GCTTC	2	10	496819	496828	0 %	40 %	20 %	40 %	528834563
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263	NC_021909	CGGCG	2	10	502966	502975	0 %	0 %	60 %	40 %	528834569
264	NC_021909	GGTCA	2	10	503159	503168	20 %	20 %	40 %	20 %	528834569
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295	NC_021909	GCTGT	2	10	575930	575939	0 %	40 %	40 %	20 %	528834649
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302	NC_021909	AACTC	2	10	584662	584671	40 %	20 %	0 %	40 %	528834655
303	NC_021909	CTATT	2	10	587258	587267	20 %	60 %	0 %	20 %	528834659
304	NC_021909	CCTCG	2	10	588311	588320	0 %	20 %	20 %	60 %	528834661
305	NC_021909	CGAAG	2	10	589539	589548	40 %	0 %	40 %	20 %	528834661
306	NC_021909	GACCT	2	10	591512	591521	20 %	20 %	20 %	40 %	528834662
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310	NC_021909	GTTCC	2	10	600408	600417	0 %	40 %	20 %	40 %	528834670
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316	NC_021909	GATCC	2	10	609201	609210	20 %	20 %	20 %	40 %	528834681
317	NC_021909	GCAGG	2	10	612023	612032	20 %	0 %	60 %	20 %	528834683
318	NC_021909	CTTGC	2	10	614170	614179	0 %	40 %	20 %	40 %	528834685
319	NC_021909	TTCCA	2	10	614614	614623	20 %	40 %	0 %	40 %	528834685

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.