MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1d

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021908	CTTC	2	8	72	79	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021908	GGAA	2	8	124	131	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021908	GGTT	2	8	17303	17310	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021908	CCTG	3	12	18769	18780	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_021908	GGCA	2	8	18884	18891	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_021908	AATT	2	8	20156	20163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021908	GGTA	2	8	24068	24075	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021908	CGGT	2	8	24158	24165	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_021908	GTTC	2	8	24657	24664	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_021908	GGGT	2	8	28836	28843	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021908	TTTG	2	8	30012	30019	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021908	TCGA	2	8	30246	30253	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021908	CGGC	2	8	42388	42395	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_021908	GCCG	3	12	42396	42407	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021908	GGCG	2	8	49728	49735	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021908	GGTT	2	8	61719	61726	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021908	AGCG	2	8	64772	64779	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021908	GTCT	2	8	64794	64801	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_021908	TGGT	2	8	69010	69017	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021908	CGGG	2	8	69037	69044	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
21	NC_021908	GCCT	2	8	76392	76399	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_021908	GCGG	2	8	76668	76675	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021908	GAAA	2	8	78656	78663	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021908	GAGC	2	8	84081	84088	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_021908	ACGG	2	8	91126	91133	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_021908	CAGG	2	8	101211	101218	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_021908	GGGA	2	8	102811	102818	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021908	TCCC	2	8	105054	105061	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_021908	GCCG	2	8	105117	105124	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_021908	TGAT	2	8	107317	107324	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021908	GCAT	2	8	112468	112475	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_021908	GATC	2	8	115379	115386	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_021908	TCAA	2	8	117017	117024	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021908	TGTC	2	8	117105	117112	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_021908	GCGG	2	8	119141	119148	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
36	NC_021908	TCCA	2	8	121766	121773	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_021908	GTGG	2	8	121818	121825	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021908	AGCG	2	8	123696	123703	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_021908	TGCA	2	8	135041	135048	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_021908	GGGC	2	8	135205	135212	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021908	AGGG	2	8	144684	144691	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021908	TTGC	2	8	146179	146186	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_021908	GTTT	2	8	149667	149674	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021908	GCCG	2	8	152806	152813	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_021908	CCCT	2	8	152871	152878	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
46	NC_021908	CAAG	2	8	152879	152886	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_021908	GCTT	2	8	162858	162865	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_021908	CGGT	2	8	162920	162927	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021908	AATC	2	8	163059	163066	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_021908	TTCA	2	8	163116	163123	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_021908	ATAA	2	8	164132	164139	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021908	TGGA	2	8	167944	167951	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021908	CTGC	2	8	168117	168124	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_021908	ATGA	2	8	169203	169210	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021908	GCTG	2	8	171193	171200	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021908	CCGG	2	8	174138	174145	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_021908	GTTT	2	8	184526	184533	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021908	GGCG	3	12	184914	184925	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021908	TTGC	2	8	184943	184950	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021908	ACGT	2	8	187356	187363	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_021908	CTGG	2	8	191645	191652	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021908	AGCC	2	8	191756	191763	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021908	CCGG	2	8	191937	191944	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021908	CCGG	2	8	191975	191982	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_021908	GAAA	2	8	192669	192676	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021908	GCCT	2	8	199199	199206	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_021908	CCAT	2	8	199405	199412	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_021908	CATG	2	8	200520	200527	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_021908	CATC	2	8	204512	204519	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021908	AGAA	2	8	213868	213875	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021908	ATTG	2	8	213974	213981	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021908	CAGC	2	8	215194	215201	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021908	GCCG	2	8	216832	216839	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021908	CGAG	2	8	218399	218406	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021908	TCAG	2	8	219382	219389	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021908	TTCA	2	8	219698	219705	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_021908	AGGG	2	8	219939	219946	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021908	GCCA	2	8	221046	221053	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021908	CACT	2	8	224058	224065	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021908	CCGC	2	8	224264	224271	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
