MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1e

Total Repeats: 424

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021909	CGTA	2	8	2694	2701	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021909	CCGG	2	8	2774	2781	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_021909	GAGG	2	8	12904	12911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021909	GTCG	2	8	13020	13027	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_021909	CCCT	2	8	13085	13092	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
6	NC_021909	CCCG	2	8	13095	13102	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
7	NC_021909	GGCC	2	8	14950	14957	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_021909	GATT	2	8	17481	17488	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021909	CCCG	2	8	18527	18534	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_021909	CAAA	2	8	18575	18582	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_021909	TTCG	2	8	18673	18680	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021909	CGCC	2	8	18930	18937	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_021909	GCGA	2	8	18956	18963	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021909	ACTG	2	8	19198	19205	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_021909	GTTC	2	8	19694	19701	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021909	CGGC	2	8	25499	25506	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_021909	CGTC	2	8	41629	41636	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021909	CGTC	2	8	49472	49479	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_021909	ATAA	2	8	49588	49595	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021909	CTCA	2	8	49849	49856	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_021909	GGCC	2	8	50400	50407	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_021909	GCTC	2	8	50640	50647	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_021909	CCGG	2	8	50680	50687	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_021909	CGCT	2	8	50726	50733	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_021909	TTGG	2	8	50952	50959	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021909	TCCA	2	8	51124	51131	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_021909	CAGC	2	8	51862	51869	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_021909	CGAG	2	8	51880	51887	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_021909	ACCT	2	8	55487	55494	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_021909	ATCG	2	8	56389	56396	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021909	ATAG	2	8	56770	56777	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021909	CTCG	2	8	56779	56786	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021909	GCAG	2	8	57123	57130	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021909	CCCA	2	8	57403	57410	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
35	NC_021909	GAAA	2	8	57640	57647	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021909	TGCA	2	8	58234	58241	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021909	ACCA	2	8	58569	58576	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021909	AATG	2	8	58621	58628	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021909	CTGC	2	8	58649	58656	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_021909	CGAG	2	8	61673	61680	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021909	CGGT	2	8	61873	61880	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_021909	GTCA	2	8	62011	62018	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_021909	CGGC	2	8	62042	62049	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_021909	GTGC	2	8	62296	62303	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021909	TGCT	2	8	62936	62943	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021909	GAGG	2	8	71500	71507	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021909	GAGC	2	8	71533	71540	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_021909	GGGC	2	8	71871	71878	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021909	GTGC	2	8	72087	72094	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_021909	TCGC	2	8	72366	72373	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_021909	GCCC	2	8	72926	72933	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
52	NC_021909	AGTG	2	8	72937	72944	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021909	AGCG	2	8	73884	73891	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021909	GGCA	2	8	74765	74772	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021909	CGGC	2	8	74793	74800	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_021909	GGCT	2	8	83196	83203	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021909	TGCC	2	8	87082	87089	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021909	CGGC	2	8	89139	89146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_021909	CGGC	2	8	89929	89936	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021909	AGGC	2	8	90567	90574	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_021909	CGGC	2	8	92434	92441	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_021909	CCGA	2	8	96374	96381	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021909	GCCT	2	8	96593	96600	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021909	TTTC	2	8	97020	97027	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021909	CGGC	2	8	97037	97044	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021909	CGTT	2	8	97395	97402	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_021909	GAAG	2	8	98210	98217	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021909	CCGG	2	8	98414	98421	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021909	CCTT	2	8	98637	98644	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021909	TTGG	2	8	98995	99002	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021909	TCCA	2	8	99167	99174	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_021909	CAGC	2	8	99905	99912	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021909	CGAG	2	8	99923	99930	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021909	TCCG	2	8	107874	107881	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_021909	ATCG	2	8	108909	108916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021909	ACTC	2	8	109628	109635	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_021909	ATAG	2	8	114836	114843	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021909	CGGC	2	8	114945	114952	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021909	CAAA	2	8	124268	124275	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021909	TCAT	2	8	125272	125279	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021909	CAAT	2	8	133724	133731	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_021909	ACGT	2	8	133777	133784	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021909	TCGT	2	8	135441	135448	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021909	CCTG	2	8	135487	135494	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_021909	CGGC	2	8	135528	135535	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_021909	CTCG	2	8	136636	136643	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_021909	AAGT	2	8	140317	140324	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021909	GCGT	2	8	140921	140928	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_021909	GCTC	2	8	140946	140953	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021909	GGGC	2	8	141588	141595	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
