MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1b

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021907	ACGGC	2	10	1743	1752	20 %	0 %	40 %	40 %	528831101
2	NC_021907	GCAGG	2	10	2274	2283	20 %	0 %	60 %	20 %	528831102
3	NC_021907	ACCGC	2	10	3919	3928	20 %	0 %	20 %	60 %	528831103
4	NC_021907	GCCGC	2	10	5694	5703	0 %	0 %	40 %	60 %	528831105
5	NC_021907	GGCAT	2	10	6943	6952	20 %	20 %	40 %	20 %	528831106
6	NC_021907	ATGAG	2	10	8913	8922	40 %	20 %	40 %	0 %	528831108
7	NC_021907	GGGGA	2	10	9542	9551	20 %	0 %	80 %	0 %	528831108
8	NC_021907	CCGAT	2	10	9798	9807	20 %	20 %	20 %	40 %	528831108
9	NC_021907	GGATT	2	10	10325	10334	20 %	40 %	40 %	0 %	528831109
10	NC_021907	CGGCA	2	10	16619	16628	20 %	0 %	40 %	40 %	528831120
11	NC_021907	GCAGA	2	10	20291	20300	40 %	0 %	40 %	20 %	528831123
12	NC_021907	CGCGA	2	10	24059	24068	20 %	0 %	40 %	40 %	528831127
13	NC_021907	CGGAC	2	10	25766	25775	20 %	0 %	40 %	40 %	528831129
14	NC_021907	TTCAT	2	10	27761	27770	20 %	60 %	0 %	20 %	528831131
15	NC_021907	AGGCG	2	10	28006	28015	20 %	0 %	60 %	20 %	528831131
16	NC_021907	GCCGC	2	10	30138	30147	0 %	0 %	40 %	60 %	528831133
17	NC_021907	AGGGC	2	10	30156	30165	20 %	0 %	60 %	20 %	528831133
18	NC_021907	TCATC	2	10	30279	30288	20 %	40 %	0 %	40 %	528831133
19	NC_021907	CTCAT	2	10	30428	30437	20 %	40 %	0 %	40 %	528831133
20	NC_021907	GGCCC	2	10	31659	31668	0 %	0 %	40 %	60 %	528831136
21	NC_021907	GCCGT	2	10	31722	31731	0 %	20 %	40 %	40 %	528831136
22	NC_021907	CAGCG	2	10	32966	32975	20 %	0 %	40 %	40 %	528831137
23	NC_021907	GGCCG	2	10	35655	35664	0 %	0 %	60 %	40 %	528831140
24	NC_021907	GTCGG	2	10	36662	36671	0 %	20 %	60 %	20 %	528831140
25	NC_021907	CCGAA	2	10	40378	40387	40 %	0 %	20 %	40 %	528831143
26	NC_021907	CGATG	2	10	42122	42131	20 %	20 %	40 %	20 %	528831144
27	NC_021907	ATCGT	2	10	42247	42256	20 %	40 %	20 %	20 %	528831144
28	NC_021907	GCGCC	2	10	43070	43079	0 %	0 %	40 %	60 %	528831144
29	NC_021907	TTGCT	2	10	46689	46698	0 %	60 %	20 %	20 %	528831148
30	NC_021907	GGGCA	2	10	48512	48521	20 %	0 %	60 %	20 %	528831149
31	NC_021907	AGCGA	2	10	48784	48793	40 %	0 %	40 %	20 %	528831149
32	NC_021907	CCGGC	2	10	49506	49515	0 %	0 %	40 %	60 %	528831150
33	NC_021907	CGGCG	2	10	50612	50621	0 %	0 %	60 %	40 %	528831151
34	NC_021907	CCTCG	2	10	51150	51159	0 %	20 %	20 %	60 %	528831152
35	NC_021907	TCGAT	2	10	51912	51921	20 %	40 %	20 %	20 %	528831152
36	NC_021907	TGAAG	2	10	54448	54457	40 %	20 %	40 %	0 %	528831153