81	NC_021908	GTCA	2	8	225732	225739	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_021908	CGGG	2	8	228028	228035	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021908	GGCG	2	8	228038	228045	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021908	TGAT	2	8	228233	228240	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021908	GCCC	2	8	228245	228252	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NC_021908	GTCG	2	8	228446	228453	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021908	CTGC	2	8	234340	234347	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021908	TGAA	2	8	236047	236054	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021908	AAAT	2	8	236076	236083	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021908	AGCG	2	8	237193	237200	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_021908	AGCT	2	8	241214	241221	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021908	CGAC	2	8	241278	241285	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_021908	TTGC	2	8	242176	242183	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_021908	ACCC	2	8	244935	244942	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
95	NC_021908	GGCC	2	8	246880	246887	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_021908	TTTC	2	8	248149	248156	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_021908	GCCT	2	8	254320	254327	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021908	CCCG	2	8	254384	254391	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
99	NC_021908	TCAG	2	8	258961	258968	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021908	CTGC	2	8	262132	262139	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_021908	TTAG	2	8	263234	263241	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021908	ATGG	2	8	263343	263350	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021908	GAAG	2	8	268171	268178	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021908	ATCC	2	8	270284	270291	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021908	CGTT	2	8	270562	270569	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_021908	GCCT	3	12	273523	273534	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_021908	CGTC	2	8	274978	274985	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021908	GGTC	2	8	277881	277888	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_021908	GTTC	2	8	285520	285527	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_021908	ATCA	2	8	285558	285565	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021908	ACAA	2	8	294143	294150	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_021908	AGTC	2	8	298151	298158	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021908	GGGA	2	8	300040	300047	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021908	CGAA	2	8	306340	306347	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_021908	GGAA	2	8	309331	309338	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021908	CCCT	2	8	324268	324275	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
117	NC_021908	ATTT	2	8	332368	332375	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021908	GCAT	2	8	341707	341714	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_021908	GTAA	2	8	346346	346353	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021908	TGCA	2	8	363352	363359	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021908	CTCC	2	8	379584	379591	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
122	NC_021908	GCCT	2	8	379717	379724	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_021908	GCCG	2	8	390229	390236	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_021908	ACTG	2	8	390247	390254	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_021908	CGAA	2	8	390276	390283	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_021908	CCAT	2	8	395605	395612	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021908	CATG	2	8	395805	395812	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021908	CTGC	2	8	404974	404981	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021908	CGCT	2	8	405044	405051	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
130	NC_021908	GGAC	2	8	406460	406467	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_021908	GTCG	2	8	407348	407355	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_021908	GCAT	2	8	410823	410830	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021908	CGCC	2	8	410914	410921	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
134	NC_021908	GAAC	2	8	411564	411571	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021908	AATT	2	8	413800	413807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021908	AAAT	2	8	413872	413879	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021908	AGGC	2	8	423386	423393	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_021908	ACAG	2	8	431118	431125	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_021908	CGCC	2	8	431160	431167	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
140	NC_021908	GATA	2	8	433805	433812	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021908	AGAA	2	8	435374	435381	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021908	TCGA	2	8	435451	435458	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_021908	CTTC	2	8	438390	438397	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_021908	TCAA	2	8	438438	438445	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_021908	TAAT	2	8	438578	438585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021908	GTCT	2	8	450034	450041	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_021908	GCCG	2	8	452729	452736	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
148	NC_021908	ACGG	2	8	452773	452780	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_021908	ATTG	2	8	452873	452880	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021908	CGGA	2	8	454027	454034	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021908	TCCG	2	8	458548	458555	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_021908	CTCG	2	8	461225	461232	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NC_021908	CTTC	2	8	468509	468516	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_021908	CCGG	2	8	469964	469971	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_021908	GTGC	2	8	481378	481385	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
156	NC_021908	CGGC	2	8	482768	482775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
157	NC_021908	GCCG	2	8	482781	482788	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
158	NC_021908	ATGC	2	8	483574	483581	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NC_021908	ACGG	2	8	486236	486243	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
160	NC_021908	TCCC	2	8	490722	490729	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
161	NC_021908	GCAG	2	8	490756	490763	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
162	NC_021908	CAAC	2	8	491013	491020	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
163	NC_021908	GATC	2	8	491034	491041	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
164	NC_021908	GAAT	2	8	495439	495446	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021908	GGAT	2	8	500267	500274	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021908	TCGC	2	8	500299	500306	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.