91	NC_021909	TGAT	2	8	142691	142698	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021909	AAAT	2	8	142864	142871	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021909	CCTC	2	8	142931	142938	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_021909	ATCA	2	8	142959	142966	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021909	GGAG	2	8	149479	149486	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021909	TCGT	2	8	150033	150040	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_021909	GCTG	2	8	150681	150688	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_021909	CGAC	2	8	150790	150797	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_021909	CGAT	2	8	150921	150928	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021909	TGCA	2	8	156705	156712	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021909	GAAC	2	8	165966	165973	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_021909	GTTT	2	8	166505	166512	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021909	ATGA	2	8	168344	168351	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021909	GAAA	2	8	168364	168371	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021909	GCCC	2	8	168434	168441	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_021909	TCAT	2	8	168742	168749	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021909	GTGC	2	8	169982	169989	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_021909	CGGG	2	8	170361	170368	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
109	NC_021909	GCAG	2	8	171279	171286	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_021909	GCAA	2	8	171289	171296	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021909	CGAA	2	8	171362	171369	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_021909	GATT	2	8	171378	171385	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021909	ATGA	2	8	175662	175669	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021909	CGAT	2	8	175737	175744	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_021909	GTTC	2	8	176755	176762	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_021909	GATC	2	8	179794	179801	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_021909	ATCT	2	8	180051	180058	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_021909	CGCT	2	8	180150	180157	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_021909	CAAT	2	8	180163	180170	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_021909	TCAT	2	8	181275	181282	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021909	CGGG	2	8	182113	182120	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_021909	GGGA	2	8	182186	182193	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021909	CTGC	2	8	182293	182300	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_021909	GGTC	2	8	182322	182329	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_021909	CATC	2	8	183286	183293	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_021909	TGCT	2	8	192032	192039	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_021909	GGAT	2	8	192363	192370	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021909	CATC	2	8	194245	194252	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021909	GTCG	2	8	194520	194527	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_021909	GCCT	2	8	194664	194671	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021909	CGAA	2	8	194747	194754	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_021909	AGCC	2	8	195067	195074	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_021909	GCAG	2	8	195237	195244	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_021909	CGAC	2	8	196542	196549	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_021909	CACG	2	8	197039	197046	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_021909	CAGT	2	8	199170	199177	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_021909	CCGT	2	8	206573	206580	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_021909	AGCA	2	8	206591	206598	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_021909	GCAA	2	8	206792	206799	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_021909	ATGG	2	8	209994	210001	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021909	AGGC	2	8	210130	210137	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021909	GGAT	2	8	210175	210182	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021909	GGAG	2	8	210289	210296	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021909	CCTG	2	8	212370	212377	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_021909	CTGC	2	8	212749	212756	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_021909	TCCT	2	8	213400	213407	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_021909	CGAC	2	8	219520	219527	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_021909	GACG	2	8	219626	219633	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_021909	AGGC	2	8	220921	220928	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_021909	GGAT	2	8	220966	220973	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021909	GGAG	2	8	221080	221087	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021909	TGAT	2	8	221377	221384	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021909	CCGG	2	8	221683	221690	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_021909	CGGC	2	8	222082	222089	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_021909	ACGG	2	8	222429	222436	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
156	NC_021909	GCCT	2	8	222692	222699	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_021909	GCTC	2	8	223074	223081	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
158	NC_021909	GACG	2	8	223384	223391	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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160	NC_021909	GCCG	2	8	227010	227017	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
161	NC_021909	AGCA	2	8	227378	227385	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
162	NC_021909	GCAC	2	8	228018	228025	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
163	NC_021909	CCGG	2	8	228269	228276	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
164	NC_021909	CCGA	2	8	228438	228445	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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166	NC_021909	GCTC	2	8	231199	231206	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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169	NC_021909	CCAT	2	8	237600	237607	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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178	NC_021909	CGGC	2	8	245397	245404	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
179	NC_021909	GCTG	2	8	245613	245620	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
180	NC_021909	CCCG	2	8	246242	246249	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
181	NC_021909	CAGA	2	8	246341	246348	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NC_021909	TTCC	2	8	246690	246697	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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186	NC_021909	CTGC	2	8	247211	247218	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
187	NC_021909	AATA	2	8	248013	248020	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_021909	GTGG	2	8	255599	255606	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
192	NC_021909	ATCA	2	8	255691	255698	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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264	NC_021909	CAAT	2	8	343984	343991	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
265	NC_021909	CATT	2	8	344113	344120	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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297	NC_021909	ATGC	2	8	393651	393658	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.