MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1b

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021907	AGGCGG	2	12	2052	2063	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	528831102
2	NC_021907	CGGCGC	2	12	3733	3744	0 %	0 %	50 %	50 %	528831103
3	NC_021907	GGCTTC	2	12	3946	3957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831103
4	NC_021907	GGCGCT	2	12	5370	5381	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831105
5	NC_021907	GGCGCT	2	12	6579	6590	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831105
6	NC_021907	TCGTCA	2	12	6698	6709	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831105
7	NC_021907	TCGGTT	2	12	7004	7015	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	528831106
8	NC_021907	GCCGGC	2	12	12501	12512	0 %	0 %	50 %	50 %	528831115
9	NC_021907	CCAGCA	2	12	13952	13963	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	528831117
10	NC_021907	GCCGAC	2	12	16248	16259	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831119
11	NC_021907	CTCGGC	2	12	17670	17681	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831120
12	NC_021907	CGGCGA	2	12	18605	18616	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831121
13	NC_021907	CCGAGG	2	12	23579	23590	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831126
14	NC_021907	ATGCCG	2	12	24634	24645	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831128
15	NC_021907	CGCAGG	2	12	27925	27936	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831131
16	NC_021907	GGTCAC	2	12	32711	32722	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831137
17	NC_021907	GGATCA	2	12	32869	32880	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831137
18	NC_021907	GATGCC	2	12	33808	33819	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831138
19	NC_021907	GTGTGC	2	12	38841	38852	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	528831141
20	NC_021907	GGCGCT	2	12	41738	41749	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831144
21	NC_021907	CGGTTC	2	12	41972	41983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831144
22	NC_021907	TCGCCA	2	12	48617	48628	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831149
23	NC_021907	CCGCGC	2	12	50540	50551	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	528831151
24	NC_021907	TCTCGA	2	12	53068	53079	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831152
25	NC_021907	GCCGTC	2	12	54905	54916	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831153
26	NC_021907	TTGGCC	2	12	54995	55006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831153
27	NC_021907	ACGGAT	2	12	55679	55690	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831154
28	NC_021907	TCGGCC	2	12	61852	61863	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831159
29	NC_021907	CTTGCC	2	12	63756	63767	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528831160
30	NC_021907	CCTATC	2	12	65502	65513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	528831163
31	NC_021907	ATCGTC	2	12	67840	67851	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831166
32	NC_021907	CGGTCA	2	12	68435	68446	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831166
33	NC_021907	CGATCT	2	12	68814	68825	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831166
34	NC_021907	GATCCA	2	12	70022	70033	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528831167
35	NC_021907	GATCCC	2	12	71942	71953	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831169
36	NC_021907	CTCGAT	2	12	72215	72226	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831169
37	NC_021907	GGCCGA	2	12	72514	72525	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831170
38	NC_021907	GGTGGA	2	12	74094	74105	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	528831171
39	NC_021907	GGACGC	2	12	75331	75342	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831172
40	NC_021907	TGCCGA	2	12	77855	77866	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831174
41	NC_021907	CGTCGA	2	12	78814	78825	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831175
42	NC_021907	GCCACC	2	12	83315	83326	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_021907	GCCGGC	2	12	85693	85704	0 %	0 %	50 %	50 %	528831182
44	NC_021907	ATCGCG	2	12	86741	86752	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831182
45	NC_021907	GAGCGG	2	12	87433	87444	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	528831182
46	NC_021907	CCGCTG	2	12	88520	88531	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831182
47	NC_021907	CGGGAA	2	12	89296	89307	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528831183
48	NC_021907	GCGTTC	2	12	89461	89472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831183
49	NC_021907	CGGCAC	2	12	93647	93658	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831186
50	NC_021907	TGATCG	2	12	95238	95249	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528831187
51	NC_021907	CAGCGC	2	12	96918	96929	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831189
52	NC_021907	CGGCGC	2	12	98899	98910	0 %	0 %	50 %	50 %	528831191
53	NC_021907	TTGAGC	2	12	100136	100147	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528831193
54	NC_021907	GCAATC	2	12	100334	100345	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528831193
55	NC_021907	ATGATC	2	12	102261	102272	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528831195
56	NC_021907	CGCCTC	2	12	102434	102445	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	528831195
57	NC_021907	ATGCCG	2	12	103371	103382	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831195
58	NC_021907	CGAGGT	2	12	103537	103548	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528831195
59	NC_021907	TTCGCC	2	12	105391	105402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528831197
60	NC_021907	GGATCG	2	12	106621	106632	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528831198
61	NC_021907	GCGGAC	2	12	107455	107466	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831199
62	NC_021907	TCGTGC	2	12	109726	109737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831202
63	NC_021907	TGGGAT	2	12	111249	111260	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	528831202
64	NC_021907	GCCGAG	2	12	114081	114092	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831202
65	NC_021907	GCATAG	2	12	118173	118184	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021907	AGCGCC	2	12	118674	118685	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_021907	CCCCGG	2	12	119741	119752	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	528831205
68	NC_021907	GGCCGG	2	12	119997	120008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	528831205
69	NC_021907	GAGCTT	2	12	123275	123286	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528831209
70	NC_021907	CATGAT	2	12	123470	123481	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528831209
71	NC_021907	GAAGCC	2	12	125086	125097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528831210
