MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1d

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021908	CGCTC	2	10	601	610	0 %	20 %	20 %	60 %	528832487
2	NC_021908	GCGCC	2	10	5353	5362	0 %	0 %	40 %	60 %	528832493
3	NC_021908	AGGGG	2	10	7119	7128	20 %	0 %	80 %	0 %	528832494
4	NC_021908	CAGCG	2	10	8568	8577	20 %	0 %	40 %	40 %	528832494
5	NC_021908	GCCGC	2	10	8870	8879	0 %	0 %	40 %	60 %	528832494
6	NC_021908	GGCAG	2	10	10461	10470	20 %	0 %	60 %	20 %	528832495
7	NC_021908	CGGCG	2	10	10480	10489	0 %	0 %	60 %	40 %	528832495
8	NC_021908	CCGCT	2	10	11027	11036	0 %	20 %	20 %	60 %	528832495
9	NC_021908	ATTTC	2	10	12870	12879	20 %	60 %	0 %	20 %	528832496
10	NC_021908	TCAGT	2	10	13395	13404	20 %	40 %	20 %	20 %	528832496
11	NC_021908	GCCTT	2	10	13700	13709	0 %	40 %	20 %	40 %	528832496
12	NC_021908	GGCGC	2	10	16872	16881	0 %	0 %	60 %	40 %	528832496
13	NC_021908	GGGCA	2	10	23666	23675	20 %	0 %	60 %	20 %	528832503
14	NC_021908	CGATG	2	10	26519	26528	20 %	20 %	40 %	20 %	528832505
15	NC_021908	CGGCG	2	10	27316	27325	0 %	0 %	60 %	40 %	528832506
16	NC_021908	CAGGC	2	10	28269	28278	20 %	0 %	40 %	40 %	528832506
17	NC_021908	GGCCG	2	10	31324	31333	0 %	0 %	60 %	40 %	528832509
18	NC_021908	CGATC	2	10	32089	32098	20 %	20 %	20 %	40 %	528832510
19	NC_021908	GAATT	2	10	34477	34486	40 %	40 %	20 %	0 %	528832511
20	NC_021908	GCCTC	2	10	40576	40585	0 %	20 %	20 %	60 %	528832517
21	NC_021908	CTTTC	2	10	40610	40619	0 %	60 %	0 %	40 %	528832517
22	NC_021908	CCCGT	2	10	40681	40690	0 %	20 %	20 %	60 %	528832517
23	NC_021908	TTCCT	2	10	41031	41040	0 %	60 %	0 %	40 %	528832517
24	NC_021908	CCGCG	2	10	42629	42638	0 %	0 %	40 %	60 %	528832519
25	NC_021908	TGATC	2	10	43352	43361	20 %	40 %	20 %	20 %	528832520
26	NC_021908	GGCGT	2	10	43819	43828	0 %	20 %	60 %	20 %	528832520
27	NC_021908	AGCGC	2	10	44246	44255	20 %	0 %	40 %	40 %	528832520
28	NC_021908	CGATG	2	10	46565	46574	20 %	20 %	40 %	20 %	528832521
29	NC_021908	CGGCG	2	10	47538	47547	0 %	0 %	60 %	40 %	528832522
30	NC_021908	CGCTG	2	10	49059	49068	0 %	20 %	40 %	40 %	528832523
31	NC_021908	GCGTG	2	10	50051	50060	0 %	20 %	60 %	20 %	528832524
32	NC_021908	AGATG	2	10	50473	50482	40 %	20 %	40 %	0 %	528832524
33	NC_021908	GCGAG	2	10	50821	50830	20 %	0 %	60 %	20 %	528832524
34	NC_021908	GGGTT	2	10	53291	53300	0 %	40 %	60 %	0 %	528832526
35	NC_021908	CCGGC	2	10	54992	55001	0 %	0 %	40 %	60 %	528832527
36	NC_021908	GGTGC	2	10	55266	55275	0 %	20 %	60 %	20 %	528832527
37	NC_021908	TGTCA	2	10	60341	60350	20 %	40 %	20 %	20 %	528832530
38	NC_021908	GGCCG	2	10	63182	63191	0 %	0 %	60 %	40 %	528832534
39	NC_021908	GAAGG	2	10	63440	63449	40 %	0 %	60 %	0 %	528832534
40	NC_021908	GCTGC	2	10	65767	65776	0 %	20 %	40 %	40 %	528832535
41	NC_021908	ATGAA	2	10	65905	65914	60 %	20 %	20 %	0 %	528832535
42	NC_021908	GCCGG	2	10	66177	66186	0 %	0 %	60 %	40 %	528832536
43	NC_021908	GATCA	2	10	66925	66934	40 %	20 %	20 %	20 %	528832537