37	NC_021907	TCCCG	2	10	54468	54477	0 %	20 %	20 %	60 %	528831153
38	NC_021907	GCCGC	2	10	55692	55701	0 %	0 %	40 %	60 %	528831154
39	NC_021907	ATGCC	2	10	57401	57410	20 %	20 %	20 %	40 %	528831155
40	NC_021907	GGCAG	2	10	63497	63506	20 %	0 %	60 %	20 %	528831160
41	NC_021907	GGCGA	2	10	65425	65434	20 %	0 %	60 %	20 %	528831162
42	NC_021907	TCGTG	2	10	65569	65578	0 %	40 %	40 %	20 %	528831163
43	NC_021907	AGCGC	2	10	66596	66605	20 %	0 %	40 %	40 %	528831164
44	NC_021907	TGGCG	2	10	67292	67301	0 %	20 %	60 %	20 %	528831165
45	NC_021907	GGCGC	2	10	67852	67861	0 %	0 %	60 %	40 %	528831166
46	NC_021907	ATCGC	2	10	69715	69724	20 %	20 %	20 %	40 %	528831167
47	NC_021907	CTGCC	2	10	69948	69957	0 %	20 %	20 %	60 %	528831167
48	NC_021907	GCCGC	2	10	72827	72836	0 %	0 %	40 %	60 %	528831170
49	NC_021907	GATCC	2	10	74159	74168	20 %	20 %	20 %	40 %	528831171
50	NC_021907	CGGCG	2	10	78277	78286	0 %	0 %	60 %	40 %	528831175
51	NC_021907	GATCG	2	10	79420	79429	20 %	20 %	40 %	20 %	528831176
52	NC_021907	GATGC	2	10	79649	79658	20 %	20 %	40 %	20 %	528831176
53	NC_021907	TCGGC	2	10	85555	85564	0 %	20 %	40 %	40 %	528831182
54	NC_021907	GAAGC	2	10	91782	91791	40 %	0 %	40 %	20 %	528831185
55	NC_021907	GGGTT	2	10	92549	92558	0 %	40 %	60 %	0 %	528831185
56	NC_021907	AAACG	2	10	94764	94773	60 %	0 %	20 %	20 %	528831187
57	NC_021907	CGGGG	2	10	96199	96208	0 %	0 %	80 %	20 %	528831188
58	NC_021907	GAAAT	2	10	96499	96508	60 %	20 %	20 %	0 %	528831188
59	NC_021907	CCGCG	2	10	102589	102598	0 %	0 %	40 %	60 %	528831195
60	NC_021907	AGCCG	2	10	102628	102637	20 %	0 %	40 %	40 %	528831195
61	NC_021907	CGGCA	2	10	102821	102830	20 %	0 %	40 %	40 %	528831195
62	NC_021907	CCGAG	2	10	104239	104248	20 %	0 %	40 %	40 %	528831196
63	NC_021907	GTCAG	2	10	104852	104861	20 %	20 %	40 %	20 %	528831197
64	NC_021907	CGCGC	2	10	107498	107507	0 %	0 %	40 %	60 %	528831199
65	NC_021907	CATGC	2	10	107629	107638	20 %	20 %	20 %	40 %	528831199
66	NC_021907	GCCTC	2	10	108073	108082	0 %	20 %	20 %	60 %	528831200
67	NC_021907	CATGG	2	10	109788	109797	20 %	20 %	40 %	20 %	528831202
68	NC_021907	CGCGG	2	10	111452	111461	0 %	0 %	60 %	40 %	528831202
69	NC_021907	CAACT	2	10	111645	111654	40 %	20 %	0 %	40 %	528831202
70	NC_021907	CGCGC	2	10	111721	111730	0 %	0 %	40 %	60 %	528831202
71	NC_021907	TTCGG	2	10	112351	112360	0 %	40 %	40 %	20 %	528831202
72	NC_021907	TGGAA	2	10	112391	112400	40 %	20 %	40 %	0 %	528831202