72	NC_021907	GCCGTC	2	12	131245	131256	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831215
73	NC_021907	GAGCTC	2	12	138126	138137	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831226
74	NC_021907	GGTCGA	2	12	138962	138973	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528831226
75	NC_021907	CGGCTG	2	12	139419	139430	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831226
76	NC_021907	TCGATG	2	12	140505	140516	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528831227
77	NC_021907	AGCCGC	2	12	141693	141704	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831228
78	NC_021907	CCGGCG	2	12	141718	141729	0 %	0 %	50 %	50 %	528831228
79	NC_021907	TCGACG	2	12	142060	142071	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831228
80	NC_021907	CCAGCG	2	12	143817	143828	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831231
81	NC_021907	GACGCC	2	12	144067	144078	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831231
82	NC_021907	TGCCGT	2	12	145920	145931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831233
83	NC_021907	GATCAG	2	12	146387	146398	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831233
84	NC_021907	CCGGCG	2	12	150398	150409	0 %	0 %	50 %	50 %	528831237
85	NC_021907	GATCGA	2	12	154295	154306	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831239
86	NC_021907	GAAGGC	2	12	161577	161588	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528831245
87	NC_021907	CTGCGG	2	12	162067	162078	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831245
88	NC_021907	GACCTG	2	12	162636	162647	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831245
89	NC_021907	ACGCTG	2	12	164209	164220	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831248
90	NC_021907	GGCGCG	2	12	164573	164584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021907	CAGCTC	2	12	165165	165176	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831249
92	NC_021907	CCTATC	2	12	166498	166509	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	528831249
93	NC_021907	CGGCAT	2	12	169731	169742	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831252
94	NC_021907	GAAGAC	2	12	173261	173272	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	528831256
95	NC_021907	CGCTGT	2	12	174525	174536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831257
96	NC_021907	GCGATC	2	12	176680	176691	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831259
97	NC_021907	CGAAAA	2	12	179671	179682	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	528831263
98	NC_021907	CGATCG	2	12	181894	181905	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831264
99	NC_021907	ACTTCG	2	12	187674	187685	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831270
100	NC_021907	CTGATC	2	12	187943	187954	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831271
101	NC_021907	ACGGTG	2	12	188980	188991	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528831272
102	NC_021907	GGCGCT	2	12	189304	189315	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831273
103	NC_021907	CGCGCC	2	12	193151	193162	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	528831276
104	NC_021907	CCGAGC	2	12	194959	194970	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831278
105	NC_021907	AGCGCC	2	12	194992	195003	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831278
106	NC_021907	GCAAAG	2	12	195100	195111	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	528831278
107	NC_021907	TCGCCA	2	12	201954	201965	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831284
108	NC_021907	CCGTCA	2	12	202086	202097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831284
109	NC_021907	GCGTCA	2	12	202266	202277	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831284
110	NC_021907	GACGGC	2	12	202486	202497	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831284
111	NC_021907	GCGGAA	2	12	202939	202950	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528831285
112	NC_021907	CACTGC	2	12	203679	203690	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831286
113	NC_021907	GGCATG	2	12	204575	204586	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528831286
114	NC_021907	TCGACG	2	12	209940	209951	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021907	GACAAG	2	12	213417	213428	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	528831293
116	NC_021907	TGGTCA	2	12	214618	214629	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528831294
117	NC_021907	CGGCAT	2	12	216116	216127	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831296
118	NC_021907	CAGCGC	2	12	216303	216314	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831296
119	NC_021907	TCGGCA	2	12	217911	217922	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831297
120	NC_021907	CGCCTC	2	12	218712	218723	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_021907	CCAAGG	2	12	219545	219556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528831298
122	NC_021907	TGACGA	2	12	220873	220884	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831300
123	NC_021907	TCGCGA	2	12	227446	227457	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831309
124	NC_021907	GCCATG	2	12	227821	227832	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831310
125	NC_021907	GCCTCG	2	12	227998	228009	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831310
126	NC_021907	CCGATC	2	12	229463	229474	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831311
127	NC_021907	GCTGGT	2	12	231174	231185	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	528831313
128	NC_021907	TGCCGG	2	12	231722	231733	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831313
129	NC_021907	CGAGAT	2	12	232059	232070	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831313
130	NC_021907	CCCTCG	2	12	232859	232870	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	528831314
131	NC_021907	CGAAGC	2	12	233136	233147	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528831314
132	NC_021907	GGTTGA	2	12	233649	233660	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	528831314
133	NC_021907	CGCGCA	2	12	234929	234940	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831315
134	NC_021907	CGGCAG	2	12	234966	234977	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831315
135	NC_021907	CATTGA	2	12	235293	235304	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528831316
136	NC_021907	TCGATA	2	12	235709	235720	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528831316
137	NC_021907	CCGGCG	2	12	238364	238375	0 %	0 %	50 %	50 %	528831318
138	NC_021907	CTACAG	2	12	239592	239603	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	528831319
139	NC_021907	CGGCCG	2	12	243801	243812	0 %	0 %	50 %	50 %	528831324
140	NC_021907	TCGACC	2	12	249445	249456	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831329
141	NC_021907	CGTCAC	2	12	251255	251266	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.