44	NC_021908	GGGCG	2	10	71265	71274	0 %	0 %	80 %	20 %	528832542
45	NC_021908	GCGAT	2	10	73971	73980	20 %	20 %	40 %	20 %	528832545
46	NC_021908	TGCCG	2	10	74095	74104	0 %	20 %	40 %	40 %	528832545
47	NC_021908	CTGGT	2	10	77425	77434	0 %	40 %	40 %	20 %	528832550
48	NC_021908	ATCAC	2	10	78012	78021	40 %	20 %	0 %	40 %	528832551
49	NC_021908	TTTCG	2	10	78557	78566	0 %	60 %	20 %	20 %	528832551
50	NC_021908	CTCTG	2	10	78902	78911	0 %	40 %	20 %	40 %	528832552
51	NC_021908	GGCGA	2	10	81778	81787	20 %	0 %	60 %	20 %	528832556
52	NC_021908	CGCCA	2	10	83540	83549	20 %	0 %	20 %	60 %	528832557
53	NC_021908	GCCTT	2	10	83667	83676	0 %	40 %	20 %	40 %	528832557
54	NC_021908	GCGCG	2	10	85061	85070	0 %	0 %	60 %	40 %	528832558
55	NC_021908	GCCGC	2	10	87994	88003	0 %	0 %	40 %	60 %	528832560
56	NC_021908	CGGTT	2	10	89370	89379	0 %	40 %	40 %	20 %	528832562
57	NC_021908	TCCTC	2	10	91298	91307	0 %	40 %	0 %	60 %	528832564
58	NC_021908	GCTTC	2	10	91613	91622	0 %	40 %	20 %	40 %	528832564
59	NC_021908	ATGAG	2	10	93240	93249	40 %	20 %	40 %	0 %	528832566
60	NC_021908	ACGGC	2	10	93956	93965	20 %	0 %	40 %	40 %	528832567
61	NC_021908	TTTCG	2	10	95766	95775	0 %	60 %	20 %	20 %	528832569
62	NC_021908	AGCGC	2	10	96940	96949	20 %	0 %	40 %	40 %	528832570
63	NC_021908	GCCCG	2	10	99446	99455	0 %	0 %	40 %	60 %	528832571
64	NC_021908	GGCCA	2	10	104103	104112	20 %	0 %	40 %	40 %	528832576
65	NC_021908	TGAAC	2	10	104117	104126	40 %	20 %	20 %	20 %	528832576
66	NC_021908	TGCCG	2	10	105912	105921	0 %	20 %	40 %	40 %	528832577
67	NC_021908	CGCCC	2	10	107351	107360	0 %	0 %	20 %	80 %	528832579
68	NC_021908	AGGGC	2	10	109711	109720	20 %	0 %	60 %	20 %	528832580
69	NC_021908	CGGCT	2	10	109779	109788	0 %	20 %	40 %	40 %	528832580
70	NC_021908	GTCTC	2	10	111776	111785	0 %	40 %	20 %	40 %	528832582
71	NC_021908	ATGCG	2	10	114631	114640	20 %	20 %	40 %	20 %	528832585
72	NC_021908	TCGCC	2	10	119972	119981	0 %	20 %	20 %	60 %	528832589
73	NC_021908	CTGCG	2	10	120575	120584	0 %	20 %	40 %	40 %	528832590
74	NC_021908	CGGCG	2	10	120778	120787	0 %	0 %	60 %	40 %	528832590
75	NC_021908	TAGAT	2	10	122743	122752	40 %	40 %	20 %	0 %	528832592
76	NC_021908	CTGCA	2	10	123345	123354	20 %	20 %	20 %	40 %	528832592
77	NC_021908	TGAGG	2	10	123418	123427	20 %	20 %	60 %	0 %	528832592
78	NC_021908	TTGGC	2	10	124755	124764	0 %	40 %	40 %	20 %	528832593
79	NC_021908	GCAGC	2	10	125667	125676	20 %	0 %	40 %	40 %	528832593
80	NC_021908	CGGTG	2	10	126747	126756	0 %	20 %	60 %	20 %	528832595
81	NC_021908	GCCGC	2	10	130215	130224	0 %	0 %	40 %	60 %	528832598
82	NC_021908	GCGAT	2	10	130646	130655	20 %	20 %	40 %	20 %	528832598
83	NC_021908	GCGCC	2	10	134833	134842	0 %	0 %	40 %	60 %	528832602
84	NC_021908	GGCCG	2	10	139278	139287	0 %	0 %	60 %	40 %	528832605
85	NC_021908	CCGGC	2	10	140145	140154	0 %	0 %	40 %	60 %	528832605
86	NC_021908	CCTTG	2	10	140885	140894	0 %	40 %	20 %	40 %	528832605
87	NC_021908	AATGA	2	10	142130	142139	60 %	20 %	20 %	0 %	528832606