73	NC_021907	AGAGG	2	10	114245	114254	40 %	0 %	60 %	0 %	528831202
74	NC_021907	TCGGA	2	10	116362	116371	20 %	20 %	40 %	20 %	528831204
75	NC_021907	TGAAA	2	10	120321	120330	60 %	20 %	20 %	0 %	528831205
76	NC_021907	GAATG	2	10	123446	123455	40 %	20 %	40 %	0 %	528831209
77	NC_021907	TGATC	2	10	124917	124926	20 %	40 %	20 %	20 %	528831210
78	NC_021907	TGCGC	2	10	126526	126535	0 %	20 %	40 %	40 %	528831211
79	NC_021907	GTCAG	2	10	127273	127282	20 %	20 %	40 %	20 %	528831211
80	NC_021907	TCCCC	2	10	128152	128161	0 %	20 %	0 %	80 %	528831212
81	NC_021907	TGCGG	2	10	130212	130221	0 %	20 %	60 %	20 %	528831214
82	NC_021907	CGTCA	2	10	130518	130527	20 %	20 %	20 %	40 %	528831214
83	NC_021907	CGGCA	2	10	130857	130866	20 %	0 %	40 %	40 %	528831215
84	NC_021907	TCCGC	2	10	138890	138899	0 %	20 %	20 %	60 %	528831226
85	NC_021907	TCGCT	2	10	139105	139114	0 %	40 %	20 %	40 %	528831226
86	NC_021907	CGAAG	2	10	141344	141353	40 %	0 %	40 %	20 %	528831228
87	NC_021907	CTTGC	2	10	143203	143212	0 %	40 %	20 %	40 %	528831230
88	NC_021907	GCGAT	2	10	146346	146355	20 %	20 %	40 %	20 %	528831233
89	NC_021907	GCGTG	2	10	147757	147766	0 %	20 %	60 %	20 %	528831235
90	NC_021907	GGCGA	2	10	148691	148700	20 %	0 %	60 %	20 %	528831235
91	NC_021907	TCGAT	2	10	153811	153820	20 %	40 %	20 %	20 %	528831239
92	NC_021907	GAAGC	2	10	159340	159349	40 %	0 %	40 %	20 %	528831244
93	NC_021907	CGGGA	2	10	160954	160963	20 %	0 %	60 %	20 %	528831245
94	NC_021907	CGCAG	2	10	161121	161130	20 %	0 %	40 %	40 %	528831245
95	NC_021907	CGGCA	2	10	161922	161931	20 %	0 %	40 %	40 %	528831245
96	NC_021907	GCATC	2	10	162273	162282	20 %	20 %	20 %	40 %	528831245
97	NC_021907	GCAAG	2	10	163239	163248	40 %	0 %	40 %	20 %	528831246
98	NC_021907	CCCCT	2	10	165131	165140	0 %	20 %	0 %	80 %	528831249
99	NC_021907	CCTTC	2	10	167056	167065	0 %	40 %	0 %	60 %	528831250
100	NC_021907	CCGGG	2	10	168655	168664	0 %	0 %	60 %	40 %	528831251
101	NC_021907	TGCCG	2	10	170687	170696	0 %	20 %	40 %	40 %	528831253
102	NC_021907	GGCAT	2	10	172851	172860	20 %	20 %	40 %	20 %	528831256
103	NC_021907	CGGTT	2	10	174418	174427	0 %	40 %	40 %	20 %	528831257
104	NC_021907	GCCGG	2	10	175852	175861	0 %	0 %	60 %	40 %	528831258
105	NC_021907	CGATG	2	10	176586	176595	20 %	20 %	40 %	20 %	528831259
106	NC_021907	GCCGT	2	10	182868	182877	0 %	20 %	40 %	40 %	528831264
107	NC_021907	AAGCT	2	10	187605	187614	40 %	20 %	20 %	20 %	528831270
108	NC_021907	CGGGA	2	10	187849	187858	20 %	0 %	60 %	20 %	528831271
