MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1a

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021906	CCTCAT	2	12	1959	1970	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	528830929
2	NC_021906	GGCCAG	2	12	3164	3175	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528830930
3	NC_021906	AGGCGA	2	12	8957	8968	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528830935
4	NC_021906	CGCTCT	2	12	10032	10043	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528830936
5	NC_021906	GGCGCC	2	12	11026	11037	0 %	0 %	50 %	50 %	528830936
6	NC_021906	ATCTCG	2	12	13122	13133	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528830939
7	NC_021906	TGCTCG	2	12	13938	13949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528830939
8	NC_021906	CGGCCG	2	12	17474	17485	0 %	0 %	50 %	50 %	528830945
9	NC_021906	GCTGGG	2	12	18050	18061	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	528830946
10	NC_021906	ATCGAG	2	12	22105	22116	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528830949
11	NC_021906	GGCCGA	2	12	22551	22562	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528830950
12	NC_021906	CAGAAG	2	12	22648	22659	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	528830950
13	NC_021906	CGATCG	2	12	23174	23185	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528830950
14	NC_021906	AGGAAA	2	12	25502	25513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	528830954
15	NC_021906	TCGATG	2	12	25835	25846	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528830954
16	NC_021906	AGGCGG	2	12	27698	27709	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	528830955
17	NC_021906	TCGGCA	2	12	29275	29286	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528830956
18	NC_021906	TGCCGG	2	12	29958	29969	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528830957
19	NC_021906	TCGGCG	2	12	31772	31783	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528830958
20	NC_021906	TGCCGA	2	12	31968	31979	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528830958
21	NC_021906	ATCGAT	2	12	35451	35462	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528830962
22	NC_021906	GCCGAA	2	12	35504	35515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528830962
23	NC_021906	TGATCA	2	12	37270	37281	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	528830963
24	NC_021906	GGGGTC	2	12	38273	38284	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	528830964
25	NC_021906	CCAGCG	2	12	39938	39949	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528830966
26	NC_021906	CGCCAG	2	12	40269	40280	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528830966
27	NC_021906	GTCGCC	2	12	40532	40543	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528830967
28	NC_021906	CTGGCG	2	12	40742	40753	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528830967
29	NC_021906	AACCGG	2	12	45146	45157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528830971
30	NC_021906	GCGGCA	2	12	51909	51920	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528830979
31	NC_021906	CTTCGA	2	12	52323	52334	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528830979
32	NC_021906	CCGCGA	2	12	53422	53433	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528830983
33	NC_021906	AGCGTC	2	12	53706	53717	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528830983
34	NC_021906	ATGCCG	2	12	57348	57359	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528830986
35	NC_021906	CGCTGG	2	12	59935	59946	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528830988
36	NC_021906	CCGATG	2	12	60082	60093	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528830988
37	NC_021906	AGGGGG	2	12	68138	68149	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	528830997
38	NC_021906	CGAGGG	2	12	69286	69297	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	528830997
39	NC_021906	CTGCCG	2	12	69714	69725	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528830997
40	NC_021906	GGCGCT	2	12	76848	76859	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831003
41	NC_021906	CCCAGC	2	12	76947	76958	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	528831003
42	NC_021906	AGGGCC	2	12	78461	78472	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831004
43	NC_021906	AGAGCG	2	12	84035	84046	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528831009
44	NC_021906	CTCGGT	2	12	85528	85539	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831010
45	NC_021906	TGCGCC	2	12	93512	93523	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831018
46	NC_021906	TTGCCG	2	12	99569	99580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831023
47	NC_021906	CCGTCG	2	12	102613	102624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831026
48	NC_021906	TCTCGG	2	12	103312	103323	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831027
49	NC_021906	CAAGGG	2	12	109485	109496	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	528831032
50	NC_021906	ACGTCT	2	12	109526	109537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831032
51	NC_021906	GCAGGC	2	12	118376	118387	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831042
52	NC_021906	CATGGA	2	12	127155	127166	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831050
53	NC_021906	CCGCAC	2	12	128800	128811	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	528831051
54	NC_021906	GGCATT	2	12	133707	133718	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	528831055
55	NC_021906	GCCACC	2	12	134004	134015	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	528831055
56	NC_021906	GGAGCC	2	12	135242	135253	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831056
57	NC_021906	CCGCAC	2	12	136897	136908	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	528831057
58	NC_021906	CGTCAC	2	12	137283	137294	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831058
59	NC_021906	CCGTCG	2	12	137672	137683	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831058
60	NC_021906	GCTTGC	2	12	142656	142667	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	528831062
61	NC_021906	GGCTGA	2	12	144120	144131	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	528831064
62	NC_021906	CAGCGC	2	12	144359	144370	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	528831064
63	NC_021906	GGCGGT	2	12	144843	144854	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	528831065
64	NC_021906	GATCGA	2	12	144981	144992	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	528831065
65	NC_021906	TGGCGC	2	12	145094	145105	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831065
66	NC_021906	CTTGTC	2	12	148535	148546	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	528831068
67	NC_021906	CCGGTC	2	12	148972	148983	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	528831069
68	NC_021906	CGATGC	2	12	154798	154809	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831074
69	NC_021906	AGCGGC	2	12	155984	155995	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831075
70	NC_021906	GGCATC	2	12	157727	157738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831076
71	NC_021906	CGCTGG	2	12	160599	160610	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	528831078
72	NC_021906	GCAGGC	2	12	165445	165456	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831083
73	NC_021906	ATCGGC	2	12	166330	166341	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831085
74	NC_021906	CCTCGA	2	12	166712	166723	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	528831085
75	NC_021906	TCCTGC	2	12	171101	171112	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	528831088
76	NC_021906	GGAGAT	2	12	171397	171408	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	528831088
77	NC_021906	CATCCT	2	12	174694	174705	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	528831091
78	NC_021906	GCGGCA	2	12	175729	175740	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	528831092
79	NC_021906	AGCCGA	2	12	176014	176025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528831092
80	NC_021906	TCGATC	2	12	178022	178033	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	528831095
81	NC_021906	CGCAGA	2	12	178550	178561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	528831095
82	NC_021906	TGCAGC	2	12	180508	180519	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	528831097

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.