88	NC_021908	TCGCC	2	10	142817	142826	0 %	20 %	20 %	60 %	528832607
89	NC_021908	GCCGA	2	10	144566	144575	20 %	0 %	40 %	40 %	528832609
90	NC_021908	TGCCT	2	10	145022	145031	0 %	40 %	20 %	40 %	528832610
91	NC_021908	TCACG	2	10	145297	145306	20 %	20 %	20 %	40 %	528832610
92	NC_021908	CTCGC	2	10	148135	148144	0 %	20 %	20 %	60 %	528832611
93	NC_021908	CGGGC	2	10	150853	150862	0 %	0 %	60 %	40 %	528832613
94	NC_021908	CAGGC	2	10	151263	151272	20 %	0 %	40 %	40 %	528832613
95	NC_021908	GCCGG	2	10	152454	152463	0 %	0 %	60 %	40 %	528832615
96	NC_021908	CGGCC	2	10	153808	153817	0 %	0 %	40 %	60 %	528832616
97	NC_021908	GCGCC	2	10	154765	154774	0 %	0 %	40 %	60 %	528832616
98	NC_021908	GCCGC	2	10	157203	157212	0 %	0 %	40 %	60 %	528832618
99	NC_021908	CGGCC	2	10	158227	158236	0 %	0 %	40 %	60 %	528832618
100	NC_021908	TGGTC	2	10	158307	158316	0 %	40 %	40 %	20 %	528832618
101	NC_021908	CCCGG	2	10	158836	158845	0 %	0 %	40 %	60 %	528832618
102	NC_021908	TGATC	2	10	160361	160370	20 %	40 %	20 %	20 %	528832620
103	NC_021908	CGGCG	2	10	160543	160552	0 %	0 %	60 %	40 %	528832620
104	NC_021908	TTTGC	2	10	163274	163283	0 %	60 %	20 %	20 %	528832621
105	NC_021908	GGGTG	2	10	166996	167005	0 %	20 %	80 %	0 %	528832627
106	NC_021908	GCACG	3	15	169815	169829	20 %	0 %	40 %	40 %	528832629
107	NC_021908	GTGCC	2	10	170473	170482	0 %	20 %	40 %	40 %	528832630
108	NC_021908	CGATC	2	10	170803	170812	20 %	20 %	20 %	40 %	528832630
109	NC_021908	CGTTG	2	10	171867	171876	0 %	40 %	40 %	20 %	528832631
110	NC_021908	CACAG	2	10	172182	172191	40 %	0 %	20 %	40 %	528832631
111	NC_021908	GGCGG	2	10	172857	172866	0 %	0 %	80 %	20 %	528832631
112	NC_021908	CGGCG	2	10	174249	174258	0 %	0 %	60 %	40 %	528832633
113	NC_021908	CGAGG	2	10	174358	174367	20 %	0 %	60 %	20 %	528832633
114	NC_021908	CGGCA	2	10	176696	176705	20 %	0 %	40 %	40 %	528832635
115	NC_021908	CGGCG	2	10	181186	181195	0 %	0 %	60 %	40 %	528832639
116	NC_021908	AGGAG	2	10	181651	181660	40 %	0 %	60 %	0 %	528832640
117	NC_021908	CGCCC	2	10	181688	181697	0 %	0 %	20 %	80 %	528832640
118	NC_021908	CATCG	2	10	182354	182363	20 %	20 %	20 %	40 %	528832640
119	NC_021908	AGCGC	2	10	190230	190239	20 %	0 %	40 %	40 %	528832647
120	NC_021908	CGATG	2	10	191568	191577	20 %	20 %	40 %	20 %	528832648
121	NC_021908	GCCTT	2	10	192990	192999	0 %	40 %	20 %	40 %	528832650
122	NC_021908	GGTGA	2	10	195091	195100	20 %	20 %	60 %	0 %	528832653
123	NC_021908	AGGCC	2	10	195546	195555	20 %	0 %	40 %	40 %	528832654
124	NC_021908	GCACG	2	10	197580	197589	20 %	0 %	40 %	40 %	528832656
125	NC_021908	ACCGA	2	10	197684	197693	40 %	0 %	20 %	40 %	528832656
126	NC_021908	TCCGC	2	10	199980	199989	0 %	20 %	20 %	60 %	528832658
127	NC_021908	TCGGC	2	10	205802	205811	0 %	20 %	40 %	40 %	528832662
128	NC_021908	GCCTT	2	10	205859	205868	0 %	40 %	20 %	40 %	528832662
129	NC_021908	CCGGG	2	10	206583	206592	0 %	0 %	60 %	40 %	528832663