109	NC_021907	CCCTG	2	10	191587	191596	0 %	20 %	20 %	60 %	528831275
110	NC_021907	CATCG	2	10	192994	193003	20 %	20 %	20 %	40 %	528831276
111	NC_021907	TTGCC	2	10	193287	193296	0 %	40 %	20 %	40 %	528831276
112	NC_021907	TCTGC	2	10	195651	195660	0 %	40 %	20 %	40 %	528831279
113	NC_021907	GGCCG	2	10	197102	197111	0 %	0 %	60 %	40 %	528831280
114	NC_021907	CGGCA	2	10	197239	197248	20 %	0 %	40 %	40 %	528831280
115	NC_021907	CTGCG	2	10	197752	197761	0 %	20 %	40 %	40 %	528831280
116	NC_021907	GCAAG	2	10	199007	199016	40 %	0 %	40 %	20 %	528831281
117	NC_021907	TCGTG	2	10	200580	200589	0 %	40 %	40 %	20 %	528831282
118	NC_021907	CGTTC	2	10	201304	201313	0 %	40 %	20 %	40 %	528831283
119	NC_021907	GCGTC	2	10	203014	203023	0 %	20 %	40 %	40 %	528831285
120	NC_021907	GGCGG	2	10	203915	203924	0 %	0 %	80 %	20 %	528831286
121	NC_021907	CCTGC	2	10	205721	205730	0 %	20 %	20 %	60 %	528831288
122	NC_021907	CCGTC	2	10	207280	207289	0 %	20 %	20 %	60 %	528831289
123	NC_021907	CGCGC	3	15	211866	211880	0 %	0 %	40 %	60 %	528831292
124	NC_021907	ATCGC	2	10	216496	216505	20 %	20 %	20 %	40 %	528831296
125	NC_021907	CGGCG	2	10	217094	217103	0 %	0 %	60 %	40 %	528831297
126	NC_021907	GGCCG	2	10	217160	217169	0 %	0 %	60 %	40 %	528831297
127	NC_021907	GGCGC	2	10	230099	230108	0 %	0 %	60 %	40 %	528831312
128	NC_021907	GCCGC	2	10	232174	232183	0 %	0 %	40 %	60 %	528831313
129	NC_021907	GCGTG	2	10	233418	233427	0 %	20 %	60 %	20 %	528831314
130	NC_021907	GGCCG	2	10	234950	234959	0 %	0 %	60 %	40 %	528831315
131	NC_021907	GCGCG	2	10	238582	238591	0 %	0 %	60 %	40 %	528831319
132	NC_021907	AGCGA	2	10	241529	241538	40 %	0 %	40 %	20 %	528831322
133	NC_021907	GCCGC	2	10	241715	241724	0 %	0 %	40 %	60 %	528831322
134	NC_021907	AATGC	2	10	242068	242077	40 %	20 %	20 %	20 %	528831322
135	NC_021907	CTTTG	2	10	244578	244587	0 %	60 %	20 %	20 %	528831324
136	NC_021907	TCTGA	2	10	245735	245744	20 %	40 %	20 %	20 %	528831325
137	NC_021907	GGAAA	2	10	247491	247500	60 %	0 %	40 %	0 %	528831327
138	NC_021907	CCCGT	2	10	248583	248592	0 %	20 %	20 %	60 %	528831328
139	NC_021907	ATGCG	2	10	249271	249280	20 %	20 %	40 %	20 %	528831329
140	NC_021907	GCATG	2	10	251660	251669	20 %	20 %	40 %	20 %	528831331
141	NC_021907	CAGGG	2	10	251768	251777	20 %	0 %	60 %	20 %	528831331
142	NC_021907	GCGAA	2	10	252602	252611	40 %	0 %	40 %	20 %	528831331

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.