130	NC_021908	TGCAG	2	10	206877	206886	20 %	20 %	40 %	20 %	528832663
131	NC_021908	CCGTT	2	10	214906	214915	0 %	40 %	20 %	40 %	528832672
132	NC_021908	AAATG	2	10	215778	215787	60 %	20 %	20 %	0 %	528832674
133	NC_021908	CGGCA	2	10	217392	217401	20 %	0 %	40 %	40 %	528832676
134	NC_021908	TTCGA	2	10	220486	220495	20 %	40 %	20 %	20 %	528832677
135	NC_021908	AGACA	2	10	227480	227489	60 %	0 %	20 %	20 %	528832681
136	NC_021908	CAGCG	2	10	230044	230053	20 %	0 %	40 %	40 %	528832683
137	NC_021908	GGCGA	2	10	238690	238699	20 %	0 %	60 %	20 %	528832690
138	NC_021908	TCCGA	2	10	239320	239329	20 %	20 %	20 %	40 %	528832690
139	NC_021908	CGATG	2	10	240146	240155	20 %	20 %	40 %	20 %	528832691
140	NC_021908	GATCT	2	10	240864	240873	20 %	40 %	20 %	20 %	528832691
141	NC_021908	GACAA	2	10	242266	242275	60 %	0 %	20 %	20 %	528832693
142	NC_021908	GGAAC	2	10	242638	242647	40 %	0 %	40 %	20 %	528832693
143	NC_021908	CACGA	2	10	244087	244096	40 %	0 %	20 %	40 %	528832695
144	NC_021908	CGGCA	2	10	244767	244776	20 %	0 %	40 %	40 %	528832695
145	NC_021908	CGGCG	2	10	245750	245759	0 %	0 %	60 %	40 %	528832696
146	NC_021908	GCTTG	2	10	247176	247185	0 %	40 %	40 %	20 %	528832698
147	NC_021908	GCCGG	2	10	247202	247211	0 %	0 %	60 %	40 %	528832698
148	NC_021908	TCGGC	2	10	248045	248054	0 %	20 %	40 %	40 %	528832698
149	NC_021908	CGGCG	2	10	248067	248076	0 %	0 %	60 %	40 %	528832698
150	NC_021908	ATCGG	2	10	249583	249592	20 %	20 %	40 %	20 %	528832700
151	NC_021908	CGATC	2	10	249803	249812	20 %	20 %	20 %	40 %	528832700
152	NC_021908	GATCC	2	10	250341	250350	20 %	20 %	20 %	40 %	528832700
153	NC_021908	GCAGC	2	10	251960	251969	20 %	0 %	40 %	40 %	528832701
154	NC_021908	GAACT	2	10	252402	252411	40 %	20 %	20 %	20 %	528832701
155	NC_021908	AGGCG	2	10	252467	252476	20 %	0 %	60 %	20 %	528832702
156	NC_021908	GCCGC	2	10	253202	253211	0 %	0 %	40 %	60 %	528832703
157	NC_021908	AAGGG	2	10	255426	255435	40 %	0 %	60 %	0 %	528832706
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161	NC_021908	CGAAA	2	10	260239	260248	60 %	0 %	20 %	20 %	528832712
162	NC_021908	CTCCG	2	10	260859	260868	0 %	20 %	20 %	60 %	528832712
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166	NC_021908	CGCGG	2	10	273106	273115	0 %	0 %	60 %	40 %	528832726
167	NC_021908	GCCGG	2	10	276384	276393	0 %	0 %	60 %	40 %	528832731
168	NC_021908	GCCGC	2	10	276941	276950	0 %	0 %	40 %	60 %	528832733
169	NC_021908	GCGAC	2	10	282671	282680	20 %	0 %	40 %	40 %	528832738
170	NC_021908	CGGGC	2	10	282988	282997	0 %	0 %	60 %	40 %	528832738
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172	NC_021908	CGCGA	2	10	287004	287013	20 %	0 %	40 %	40 %	528832742
173	NC_021908	ATCGG	2	10	293405	293414	20 %	20 %	40 %	20 %	528832747
174	NC_021908	TTCCA	2	10	295344	295353	20 %	40 %	0 %	40 %	528832748
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176	NC_021908	GGTCA	2	10	298727	298736	20 %	20 %	40 %	20 %	528832752
177	NC_021908	TGGCG	2	10	302439	302448	0 %	20 %	60 %	20 %	528832755
178	NC_021908	TCGCC	2	10	302487	302496	0 %	20 %	20 %	60 %	528832755
179	NC_021908	AGCCG	2	10	306661	306670	20 %	0 %	40 %	40 %	528832758
180	NC_021908	AGACA	2	10	308350	308359	60 %	0 %	20 %	20 %	528832760
181	NC_021908	CCCGA	2	10	309628	309637	20 %	0 %	20 %	60 %	528832762
182	NC_021908	AAACG	2	10	310670	310679	60 %	0 %	20 %	20 %	528832763
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187	NC_021908	GCGGA	2	10	325932	325941	20 %	0 %	60 %	20 %	528832779
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192	NC_021908	GCTCG	2	10	336859	336868	0 %	20 %	40 %	40 %	528832790
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195	NC_021908	GGCGA	2	10	339974	339983	20 %	0 %	60 %	20 %	528832794
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199	NC_021908	CTCGG	2	10	349788	349797	0 %	20 %	40 %	40 %	528832803
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201	NC_021908	GCTTT	2	10	350519	350528	0 %	60 %	20 %	20 %	528832803
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203	NC_021908	CGATG	2	10	351416	351425	20 %	20 %	40 %	20 %	528832805
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208	NC_021908	CGATG	2	10	356394	356403	20 %	20 %	40 %	20 %	528832810
209	NC_021908	CGCAG	2	10	362616	362625	20 %	0 %	40 %	40 %	528832817
210	NC_021908	GCGAT	2	10	365188	365197	20 %	20 %	40 %	20 %	528832820
211	NC_021908	CCGAG	2	10	366889	366898	20 %	0 %	40 %	40 %	528832821
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242	NC_021908	AGGAC	2	10	401496	401505	40 %	0 %	40 %	20 %	528832854
243	NC_021908	GCACA	2	10	402413	402422	40 %	0 %	20 %	40 %	528832855
244	NC_021908	TCGCT	2	10	407828	407837	0 %	40 %	20 %	40 %	528832860
245	NC_021908	ACGCA	2	10	408652	408661	40 %	0 %	20 %	40 %	528832860
246	NC_021908	TCGCT	2	10	410368	410377	0 %	40 %	20 %	40 %	528832861
247	NC_021908	ACGGC	2	10	412954	412963	20 %	0 %	40 %	40 %	528832865
248	NC_021908	CGCGC	2	10	413215	413224	0 %	0 %	40 %	60 %	528832865
249	NC_021908	CGGCT	2	10	413934	413943	0 %	20 %	40 %	40 %	528832866
250	NC_021908	GGCTC	2	10	420851	420860	0 %	20 %	40 %	40 %	528832873
251	NC_021908	CCTTA	2	10	421424	421433	20 %	40 %	0 %	40 %	528832874
252	NC_021908	CTCGC	2	10	422639	422648	0 %	20 %	20 %	60 %	528832876
253	NC_021908	AAGGC	2	10	423148	423157	40 %	0 %	40 %	20 %	528832876
254	NC_021908	TGGCG	2	10	423228	423237	0 %	20 %	60 %	20 %	528832876
255	NC_021908	CGAAG	2	10	423592	423601	40 %	0 %	40 %	20 %	528832877
256	NC_021908	TGGGC	2	10	424155	424164	0 %	20 %	60 %	20 %	528832877
257	NC_021908	ATGCC	2	10	424404	424413	20 %	20 %	20 %	40 %	528832878
258	NC_021908	ATGCC	2	10	424831	424840	20 %	20 %	20 %	40 %	528832878
259	NC_021908	GGTCG	2	10	427112	427121	0 %	20 %	60 %	20 %	528832881
260	NC_021908	CGGCC	2	10	429942	429951	0 %	0 %	40 %	60 %	528832884
261	NC_021908	CGGCG	2	10	430361	430370	0 %	0 %	60 %	40 %	528832885
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.